View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18275_low_1 (Length: 623)

Name: NF18275_low_1
Description: NF18275
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18275_low_1
NF18275_low_1
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (23-499)||(11719966-11720442)
chr2 (23-506)||(11729074-11729556)
chr2 (23-490)||(11671845-11672312)
chr2 (23-508)||(11680714-11681202)
chr2 (23-506)||(11693537-11694023)
chr2 (59-406)||(11712605-11712959)
chr2 (555-602)||(11680622-11680669)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (23-496)||(7661936-7662409)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 325; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 11720442 - 11719966
Alignment:
Q  23 cacatagcaggaaacactactaaccctgctgggtcaagagtaactccagtctttgcatctcaactaccaggattgaacacattagggatctcaatggctc 122  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||    
T  11720442 cacatagctggcaacactactaaccctgctgggtcaagagtaactccagtctttgcatctcaactaccaggattgaacacactaggaatctccatggctc 11720343  T
Q  123 gtgtcgatatagcaccatggggagttaaccctcctcactcacatcctcgtgccactgaaatattaacagttcttgaaggcgcattggaagttggattcat 222  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||| | || ||||||||||||||    
T  11720342 gtgtcgacatagcaccatggggtgttaaccctcctcactcacatccccgtgccactgaaatattcactgttctcgaaggcacgttagaagttggattcat 11720243  T
Q  223 cacttcaaatccggaaaaccgccattttaggaaagttctacaaaagggagatgtgtttgtgtttcctatagggctcattcactatcaaagaaatatcgga 322  Q
    ||| |||||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  11720242 cacgtcaaatcctgaaaaccgccactttaagaaagtactacaaaagggagatgtgtttgtgtttcctatagggctcattcactatcaaagaaatattgga 11720143  T
Q  323 catgacaatgttattgcgatcgctgctcttagtagccagaatccaggagctataactattggcaatgcagtgtttggggctacacctgacatagctagcg 422  Q
     ||   |||||| |||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |    
T  11720142 aattgtaatgttgttgctattgctgctcttagtagtcagaatccaggagctataactattggcaatgcagtgtttggggctacacctgaaatagcaagtg 11720043  T
Q  423 aagtgctcgttaagtcttttaaattggacaagactaccatcaattacttgcagtccaagttttagaatattgggagg 499  Q
    |||||||| | ||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  11720042 aagtgctcatcaaggcttttaaattggacaagaatgccatcaattacttacagtcaaagttttagaatattgggagg 11719966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 11729556 - 11729074
Alignment:
Q  23 cacatagcaggaaacactactaaccctgctgggtcaagagtaactccagtctttgcatctcaactaccaggattgaacacattagggatctcaatggctc 122  Q
    |||||||| || |||||||| ||||| | |||||| ||||| ||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11729556 cacatagctggcaacactacaaacccagttgggtctagagtgactccagtctttgcagctcagcttccaggattgaacacactagggatctcaatggctc 11729457  T
Q  123 gtgtcgatatagcaccatggggagttaaccctcctcactcacatcctcgtgccactgaaatattaacagttcttgaaggcgcattggaagttggattcat 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11729456 gtgtcgatatagcaccatggggagttaaccctcctcactcacatcctcgtgctacggaaatattcactgttcttgaaggcacattggaagttggattcat 11729357  T
Q  223 cacttcaaatccggaaaaccgccattttaggaaagttctacaaaagggagatgtgtttgtgtttcctatagggctcattcactatcaaagaaatatcgg- 321  Q
    |||||||||||| |||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||     
T  11729356 cacttcaaatccagaaaaccggcactctaggaaagttctacaaaagggagatgtgtttgtgtttcctatagagctcattcactatcaaagaaatattgga 11729257  T
Q  322 -acatgacaatgttattgcgatcgctgctcttagtagccagaatccaggagctataactattggcaatgcagtgtttggggctacacctgacatagctag 420  Q
     | ||||||| ||| |||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  11729256 tatatgacaacgttgttgccattgctgctcttagtagtcagaatccaggagctataactattggcaatgcagtgtttggggctgcacctgaaatagctag 11729157  T
Q  421 cgaagtgctcgttaagtcttttaaattggacaagactaccatcaattacttgcagtccaagttttagaatattgggaggcaattca 506  Q
     ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  11729156 tgaagttctcattaagtcttttaaattggacaagactac---caattacttgctgtccaagttttagaatattgggagggaattca 11729074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 312; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 23 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 11672312 - 11671845
Alignment:
Q  23 cacatagcaggaaacactactaaccctgctgggtcaagagtaactccagtctttgcatctcaactaccaggattgaacacattagggatctcaatggctc 122  Q
