View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18276_high_2 (Length: 583)

Name: NF18276_high_2
Description: NF18276
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18276_high_2
NF18276_high_2
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (17-449)||(35364666-35365099)
chr5 (120-545)||(35752525-35752953)
chr5 (77-559)||(35374111-35374582)
chr5 (58-437)||(35404399-35404776)
chr5 (352-559)||(35383893-35384091)
chr5 (131-422)||(35421501-35421793)
chr5 (131-422)||(35434846-35435138)
chr5 (363-409)||(35364218-35364264)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (17-405)||(10421560-10421947)
chr1 (71-488)||(10417698-10418113)
chr1 (26-420)||(10411930-10412322)
chr1 (363-409)||(10422395-10422441)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (60-440)||(30633108-30633486)
chr2 (60-440)||(30660837-30661215)
chr2 (26-440)||(30669517-30669929)
chr2 (60-386)||(30631057-30631381)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (26-424)||(13563195-13563590)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (71-444)||(29625129-29625492)
chr7 (517-561)||(29625562-29625606)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (148-416)||(1153053-1153323)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 362; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 35365099 - 35364666
Alignment:
Q  17 aaccttgtcggaattcttccaatgagttgattgaagcccagattaattactttgatatttgtgcaattagtgagctccataggaatctctccttgaagtt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35365099 aaccttgtcggaattcttccaatgagttgattgaagcccagattaattactttgatatttgagcaattagtgagctccataggaatctctccttgaagtt 35365000  T
Q  117 tgctgttgttggttaagtgaagaatttgcagccgcttcaaacgaccaacttgttttggaatttcaccatgcaagtcgacgtttgaaaggtagagttttct 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35364999 tgctgttgttggttaagtgaagaatttgcagccgcttcaaacgaccaacttgttttggaatttcaccatgcaagtcgacgtttgaaaggtagagttttct 35364900  T
Q  217 aagaaatgttagatttcccaatgatggtccgagagtaccacccaatattagattctccaaatgcgaagaaatgactctcatgtgacgacgaccacatgta 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35364899 aagaaatgttagatttcccaatgatggtccgagagtaccacccaatatttgattctccaaatgcaaagaaatgactctcatgtgacgacgaccacatgta 35364800  T
Q  317 atcccttgccagtcacagaaatgtagagactcatt-catgatggcaaagaatctggtacaccatttgtaagtttttccttcaaagcaagcaaagcaagct 415  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |  |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |    
T  35364799 atcccttgccattcacagaaatgtagagactcattccatgatggcagagaatcagacacaccatttgtaagcttttctttcaaagcaagcaaagcaagtt 35364700  T
Q  416 tatcagtatgcgaactcaaagaaagagcagcagt 449  Q
    ||||||| || |||||||||| || |||| ||||    
T  35364699 tatcagtctgtgaactcaaagcaaaagcaacagt 35364666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 120 - 545
Target Start/End: Complemental strand, 35752953 - 35752525
Alignment:
Q  120 tgttgttggttaagtgaagaatttgcagccgcttcaaacgaccaacttgttttggaatttcaccatgcaagtcgacgtttgaaaggtagagttttctaag 219  Q
    |||||||| |||||| || || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  || |||  |||   ||||  ||| ||    
T  35752953 tgttgttgcttaagtcaacaacttgcaaccgcttcaaacaaccaacttgttttggaacttcaccatgcaagttaacatttctaagtcggagtaatctgag 35752854  T
Q  220 aaatgttagatttcccaatgatggtccgagagtaccacccaatattagattctccaaatgcgaagaaatgactctcatgtgacgacgaccacatgtaatc 319  Q
    |||||||| ||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||| || |||| ||||||||| | |||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35752853 aaatgttaaattacccaaagatggtccaagagtgccacccaatgtttgattttccaaatgcaaggaagagactctcatgtgacgacgaccacatgtaatc 35752754  T
