View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18243_low_9 (Length: 618)

Name: NF18243_low_9
Description: NF18243
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18243_low_9
NF18243_low_9
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (17-610)||(1058574-1059167)
chr5 (17-605)||(1071393-1071981)
chr5 (17-605)||(1065666-1066254)
chr5 (17-559)||(1033664-1034206)
chr5 (17-559)||(1044051-1044593)
chr5 (28-541)||(1053320-1053833)
chr5 (17-538)||(1640371-1640892)
chr5 (17-549)||(1046634-1047169)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (23-140)||(44171260-44171377)
chr3 (23-140)||(44191556-44191673)
chr3 (392-453)||(12121338-12121399)
[»] scaffold0001 (1 HSPs)
scaffold0001 (370-453)||(65854-65937)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 590; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 590; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 610
Target Start/End: Original strand, 1058574 - 1059167
Alignment:
Q  17 aagatcaagtgaacgacagaacagatgaatatggtggatcccttgagaaccgttgtcggattgttttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagatagg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1058574 aagatcaagtgaacgacagaacagatgaatatggtggatcccttgagaaccgttgtcggattgttttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagatagg 1058673  T
Q  117 tgcagatagaactggaattagattatcacctttttcagaatatgcagaatgtgtagactctaatcccagagaattgggactttatatggctaatgccctc 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1058674 tgcagatagaactggaattagattatcacctttttcagaatatgcagaatgtgtagactctaatcccagagaattgggactttatatggctaatgccctc 1058773  T
Q  217 aataaatatggtattctttactgtcatgtggtggaaccaagaatgaaaactgttaatgaaagaattgaatgctctcacagccttgtgccgatgagaaagg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1058774 aataaatatggtattctttactgtcatgtggtggaaccaagaatgaaaactgttaatgaaagaattgaatgctctcacagccttgtgccgatgagaaagg 1058873  T
Q  317 ccttcaaaggcactttcctggctgcaggaggttacgaccgaaatgatgggatcaatgccatagctgaaaataggacagaccttgttgtatatggtcgttt 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1058874 ccttcaaaggcactttcctggctgcaggaggttacgaccgaaatgatgggatcaatgccatagctgaaaataggacagaccttgttgtatatggtcgttt 1058973  T
Q  417 gttcttagctaatccagatttgccgaagagatttgcacttgatgctcctctaaacaagtataacagggcgacattctacacttcagatccagttataggt 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1058974 gttcttagctaatccagatttgccgaagagatttgcacttaatgctcctctaaacaagtataacagggcgacattctacacttcagatccagttataggt 1059073  T
Q  517 tatactgactacccttttcttgaatgaagaaaccagtgttgtagcatcaaagtgtggaatctcttcactaaataagttcaatacccctttgcta 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1059074 tatactgactacccttttcttgaatgaagaaaccagtgttgtagcatcaaagtgtggaatctcttcactaaataagttcaatacccctttgcta 1059167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 605
Target Start/End: Original strand, 1071393 - 1071981
Alignment:
Q  17 aagatcaagtgaacgacagaacagatgaatatggtggatcccttgagaaccgttgtcggattgttttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagatagg 116  Q
    ||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1071393 aagataaagtgaatgacaggacagatgagtatggtggatcccttgagaaccgttgtcggtttgctttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagatagg 1071492  T
Q  117 tgcagatagaactggaattagattatcacctttttcagaatatgcagaatgtgtagactctaatcccagagaattgggactttatatggctaatgccctc 216  Q
      |||| |||  |||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| |||||| || || | |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1071493 aacagaaagagttggaataagattatcaccttttgcagagtattcagaatgtggagactccaaccctaaagaattgggactttatatggttaatgccctc 1071592  T
Q  217 aataaatatggtattctttactgtcatgtggtggaaccaagaatgaaaactgttaatgaaagaattgaatgctctcacagccttgtgccgatgagaaagg 316  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||||||||||| |||||||  ||||| || ||||||| |  ||||||||||||| ||||||||||    
T  1071593 aataaatacggtattctttattgtcacatggtggaaccaagaatgataactgttggtgaaaaaactgaatgccccgacagccttgtgccaatgagaaagg 1071692  T
