View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18243_low_64 (Length: 376)

Name: NF18243_low_64
Description: NF18243
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18243_low_64
NF18243_low_64
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (1-361)||(15083091-15083451)
chr5 (1-361)||(15429202-15429563)
chr5 (3-361)||(15331318-15331676)
chr5 (1-361)||(15347143-15347503)
chr5 (4-361)||(16396810-16397167)
chr5 (1-361)||(16403402-16403762)
chr5 (1-361)||(15453044-15453404)
chr5 (3-361)||(15335770-15336128)
chr5 (12-361)||(17927733-17928082)
chr5 (1-361)||(15357412-15357772)
chr5 (1-361)||(16414135-16414495)
chr5 (3-50)||(30521164-30521211)
chr5 (3-50)||(30561504-30561551)
chr5 (311-361)||(15421638-15421687)
chr5 (3-61)||(17983407-17983465)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-361)||(8187243-8187603)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 245; Significance: 1e-136; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 15083451 - 15083091
Alignment:
Q  1 tcataggaaaggagatactaaagaagtgtgggggagtgcctcttgcagcaatagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagacaagaaaatgagtggaa 100  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||| |||||| |    
T  15083451 tcatagtaaaggagatattaaagaagtgtgggggagcgcctcttgctgcaatagcactaggaagtctcttgcgctttaaaacagaggaaaaagagtggca 15083352  T
Q  101 ctatgtcaaggaaagcaaattatggagtttacaagatgaagataatgtcatgcctgcgttgagattaagttacttgaatttgccgattaaactgagacaa 200  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15083351 ctatgtgaaggaaagcaaactatggagtttacaagatgaagattatgccatgcctgcgttgagattaagttacttgaatttgccgcttaaactgagacaa 15083252  T
Q  201 tgttttgccttctgtgcactatttcccaaagatgaaataataaccaaacagttcctaattgagctttggatggctaatggctttatttcgtccaataaat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  15083251 tgttttgccttctgtgcactatttcccaaagatgcaataataaggaagcagtttctaattgagctttggatggctaatggctttatttcgtccaataaaa 15083152  T
Q  301 tgttggacggggaagatatcggtaatgagatgtggaatgaactatattggagatcattttt 361  Q
    | |||||||  ||||||||||  |||||  ||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  15083151 tattggacgaagaagatatcgacaatgatgtgtggaatgaattatattgtagatcattttt 15083091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 361
Target Start/End: Original strand, 15429202 - 15429563
Alignment:
Q  1 tcataggaaaggagatactaaagaagtgtgggggagtgcctcttgcagcaatagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagacaagaaaatgagtggaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||      
T  15429202 tcataggaaaggagatactaaggaaatgtgggggagtacctcttgcagcaaaagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagagaggaaaaggagtggcg 15429301  T
Q  101 ctatgtcaaggaaagcaaattatggagtttacaagatgaagataatgtcatgcctgcgttgagattaag-ttacttgaatttgccgattaaactgagaca 199  Q
    |||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||    
T  15429302 ctatatcaaggaaagcaaaatatggaatttacaagatgaagaaaatgtcatgcctgcattgagattaagtttacttgaatttgccagttaaactgagaca 15429401  T
Q  200 atgttttgccttctgtgcactatttcccaaagatgaaataataaccaaacagttcctaattgagctttggatggctaatggctttatttcgtccaataaa 299  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||  || ||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||    
T  15429402 atgttttgccttctgtgcattatttcccaaagatgaaagaataagtaagcagttactaattcagctttggatggctaatgactttatttcttccaatgaa 15429501  T
Q  300 ttgttggacggggaagatatcggtaatgagatgtggaatgaactatattggagatcattttt 361  Q
     ||||||||| |||||||||||  |||||  ||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  15429502 atgttggacgaggaagatatcgcgaatgatgtgtggaatgaaatatattggagatccttttt 15429563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 3 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 15331676 - 15331318
Alignment:
Q  3 ataggaaaggagatactaaagaagtgtgggggagtgcctcttgcagcaatagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagacaagaaaatgagtggaact 102  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | | |||||||||| |||    
