View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18261_low_1 (Length: 825)

Name: NF18261_low_1
Description: NF18261
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18261_low_1
NF18261_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (16-806)||(45745973-45746763)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 755; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 755; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 806
Target Start/End: Complemental strand, 45746763 - 45745973
Alignment:
Q  16 atgaaggtgaatgttaaatatcatgttccattttcttttaaaaatctgcactcgcgatctgagttgtggcattaaggtttttaatgtctccacaacaagg 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45746763 atgaaggtgaatgttaaatatcatgttccattttcttttaaaaatctgcagtcgcgatctgagttgcggcattaaggtttttaatgtctccacaacaagg 45746664  T
Q  116 ttgcctaagctgcttttgtttgtgattctccataatatcaaagattacaaatttgatttaaaaacttgttaaacacaacagttattgcatttgtattaat 215  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45746663 ttgcctaagccgcttttgtttgtgattctccataatatcaaagattacaaatgtgatttaaaaacttgttaaacacaacagttattgcatttgtattaat 45746564  T
Q  216 atagatactgtaatttgtaacaattaactgactttgtttttgttgaatcagactcaactggaaaggcatgagaacataatgcttaggcaggaaaatgaca 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45746563 atagatactgtaatttgtaacaattaactgactttgtttttgttgaatcagactcaactggaaaggcatgagaacataatgcttaggcaggaaaatgaca 45746464  T
Q  316 agctaagaggggagaatagcatgatgaaagaagcaatggtgaatccaatatgtaacaactgtggtggaccagcaattcctggccaaatattgtttgaaga 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45746463 agctaagaggggagaatagcatgatgaaagaagcaatggtgaatccaatatgtaacaactgtggtggaccagcaattcctggccaaatattgtttgaaga 45746364  T
Q  416 gcaccagattagaattgaaaacgctcgtctaaaggacgaattgaaccgtatatgtgccttaacaaacaagttccttggcaaaccaatatcatcattggct 515  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45746363 gcaccagattagaattgaaaacgctcgtctaaaggatgaattgaaccgtatatgcgccttaacaaacaagttccttggcaaaccaatatcatcattggct 45746264  T
Q  516 aatcccatggctctaccaacctcaaattctggtctggaacttggtattggaaggaacggttttggtggtggttcaagctccctcggcaatcctttgccaa 615  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45746263 aatcccatggctctaccaacctcaaattctggtctggaacttggtattggaaggaatggttttggtggtggttcaagctccctcggcaatcctttgccaa 45746164  T
Q  616 tgggacttgatcttggagatggtcgctcaatgcctggtattagttcaccaatgggattaatgggaagtagtagtgatgttcagcttgagagatcggctct 715  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45746163 tgggacttgatcttggagatggtcgctcaatgcctggtattagttcaccaatgggattgatgggaagtagtagtgatgttcagcttgagagatcggctct 45746064  T
Q  716 aatagatcttgcattggctgctatggatgaattattaaagatggctcagacagatagtcctgtttggattaagggtttggatggagagaga 806  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45746063 aatagatctagcattggctgctatggatgaattattaaagatggctcagacagatagtcctgtttggattaagggtttggatggagagaga 45745973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University