    ||||||||||| |||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11672312 cacatagcaggcaacactactaatgctgctgggtcaaaagtaactccagtctttgcagctcagctacctggattgaacacactagggatctcaatggctc 11672213  T
Q  123 gtgtcgatatagcaccatggggagttaaccctcctcactcacatcctcgtgccactgaaatattaacagttcttgaaggcgcattggaagttggattcat 222  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||| |||||| | || ||||||||||||||    
T  11672212 gtgtcgatatagcaccatggggtgttaaccctcctcactcacatcctcgcgctactgaaatattcactgttctcgaaggcacgttagaagttggattcat 11672113  T
Q  223 cacttcaaatccggaaaaccgccattttaggaaagttctacaaaagggagatgtgtttgtgtttcctatagggctcattcactatcaaagaaatatcgga 322  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11672112 cacttcaaatccagaaaaccgccactttagtaaagttctacataagggagatgtgtttgtgtttcctatagggctcattcactatcaaagaaatatcgga 11672013  T
Q  323 catgacaatgttattgcgatcgctgctcttagtagccagaatccaggagctataactattggcaatgcagtgtttggggctacacctgacatagctagcg 422  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |    
T  11672012 catgacaatgttattgcaatcgctgctcttagtagccagaatccgggagctatcactattggcaatgcagtgtttggtgctacacctgaaatagctagtg 11671913  T
Q  423 aagtgctcgttaagtcttttaaattggacaagactaccatcaattacttgcagtccaagttttagaat 490  Q
    |||||||  ||||| ||||| |  |||| |||| | ||||||| || |||||||| ||||||||||||    
T  11671912 aagtgcttattaaggcttttcagctggagaagaatgccatcaactatttgcagtctaagttttagaat 11671845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 23 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 11681202 - 11680714
Alignment:
Q  23 cacatagcaggaaacactactaaccctgctgggtcaagagtaactccagtctttgcatctcaactaccaggattgaacacattagggatctcaatggctc 122  Q
    ||||||||||| |||||||||||   || |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  11681202 cacatagcaggcaacactactaatgttgttgggtcaagagtgactccagtctttgcatctcagctacgaggattgaacacactagggatctcaatggctt 11681103  T
Q  123 gtgtcgatatagcaccatggggagttaaccctcctcactcacatcctcgtgccactgaaatattaacagttcttgaaggcgcattggaagttggattcat 222  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||  || |||||||||||  |||| ||||||||||||||    
T  11681102 gtgttgatatagcaccatggggtgttaactctcctcactcacatcctcgtgctaccgaaatatgcactgttcttgaaggaacattagaagttggattcat 11681003  T
Q  223 cacttcaaatccggaaaaccgccattttaggaaagttctacaaaagggagatgtgtttgtgt---ttcctatagggctcattcactatcaaagaaatatc 319  Q
    ||||||||| || ||||||||||| ||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  11681002 cacttcaaacccagaaaaccgccacttttgtaaagttctacataagggagatgtgtttgtgtttcttcctataggtctcattcactatcaaagaaatatt 11680903  T
Q  320 ggacatgacaatgttattgcgatcgctgctcttagtagccagaatccaggagctataactattggcaatgcagtgtttggggctacacctgacatagcta 419  Q
    ||| |  |||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11680902 ggatacaacaatgttgttgccattgctgctcttagtagccagaatccaggagctataactattggcaatgcagtgtttggggctacacctgaaatagcta 11680803  T
Q  420 gcgaagtgctcgttaagtcttttaaattggacaagactaccatcaattacttgcagtccaagttttagaatattgggaggcaattcaac 508  Q
    ||||||| ||| ||| | ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  11680802 gcgaagttctcattatggcttttcaattggacaagaatgccatcaattacttgcagtcgaagttttaaaatattgggagggaattcaac 11680714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 23 - 506
Target Start/End: Original strand, 11693537 - 11694023
Alignment:
Q  23 cacatagcaggaaacactactaaccctgctgggtcaagagtaactccagtctttgcatctcaactaccaggattgaacacattagggatctcaatggctc 122  Q
    ||||||||||| |||||||||||  ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11693537 cacatagcaggcaacactactaatgctgttgggtcaagagtgactccagtctttgcatctcagctacgaggattgaacacactagggatctcaatggctc 11693636  T
Q  123 gtgtcgatatagcaccatggggagttaaccctcctcactcacatcctcgtgccactgaaatattaacagttcttgaaggcgcattggaagttggattcat 222  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||  || |||||||||||  |||| ||||||||||||||    
T  11693637 gtgttgatatagcaccatggggtgttaactctcctcactcacatcctcgtgctaccgaaatatgcactgttcttgaaggaacattagaagttggattcat 11693736  T
Q  223 cacttcaaatccggaaaaccgccattttaggaaagttctacaaaagggagatgtgtttgtgttt---cctatagggctcattcactatcaaagaaatatc 319  Q
    ||||||||| || ||||||||||| ||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||| || ||||||||||||||||||||     
