View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18248_high_1 (Length: 527)

Name: NF18248_high_1
Description: NF18248
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18248_high_1
NF18248_high_1
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (16-527)||(28385987-28386498)
chr5 (20-527)||(12541339-12541843)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (128-527)||(13440962-13441370)
chr2 (128-527)||(13449125-13449533)
chr2 (211-527)||(13462229-13462554)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (128-527)||(3416545-3416953)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (392-527)||(12482470-12482605)
chr6 (396-525)||(12589204-12589333)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (392-527)||(48959176-48959311)
chr4 (386-525)||(48963312-48963451)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (365-455)||(12640568-12640658)
[»] scaffold0536 (1 HSPs)
scaffold0536 (398-504)||(530-636)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 488; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 488; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 527
Target Start/End: Original strand, 28385987 - 28386498
Alignment:
16 atatgaacttgaatctgaatcagcatcagcatctgtatgaagtaaattgtttgttcgaagggaatgaaagatcgagacagcaaagagagacgatccatta 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
28385987 atatgaacttgaatctgaatcagcatcagcatctgtatgaagtaaattgtttgttcgaagagaatgaaagatcgagacagcaaagagagacgatccatta 28386086  T
116 aacgttagattcgggatttgaagcttgtgggccaagtcattagcccatgagaatgcggaatcagcaataatacaatccggtggattcttctcaacgaaat 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
28386087 aacgttagattcgggatttgaagcttgtgggccaagtcattagcccatgagaatgcggagtcagcaataatacaatccggtggattcttctcaacgaaat 28386186  T
216 ccccaaccggttcattgaggagcattgcgccattatggatcttccaagtggtgatagggtcaatggtggaggtcatagactcaacgcctttagggaggtc 315  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
28386187 ccccaaccgcttcattgaggagcattgcgccattatggatcttccaagtggtgatagggtcagtggtggaggtcatagactcaacgcctttagggaggtc 28386286  T
316 gacttgttgataggggaattcaacggtgtgaaggcggagggcggcagatgagagagttttagtaagggattgggcattggagggagtggtgatgattgtg 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
28386287 gacttgttgataggggaattcaacggtgtgaaggcggagggcggcagatgagagagttttagtaagggattgggcattggagggagtggtgatgattgtg 28386386  T
416 acatgttggccacgtgatgcaaacaaagttgctatatcacaaagtggcatcatgtgtccagatgctggatacggaatgaagtaaagtttcaatggtcttt 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
28386387 acatgttggccacgtgatgcaaacaaagttgctatatcacaaagtggcatcatatgtccagatgctggatacggaatgaagtgaagtttcaatggtcttt 28386486  T
516 caacttcaacac 527  Q
    ||||||||||||    
28386487 caacttcaacac 28386498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 5e-79
Query Start/End: Original strand, 20 - 527
Target Start/End: Original strand, 12541339 - 12541843
Alignment:
20 gaacttgaatctgaatcagcatcagcatctgtatgaagtaaattgtttgttcgaagggaatgaaagatcgagacagcaaagagagacgatccattaaacg 119  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| ||  |||||||| ||||||||| ||| |||||| |  | ||  ||||||||||| ||||| |||||||| || |    
12541339 gaacttgaatccgaatcagaatcagaattggtatgaagcaaattgttttttctaagggattccatgagggagacagcaaaaagagaggatccattgaatg 12541438  T
120 ttagattcgggatttgaagcttgtgggccaagtcattagcccatgagaatgcggaatcagcaataatacaatccggtggattcttctcaacgaaatcccc 219  Q
    | | ||| || | ||| |||||  | |||||||||||| |||||||| | |  || || ||||| |||||||| |||||||| ||| |||| |||||  |    
12541439 tgaaattgggtacttgtagcttacgagccaagtcattaccccatgagtaagaagagtcggcaatgatacaatcaggtggattattcacaacaaaatcatc 12541538  T
220 aaccggttcattgaggagcattgcgccattatggatcttccaagtggtgatagggtcaatggtggaggtcatagactcaacgcctttagggaggtcgact 319  Q
