View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18276_high_1 (Length: 794)

Name: NF18276_high_1
Description: NF18276
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18276_high_1
NF18276_high_1
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (163-566)||(16775642-16776040)
chr8 (624-783)||(16776098-16776257)
chr8 (21-168)||(16759177-16759324)
[»] chr1 (14 HSPs)
chr1 (18-566)||(47829625-47830174)
chr1 (21-565)||(47824913-47825450)
chr1 (132-566)||(2541197-2541629)
chr1 (18-377)||(47838168-47838526)
chr1 (624-782)||(2540983-2541141)
chr1 (625-782)||(47825516-47825673)
chr1 (624-783)||(47840315-47840474)
chr1 (624-783)||(47830231-47830390)
chr1 (369-514)||(47840019-47840164)
chr1 (634-755)||(48005573-48005694)
chr1 (624-739)||(34507046-34507161)
chr1 (624-740)||(33467853-33467967)
chr1 (646-739)||(33477908-33478001)
chr1 (714-755)||(49049079-49049120)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (18-558)||(20960463-20961002)
chr3 (18-558)||(20974373-20974918)
chr3 (632-783)||(20974140-20974291)
chr3 (624-775)||(20960243-20960394)
chr3 (626-737)||(30536295-30536406)
chr3 (403-453)||(30539542-30539592)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (18-560)||(11620653-11621184)
chr2 (624-783)||(11620425-11620584)
chr2 (714-756)||(39706237-39706279)
chr2 (693-738)||(33246769-33246814)
[»] scaffold0121 (1 HSPs)
scaffold0121 (649-755)||(35224-35327)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (624-738)||(22699917-22700031)
chr5 (624-750)||(19988583-19988709)
chr5 (668-750)||(22002425-22002507)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 301; Significance: 1e-169; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 163 - 566
Target Start/End: Original strand, 16775642 - 16776040
Alignment:
163 atacctctaataggattatcttcaattgaaataaattgtgnnnnnnnnnnnnntatgtaaattatcccataacttttaattgattttagcacaaatacta 262  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
16775642 atacctctaataggattatcttcaattgaaataaattgtgaaaaaccaaaaaatatgtaaattatcccataacttttaattgattttagcacaaatgcta 16775741  T
263 atttttatcctctgacccaccnnnnnnnnacaattgatcatgattttgaaactcccaactaatgattaaaaaatgatgagggaatgcaacaaattcatat 362  Q
    |||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16775742 atttttatcctctgacccaccttttttttacaattgatcatgattttgaaactcgcaactaatgattaaaaaatgatgagggaatgcaacaaattcatat 16775841  T
363 tggacttaaaaagattaaataaaattttgaagcaatatgaaaatatagataaataagatgccctttattcaaataataaagaatacaacacaagtacaaa 462  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16775842 tggacttaaaaagattaaataaaattttgaagcaatatgaaaatatagataaataagatgccctttattcaaataataaagaatacaacacaagtacaaa 16775941  T
463 ttcaacttccaactatataacaaatacaatgaaagactcaataacactaagactcgatcctaaccaattcacatacatgaaactaggttaagcatgtgtg 562  Q
    ||||||||| ||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
16775942 ttcaacttcaaactat-----aaatacaatgaaagactcaataacactaagactcgatcctaaccaagtcacatacatgaaactgggttaagcatgtgtg 16776036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 624 - 783
Target Start/End: Original strand, 16776098 - 16776257
Alignment:
624 cttaaggtggatctaagggctcggatcaaaagaatctggagggtccatatccacctcctcccctcatattgttggaaccaaacaaatgagattgcaacat 723  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
16776098 cttaaggtggatctaagggctcggatcaaaagaatctggagggtccatatccacctcctcccctcatattgttggaaccaaacaaatgagattgtaacat 16776197  T
724 agggttctgaaaaaattgtgctggaaacatttgggtttgcgaaggatttggttgatgatg 783  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16776198 aggattctgaaaaaattgtgctggaaacatttgggtttgcgaaggatttggttgatgatg 16776257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 21 - 168
Target Start/End: Original strand, 16759177 - 16759324
