View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18258_high_4 (Length: 483)

Name: NF18258_high_4
Description: NF18258
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18258_high_4
NF18258_high_4
[»] chr2 (16 HSPs)
chr2 (46-206)||(35348229-35348389)
chr2 (25-206)||(35343520-35343698)
chr2 (25-202)||(35355589-35355763)
chr2 (325-478)||(35348491-35348644)
chr2 (45-197)||(35345987-35346139)
chr2 (53-206)||(35371482-35371644)
chr2 (53-185)||(35374296-35374428)
chr2 (47-187)||(35364256-35364396)
chr2 (316-428)||(35343846-35343958)
chr2 (51-202)||(35368116-35368267)
chr2 (206-272)||(35348424-35348490)
chr2 (123-198)||(35351004-35351079)
chr2 (215-275)||(35371372-35371432)
chr2 (124-202)||(35340577-35340656)
chr2 (129-202)||(35335492-35335565)
chr2 (223-277)||(35355370-35355425)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (49-175)||(9060332-9060458)
chr4 (115-175)||(9063694-9063754)
chr4 (49-175)||(9072697-9072820)
chr4 (49-184)||(9077320-9077454)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 141; Significance: 1e-73; HSPs: 16)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 46 - 206
Target Start/End: Original strand, 35348229 - 35348389
Alignment:
Q  46 aacggtgattggtttggttatacatgtgtatcttgcattgaagaagataatcgcaatggagatcgagactcatgcaaggaaggtgatgatgacgatgaca 145  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  35348229 aacggtgattggtttggttatacaagtgtatcttgcattaaagaagataatcgcaatggagatcgagactcatgcaaggaaggtgatgatgacgatgatg 35348328  T
Q  146 gtggttacgactatgctcccgctgcctaaaactctaatgtgttaacttacattagtcttct 206  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35348329 gtggttacgactatgctcccactgcctaaaactctaatgtgttaacttacattagtcttct 35348389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 25 - 206
Target Start/End: Original strand, 35343520 - 35343698
Alignment:
Q  25 catggatatggtgaaggtaacaacggtgattggtttggttatacatgtgtatcttgcattgaagaagataatcgcaatggagatcgagactcatgcaagg 124  Q
    |||||||||||||||||||||   ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  35343520 catggatatggtgaaggtaac---ggtgattggattagttatacatgtgtatcttgcattgaagaaaattatcacaatggagatcgagactcatgcaaag 35343616  T
Q  125 aaggtgatgatgacgatgacagtggttacgactatgctcccgctgcctaaaactctaatgtgttaacttacattagtcttct 206  Q
    |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  35343617 aaggcgatgatgacgatgatggtggttacgactatgctccagccgcctaaaacactaatgtgttaacttacattagtcttct 35343698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 25 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 35355763 - 35355589
Alignment:
Q  25 catggatatggtgaaggtaacaacggtgattggtttggttatacatgtgtatcttgcattgaagaagataatcgcaatggagatcgagactcatgcaagg 124  Q
    |||||||||| |||||||||    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | || ||    
T  35355763 catggatatgatgaaggtaat---ggtgattggtttggttatacatatgtatcttgcattgaagaagattatcgcaatggagatcgagactcttacatgg 35355667  T
Q  125 aaggtgatgatgacgatgacagtggttacgactatgctcccgctgcctaaaactctaatgtgttaacttacattagtc 202  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  35355666 aaggcgatgatgacgatgacggtggttatgactatgctcctgctgcctaaaactctaatgtgttaacttacataagtc 35355589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 325 - 478
Target Start/End: Original strand, 35348491 - 35348644
Alignment:
Q  325 aaagagtgttaagttttgaacaatgatacttggcacgaaaacaatttcgcacaaaacacacgagttagtgtgtagcccagttaggttccattttaattct 424  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||    
T  35348491 aaagagtgttaagttttgaacaatgatacttggcacgacaagaatctcgcacaaaacacacgagttagtatgtagcacacttaggttccattttaattct 35348590  T
Q  425 aacttaaaataactcgcctcaagcaatgataggattcgcgacatctgtgctgct 478  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||| ||||    
T  35348591 aactcaaaataactcgcctcaagcaataataggatttgcgatatctgtggtgct 35348644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 45 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 35346139 - 35345987
Alignment:
Q  45 caacggtgattggtttggttatacatgtgtatcttgcattgaagaagataatcgcaatggagatcgagactcatgcaaggaaggtgatgatgacgatgac 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||| |||||||||| |||| ||| || | ||||||||| ||||||||||||||     