T  11693737 cacttcaaacccagaaaaccgccacttttgtaaagttctacataagggagatgtgtttgtgtttctacctataggtcttattcactatcaaagaaatatt 11693836  T
Q  320 ggacatgacaatgttattgcgatcgctgctcttagtagccagaatccaggagctataactattggcaatgcagtgtttggggctacacctgacatagcta 419  Q
    ||| |  |||||||| |||| || |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11693837 ggatacaacaatgttgttgccattgctgctcttactagcaagaatccaggagctataactattggcaatgcagtgtttggggctacacctgaaatagcta 11693936  T
Q  420 gcgaagtgctcgttaagtcttttaaattggacaagactaccatcaattacttgcagtccaagttttagaatattgggaggcaattca 506  Q
    ||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||    
T  11693937 gcgaagttctcattaaggcttttcaattggacaagaatgccatcaattacttgcagtcgaagttttagaatattgggaaggaattca 11694023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 59 - 406
Target Start/End: Original strand, 11712605 - 11712959
Alignment:
Q  59 agagtaactccagtctttgcatctcaactaccaggattgaacacattagggatctcaatggctcgtgtcgatatagcaccatggggagttaaccctcctc 158  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  11712605 agagtaactccagtctttgcagctcagctaccaggattgaacacattagggatctcaatgactcatatcgatatagcaccttggggcgttaaccctcctc 11712704  T
Q  159 actcacatcctcgtgccactgaaatattaacagttcttgaaggcgcattggaagttggattcatcacttcaaatccggaaaaccgccattttaggaaagt 258  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||| | |||||    
T  11712705 actcacatcctcgtgctactgaaatattaactgttcttgaaggaacattagaagttggattcatcacttcaaacccagaaaaccgccactttcgtaaagt 11712804  T
Q  259 tctacaaaagggagatgtgtttgtgtttcctatagggctcattcactatcaaagaaatatcggacatgacaatgtt--------attgcgatcgctgctc 350  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |  ||||||||         |||| || |||||||    
T  11712805 tctacataagagagatgtgtttgtgttt-ctataggtctcattcactatcaaagaaatattggatacaacaatgttgttgccaacttgccattgctgctc 11712903  T
Q  351 ttagtagccagaatccaggagctataactattggcaatgcagtgtttggggctaca 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11712904 ttagtagccagaatccaggagctatcactattggcaatgaagtgtttggggctaca 11712959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 555 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 11680669 - 11680622
Alignment:
Q  555 ctatgatactttagtatcatccatttgattctttcctagaagtgtgta 602  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  11680669 ctatggtactttagtatcatccatttgattcattcctataagtgtgta 11680622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 286; Significance: 1e-160; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 23 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 7662409 - 7661936
Alignment:
Q  23 cacatagcaggaaacactactaaccctgctgggtcaagagtaactccagtctttgcatctcaactaccaggattgaacacattagggatctcaatggctc 122  Q
    ||||||||||| ||||| || || ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  7662409 cacatagcaggcaacaccacaaatcctactgggtctagagtaactccagtctttgcagctcagctacccggactgaatacactagggatctcaatggctc 7662310  T
Q  123 gtgtcgatatagcaccatggggagttaaccctcctcactcacatcctcgtgccactgaaatattaacagttcttgaaggcgcattggaagttggattcat 222  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||||||| | || ||||||||||||||    
T  7662309 gtgtcgatatagcaccatggggaattaaccctcctcactcacatcctcgtgctaccgaaatattcactgttcttgaaggcactttagaagttggattcat 7662210  T
Q  223 cacttcaaatccggaaaaccgccattttaggaaagttctacaaaagggagatgtgtttgtgtttcctatagggctcattcactatcaaagaaatatcgga 322  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  7662209 cacttcaaacccggaaaaccgccactttagaaaagttctacaaaagggagatgtgtttgtgtttcctataggactcattcactatcaaagaaatatagga 7662110  T
Q  323 catgacaatgttattgcgatcgctgctcttagtagccagaatccaggagctataactattggcaatgcagtgtttggggctacacctgacatagctagcg 422  Q
     |||   ||||| |||| || || ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  7662109 aatgctcatgttgttgccattgcagctcttagtagccagaatccaggaggtatcactattggtaatgcaatgtttggggctacacctgagatagctagtg 7662010  T
Q  423 aagtgctcgttaagtcttttaaattggacaagactaccatcaattacttgcagtccaagttttagaatattggg 496  Q
    |||| || |||||| ||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  7662009 aagttcttgttaaggcttttcaattggacaagactattatcaattacttgcagtcaaagttttagattattggg 7661936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University