Alignment:
21 gaagcctttaacaatgatttaaattttttaattacatgcatcatcataatgccaaaactaccaacgagaagtttggtctaatggaagaaattaaattagc 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16759177 gaagcctttaacaatgatttaaattttttaattacatgcatcatcataatgccaaaactaccaacgagaagtttggtctaatggaagaaattaaattagc 16759276  T
121 acatcgtgacagctgaaagatgtatccacatttgtgtctaacatacct 168  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16759277 acatcgtgacagctgaaagatgtatccacatttgtgtctaacatacct 16759324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 277; Significance: 1e-154; HSPs: 14)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 18 - 566
Target Start/End: Original strand, 47829625 - 47830174
Alignment:
18 agtgaagcctttaacaatgatttaaattttttaattacatgcatcatcataatgccaaaactaccaacgagaagtttggtctaatggaagaaattaaatt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||  ||  ||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||    
47829625 agtgaagcctttaacaatgatttaaattttgtaattacatgcagcatcataatgctaaagttaataacaagaggtttggtctaacggaagaaattaaatt 47829724  T
118 agcacatcgtgacagctgaaagatgtatccacatttgtgtctaacatacctctaataggattatcttcaattgaaataaattgtgnnnnnnnnnnnnnta 217  Q
    ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||             ||    
47829725 agcacatcgtggcagctaaaaaatgtatccacatttgtgtctaacatacctcgaatagaattatctttaatggaaataaattgtggaaaacccaaaaata 47829824  T
218 tgtaaattatcccataacttttaattgattttagcacaaatactaatttttatcctctgacccaccnnnnnnnnacaattgatcatgattttgaaactcc 317  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| || ||||||||         ||| ||||||||||||||| ||||||    
47829825 tttaaattatcccataacttttaattgattttagcacaaataccaattgttat-ctttgacccac---ttttttacacttgatcatgattttg-aactcc 47829919  T
318 caactaatgattaaaaaatgatgagggaatgcaacaaattcatattggacttaaaaagattaaataaaattttgaagcaatatgaaaatatagataaata 417  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||| ||||| |||||||| ||||||    
47829920 caactgatgattaaaaaatgatgagggaatgaaacagattcatattggacttcaaaagattaatgaaaattttaaagcgatatggaaatatagctaaata 47830019  T
418 agatgccctttattcaaataataaagaatacaac------acaagtacaaattcaacttccaactatataacaaatacaatgaaagactcaataacacta 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||      |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||| |||| ||||||| |||||||||||    
47830020 agatgccctttattcaaataataaataatacaacacaaatacaagtacaatttcaacttcaaactagataacaaagacaacgaaagacacaataacacta 47830119  T
512 agactcgatcctaaccaattcacatacatgaaactaggttaagcatgtgtgcttg 566  Q
    ||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
47830120 agactcagtcctaaccaagtcacatacatgaaactaggttaagcatgtgtgcttg 47830174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 21 - 565
Target Start/End: Original strand, 47824913 - 47825450
Alignment:
21 gaagcctttaacaatgatttaaattttttaattacatgcatcatcataatgccaaaactaccaacgagaagtttggtctaatggaagaaattaaattagc 120  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||    
47824913 gaagcctttaacgttgatttaaattttttaattccatgcatcatcataatgctaaaattaccaacgagaggtttggtataacggaagaaattaaattagc 47825012  T
121 acatcgtgacagctgaaagatgtatccacatttgtgtctaacatacctctaataggattatcttcaattgaaataaattgtgnnnnnnnnnnnnntatgt 220  Q
    |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| || ||||||||||             |||||    
47825013 acatcgcggcagctaaaagatgtatccacatttgtgtctaacatacttcgaataggattatcttcaatggatataaattgtggaagacaaaaaaatatgt 47825112  T
221 aaattatcccataacttttaattgattttagcacaaatactaatttttatcctctgacccaccnnnnnnnnacaattgatcatgattttgaaactcccaa 320  Q
    ||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||         ||| |||||||||||||||||| ||||||    
47825113 aaattattcaataaattttaattgattttagcacaaatactaattgttatcctctaactcac--tttttcaacacttgatcatgattttgaaattcccaa 47825210  T