    ||  ||| ||| |||||||||||| ||||| || || ||||||| ||| || |||||| ||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||    
12541539 aatgggtccatggaggagcattgcaccattgtgaattttccaagaggtaatggggtcagtggtggaggacatagattcaatgcctttagggaggtcgact 12541638  T
320 tgttgataggggaattcaacggtgtgaaggcggagggcggcagatgagagagttttagtaagggattgggcattggagggagtggtgatgattgtgacat 419  Q
    ||||   ||||||| || || |||||||||  ||||  ||   ||| ||||| ||| ||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||| |    
12541639 tgttcggaggggaagtcgacagtgtgaagggtgaggatgg---atgggagagatttggtaagggtttcaacattggagggagtggtgatgattgtgactt 12541735  T
420 gttggccacgtgatgcaaacaaagttgctatatcacaaagtggcatcatgtgtccagatgctggatacggaatgaagtaaagtttcaatggtctttcaac 519  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||  ||| |||||||||| || ||| |||||||  |||||    
12541736 gttggccatgtgatgcaaacaaagttgctatatcacaaagagggatcatatgtccagatgctaaatatggaatgaagtgaatttttaatggtcgatcaac 12541835  T
520 ttcaacac 527  Q
    ||||||||    
12541836 ttcaacac 12541843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 133; Significance: 6e-69; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 128 - 527
Target Start/End: Original strand, 13440962 - 13441370
Alignment:
128 gggatttgaagcttgtgggccaagtcattagcccatgagaatgcggaatcagcaataatacaatccggtggattcttctcaacgaaatccccaaccggtt 227  Q
    ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||| | ||||||| || |  || |||||||| |||||||  ||||| | ||||||| |||  | |     
13440962 gggatctgaagcttatgcgccaagtcattagcccatgggtatgcggagtcggagatgatacaatctggtggatctttctccatgaaatcctcaatggatc 13441061  T
228 cattgaggagcattgcgccattatggatcttccaagtggtgatagggtcaatggtggaggtcatagactcaacgcctttagggaggtcgacttgttgata 327  Q
    ||| ||||||||||||||||   ||||||||||||| ||| |||| |||| ||||||| | |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||  |    
13441062 catggaggagcattgcgccacggtggatcttccaagaggtcatagagtcagtggtggaagacatagattcaatgccttcagggaggtcgacttgttggga 13441161  T
328 ggggaattcaacggtgtgaaggcggagg---------gcggcagatgagagagttttagtaagggattgggcattggagggagtggtgatgattgtgaca 418  Q
    ||| || || |||||||| | |||||||         || || |||||||||| ||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||     
13441162 gggaaagtcgacggtgtggaagcggaggaagaaggaagccgcggatgagagagatttggttagggattgagcgttggagggagtggtgatgattgtgact 13441261  T
419 tgttggccacgtgatgcaaacaaagttgctatatcacaaagtggcatcatgtgtccagatgctggatacggaatgaagtaaagtttcaatggtctttcaa 518  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||| |||| |||||||||| || ||||| ||||| ||| |    
13441262 tgttggccacgggatgcaaacatagttgctatgtcacaaagagggatcatatgtccagatgctagatatggaatgaagtgaattttcagtggtcgttcca 13441361  T
519 cttcaacac 527  Q
    |||||||||    
13441362 cttcaacac 13441370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 128 - 527
Target Start/End: Original strand, 13449125 - 13449533
Alignment:
128 gggatttgaagcttgtgggccaagtcattagcccatgagaatgcggaatcagcaataatacaatccggtggattcttctcaacgaaatccccaaccggtt 227  Q
    ||||| |||| ||| | ||||||||||||| |||||| | | | ||| || |  || ||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||  ||||    
13449125 gggatctgaaacttatcggccaagtcattaacccatgggtacgtggagtcggagatgatacaatccggtggatcattctcaatgaaatccccaataggtt 13449224  T
228 cattgaggagcattgcgccattatggatcttccaagtggtgatagggtcaatggtggaggtcatagactcaacgcctttagggaggtcgacttgttgata 327  Q
    | || |||||||| |||||| |||||||||||||||||||| | |||||  | || || | |||||| ||||  |||| ||||||| ||||||||||  |    
13449225 ctttaaggagcatcgcgccagtatggatcttccaagtggtggtggggtccgtagttgaagacatagattcaataccttcagggaggccgacttgttggga 13449324  T
328 ggggaattcaacggtgtgaaggcggagg---------gcggcagatgagagagttttagtaagggattgggcattggagggagtggtgatgattgtgaca 418  Q
    |||||| |||||||||||||| || |||         ||| | |||||||||| ||| ||||||||||  || |||| |||||||||||||| ||| ||     