T  15331676 atagggaaagagatactaaagaagtgtggcggagtacctcttgcagcaatagcactaggaagtctcttgcgttttaaaagagaggtaaatgagtggcact 15331577  T
Q  103 atgtcaaggaaagcaaattatggagtttacaagatgaagataatgtcatgcctgcgttgagattaagttacttgaatttgccgattaaactgagacaatg 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  | ||| ||||||||||    
T  15331576 atgtcaaggaaagcaaattatggagtttacaagatgaagattatgtcatgcctaccttgagattaagttacttgaatttgccagtaaaattgagacaatg 15331477  T
Q  203 ttttgccttctgtgcactatttcccaaagatgaaataataaccaaacagttcctaattgagctttggatggctaatggctttatttcgtccaataaattg 302  Q
     |||||||||||||| ||||||  ||||||||||| |||||  ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||| || ||| || ||    
T  15331476 ctttgccttctgtgctctatttatcaaagatgaaagaataagtaagaagtttctaattgagctttggatggctaatggcttggtttcatctaatgaaatg 15331377  T
Q  303 ttggacggggaagatatcggtaatgagatgtggaatgaactatattggagatcattttt 361  Q
    ||||||| ||||||||| || |||| | ||||||||||| |||| | ||||||||||||    
T  15331376 ttggacgaggaagatattggcaatggggtgtggaatgaattatacttgagatcattttt 15331318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 15347503 - 15347143
Alignment:
Q  1 tcataggaaaggagatactaaagaagtgtgggggagtgcctcttgcagcaatagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagacaagaaaatgagtggaa 100  Q
    ||||||| || |||||| |||| |||||| ||||||| ||||| ||||||| |||||| |||||| | ||||| |||||| || ||||||| || |||      
T  15347503 tcatagggaaagagatagtaaaaaagtgtaggggagtccctctcgcagcaaaagcactgggaagtttattgcggtttaaacgagaagaaaaggaatggcg 15347404  T
Q  101 ctatgtcaaggaaagcaaattatggagtttacaagatgaagataatgtcatgcctgcgttgagattaagttacttgaatttgccgattaaactgagacaa 200  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||| |||||||| |||  ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||    
T  15347403 ctatgtcaaggaaagtaagctatggaatttacaaggtgagaattctgtcatgcctgcgttgagattaagttacttgaatttgccggtaaaattgagacaa 15347304  T
Q  201 tgttttgccttctgtgcactatttcccaaagatgaaataataaccaaacagttcctaattgagctttggatggctaatggctttatttcgtccaataaat 300  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||  |     
T  15347303 tgttttgccttttgtgcactatttcccaaggatgaaattataagcaaacagtttgtaattgagctttggatggctaatggatttattccatccaatggaa 15347204  T
Q  301 tgttggacggggaagatatcggtaatgagatgtggaatgaactatattggagatcattttt 361  Q
    ||||||| |  |||||||| ||||||||    ||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  15347203 tgttggaagcagaagatattggtaatgaagcatggaatgaattatattgtagatcattttt 15347143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 4 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 16397167 - 16396810
Alignment:
Q  4 taggaaaggagatactaaagaagtgtgggggagtgcctcttgcagcaatagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagacaagaaaatgagtggaacta 103  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| || |||   ||    
T  16397167 tagggaaggagataataaagaagtgtgggggattccctcttgcagcaatagcactaggaagtctcttgcggtttaaaagagaagaaaaggaatggctata 16397068  T
Q  104 tgtcaaggaaagcaaattatggagtttacaagatgaagataatgtcatgcctgcgttgagattaagttacttgaatttgccgattaaactgagacaatgt 203  Q
    |||||||||||||||  |||||| |||||||| ||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||  | ||| | || |||||     
T  16397067 tgtcaaggaaagcaagctatggaatttacaaggtgaagcttatgtcatgcctgccttgagattaagttacttgcatttgccagtaaaattaaggcaatgc 16396968  T
Q  204 tttgccttctgtgcactatttcccaaagatgaaataataaccaaacagttcctaattgagctttggatggctaatggctttatttcgtccaataaattgt 303  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||| ||| |  ||||||| |||||||  ||||| ||||| ||||| |||||| || |||    
T  16396967 ttttccttctgtgcattatttcccaaagatgaaattataagcaagcagcttttaattgatctttggacagctaacggcttcatttcttccaatcaaatgt 16396868  T
Q  304 tggacggggaagatatcggtaatgagatgtggaatgaactatattggagatcattttt 361  Q