321 ctaatgattaaaaaatgatgagggaatgcaacaaattcatattggacttaaaaagattaaataaaattttgaagcaatatgaaaatatagataaataaga 420  Q
    || |||||||||||||||||||| ||  ||| | ||||||||| |||||||||||||||| |    ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||    
47825211 ctgatgattaaaaaatgatgaggaaa--caaaacattcatattagacttaaaaagattaatt---tttttgaagggatatggaaatatagataaataaga 47825305  T
421 tgccctttattcaaataataaagaatacaacacaagtacaaattcaacttccaactatataacaaatacaatgaaagactcaataacactaagactcgat 520  Q
    |||||||||||| || |||||| ||||||| |||||||||| |||||||| |||||| |||||||| |||||||  ||| |||||||||||||| |   |    
47825306 tgccctttattcgaaaaataaataatacaaaacaagtacaatttcaacttacaactagataacaaagacaatgagtgacccaataacactaagatttagt 47825405  T
521 cctaaccaattcacatacatgaaactaggttaagcatgtgtgctt 565  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
47825406 cctaaccaagtcacatacatgaaactaggttaagcatgtgtgctt 47825450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 132 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 2541629 - 2541197
Alignment:
132 gctgaaagatgtatccacatttgtgtctaacatacctctaataggattatcttcaattgaaataaattgtgnnnnnnnnnnnnntatgtaaattatccca 231  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||             ||||||||||||||||    
2541629 gctgaaagatgtatccacatttatgtctaacatacctcgaataggattatcttcaatggaaataaattgtggaaaaccaaaaaatatgtaaattatccca 2541530  T
232 taacttttaattgattttagcacaaatactaatttttatcctctgacccaccnnnnnnnnacaattgatcatgattttgaaactcccaactaatgattaa 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||        ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
2541529 taacttttaattgattttagcacaaatactaattgttatcttatgatccacctttttt--acacttgatcatgattttgaaactcccaactgatgattaa 2541432  T
332 aaaatgatgagggaatgcaacaaattcatattggacttaaaaagattaaataaaattttgaagcaatatgaaaatatagataaataagatgccctttatt 431  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2541431 aaaatgatgagggaatgaaacagattcatattggatttaaaaagattaaataaaattttgaagcgatatgaaaatatagataaataagatgccctttatt 2541332  T
432 caaataataaagaatacaacacaagtacaaattcaacttccaactatataacaaatacaatgaaagactcaataacactaagactcgatcctaaccaatt 531  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||| | || ||||| |||||||||||| |||||| || |||||||  | |||||||| |    
2541331 caaataataaataatataacacaagtacaatttcaacttccaaccagatgacaaagacaatgaaagacccaataagaccaagactcagtgctaaccaagt 2541232  T
532 cacatacatgaaactaggttaagcatgtgtgcttg 566  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
2541231 cacatacgtgaaactaggttaagcttgtgtgcttg 2541197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 18 - 377
Target Start/End: Original strand, 47838168 - 47838526
Alignment:
18 agtgaagcctttaacaatgatttaaattttttaattacatgcatcatcataatgccaaaactaccaacgagaagtttggtctaatggaagaaattaaatt 117  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
47838168 agtgaaacctttaacaatgaattaaactttttaattacatgcatcatcataatgctaaaattaccaacgagaggtttggtctaacggaagaaattaaatt 47838267  T
118 agcacatcgtgacagctgaaagatgtatccacatttgtgtctaacatacctctaataggattatcttcaattgaaataaattgtgnnnnnnnnnnnnnta 217  Q
    ||||||  ||| | || |||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||  |||||||||||| |||||||| | |              ||    
47838268 agcacaatgtggcggccgaaagatgtatccacatttgagtctaacatgcctcgaatacaattatcttcaatggaaataaaatctcgaaaaccaaaaagta 47838367  T
218 tgtaaattatcccataacttttaattgattttagcacaaatactaatttttatcctctgacccaccnnnnnnnnacaattgatcatgattttgaaactcc 317  Q
    | |||||||| | |||| |||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||| || ||||| |        ||| |||||||| |||||||||||||    
47838368 tataaattattcaataaattttaattgatttttgcacaaacactaattgttatcccctaaccca-cttttttttacacttgatcataattttgaaactcc 47838466  T