13449325 ggggaagtcaacggtgtgaagacgaaggaatgaaggagcgtcggatgagagagatttggtaagggattttgcgttggcgggagtggtgatgactgttact 13449424  T
419 tgttggccacgtgatgcaaacaaagttgctatatcacaaagtggcatcatgtgtccagatgctggatacggaatgaagtaaagtttcaatggtctttcaa 518  Q
    || |||||||| |||||||||| ||||||||| ||| |||| || ||||| |||||||||||  || | ||||||||||||| ||||||||||  |||||    
13449425 tgctggccacgggatgcaaacatagttgctatgtcaaaaagagggatcatatgtccagatgcaagaaatggaatgaagtaaactttcaatggttgttcaa 13449524  T
519 cttcaacac 527  Q
    |||||||||    
13449525 cttcaacac 13449533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 211 - 527
Target Start/End: Original strand, 13462229 - 13462554
Alignment:
211 gaaatccccaaccggttcattgaggagcattgcgccattatggatcttccaagtggtgatagggtcaatggtggaggtcatagactcaacgcctttaggg 310  Q
    ||||||| |||  ||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||| | | |||  ||||||| | |||||| |||| ||| | |||     
13462229 gaaatcctcaatgggtccatggaggagcattgcgccatgatggatcttccaagatgtggtggagtcggtggtggaagacatagattcaatgccatcagga 13462328  T
311 aggtcgacttgttgataggggaattcaacggtgtgaaggcggagg---------gcggcagatgagagagttttagtaagggattgggcattggagggag 401  Q
    ||| | ||||||||  |||||||||| | |||||||| ||| |||         ||||| |||||||||| ||| |||||||||||| | ||||||||||    
13462329 aggccaacttgttgggaggggaattcgatggtgtgaaagcgaaggagggagggagcggcggatgagagagatttggtaagggattggacgttggagggag 13462428  T
402 tggtgatgattgtgacatgttggccacgtgatgcaaacaaagttgctatatcacaaagtggcatcatgtgtccagatgctggatacggaatgaagtaaag 501  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||| | ||||||| ||| |||| || ||||| |||||||||||| |||| ||||||||||  ||    
13462429 tggtgatgactgtgacgtgttggccacgggatgcaaacataattgctatgtcaaaaagagggatcatatgtccagatgctagatatggaatgaagtgcag 13462528  T
502 tttcaatggtctttcaacttcaacac 527  Q
    ||||| ||||  ||||||||| ||||    
13462529 tttcagtggttgttcaacttctacac 13462554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 113; Significance: 5e-57; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 128 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 3416953 - 3416545
Alignment:
128 gggatttgaagcttgtgggccaagtcattagcccatgagaatgcggaatcagcaataatacaatccggtggattcttctcaacgaaatccccaaccggtt 227  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| | |||| || || |  || |||||||| |||||||  || | || ||||||| |||  |||     
3416953 gggatttgaagcttctgggccaagtcattaacccatgggtatgcagagtcggagatgatacaatctggtggatcgtttttaatgaaatcctcaatgggtc 3416854  T
228 cattgaggagcattgcgccattatggatcttccaagtggtgatagggtcaatggtggaggtcatagactcaacgcctttagggaggtcgacttgttgata 327  Q
     || |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||   ||||  |||||||||  ||||| |||| ||||| ||||||||| | ||||||| |    
3416853 gatggaggagcattgcgccattgttgatcttccaagtggtgacgaggtcggtggtggaggatatagattcaatgccttcagggaggtccatttgttgaaa 3416754  T
328 ggggaattcaacggtgtgaaggcggagg---------gcggcagatgagagagttttagtaagggattgggcattggagggagtggtgatgattgtgaca 418  Q
    ||| || || ||||||||||||||||||         |||||| | || |||| ||| |||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
3416753 gggaaagtcgacggtgtgaaggcggaggaagaagggagcggcataagaaagagattttgtaagaaatttggcattggagggagtggtgatgattgtgaca 3416654  T
419 tgttggccacgtgatgcaaacaaagttgctatatcacaaagtggcatcatgtgtccagatgctggatacggaatgaagtaaagtttcaatggtctttcaa 518  Q
    ||||||||| | |||||||||| || |||||||||| |||| || ||||| || | ||||||  |||| |||||||||| || ||||| ||||| ||| |    
3416653 tgttggccatgggatgcaaacatagctgctatatcagaaagagggatcatatggctagatgcaagataaggaatgaagtgaattttcagtggtcgttcta 3416554  T
519 cttcaacac 527  Q
    |||||||||    
3416553 cttcaacac 3416545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 64; Significance: 1e-27; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 392 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 12482605 - 12482470