Q  320 ccttgccagtcacagaaatgtagagactcattc-atgatggcaaagaatctggtacaccatttgtaagtttttccttcaaagcaagcaaagcaagcttat 418  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  35752753 ccttgccacacacagaaatgtagagactcattccatgatggcaaagaatctggtacaccatttgtaagcttttcctttaaagcaagcaaagcaagcttat 35752654  T
Q  419 cagtatgcgaactcaaagaaagagcagcagtggctgaaggtatgaaataatacaccaacatttggctagct---aggtagaaaagaaacaagatacgatt 515  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    | ||||||||||||||  |||| |||    
T  35752653 cagtctgcgaactcaaagaaagagaagcagttgttgaaggtatgaaataatacaccaacatttggctagcagcaaagtagaaaagaaacatcatacaatt 35752554  T
Q  516 cctcattttgctatttgaaaatatgtatta 545  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  35752553 cctcattttgctatttgaaaa-atgtatta 35752525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 77 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 35374582 - 35374111
Alignment:
Q  77 gtgcaattagtgagctccataggaatctctccttgaagtttgctgttgttggttaagtgaagaatttgcagccgcttcaaacgaccaacttgttttggaa 176  Q
    ||||| |||| ||| |||||||||| ||| || ||||| |||   |||| | |||||| |||||  ||||  ||||| ||||||||||| ||  ||||||    
T  35374582 gtgcagttagagagttccataggaacctcaccatgaagattg---ttgtcgcttaagtcaagaagatgcaatcgctttaaacgaccaacctgacttggaa 35374486  T
Q  177 tttcaccatgcaagtcgacgtttgaaaggtagagttttctaagaaatgttagatttcccaatgatggtccgagagtaccacccaatattagattctccaa 276  Q
    ||||||||||||| |  || |||  ||| |  ||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | || |||| |||||    
T  35374485 tttcaccatgcaaattaacatttctaagctttagtcttctgataaatgttagatttcccaatgatggtccgagagtgccacccagtgtttgattttccaa 35374386  T
Q  277 atgcgaagaaatgactctcatgtgacgacgaccacatgtaatcccttgccagtcacagaaatgtagagactcatt-catgatggcaaagaatctggtaca 375  Q
    |||| | | |  |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||| | ||| |||||||||    
T  35374385 atgcaaggcagagactctcatgtgacgacgaccacatgtaactccttgccattcacagaaatgtaaagactcattccatgatggaagagagtctggtaca 35374286  T
Q  376 ccatttgtaagtttttccttcaaagcaagcaaagcaagcttatcagtatgcgaactcaaagaaagagcagcagtggctgaaggtatgaaataatacacca 475  Q
    |||||||| || ||||||||         |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  | ||| |||||||||||||||||||    
T  35374285 ccatttgtgagcttttcctt---------caaagcaagcttatcagtctgcgaactcaaagaaagagcagcagctgttgatggtatgaaataatacacca 35374195  T
Q  476 acatttggctagctaggtagaaaagaaacaagatacgattcctcattttgctatttgaaaatatgtattatgggtaaccaaata 559  Q
    ||||||||||||| | | ||||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  35374194 acatttggctagcaaagcagaaaagaaacatcatactattcctcattttgctctttgaaaatatttattatgagtaaccaaata 35374111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 58 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 35404776 - 35404399
Alignment:
Q  58 attaattactttgatatttgtgcaattagtgagctccataggaatctctccttgaagtttgctgttgttggt-taagtgaagaatttgcagccgcttcaa 156  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||| |||||| || ||||||||||||||||| | | |    ||||| ||||| ||||| |||||  ||||||||    
T  35404776 attaattaccttgatatttgagcaattagagagctctatgggaatctctccttgaagatggtt----ttggtctaagtaaagaacttgcaatcgcttcaa 35404681  T
Q  157 acgaccaacttgttttggaatttcaccatgcaagtcgacgtttgaaaggtagagttttctaagaaatgttagatttcccaatgatggtccgagagtacca 256  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||| |||  ||| |  ||  || ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  35404680 acaaccaacttgttttggaattccaccatacaagttgacctttctaagttttagaattgtaagaaaggttagatttcccaatgatggtccaagagtgcca 35404581  T
Q  257 cccaatattagattctccaaatgcgaagaaatgactctcatgtgacgacgaccacatgtaatcccttgccagtcacagaaatgtagagactcattc-atg 355  Q
    |||||| || |||| |||||| || | | |  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||    
T  35404580 cccaatgtttgattttccaaacgcaaggcagagactctcgtgtgatgacgaccacatgtaatcccttgccattcacaaaaatgtagagacttattccatg 35404481  T