318 caactaatgattaaaaaatgatgagggaatgcaacaaattcatattggacttaaaaagat 377  Q
    ||| | ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
47838467 caattgatgattaaaaaatgacgagggaatgaaacaaattcatattggacttaaaaagat 47838526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 127; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 624 - 782
Target Start/End: Complemental strand, 2541141 - 2540983
Alignment:
624 cttaaggtggatctaagggctcggatcaaaagaatctggagggtccatatccacctcctcccctcatattgttggaaccaaacaaatgagattgcaacat 723  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||    
2541141 cttaaggtggatctaagggctcggatcaaaagaatctggagggtccatatccacctcctccccccatattgttgaaaccaaacagatgaggttgcaacat 2541042  T
724 agggttctgaaaaaattgtgctggaaacatttgggtttgcgaaggatttggttgatgat 782  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||    
2541041 agggttctgaaaaagttgtgctggaaacatttgagtttgccgaggatttggttgatgat 2540983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 625 - 782
Target Start/End: Original strand, 47825516 - 47825673
Alignment:
625 ttaaggtggatctaagggctcggatcaaaagaatctggagggtccatatccacctcctcccctcatattgttggaaccaaacaaatgagattgcaacata 724  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||| |||||||||     
47825516 ttaaagtggatccaagggctcggatcaaaagaatctgaagggtccatatccgcctcctcccctcacattgttgaacccaaacaaatgaggttgcaacatg 47825615  T
725 gggttctgaaaaaattgtgctggaaacatttgggtttgcgaaggatttggttgatgat 782  Q
    ||||| |||||||| |||| |||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||    
47825616 gggttttgaaaaaactgtgttggaaacatttgagtttgcggaggatttgattgatgat 47825673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 624 - 783
Target Start/End: Original strand, 47840315 - 47840474
Alignment:
624 cttaaggtggatctaagggctcggatcaaaagaatctggagggtccatatccacctcctcccctcatattgttggaaccaaacaaatgagattgcaacat 723  Q
    ||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||| |||||||||    
47840315 cttaaggcggagctaagggcccggatcaaaagaatccggagggtccatatccacctcctccccccatattgttgaagccaaacaaatgaggttgcaacat 47840414  T
724 agggttctgaaaaaattgtgctggaaacatttgggtttgcgaaggatttggttgatgatg 783  Q
    ||||||||||||||| |||| |||| ||||||| |  || | ||||||||||||||||||    
47840415 agggttctgaaaaaactgtgttggatacatttgagcctgtggaggatttggttgatgatg 47840474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 624 - 783
Target Start/End: Original strand, 47830231 - 47830390
Alignment:
624 cttaaggtggatctaagggctcggatcaaaagaatctggagggtccatatccacctcctcccctcatattgttggaaccaaacaaatgagattgcaacat 723  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||| | ||||| |||||||||| | |||||||| |||| |||||||||    
47830231 cttaagatggatctaagggctcgtatcaaaagaatccagagggtccatatccaccccttccccccatattgttgaagccaaacaactgaggttgcaacat 47830330  T
724 agggttctgaaaaaattgtgctggaaacatttgggtttgcgaaggatttggttgatgatg 783  Q
    ||| ||||||||| | |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
47830331 aggattctgaaaatactgtgttggaaacatttgagtttgcggaggatttggttgatgatg 47830390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 369 - 514
Target Start/End: Original strand, 47840019 - 47840164
Alignment:
369 taaaaagattaaataaaattttgaagcaatatgaaaatatagataaataagatgccctttattcaaataataaagaatacaacacaagtacaaattcaac 468  Q
    |||||||||||||||||||||||| |  ||||  |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||  |||| ||||||    
47840019 taaaaagattaaataaaattttgacgtgatattgaaatatagataaataagatgccttttattcgaataataaataatacaacacaaaaacaatttcaac 47840118  T
469 ttccaactatataacaaatacaatgaaagactcaataacactaaga 514  Q
    ||||||||| |||||||  |||||| ||||| ||||||||||||||    
47840119 ttccaactagataacaacgacaatggaagacccaataacactaaga 47840164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 634 - 755
Target Start/End: Complemental strand, 48005694 - 48005573