Q  317 ccttcaaaggcactttcctggctgcaggaggttacgaccgaaatgatgggatcaatgccatagctgaaaataggacagaccttgttgtatatggtcgttt 416  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  1071693 ccttcaaaggcactttcatggttgcaggaggttacgaccgacatgatgggatcaatgccatagctgaaaacagggcagacctagttgtatatggtcgttt 1071792  T
Q  417 gttcttagctaatccagatttgccgaagagatttgcacttgatgctcctctaaacaagtataacagggcgacattctacacttcagatccagttataggt 516  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||  ||| ||||||||| |||||    
T  1071793 gttcttagctaatccagatttgccaaagagatttgcacttgatgctcctctaaacaagtataacagggagacattttacgtttctgatccagttctaggt 1071892  T
Q  517 tatactgactacccttttcttgaatgaagaaaccagtgttgtagcatcaaagtgtggaatctcttcactaaataagttcaatacccctt 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||| || |||||    
T  1071893 tatactgactacccttttcttgaatgaaggaaccggtgctgtagcatccaagtgtggaatctcctcactaaataaggtcattatccctt 1071981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 605
Target Start/End: Original strand, 1065666 - 1066254
Alignment:
Q  17 aagatcaagtgaacgacagaacagatgaatatggtggatcccttgagaaccgttgtcggattgttttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagatagg 116  Q
    ||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| || || |||||||| |||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1065666 aagataaagtgaatgacaggacagatgaatatggtgggtctctggagaaccgctgtcgatttgctttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagatagg 1065765  T
Q  117 tgcagatagaactggaattagattatcacctttttcagaatatgcagaatgtgtagactctaatcccagagaattgggactttatatggctaatgccctc 216  Q
     ||||| |||  |||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||||| |||||| || ||||  |||||||||||||||||||  |||||||||    
T  1065766 agcagaaagagttggaataagattatcaccttttgcggagtatgcagaatgtggagactccaaccccaatgaattgggactttatatggtcaatgccctc 1065865  T
Q  217 aataaatatggtattctttactgtcatgtggtggaaccaagaatgaaaactgttaatgaaagaattgaatgctctcacagccttgtgccgatgagaaagg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||| || ||||||| |  ||||||||||||| ||||||||||    
T  1065866 aataaatatggtattctttactgtcatatggtggaaccaagaatgaaaactgttggtgaaaaaactgaatgccccgacagccttgtgccaatgagaaagg 1065965  T
Q  317 ccttcaaaggcactttcctggctgcaggaggttacgaccgaaatgatgggatcaatgccatagctgaaaataggacagaccttgttgtatatggtcgttt 416  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1065966 ccttcaaaggcactttcatggttgcaggaggttacgaccgacatgatgggatcaatgccatagctgaaaacagggcagaccttgttgtatatggtcgttt 1066065  T
Q  417 gttcttagctaatccagatttgccgaagagatttgcacttgatgctcctctaaacaagtataacagggcgacattctacacttcagatccagttataggt 516  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||| ||| ||||||||| |||||    
T  1066066 gttcttagctaatccagatttaccaaagagatttgcacttgatgctcctctgaacaaatataacagggagacgttctacatttctgatccagttctaggt 1066165  T
Q  517 tatactgactacccttttcttgaatgaagaaaccagtgttgtagcatcaaagtgtggaatctcttcactaaataagttcaatacccctt 605  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||   || ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||    
T  1066166 tatactgactacccctttcttgaatgaagaaactgatgctgtagcatccaagtgtggaatctcctcactaaataagttcattatccctt 1066254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 235; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 17 - 559
Target Start/End: Original strand, 1033664 - 1034206
Alignment:
Q  17 aagatcaagtgaacgacagaacagatgaatatggtggatcccttgagaaccgttgtcggattgttttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagatagg 116  Q
    ||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||  |||||||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  1033664 aagataaagtgaatgatagaacagatgaatatggtggatcccttgagaatcgttgtcgatttgcattggaagttgttgacgctgttgtgaatgagatagg 1033763  T
Q  117 tgcagatagaactggaattagattatcacctttttcagaatatgcagaatgtgtagactctaatcccagagaattgggactttatatggctaatgccctc 216  Q
     ||||| |||  |||||||||||||||||||||| | ||| || |||||| |  |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1033764 agcagaaagagttggaattagattatcaccttttgcggaacattcagaatctagagactccaatcccacagaattgggactttatatggttaatgccctc 1033863  T