    |||| |  || || || ||||| ||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  16396867 tggaagcagatgacattggtaacgaggtgtggaatgaattatattggaggtcattttt 16396810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 16403762 - 16403402
Alignment:
Q  1 tcataggaaaggagatactaaagaagtgtgggggagtgcctcttgcagcaatagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagacaagaaaatgagtggaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| | |||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||||      
T  16403762 tcataggaaaggagatactaaaaaagtgtgtgtgagtccctcttgcggcaatagcactaggaagtcttttgcggtttaaaagagaagaaaaagagtggct 16403663  T
Q  101 ctatgtcaaggaaagcaaattatggagtttacaagatgaagataatgtcatgcctgcgttgagattaagttacttgaatttgccgattaaactgagacaa 200  Q
    |||||| |||||||| ||  ||||||||||| ||| ||||||| | |||| | |||| || | | |||||||| | ||||||||  | ||| |||||||     
T  16403662 ctatgtgaaggaaagtaagctatggagtttagaaggtgaagattacgtcaagtctgccttaaaactaagttacctcaatttgccagtaaaattgagacag 16403563  T
Q  201 tgttttgccttctgtgcactatttcccaaagatgaaataataaccaaacagttcctaattgagctttggatggctaatggctttatttcgtccaataaat 300  Q
    |||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||| || | ||| || ||| | |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| ||     
T  16403562 tgtttttccttttgtgcattatttcccaaagatgaaattatgagcaagcacttcatgattgagctttggattgctaatggcttcatttcatccaatcaaa 16403463  T
Q  301 tgttggacggggaagatatcggtaatgagatgtggaatgaactatattggagatcattttt 361  Q
    ||||||| |  |||| | | ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  16403462 tgttggatgcagaaggtgttggtaatgaggtgtggaatgaattatattggagatcattttt 16403402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 361
Target Start/End: Original strand, 15453044 - 15453404
Alignment:
Q  1 tcataggaaaggagatactaaagaagtgtgggggagtgcctcttgcagcaatagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagacaagaaaatgagtggaa 100  Q
    ||||||| ||||||||| |||| |||||||| ||||| ||| | |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||      
T  15453044 tcataggcaaggagatagtaaataagtgtggaggagttcctttggcagcaattgcactaggaagtctcttgcgttttaaaagagaagaaaaagagtggct 15453143  T
Q  101 ctatgtcaaggaaagcaaattatggagtttacaagatgaagataatgtcatgcctgcgttgagattaagttacttgaatttgccgattaaactgagacaa 200  Q
    |||||||||| |||||||| | |||||||||||||  ||| ||  |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||| ||||||||    
T  15453144 ctatgtcaagaaaagcaaactttggagtttacaaggcgaaaattctgtcatgcctgccttgagattaagctacttcaatttgccaataaaattgagacaa 15453243  T
Q  201 tgttttgccttctgtgcactatttcccaaagatgaaataataaccaaacagttcctaattgagctttggatggctaatggctttatttcgtccaataaat 300  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||  |||| |||  || |  ||||||||||||||||   |||||| |||||||| || ||| ||     
T  15453244 tgtttttccttctgtgcattatttcccaaaggtgaaactataagcaagaagatgataattgagctttggatttgtaatggttttatttcttctaatcaaa 15453343  T
Q  301 tgttggacggggaagatatcggtaatgagatgtggaatgaactatattggagatcattttt 361  Q
    ||||||| |  |||||| | ||| ||||| |||| |||||| |||||||||||||| ||||    
T  15453344 tgttggaagcagaagatgttggtcatgaggtgtgtaatgaattatattggagatcactttt 15453404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 3 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 15336128 - 15335770
Alignment:
Q  3 ataggaaaggagatactaaagaagtgtgggggagtgcctcttgcagcaatagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagacaagaaaatgagtggaact 102  Q
    ||||| || |||||| | || ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | || |||||| | ||||||||||||  ||    
T  15336128 atagggaacgagatagttaaaaagtgtgtgggagtgcctcttgcggcaatagcactaggaagtctcttgtgtttcaaaagagacgaaaatgagtggctct 15336029  T
Q  103 atgtcaaggaaagcaaattatggagtttacaagatgaagataatgtcatgcctgcgttgagattaagttacttgaatttgccgattaaactgagacaatg 202  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||  ||   ||||||||||| |||||| ||||||| |||||||| ||  | ||| ||||||| ||    
T  15336028 atgtcaaggaaagcaagctatggagtttacaaggtgataattcagtcatgcctgccttgagactaagttatttgaatttaccagtaaaattgagacagtg 15335929  T