Alignment:
634 atctaagggctcggatcaaaagaatctggagggtccatatccacctcctcccctcatattgttggaaccaaacaaatgagattgcaacatagggttctga 733  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||| | |    
48005694 atctaagggctcggatcaaaagaatttggagggtccatatccacctcctcctccaatattgttgaagccaaacaaatgaggttgcagcatagggttatca 48005595  T
734 aaaaattgtgctggaaacattt 755  Q
    ||||| ||||||||||||||||    
48005594 aaaaactgtgctggaaacattt 48005573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 624 - 739
Target Start/End: Complemental strand, 34507161 - 34507046
Alignment:
624 cttaaggtggatctaagggctcggatcaaaagaatctggagggtccatatccacctcctcccctcatattgttggaaccaaacaaatgagattgcaacat 723  Q
    |||||| |||||||| ||||| ||||||| || ||| |||||| |||| ||||||  |||| |  ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
34507161 cttaagatggatctatgggcttggatcaatagcatccggagggaccatgtccaccatctcctcctatattgttgaaaccaaacaaatgaggttgcaacat 34507062  T
724 agggttctgaaaaaat 739  Q
    ||||||||||||||||    
34507061 agggttctgaaaaaat 34507046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 624 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 33467967 - 33467853
Alignment:
624 cttaaggtggatctaagggctcggatcaaaagaatctggagggtccatatccacctcctcccctcatattgttggaaccaaacaaatgagattgcaacat 723  Q
    ||||||||||||||| || |   |||||| |||||| |||||| |||| ||||||  |||| | |||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||    
33467967 cttaaggtggatctatggacctagatcaatagaatccggagggaccatgtccacc--ctcctcccatattgttgaaaccaaacaaaagaggttgcaacat 33467870  T
724 agggttctgaaaaaatt 740  Q
    |||||| ||||||||||    
33467869 agggttttgaaaaaatt 33467853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 646 - 739
Target Start/End: Complemental strand, 33478001 - 33477908
Alignment:
646 ggatcaaaagaatctggagggtccatatccacctcctcccctcatattgttggaaccaaacaaatgagattgcaacatagggttctgaaaaaat 739  Q
    ||||||| |||||| |||||| |||| ||||||  |||| | |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||    
33478001 ggatcaatagaatccggagggaccatgtccaccatctcctcccatattgttgaaaccaaacaaatgaggttgcaacataggattctgacaaaat 33477908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 714 - 755
Target Start/End: Complemental strand, 49049120 - 49049079
Alignment:
714 attgcaacatagggttctgaaaaaattgtgctggaaacattt 755  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||    
49049120 attgcaacatagggttttgaaaaaattgtggtggcaacattt 49049079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 211; Significance: 1e-115; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 18 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 20961002 - 20960463
Alignment:
18 agtgaagcctttaacaatgatttaaattttttaattacatgcatcatcataatgccaaaactaccaacgagaagtttggtctaatggaagaaattaaatt 117  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||| ||||||||||| ||||||| ||| | |||| ||||||||    
20961002 agtgaagcctttaacaatgaattaaattttttaattacatacatcatcataatggttaaattaccaacgagaggtttggtttaacgaaagacattaaatt 20960903  T
118 agcacatcgtgacagctgaaagatgtatccacatttgtgtctaacatacctctaataggattatcttcaattgaaataaattgtgnnnnnnnnnnnnn-- 215  Q
    || |||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||| ||| |||||||||                   
20960902 agtacatcggggcagctgaaagatgtattcacatttgtgtctaacatatcccaaataggattatcttcaatggaa-taaattgtggaaaaccaaaaaaaa 20960804  T
216 tatgtaaattatcccataacttttaattgattttagcacaaatactaatttttatcctctgacccaccnnnnnnnnacaattgatcatgattttgaaact 315  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||  ||| ||||         ||  |||||||||||||| |||||    
20960803 tatgtaaattatccaataaattttaattgattttagcacaaatataaattgttatcccatgatccac-ttttttttacccttgatcatgattttaaaact 20960705  T