Q  217 aataaatatggtattctttactgtcatgtggtggaaccaagaatgaaaactgttaatgaaagaattgaatgctctcacagccttgtgccgatgagaaagg 316  Q
    ||||| ||   |||||||||||||||  |||||||||||||||| ||| |   | ||||||  |||||| || || |||| || ||||| ||||||||||    
T  1033864 aataagtacaatattctttactgtcacatggtggaaccaagaataaaatcaaatgatgaaacgattgaaagcccttacagtctggtgcccatgagaaagg 1033963  T
Q  317 ccttcaaaggcactttcctggctgcaggaggttacgaccgaaatgatgggatcaatgccatagctgaaaataggacagaccttgttgtatatggtcgttt 416  Q
    | ||||| || |||||| ||| ||| |||||||| ||| || | |||||||||||||| ||||| || |||||| |||| |||||||| |||||||||||    
T  1033964 ctttcaatggtactttcatggttgcgggaggttatgacagacaagatgggatcaatgctatagcagataatagggcagatcttgttgtttatggtcgttt 1034063  T
Q  417 gttcttagctaatccagatttgccgaagagatttgcacttgatgctcctctaaacaagtataacagggcgacattctacacttcagatccagttataggt 516  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| || || |||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| |||||    
T  1034064 gttcttagcgaatccagatttgccgaagagatttgcactaaacgctcctctcaataaatataacagggagacattctacacttctgatccggttgtaggt 1034163  T
Q  517 tatactgactacccttttcttgaatgaagaaaccagtgttgta 559  Q
    ||||| ||||| || ||||||||||||||||| || |||||||    
T  1034164 tatacggactatccctttcttgaatgaagaaaacaatgttgta 1034206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 17 - 559
Target Start/End: Original strand, 1044051 - 1044593
Alignment:
Q  17 aagatcaagtgaacgacagaacagatgaatatggtggatcccttgagaaccgttgtcggattgttttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagatagg 116  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||  ||  |||||||||||||||||| ||||  |||||||||||    
T  1044051 aagataaagtgaatgacagaacagatgaatacggtggatccctcgagaatcgttgtcgatttcctttggaagttgttgaagcagttgtgaatgagatagg 1044150  T
Q  117 tgcagatagaactggaattagattatcacctttttcagaatatgcagaatgtgtagactctaatcccagagaattgggactttatatggctaatgccctc 216  Q
     ||||||| |  |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | | |||||| |||||||  |||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  1044151 agcagataaagttggaattagactatcaccttttgcagaatatgcagaaagcggagactccaatcccaatgaattgggacttcatatggttaatgccctc 1044250  T
Q  217 aataaatatggtattctttactgtcatgtggtggaaccaagaatgaaaactgttaatgaaagaattgaatgctctcacagccttgtgccgatgagaaagg 316  Q
    ||||| ||   |||||||||||||||  |||||||||||||||| ||| | | |  |||||  |||||| || || |||| || ||||| ||||||||||    
T  1044251 aataagtacaatattctttactgtcacatggtggaaccaagaataaaatcagcttctgaaacgattgaaagcccttacagtctggtgccaatgagaaagg 1044350  T
Q  317 ccttcaaaggcactttcctggctgcaggaggttacgaccgaaatgatgggatcaatgccatagctgaaaataggacagaccttgttgtatatggtcgttt 416  Q
    | ||||| ||| ||||| ||||||||||||| || ||| || | || |||||| |||| ||||||||||| | | |||| ||||| || |||||||||||    
T  1044351 ctttcaatggctctttcatggctgcaggaggctatgacagacaagacgggatcgatgctatagctgaaaacaaggcagatcttgtagtttatggtcgttt 1044450  T
Q  417 gttcttagctaatccagatttgccgaagagatttgcacttgatgctcctctaaacaagtataacagggcgacattctacacttcagatccagttataggt 516  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||| ||| ||||| ||| | |||    
T  1044451 gttcttagcaaatccagatttgccaaagagatttgcacttaatgctcctctcaacaagtataatagggagacattctacatttctgatccggttgttggt 1044550  T
Q  517 tatactgactacccttttcttgaatgaagaaaccagtgttgta 559  Q
    || |||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||    
T  1044551 tacactgactatccctttcttgaatgaagaaaacaatgttgta 1044593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 28 - 541
Target Start/End: Original strand, 1053320 - 1053833
Alignment:
Q  28 aacgacagaacagatgaatatggtggatcccttgagaaccgttgtcggattgttttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagataggtgcagatagaa 127  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||| |  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  1053320 aacgacagaacagatgaatatggtggaacccttgaaaatcgttgtagatttgttttggaaattgttgaagctgttgcaaatgagataggtgcagaaagag 1053419  T
