View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF18263_low_5 (Length: 471)
Name: NF18263_low_5
Description: NF18263
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18263_low_5 |
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| [»] scaffold0651 (2 HSPs) |
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Alignment Details
Target: scaffold0651 (Bit Score: 389; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0651
Description:
Target: scaffold0651; HSP #1
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 8532 - 8105
Alignment:
| Q |
18 |
agaggtatatttatctcaaaatccttacacataactatacaccatatatgttggtccaaaaataatattatataccatatattaattcttttcatatctg |
117 |
Q |
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| T |
8532 |
agaggtatatttatctcaatatccatacacataactacacgccatatatgttggtccaaaaataatattatataccatatattaattcttttcatatctg |
8433 |
T |
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| Q |
118 |
tattaactagttcttttataaggtggtgatcaagagtgatcacaatacagaaagaaagatgagaagagagtgtcatccattgttgagtggtgtgagagag |
217 |
Q |
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| T |
8432 |
tattaactagttcttttataaggtgttgatcatgagtgatcacaatacagaaagaaagatgagaagagagtgtcatccattgttgagtggtgtgagagag |
8333 |
T |
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| Q |
218 |
aatagcaaatacaaacatggattttctgtagctgagatggagtcactcacaagcatatgtgaagttgtgttgccttcattgccaatggatgatgctctta |
317 |
Q |
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| T |
8332 |
aatagcaaatacaaacatggattttctgtagctgagatggagtcactcacaagcatatgtgaagttgtgttgccttcattgccaatggatgatgctctta |
8233 |
T |
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| Q |
318 |
gaaaagatgatgaatcaagcaaggatgtgcagtctttcttcaacatctctgcttctatgtatccaatccctgacgaggtatatatatgtttatatatgtg |
417 |
Q |
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| T |
8232 |
caaaagatgatgaatcaagcaaggatgtgcagtctttcttcaacatctctgcttctatgtatccaatccctgacgaggtatatatatgtttatatatgtg |
8133 |
T |
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| Q |
418 |
t--gtgtatttacttttgtctttctgtg |
443 |
Q |
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| T |
8132 |
tgtgtgtatttacttttgtctttctgtg |
8105 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0651; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 166 - 404
Target Start/End: Original strand, 354 - 592
Alignment:
| Q |
166 |
agaaagaaagatgagaagagagtgtcatccattgttgagtggtgtgagagagaatagcaaatacaaacatggattttctgtagctgagatggagtcactc |
265 |
Q |
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| T |
354 |
agaaagaaagatgagaagagagtgtcatccattgttgagtggtatgagagagaatcgcaaatacaaacatgggttttctgtggctgagatggagtcactc |
453 |
T |
|
| Q |
266 |
acaagcatatgtgaagttgtgttgccttcattgccaatggatgatgctcttagaaaagatgatgaatcaagcaaggatgtgcagtctttcttcaacatct |
365 |
Q |
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| T |
454 |
acaagcatatgtgaagtaatgttcccttcactgccaatggatgatgctctcacaaaagatgatgaatcaagcaaggatgtgcaatctttcttcaacatct |
553 |
T |
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| Q |
366 |
ctgcttctatgtatccaatccctgacgaggtatatatat |
404 |
Q |
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| T |
554 |
ctgcttctaaatatccaatccctgacgaggtatatatat |
592 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 389; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 443
Target Start/End: Original strand, 31315165 - 31315592
Alignment:
| Q |
18 |
agaggtatatttatctcaaaatccttacacataactatacaccatatatgttggtccaaaaataatattatataccatatattaattcttttcatatctg |
117 |
Q |
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| T |
31315165 |
agaggtatatttatctcaatatccatacacataactacacgccatatatgttggtccaaaaataatattatataccatatattaattcttttcatatctg |
31315264 |
T |
|
| Q |
118 |
tattaactagttcttttataaggtggtgatcaagagtgatcacaatacagaaagaaagatgagaagagagtgtcatccattgttgagtggtgtgagagag |
217 |
Q |
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| T |
31315265 |
tattaactagttcttttataaggtgttgatcatgagtgatcacaatacagaaagaaagatgagaagagagtgtcatccattgttgagtggtgtgagagag |
31315364 |
T |
|
| Q |
218 |
aatagcaaatacaaacatggattttctgtagctgagatggagtcactcacaagcatatgtgaagttgtgttgccttcattgccaatggatgatgctctta |
317 |
Q |
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| T |
31315365 |
aatagcaaatacaaacatggattttctgtagctgagatggagtcactcacaagcatatgtgaagttgtgttgccttcattgccaatggatgatgctctta |
31315464 |
T |
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| Q |
318 |
gaaaagatgatgaatcaagcaaggatgtgcagtctttcttcaacatctctgcttctatgtatccaatccctgacgaggtatatatatgtttatata--tg |
415 |
Q |
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| T |
31315465 |
caaaagatgatgaatcaagcaaggatgtgcagtctttcttcaacatctctgcttctatgtatccaatccctgacgaggtatatatatgtttatatatgtg |
31315564 |
T |
|
| Q |
416 |
tgtgtgtatttacttttgtctttctgtg |
443 |
Q |
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| T |
31315565 |
tgtgtgtatttacttttgtctttctgtg |
31315592 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 166 - 404
Target Start/End: Original strand, 31330442 - 31330680
Alignment:
| Q |
166 |
agaaagaaagatgagaagagagtgtcatccattgttgagtggtgtgagagagaatagcaaatacaaacatggattttctgtagctgagatggagtcactc |
265 |
Q |
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| T |
31330442 |
agaaagaaagatgagaagagagtgtcatccattgttgagtggtatgagagagaatcgcaaatacaaacatgggttttctgtggctgagatggagtcactc |
31330541 |
T |
|
| Q |
266 |
acaagcatatgtgaagttgtgttgccttcattgccaatggatgatgctcttagaaaagatgatgaatcaagcaaggatgtgcagtctttcttcaacatct |
365 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
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| T |
31330542 |
acaagcatatgtgaagtaatgttcccttcactgccaatggatgatgctctcacaaaagatgatgaatcaagcaaggatgtgcaatctttcttcaacatct |
31330641 |
T |
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| Q |
366 |
ctgcttctatgtatccaatccctgacgaggtatatatat |
404 |
Q |
| |
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||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
31330642 |
ctgcttctaaatatccaatccctgacgaggtatatatat |
31330680 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 31313994 - 31313944
Alignment:
| Q |
22 |
gtatatttatctcaaaatccttacacataactatacaccatatatgttggt |
72 |
Q |
| |
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| T |
31313994 |
gtatatttatctcaatatccatatacataattatacaccatatatgttggt |
31313944 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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