View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18255_high_2 (Length: 818)

Name: NF18255_high_2
Description: NF18255
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18255_high_2
NF18255_high_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-802)||(46897319-46898120)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 745; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 745; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 802
Target Start/End: Complemental strand, 46898120 - 46897319
Alignment:
Q  1 ttggagagtgatgaagttatcattacaaactattcctcatcaatgtttagatttgatgggcgatgagagacgttactattatcaaggccttacgaattag 100  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  46898120 ttggaaagtgatgaagttatcgttacaaactattcctcatcaatgtttagatttgatgggcgatgagagacgttactattgtcaaggccttacgaattag 46898021  T
Q  101 ggaggatcaaaggttgtggtttagttccatatggtagatcatttgaggagcgggacttgagataatgacgaattataggccttgggtcagtccaaaatat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46898020 ggaggatcaaaggttgtggtttagttccatatggtagatcatttgagaagcggggcttgagataatgacgaattataggccttgggtcagtccaaaatat 46897921  T
Q  201 cttacttttgaagaattgtagagacaaatatatcgaggtaacttcaannnnnnnaaagaaccaatcgcttctctaacatatattttttatttgcatggcc 300  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46897920 cctacttttgaagaattgtagagacaaatatatcgaggtaacttcaatttttttaaagaactaatcgcttctctaacatatattttttatttgcatggcc 46897821  T
Q  301 aaaattgatgagatagtgtgtagttgactgaattagaggaataaaataattgacattagtacgtattgtacgggttaaacatcgatcacctgagcaatta 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46897820 aaaattgatgagatagtgtgtagttgactgaattagaggaataaaataattgacattagtacgtattgtacgggttaaacatcgatcacctgagcaatta 46897721  T
Q  401 aacaagaaaaactatttgaattggtgaagctgcctttacttacttatcatatcctttcctctatcatcacaaaagttgttgagcttttatttcttgtggt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46897720 aacaagaaaaactatttgaattggtgaagctgcctttacttacttatcatatcctttcctctatcatcacaaaagttgttgagcttttatttcttgtggt 46897621  T
Q  501 taatagtttaagtttcctatttaggaaagatcttgatttgaaattaaaaaagacatcacatggtaccgttgaatgacaacatgtcaaagatcagtagaat 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  46897620 taatagtttaagtttcctatttaggaaagatcttgatttgaaattaaaaaagacatcacatggtaccgttgaatgataacatgtcaaagatcagtagaat 46897521  T
Q  601 tggctacgtgccatgtaggtcaagtcccttttcattattatattttttcaattgtaaagattatgtcaataacaatagagattgatttttctataaagat 700  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46897520 tggctacgtgccatgtaggtcaagtcccttttcattattatattttttcaattgtaaagagtatgtcaataacaatagagattgatttttctataaagat 46897421  T
Q  701 tatcattatctaaattgacatgtattcaaatgttattgggctgcgccagccaattcgatctcttagacctcagtgatatagttcttgtcttctggtattt 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46897420 tatcattatctaaattgacatgtattcaaatgttattgggctgcgccagccaattcgatctcttagacctcagtgatatagttcttgtcttctggtattt 46897321  T
Q  801 tc 802  Q
    ||    
T  46897320 tc 46897319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University