Q  203 ttttgccttctgtgcactatttcccaaagatgaaataataaccaaacagttcctaattgagctttggatggctaatggctttatttcgtccaataaattg 302  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||| || ||||||  ||||| || ||||| || || ||||||||||||||||||||||| || ||| ||  |    
T  15335928 ttttgccttgtgtgcactctttcccaaagataaactaataagaaaacactttctaatagaactctggatggctaatggctttatttcttcaaatgaaaag 15335829  T
Q  303 ttggacggggaagatatcggtaatgagatgtggaatgaactatattggagatcattttt 361  Q
    ||||| |  |  ||||| || |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15335828 ttggaagatggtgatattggcaatgaggtgtggaatgaattatattggagatcattttt 15335770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 12 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 17928082 - 17927733
Alignment:
Q  12 gagatactaaagaagtgtgggggagtgcctcttgcagcaatagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagacaagaaaatgagtggaactatgtcaagg 111  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| || |||| |||||||||||    
T  17928082 gagatcctaaagaagtgtaggggagtgcctcttgcagcaataacattaggaagtctgttgcgctttaaaagagaagaaaaagaatggatctatgtcaagg 17927983  T
Q  112 aaagcaaattatggagtttacaagatgaagataatgtcatgcctgcgttgagattaagttacttgaatttgccgattaaactgagacaatgttttgcctt 211  Q
    | ||||| || ||||| ||||||| |||  |   ||||||||  || |||||||||||||||||| | |||||| ||||  |||||||||| ||||||||    
T  17927982 acagcaagttgtggagcttacaaggtgagaactctgtcatgcaggccttgagattaagttacttgtacttgccggttaagttgagacaatgctttgcctt 17927883  T
Q  212 ctgtgcactatttcccaaagatgaaataataaccaaacagttcctaattgagctttggatggctaatggctttatttcgtccaataaattgttggacggg 311  Q
    || |||  ||||||| ||||||||| ||||||  || ||| | |||||||| |||||| |||| ||||| || |||||||||||| ||   ||||| | |    
T  17927882 ctctgctatatttccaaaagatgaattaataagtaagcagcttctaattgaactttgggtggccaatggattcatttcgtccaatgaaagtttggaagcg 17927783  T
Q  312 gaagatatcggtaatgagatgtggaatgaactatattggagatcattttt 361  Q
    |||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  17927782 gaagatattggtgatgaggtgtggaatgaattatattggagttcattttt 17927733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 15357772 - 15357412
Alignment:
Q  1 tcataggaaaggagatactaaagaagtgtgggggagtgcctcttgcagcaatagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagacaagaaaatgagtggaa 100  Q
    ||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||| |||| || |||||| || ||||||| || |||      
T  15357772 tcatagggaaggagatagtaaaaaagtgtgggggagttcctcttgcggcaaaagcactaggaagtttcttacgttttaaacgagaagaaaaggaatggcg 15357673  T
Q  101 ctatgtcaaggaaagcaaattatggagtttacaagatgaagataatgtcatgcctgcgttgagattaagttacttgaatttgccgattaaactgagacaa 200  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||  ||   |||||| || | ||||| ||||||||||||||||||||| | ||| |||| ||     
T  15357672 ctatgtcaaggaaagcaatctatggagtttacaaggtgagaattcagtcatgtcttccttgaggttaagttacttgaatttgccggtaaaattgaggcag 15357573  T
Q  201 tgttttgccttctgtgcactatttcccaaagatgaaataataaccaaacagttcctaattgagctttggatggctaatggctttatttcgtccaataaat 300  Q
    || |||||||| |||||||| ||| |||| ||| |||| ||||  || |||||  | ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||     
T  15357572 tgctttgccttttgtgcacttttttccaaggatcaaattataagtaagcagtttttgattgagctttggatggctaatggatttatttcatccaatgaaa 15357473  T
Q  301 tgttggacggggaagatatcggtaatgagatgtggaatgaactatattggagatcattttt 361  Q
    |  |||| |   |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  15357472 tactggaagcacaagatatcggcaatgaggtgtggaatgaattatattgtagatcattttt 15357412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 16414495 - 16414135
Alignment:
Q  1 tcataggaaaggagatactaaagaagtgtgggggagtgcctcttgcagcaatagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagacaagaaaatgagtggaa 100  Q
    ||||||| || |||||| ||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| || |||||| | ||||  ||||||      