Alignment:
392 ttggagggagtggtgatgattgtgacatgttggccacgtgatgcaaacaaagttgctatatcacaaagtggcatcatgtgtccagatgctggatacggaa 491  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| || |  || |  || ||||| || |||| ||||||| | ||||    
12482605 ttggaaggagtggtgatgattgtgacatgatggccacgtgatgcaaacagagttgcaatcttgcacatagggatcatatgcccaggtgctggaaatggaa 12482506  T
492 tgaagtaaagtttcaatggtctttcaacttcaacac 527  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
12482505 tgaagtgaagtttcaatggtcgttcaacttcaacac 12482470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 396 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 12589333 - 12589204
Alignment:
396 agggagtggtgatgattgtgacatgttggccacgtgatgcaaacaaagttgctatatcacaaagtggcatcatgtgtccagatgctggatacggaatgaa 495  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||  ||||| || ||||| || || ||||| || |||| || | |||| ||||||||    
12589333 agggagtggtggtgattgtgacttgttggccacgggatgcaaacagggttgcaatgtcacatagagggatcatatgcccaggtgatagatatggaatgaa 12589234  T
496 gtaaagtttcaatggtctttcaacttcaac 525  Q
    || |||||| ||||||  ||||| ||||||    
12589233 gtgaagttttaatggttgttcaatttcaac 12589204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 64; Significance: 1e-27; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 392 - 527
Target Start/End: Original strand, 48959176 - 48959311
Alignment:
392 ttggagggagtggtgatgattgtgacatgttggccacgtgatgcaaacaaagttgctatatcacaaagtggcatcatgtgtccagatgctggatacggaa 491  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | |||||||||| ||||||||| ||||| |  || ||||| || |||| ||||||||| ||||    
48959176 ttggagggagtggtgatgattgtcacttgttggccatgggatgcaaacagagttgctatgtcacacatggggatcatatgcccaggtgctggatatggaa 48959275  T
492 tgaagtaaagtttcaatggtctttcaacttcaacac 527  Q
    |||||| ||||||||  ||||| |||||||||||||    
48959276 tgaagtgaagtttcataggtctatcaacttcaacac 48959311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 386 - 525
Target Start/End: Original strand, 48963312 - 48963451
Alignment:
386 tgggcattggagggagtggtgatgattgtgacatgttggccacgtgatgcaaacaaagttgctatatcacaaagtggcatcatgtgtccagatgctggat 485  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| || |||||| ||||  |  || ||||| || |||| |||  |||    
48963312 tgggcgttggagggagtggtgatgattgtgacttgttggccacgggacgcaaacagagctgctatgtcacccaaaggaatcatatgaccaggtgcaagat 48963411  T
486 acggaatgaagtaaagtttcaatggtctttcaacttcaac 525  Q
    | |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
48963412 atggaatgaagtgaagtttcaatggtcgttcaacttcaac 48963451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 365 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 12640658 - 12640568
Alignment:
365 gagagagttttagtaagggattgggcattggagggagtggtgatgattgtgacatgttggccacgtgatgcaaacaaagttgctatatcac 455  Q
    ||||||| ||| |||| | | ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||| |||||| ||||    
12640658 gagagagatttggtaaagaaatgggcgttggagggagtggtgatgatcgtgacttgttggccatgggatgcaaacaaagctgctatgtcac 12640568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0536
Description:

Target: scaffold0536; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 398 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 636 - 530
Alignment:
398 ggagtggtgatgattgtgacatgttggccacgtgatgcaaacaaagttgctatatcacaaagtggcatcatgtgtccagatgctggatacggaatgaagt 497  Q
    ||||||||||||||| | |||   ||||||||||| ||||| | ||  || || |||||||| || |||||||| || | |||| |||| ||||||||||    
636 ggagtggtgatgattttaacaaagtggccacgtgaagcaaagagagaggcaatgtcacaaagagggatcatgtgacctgctgctagatatggaatgaagt 537  T
498 aaagttt 504  Q
    |||||||    
536 aaagttt 530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University