316 cccaactaatgattaaaaaatgatgagggaatgcaacaaattcatattggacttaaaaagattaaataaaattttgaagcaatatgaaaatatagataaa 415  Q
    | ||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||    
20960704 cacaactgatgattaaaaaatgacgagggaatgaaacaaattcatattggacttaaagagattaaataaaattttgaagcgatatggaaatataaataaa 20960605  T
416 taagatgccctttattcaaataataaagaatacaacacaagtacaaattcaacttccaactatataacaaatacaatgaaagactcaataacactaagac 515  Q
    |||||||||||||||| ||||||| || ||||||| |||| || || ||||||||| || |  |||||||| |||||||||| | | ||||||||||||     
20960604 taagatgccctttatttaaataatcaataatacaatacaaataaaacttcaacttctaagttgataacaaagacaatgaaaggcccgataacactaagat 20960505  T
516 tcgat-cctaaccaattcacatacatgaaactaggttaagcatg 558  Q
    |  || ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
20960504 t--atgcctaaccaagtcatatacatgaaactaggttaagcatg 20960463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 18 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 20974918 - 20974373
Alignment:
18 agtgaagcctttaacaatgatttaaattttttaattacatgcat-------catcataatgccaaaactaccaacgagaagtttggtctaatggaagaaa 110  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||       |||||||||||  ||  ||||||||||| ||||||||||| | |||| |    
20974918 agtgaagcctttaataatgaattaaattttttaattacatacatgatacatcatcataatgcttaagttaccaacgagaggtttggtctaacgaaagaca 20974819  T
111 ttaaattagcacatcgtgacagctgaaagatgtatccacatttgtgtctaacatacctctaataggattatcttcaattgaaataaattgtgnnnnnnnn 210  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||| ||| |||||||||            
20974818 ttaaattagcacatcgtggcagatgaaagatgtatccacatttgtgtctaacatatttcaaataggattatcttcaatggaa-taaattgtggaaaacca 20974720  T
211 nnnnn--tatgtaaattatcccataacttttaattgattttagcacaaatactaatttttatcctctgacccaccnnnnnnnnacaattgatcatgattt 308  Q
           |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||| || ||||         ||| |||| ||||||||    
20974719 aaaaaaatatgtaaattatccaataaattttaattgattttagcacaaatataaattgttatcctc-gatccac--tttttttacacttgaccatgattt 20974623  T
309 tgaaactcccaactaatgattaaaaaa-tgatgagggaatgcaacaaattcatattggacttaaaaagattaaataaaattttgaagcaatatgaaaata 407  Q
    | |||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||| || || |||||    
20974622 taaaactcacaactgatgattaaaaaaatgatgagggaatgaaacaaattcatattggacttaaagagattaaataaaactttaaagcgatgtggaaata 20974523  T
408 tagataaataagatgccctttattcaaataataaagaatacaacacaagtacaaattcaacttccaactatataacaaatacaatgaaagactcaataac 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||| || || ||||||||| || || |||| ||| |||||||||| | | |||||    
20974522 tagataaataagatgccctttattcaaaaaataaataatacaatacaaataaaacttcaacttctaagtagataataaagacaatgaaaggcccgataac 20974423  T
508 actaagactcgat-cctaaccaattcacatacatgaaactaggttaagcatg 558  Q
    ||||||| |  || |||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||    
20974422 actaagatt--atgcctaactaagtcacatacatgaaactatgttaagcatg 20974373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 632 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 20974291 - 20974140
Alignment:
632 ggatctaagggctcggatcaaaagaatctggagggtccatatccacctcctcccctcatattgttggaaccaaacaaatgagattgcaacatagggttct 731  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||    
20974291 ggatctaagggctctgatcaaaagaatcaggagggtccatttccacctcctccccctatattgttgaagccaaacaaatgaggttgcaacatagggttct 20974192  T
732 gaaaaaattgtgctggaaacatttgggtttgcgaaggatttggttgatgatg 783  Q
    || |||| |||||||||| ||| || | ||| | ||||||| ||||||||||    
20974191 gataaaactgtgctggaagcatctgagcttgtggaggatttagttgatgatg 20974140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 624 - 775
Target Start/End: Complemental strand, 20960394 - 20960243
Alignment:
624 cttaaggtggatctaagggctcggatcaaaagaatctggagggtccatatccacctcctcccctcatattgttggaaccaaacaaatgagattgcaacat 723  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||| | |||||||||    
20960394 cttaaggcggagctaagggctcggatcaaaagaatccggagggtccgtatccacctcctccccccatattgttgaagccaaacaaatgtggttgcaacat 20960295  T
724 agggttctgaaaaaattgtgctggaaacatttgggtttgcgaaggatttggt 775  Q
    |||||| ||| |||| | |||||||| ||| || | ||| | ||||||||||    
20960294 agggttttgataaaactctgctggaagcatctgagcttgtggaggatttggt 20960243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 626 - 737
Target Start/End: Original strand, 30536295 - 30536406
Alignment:
626 taaggtggatctaagggctcggatcaaaagaatctggagggtccatatccacctcctcccctcatattgttggaaccaaacaaatgagattgcaacatag 725  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |    ||| |||| ||||||| |||| | |||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||    
30536295 taaggtggatctaagggctcggatcaaaagaacccatggggaccatgtccaccttctcctcccatattgttgaagccaaacaaatgaggttgcaacatag 30536394  T
726 ggttctgaaaaa 737  Q
    ||||||||||||    
30536395 ggttctgaaaaa 30536406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 403 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 30539592 - 30539542
Alignment:
403 aaatatagataaataagatgccctttattcaaataataaagaatacaacac 453  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||| | ||||||||||    
30539592 aaatataaataaataagatgctctttattccaataatacataatacaacac 30539542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 172; Significance: 5e-92; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 5e-92
Query Start/End: Original strand, 18 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 11621184 - 11620653
Alignment:
18 agtgaagcctttaacaatgatttaaattttttaattacatgcatcatcataatgccaaaactaccaacgagaagtttggtctaatggaagaaattaaatt 117  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||| | |||||||||||||||||||| ||  ||| ||||||| ||| ||||||||||| | |||| ||||||||    
11621184 agtgaagcctttaacaatgaattaattttgtgaattacatgcatcatcataacgcttaaattaccaacaagaggtttggtctaacgaaagacattaaatt 11621085  T
118 agcacatcgtgacagctgaaagatgtatccacatttgtgtctaacatacctctaataggattatcttcaattgaaataaattgt-gnnnnnnnnnnnnnt 216  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||| ||| || |||||||||| |             |    
11621084 agcacatcgtggcagctgaaagatgtatccacatttgtgtctaacatatctcaaagaggattatctccaa-tggaataaattgtggaaaaccaaaaaatt 11620986  T
217 atgtaaattatcccataacttttaattgattttagcacaaatactaatttttatcctctgacccaccnnnnnnnnacaattgatcatgattttgaaactc 316  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||  ||||  ||| |||| | ||||         ||| |||||||||||||  ||||||    
11620985 atgtaaattatccaataaattttaattgattttagcacaaatataaattggtattctcttatccactttttttttacacttgatcatgatttcaaaactc 11620886  T
317 ccaactaatgattaaaaaatgatgagggaatgcaacaaattcatattggacttaaaaagattaaataaaattttgaagcaatatgaaaatatagataaat 416  Q
     ||||| ||||||||||||  | ||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||           ||| ||||||    
11620885 acaactgatgattaaaaaactacgagggaatgaaacaaattcaaattggacttaaagagattaaatacaattttgaagc----------gatacataaat 11620796  T
417 aagatgccctttattcaaataataaagaatacaacacaagtacaaattcaacttccaactatataacaaatacaatgaaagactcaataacactaagact 516  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || | | ||| |||||||||||| || |||| ||| | || ||||||| | |||||||||||| |    
11620795 aagacgccctttattcaaataataaataatacaatactaattcaatttcaacttccaagtagataagaaagataaagaaagacccgataacactaagatt 11620696  T
517 cgat-cctaaccaattcacatacatgaaactaggttaagcatgtg 560  Q
      || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
11620695 --atgcctaaccaagtcacatacatgaaactaggttaagcatgtg 11620653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 624 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 11620584 - 11620425