T  16414495 tcatagggaaagagatagtaaagaaatgtaggggagtacctcttgccgcaatggcattaggaagtctcttgcgtttcaaaagagaggaaatagagtggct 16414396  T
Q  101 ctatgtcaaggaaagcaaattatggagtttacaagatgaagataatgtcatgcctgcgttgagattaagttacttgaatttgccgattaaactgagacaa 200  Q
    | ||||||||||||||||  |||||  |||||||| |||  |    ||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||  ||||| ||||||||    
T  16414395 caatgtcaaggaaagcaagctatgggatttacaaggtgagaactgcgtcatgcctgccttaaggttaagttacttgaatttaccagttaaattgagacaa 16414296  T
Q  201 tgttttgccttctgtgcactatttcccaaagatgaaataataaccaaacagttcctaattgagctttggatggctaatggctttatttcgtccaataaat 300  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||  | ||||| ||||||||||| ||||| ||| |||| ||||||        
T  16414295 tgtttttccttctgtgcactatttcccaaagatgaaataataaacaagaagtttttgattgacctttggatggcaaatggttttctttcatccaatgcta 16414196  T
Q  301 tgttggacggggaagatatcggtaatgagatgtggaatgaactatattggagatcattttt 361  Q
    ||||  |    |||||||| || |||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  16414195 tgttacaaacagaagatattggcaatgaggtgtggaatgagttatattggagatcattttt 16414135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 3 - 50
Target Start/End: Original strand, 30521164 - 30521211
Alignment:
Q  3 ataggaaaggagatactaaagaagtgtgggggagtgcctcttgcagca 50  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30521164 ataggaaaagagatagtaaagaagtgtgggggattgcctcttgcagca 30521211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 3 - 50
Target Start/End: Original strand, 30561504 - 30561551
Alignment:
Q  3 ataggaaaggagatactaaagaagtgtgggggagtgcctcttgcagca 50  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30561504 ataggaaaagagatagtaaagaagtgtgggggattgcctcttgcagca 30561551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 311 - 361
Target Start/End: Original strand, 15421638 - 15421687
Alignment:
Q  311 ggaagatatcggtaatgagatgtggaatgaactatattggagatcattttt 361  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15421638 ggaagatatcg-taatgaggtgtggaatgaactgtattggagatcattttt 15421687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 3 - 61
Target Start/End: Complemental strand, 17983465 - 17983407
Alignment:
Q  3 ataggaaaggagatactaaagaagtgtgggggagtgcctcttgcagcaatagcactagg 61  Q
    ||||| ||||||||| |||| |||||||| ||| ||||||||||||||| |||| ||||    
T  17983465 ataggcaaggagatagtaaaaaagtgtggaggattgcctcttgcagcaaaagcattagg 17983407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 153; Significance: 5e-81; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 8187603 - 8187243
Alignment:
Q  1 tcataggaaaggagatactaaagaagtgtgggggagtgcctcttgcagcaatagcactaggaagtctcttgcgctttaaaagacaagaaaatgagtggaa 100  Q
    ||||||| |||||||||  ||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||||      
T  8187603 tcatagggaaggagatagcaaaaaagtgtgggggtgtacctcttgcagcaatagcactaggaagtctcttgcgttttaaaagagaggaaaaggagtggct 8187504  T
Q  101 ctatgtcaaggaaagcaaattatggagtttacaagatgaagataatgtcatgcctgcgttgagattaagttacttgaatttgccgattaaactgagacaa 200  Q
    |||||||  |||||| ||  ||||||||||||||| |||  |||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||    
T  8187503 ctatgtcttggaaagtaatctatggagtttacaaggtgagaatacagtcatgcctgccttgagattaagttacttgaatttgccaataaaattgagacaa 8187404  T
Q  201 tgttttgccttctgtgcactatttcccaaagatgaaataataaccaaacagttcctaattgagctttggatggctaatggctttatttcgtccaataaat 300  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||| ||||||  || || ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||| ||     
T  8187403 tgttttgccttttgtgcactttttccaaaagatgaattaataaaaaagcaattcctaattgatctatggatggctaatggttttatttcatccaatgaaa 8187304  T
Q  301 tgttggacggggaagatatcggtaatgagatgtggaatgaactatattggagatcattttt 361  Q
    |  | || |  || ||||| || |||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8187303 ttctagaagctgaggatattggcaatgaggtatggaatgaattatattggagatcattttt 8187243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University