Q  128 ctggaattagattatcacctttttcagaatatgcagaatgtgtagactctaatcccagagaattgggactttatatggctaatgccctcaataaatatgg 227  Q
     |||||| | |||||||||||||  | ||| || ||| |||| |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  1053420 ttggaataaaattatcaccttttgaaaaatttggagattgtggagactcaaatccccaagaattgggactttatatggtgaatgccctcaataaatatgg 1053519  T
Q  228 tattctttactgtcatgtggtggaaccaagaatgaaaactgttaatgaaagaattgaatgctctcacagccttgtgccgatgagaaaggccttcaaaggc 327  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||| | || |||| | || ||||||   | | ||| | ||| | || |||||||  ||||| ||     
T  1053520 tattctttattgtcatatggtggaaccaagaatggaaattcttgatgagaaaactgaatgtcattatagcttggtgtcaataagaaaggttttcaatgga 1053619  T
Q  328 actttcctggctgcaggaggttacgaccgaaatgatgggatcaatgccatagctgaaaataggacagaccttgttgtatatggtcgtttgttcttagcta 427  Q
    |||||  ||| | | ||||| || ||  || | ||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| ||| |||  ||||||||||||||| || |||    
T  1053620 acttttatggttactggaggctatgaaagacaagatggaatcaatgctatagctgaaaatagggcagatcttattgcttatggtcgtttgttcatatcta 1053719  T
Q  428 atccagatttgccgaagagatttgcacttgatgctcctctaaacaagtataacagggcgacattctacacttcagatccagttataggttatactgacta 527  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1053720 atccagatttaccaaagagatttgcacttaatgctcctcttaacaagtataatagggagacattctacacttctgatccagttataggttatactgacta 1053819  T
Q  528 cccttttcttgaat 541  Q
    ||||| ||||||||    
T  1053820 cccttctcttgaat 1053833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 174; E-Value: 3e-93
Query Start/End: Original strand, 17 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 1640892 - 1640371
Alignment:
Q  17 aagatcaagtgaacgacagaacagatgaatatggtggatcccttgagaaccgttgtcggattgttttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagatagg 116  Q
    ||||| ||||||| ||| |||| ||| |||| |||||| ||||||| |||||||||||  | | ||||||| |||||||||| ||||  |||||||||||    
T  1640892 aagataaagtgaatgaccgaactgataaatacggtggaacccttgaaaaccgttgtcgattcgctttggaaattgttgaagcagttgtgaatgagatagg 1640793  T
Q  117 tgcagatagaactggaattagattatcacctttttcagaatatgcagaatgtgtagactctaatcccagagaattgggactttatatggctaatgccctc 216  Q
    |||||| |||  ||||||||||||||| |||||  ||||||||| |||||||| |||||| |||||   ||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  1640792 tgcagaaagagttggaattagattatcgcctttcgcagaatatggagaatgtggagactccaatcctgaagaattggggctttatatggttaatgccctc 1640693  T
Q  217 aataaatatggtattctttactgtcatgtggtggaaccaagaatgaaaactgttaatgaaagaattgaatgctctcacagccttgtgccgatgagaaagg 316  Q
    | ||||||   |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | |||||||   ||||||| | ||||| |||||||| |    
T  1640692 agtaaatacaatattctttactgtcacatggtggaaccaagaatgaaaactattactgaaaaagttgaatgtcttcacagcttggtgccaatgagaaaag 1640593  T
Q  317 ccttcaaaggcactttcctggctgcaggaggttacgaccgaaatgatgggatcaatgccatagctgaaaataggacagaccttgttgtatatggtcgttt 416  Q
    ||||||| || |||||  | | ||| ||||| ||    ||| | ||||||||  ||||||||| |||||||| |||||| |||||||  |||||||| ||    
T  1640592 ccttcaatggaacttttatagttgccggaggctattcgcgacaagatgggattgatgccatagttgaaaataagacagatcttgttgcttatggtcgctt 1640493  T
Q  417 gttcttagctaatccagatttgccgaagagatttgcacttgatgctcctctaaacaagtataacagggcgacattctacacttcagatccagttataggt 516  Q
    |||  || ||||||||||||| || |||||||| || || ||||||||||| |||||||||||| |||  ||||||||||| || ||||| ||| | |||    
T  1640492 gtttatatctaatccagatttaccaaagagattcgcgctcgatgctcctctcaacaagtataaccgggaaacattctacacatctgatccggttctcggt 1640393  T
Q  517 tatactgactacccttttcttg 538  Q
    ||||| ||||||||||||||||    
T  1640392 tatacagactacccttttcttg 1640371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 17 - 549
Target Start/End: Original strand, 1046634 - 1047169
Alignment:
Q  17 aagatcaagtgaacgacagaacagatgaatatggtggatcccttgagaaccgttgtcggattgttttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagatagg 116  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  1046634 aagataaagtgaatgacagaacagatgaatatggtggaactcttgaaaaccgttgtaaatttgttttggaaattgttgaagctgttgtaaatgagattgg 1046733  T