Alignment:
624 cttaaggtggatctaagggctcggatcaaaagaatctggagggtccatatccacctcctcccctcatattgttggaaccaaacaaatgagattgcaacat 723  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| | ||||| ||||||| |||||||||    
11620584 cttaaggcggatctaagggctccgatcaaaagaatctggagggtccatatccacctcctccccccatgttgttgaagccaaataaatgaggttgcaacat 11620485  T
724 agggttctgaaaaaattgtgctggaaacatttgggtttgcgaaggatttggttgatgatg 783  Q
     ||||||||| |||| |||||||||||||| || | ||| | ||||||||||||||||||    
11620484 tgggttctgataaaactgtgctggaaacatatgagcttgtggaggatttggttgatgatg 11620425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 714 - 756
Target Start/End: Complemental strand, 39706279 - 39706237
Alignment:
714 attgcaacatagggttctgaaaaaattgtgctggaaacatttg 756  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||    
39706279 attgcaacatagggttttgaaaaatttgtggtggaaacatttg 39706237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 693 - 738
Target Start/End: Complemental strand, 33246814 - 33246769
Alignment:
693 tgttggaaccaaacaaatgagattgcaacatagggttctgaaaaaa 738  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||    
33246814 tgttgaaaccaaacaaatgaggttgcaacatatggttatgaaaaaa 33246769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0121 (Bit Score: 53; Significance: 5e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0121
Description:

Target: scaffold0121; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 649 - 755
Target Start/End: Complemental strand, 35327 - 35224
Alignment:
649 tcaaaagaatctggagggtccatatccacctcctcccctcatattgttggaaccaaacaaatgagattgcaacatagggttctgaaaaaattgtgctgga 748  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||| ||| |||   ||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||    
35327 tcaatagaatctggggggtccatatcctccttctc---tcatattgttgaagccaaacaaatgagattgcaatatagggtaatgaaaaaattgtggtgga 35231  T
749 aacattt 755  Q
    |||||||    
35230 aacattt 35224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 47; Significance: 2e-17; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 624 - 738
Target Start/End: Original strand, 22699917 - 22700031
Alignment:
624 cttaaggtggatctaagggctcggatcaaaagaatctggagggtccatatccacctcctcccctcatattgttggaaccaaacaaatgagattgcaacat 723  Q
    |||||||||||| || ||||||  |||||||||| |   |||| |||| ||||| | || | | |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
22699917 cttaaggtggatttaggggctcatatcaaaagaacccatagggaccatgtccacattcttctcccatattgttgaaaccaaacaaatgaggttgcaacat 22700016  T
724 agggttctgaaaaaa 738  Q
    |||||||||||||||    
22700017 agggttctgaaaaaa 22700031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 624 - 750
Target Start/End: Complemental strand, 19988709 - 19988583
Alignment:
624 cttaaggtggatctaagggctcggatcaaaagaatctggagggtccatatccacctcctcccctcatattgttggaaccaaacaaatgagattgcaacat 723  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |    ||| ||||  |||||| |||| | |||||||||| |  |||| ||||||| ||| |||||    
19988709 cttaaggtggttctaagggctcggatcaaaagaacccatggggaccatgcccaccttctcctcccatattgttgaagtcaaataaatgaggttgaaacat 19988610  T
724 agggttctgaaaaaattgtgctggaaa 750  Q
     ||||| || |||||||||||| ||||    
19988609 tgggttttgtaaaaattgtgctagaaa 19988583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 668 - 750
Target Start/End: Complemental strand, 22002507 - 22002425
Alignment:
668 ccatatccacctcctcccctcatattgttggaaccaaacaaatgagattgcaacatagggttctgaaaaaattgtgctggaaa 750  Q
    |||| ||||||| |||| | |||||||||| | ||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||    
22002507 ccatgtccaccttctcctcccatattgttgaagccaaacaaatgtggttgcaacatagggttctgaataaattctgccggaaa 22002425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University