T  35346139 caacggtgattggtttggttatacatctgtatcttgtattgtagaagattatcgcaatggggatcaagattcttacaaggaaggcgatgatgacgatgat 35346040  T
Q  145 agtggttacgactatgctcccgctgcctaaaactctaatgtgttaacttacat 197  Q
     ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  35346039 ggtggttatgactatgctcccgctgcgtaaaactctaatgtgttaacttacat 35345987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 53 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 35371644 - 35371482
Alignment:
Q  53 attggtttggttatacatgtgtatcttgcattgaagaagataatcgcaatggagatcgagactcatgcaaggaagg---------tgatgatgacgatga 143  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||         ||| || ||||| ||    
T  35371644 attggtttgattatacaagtgtatcttgcattgaagaagattaccgcaatggagatcgagactcatgcaaggaaggcgacgacgatgacgacgacgacga 35371545  T
Q  144 cagtggttacgactatgctcccgctgcctaaaactctaatgtgttaacttacattagtcttct 206  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35371544 cggtggttatgactatgctcccgctgcctaaaactctaatgtgttaacttacattagtcttct 35371482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 53 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 35374428 - 35374296
Alignment:
Q  53 attggtttggttatacatgtgtatcttgcattgaagaagataatcgcaatggagatcgagactcatgcaaggaaggtgatgatgacgatgacagtggtta 152  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||  || ||||| ||||| || | | ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  35374428 attggtttgattatacaagtgtatcttgcattgaagaagattatcataacggagaccgagattcttaccaggaaggtgatgatgacgatgacggtggtta 35374329  T
Q  153 cgactatgctcccgctgcctaaaactctaatgt 185  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35374328 tgactatgctcccgctgcataaaactctaatgt 35374296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 47 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 35364396 - 35364256
Alignment:
Q  47 acggtgattggtttggttatacatgtgtatcttgcattgaagaagataatcgcaatggagatcgagactcatgcaaggaaggtgatgatgacgatgacag 146  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  ||| || |||||| | | || || |||||| ||||| ||||||||| |    
T  35364396 acggtgattggttcggttatacgtgtgtatcttgcattgaagaagattataccaacggggatcgaaatttatacagggaaggcgatgacgacgatgacgg 35364297  T
Q  147 tggttacgactatgctcccgctgcctaaaactctaatgtgt 187  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  35364296 tggttatgactatgctcccgctgcataaaactctaatgtgt 35364256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 316 - 428
Target Start/End: Original strand, 35343846 - 35343958
Alignment:
Q  316 atcaatacgaaagagtgttaagttttgaacaatgatacttggcacgaaaacaatttcgcacaaaacacacgagttagtgtgtagcccagttaggttccat 415  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||| |||||| ||   | |||||||    
T  35343846 atcaatacaaaagagtgttaagttttgaataatgatacttggcacaaaaataatttcgcgtaaaacacacgagttagtatgtagctcacacatgttccat 35343945  T
Q  416 tttaattctaact 428  Q
    |||||||| ||||    
T  35343946 tttaattccaact 35343958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 51 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 35368267 - 35368116
Alignment:
Q  51 tgattggtttggttatacatgtgtatcttgcattgaagaagataatcgcaatggagatcgagactcatgcaaggaaggtgatgatgacgatgacagtggt 150  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||| |||  ||    ||||  || || |    |||||| ||||| ||||||||| |||||    
T  35368267 tgattggtttggttgtacatctgtatcttgtattgaagaagattatcataacacggatcatgattcttattgggaaggcgatgacgacgatgacggtggt 35368168  T
Q  151 tacgactatgctcccgctgcctaaaactctaatgtgttaacttacattagtc 202  Q
    || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35368167 tatgactatgctcccgctgcataaaactctaatgtgttaacttacattagtc 35368116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 206 - 272
Target Start/End: Original strand, 35348424 - 35348490
Alignment:
Q  206 tcgtttattgttcgaatttagtacttaactattagtttgttagtgcctgtaaataggctggatgtca 272  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  35348424 tcgtttattgttcgaatttagtacttaactatttgtttgttagtgcctgtaaataggctcgatgtca 35348490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 123 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 35351079 - 35351004
Alignment:
Q  123 ggaaggtgatgatgacgatgacagtggttacgactatgctcccgctgcctaaaactctaatgtgttaacttacatt 198  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||    
T  35351079 ggaaggtgatgatgacgatgatggtggttatgactacgctcccgctgcataagactctaatgtgctaacttacatt 35351004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 215 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 35371432 - 35371372
Alignment:
Q  215 gttcgaatttagtacttaactattagtttgttagtgcctgtaaataggctggatgtcatta 275  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||| ||||||||||    
T  35371432 gttcgaaattagtacttaactattagtttgttattgcttataaataggctagatgtcatta 35371372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 124 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 35340656 - 35340577
Alignment:
Q  124 gaaggtgatgatgacgatgacagtggttacgactatgctcccgctgcct-aaaactctaatgtgttaacttacattagtc 202  Q
    ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||| ||||| | ||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  35340656 gaaggtgatgatgacgacgatggtggttatgactatgctccagctgcataaaaactctaatgtgtgaacttatattagtc 35340577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 129 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 35335565 - 35335492
Alignment:
Q  129 tgatgatgacgatgacagtggttacgactatgctcccgctgcctaaaactctaatgtgttaacttacattagtc 202  Q
    ||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||    |||||||||||||||||||||||    
T  35335565 tgatgatgatgacgacggtggttatgactatgctcccgctgcataaagtagtaatgtgttaacttacattagtc 35335492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 223 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 35355425 - 35355370
Alignment:
Q  223 ttagtacttaactattagtttgttagtgcct-gtaaataggctggatgtcattata 277  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| ||||||||||||    
T  35355425 ttagtacttaactattagtttgttagtgcctatttaataggctcgatgtcattata 35355370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 49 - 175
Target Start/End: Original strand, 9060332 - 9060458
Alignment:
Q  49 ggtgattggtttggttatacatgtgtatcttgcattgaagaagataatcgcaatggagatcgagactcatgcaaggaaggtgatgatgacgatgacagtg 148  Q
    ||||| |||||| ||||| ||| ||||  |||||||||| ||||||||| || ||||||   ||| |||| || |||||||||||||||||||||  |||    
T  9060332 ggtgaatggttttgttatgcatctgtaggttgcattgaacaagataatcacattggagaagaagattcatacagggaaggtgatgatgacgatgatggtg 9060431  T
Q  149 gttacgactatgctcccgctgcctaaa 175  Q
    | || || |||||||||||||| ||||    
T  9060432 gatatgattatgctcccgctgcttaaa 9060458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 115 - 175
Target Start/End: Original strand, 9063694 - 9063754
Alignment:
Q  115 tcatgcaaggaaggtgatgatgacgatgacagtggttacgactatgctcccgctgcctaaa 175  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  9063694 tcatacaaggaaggtgatgatgacgatgatggtggttatgactatgctcccgctgcttaaa 9063754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 49 - 175
Target Start/End: Original strand, 9072697 - 9072820
Alignment:
Q  49 ggtgattggtttggttatacatgtgtatcttgcattgaagaagataatcgcaatggagatcgagactcatgcaaggaaggtgatgatgacgatgacagtg 148  Q
    ||||| |||||||||||| ||| |||| |||||||||||||   | ||| || |||||||   || |||| ||||||||||||||||||||||||  |||    
T  9072697 ggtgaatggtttggttatgcatctgtagcttgcattgaaga---ttatcacattggagatgtggattcatacaaggaaggtgatgatgacgatgatggtg 9072793  T
Q  149 gttacgactatgctcccgctgcctaaa 175  Q
    | || ||||||||||| ||||| ||||    
T  9072794 gctatgactatgctcctgctgcttaaa 9072820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 49 - 184
Target Start/End: Original strand, 9077320 - 9077454
Alignment:
Q  49 ggtgattggtttggttatacatgtgtatcttgcattgaagaagataatcgcaatggagatcgagactcatgcaaggaaggtgatgatgacgatgacagtg 148  Q
    ||||| |||||||||| | ||| ||||||||||| ||| |||||| | | || |||||||  ||| |||| || |||||||||||||||||| ||  |||    
T  9077320 ggtgaatggtttggttttgcatctgtatcttgcaatgatgaagattaccacactggagatgtagattcatacagggaaggtgatgatgacgacgatggtg 9077419  T
Q  149 gttacgactatgctcccgctgcctaaaactctaatg 184  Q
     ||| || ||||||||||| | || |||||||||||    
T  9077420 attatgattatgctcccgccg-cttaaactctaatg 9077454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University