Q  117 tgcagatagaactggaattagattatcacctttttcagaatatgcagaatgtgtagactctaatcccagagaattgggactttatatggctaatgccctc 216  Q
    ||| || |||  |||||| | | |||||||||||||||| |  | |||||||| |||||| ||||| |  | |||||| ||||| |||| ||||||||||    
T  1046734 tgccgaaagagttggaataaaactatcacctttttcagatttcgaagaatgtggagactcaaatccgaaggcattggggctttacatggttaatgccctc 1046833  T
Q  217 aataaatatggtattctttactgtcatgtggtggaaccaagaatgaa---aactgttaatgaaagaattgaatgctctcacagccttgtgccgatgagaa 313  Q
    ||||||||||||||||| || |||||| |||| |||  || ||  ||   |||| || |||| | ||   ||||   ||||| | | |||||  ||||||    
T  1046834 aataaatatggtattctgtattgtcatatggtagaatgaataagtaatgaaactattgatgataaaacaaaatgtcttcacaacttggtgccagtgagaa 1046933  T
Q  314 aggccttcaaaggcactttcctggctgcaggaggttacgaccgaaatgatgggatcaatgccatagctgaaaataggacagaccttgttgtatatggtcg 413  Q
    |||| ||||| ||||||||| ||| | | ||| | || ||  ||   || ||||||||||| |||||||||||||||  ||| |||||||  || |  ||    
T  1046934 aggctttcaatggcactttcatggttaccggaagctatgaaagactagacgggatcaatgctatagctgaaaatagggtagatcttgttgcttacgaccg 1047033  T
Q  414 tttgttcttagctaatccagatttgccgaagagatttgcacttgatgctcctctaaacaagtataacagggcgacattctacacttcagatccagttata 513  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| | || |||||||| |||||| ||||||||| |     
T  1047034 tttattcatagctaatccagatttgccaaagagatttgcacttaatgctcccctaaacaagtataatatggagacattctgcacttctgatccagttctt 1047133  T
Q  514 ggttatactgactacccttttcttgaatgaagaaac 549  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  1047134 ggttataccgactacccttttcttgaatgaataaac 1047169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 54; Significance: 1e-21; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 23 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 44171377 - 44171260
Alignment:
Q  23 aagtgaacgacagaacagatgaatatggtggatcccttgagaaccgttgtcggattgttttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagataggtgcaga 122  Q
    ||||||| | || |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| || |||  ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||    
T  44171377 aagtgaatggcaaaacagatgaatatggtggatccctagagaaccgatgttggtttggattggaagttgttgaagctgttgtgaatgagataggagcaga 44171278  T
Q  123 tagaactggaattagatt 140  Q
     | |  ||||||||||||    
T  44171277 aaaagttggaattagatt 44171260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 23 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 44191673 - 44191556
Alignment:
Q  23 aagtgaacgacagaacagatgaatatggtggatcccttgagaaccgttgtcggattgttttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagataggtgcaga 122  Q
    ||||||| | || |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| || |||  ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||    
T  44191673 aagtgaatggcaaaacagatgaatatggtggatccctagagaaccgatgttggtttggattggaagttgttgaagctgttgtgaatgagataggagcaga 44191574  T
Q  123 tagaactggaattagatt 140  Q
     | |  ||||||||||||    
T  44191573 aaaagttggaattagatt 44191556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 392 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 12121399 - 12121338
Alignment:
Q  392 cagaccttgttgtatatggtcgtttgttcttagctaatccagatttgccgaagagatttgca 453  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  12121399 cagatcttgttgtttatggtcgtttgttcttagctaatccagatttgccaatgagatttgca 12121338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 48; Significance: 4e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 370 - 453
Target Start/End: Original strand, 65854 - 65937
Alignment:
Q  370 aatgccatagctgaaaataggacagaccttgttgtatatggtcgtttgttcttagctaatccagatttgccgaagagatttgca 453  Q
    ||||| ||||| ||||||| | |||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  65854 aatgctatagcagaaaataaggcagatcttgttgtttatggtcgttcgttcttagctaatccaaatttgccaaagagatttgca 65937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University