View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18252_low_1 (Length: 741)

Name: NF18252_low_1
Description: NF18252
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18252_low_1
NF18252_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (14-723)||(6351924-6352631)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 634; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 634; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 723
Target Start/End: Original strand, 6351924 - 6352631
Alignment:
Q  14 aagaatatacaaaggtgtagctaaaatgtgatggctcaggagtagggctccgtaattttgtgtgaattacttcaaataatttagaatgaatagtaatgga 113  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6351924 aagaatatacaaaggtgtaactaaaatgtgatggctcaggagtagggctccgtaattttgtgtgaattacttcaaataatttagaatgaatagtaatgga 6352023  T
Q  114 aagtggagtatgtaatcgatgtgatttaccaacacagcaagaattacaaaaaccataaagttctttactagcaattggtatattacagatggaaattaca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6352024 aagtggagtatgtaatcgatgtgatttaccaacacagcaagaattacaaaaaccataaagttctttactagcaattggtatattacagatggaaattaca 6352123  T
Q  214 tttttgacaaattgaccattagcatggcctagctagcataccaaatggatttacttgataccaaagtagaatcatatgttgcattttattacaaatgaca 313  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  6352124 tttttgacaa-ttgaccattagcatggcctagctagcataccaaatggatttacttgataccaaagtagaatcatagtttgcattttattacaaatgaca 6352222  T
Q  314 gaattattatttgacgtaacgcctaaagtataaggagatgaatgcactgagagcttagtcacatggcaggaagatcctttgataacattgagatgtgaga 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6352223 gaattattatttgacgtaacgcctaaagtataaggagatgaatgcagtgagagcttagtcacatggcaggaagatcctttgataacattgagatgtgaga 6352322  T
Q  414 agtatacaagccattgcacctagggatccacgagtgtttgctttgtggcgtgtgatttcacaaacacactgcattattcttagcaaatttagacattgac 513  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6352323 agtatacaagccattgcacctagggatccacgagcgcttgctttgttgcgtgtgatttcacaaacacactgcattattcttagcaaatttagacattgac 6352422  T
Q  514 atcaaatttttggtaaaagaagcaacatgaagataaagaagttgatttaaataacacagaaatatnnnnnnnnttaaatcgaggctttaattgcggtgat 613  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||| ||    
T  6352423 atcaaatttttggtaaaagaagcaacatgaagataaagaagttgatttaaataacacagaaatataaaaaaaattaaatcgaggctttaattgcggtcat 6352522  T
Q  614 agactgcaatttaaaaccatgttgaggtctacttcatttgctttgcggttggcgtcgcatgtagtagctgtaagcctgataaaggatagtcaccacagca 713  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6352523 -gactgcaatttaaaaccatgttgaggtctacttcatttgctttgcgggtggcgtcgcatgtagtagctgtaagcctgataaaggatagtcaccacagca 6352621  T
Q  714 acaacaaatc 723  Q
    ||||||||||    
T  6352622 acaacaaatc 6352631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University