Q  356 atggcaaagaatctggtacaccatttgtaagtttttccttcaaagcaagcaaagcaagcttatcagtatgcgaactcaaaga 437  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||    
T  35404480 atggcaaagaatctggtacaccatttgtaagcttttccttcaatgcaagcaaagccagcttatcagtctttgaactcaaaga 35404399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 352 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 35384091 - 35383893
Alignment:
Q  352 catgatggcaaagaatctggtacaccatttgtaagtttttccttcaaagcaagcaaagcaagcttatcagtatgcgaactcaaagaaagagcagcagtgg 451  Q
    |||||||| | |||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||         |||||||| |||||||||||||||||||||||||  |    
T  35384091 catgatggaagagaatctggtacgccatttgtgagcttttccttcaaagcaagc---------ttatcagtctgcgaactcaaagaaagagcagcagctg 35384001  T
Q  452 ctgaaggtatgaaataatacaccaacatttggctagctaggtagaaaagaaacaagatacgattcctcattttgctatttgaaaatatgtattatgggta 551  Q
     ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||    
T  35384000 ttgatggtatgaaataatacaccaacatttggctagcaaagcagaaaagaaacatcatactattcctcattttgctctttgaaaatatttattatgagta 35383901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 131 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 35421793 - 35421501
Alignment:
Q  131 aagtgaagaatttgcagccgcttcaaacgaccaacttgttttggaatttcaccatgcaagtcgacgtttgaaaggtagagttttctaagaaatgttagat 230  Q
    |||| ||||| ||||| || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| ||| ||||| | ||||||||| ||||| |||||||    
T  35421793 aagtcaagaacttgcaacctcttcaaaagaccaacttcttttggaatttcaccgtgcaaatcgatgttggaaagtttgagttttctgagaaaggttagat 35421694  T
Q  231 ttcccaatgatggtccgagagtaccacccaatattagattctccaaatgcgaaga-aatgactctcatgtgacgacgaccacatgtaatcccttgccagt 329  Q
    |||| || |||||||| |||||||||||| |  || |||| ||||||||| |||| |  |||||||||||| || ||||| |||||||  || | ||| |    
T  35421693 ttcctaaggatggtccaagagtaccaccccaattttgattttccaaatgc-aagacagagactctcatgtggcgtcgaccgcatgtaacaccctcccatt 35421595  T
Q  330 cacagaaatgtagagactcatt-catgatggcaaagaatctggtacaccatttgtaagtttttccttcaaagcaagcaaagcaagcttatcagt 422  Q
    |||||||||| ||||| ||||| |||||||| | || ||| |||| |||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||| | ||||||||    
T  35421594 cacagaaatgaagagattcattccatgatggaagagcatcaggtataccattggtaagtttttctttcaaagaaagcaaagcatgtttatcagt 35421501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 131 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 35435138 - 35434846
Alignment:
Q  131 aagtgaagaatttgcagccgcttcaaacgaccaacttgttttggaatttcaccatgcaagtcgacgtttgaaaggtagagttttctaagaaatgttagat 230  Q
    |||| ||||| ||||| || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| ||| ||||| | ||||||||| ||||| |||||||    
T  35435138 aagtcaagaacttgcaacctcttcaaaagaccaacttcttttggaatttcaccgtgcaaatcgatgttggaaagtttgagttttctgagaaaggttagat 35435039  T
Q  231 ttcccaatgatggtccgagagtaccacccaatattagattctccaaatgcgaaga-aatgactctcatgtgacgacgaccacatgtaatcccttgccagt 329  Q
    |||| || |||||||| |||||||||||| |  || |||| ||||||||| |||| |  |||||||||||| || ||||| |||||||  || | ||| |    
T  35435038 ttcctaaggatggtccaagagtaccaccccaattttgattttccaaatgc-aagacagagactctcatgtggcgtcgaccgcatgtaacaccctcccatt 35434940  T
Q  330 cacagaaatgtagagactcatt-catgatggcaaagaatctggtacaccatttgtaagtttttccttcaaagcaagcaaagcaagcttatcagt 422  Q
    |||||||||  ||||| ||||| |||||||| | || ||| |||| |||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||| | ||||||||    
T  35434939 cacagaaataaagagattcattccatgatggaagagcatcaggtataccattggtaagtttttctttcaaagaaagcaaagcatgtttatcagt 35434846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 363 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 35364264 - 35364218
Alignment:
Q  363 agaatctggtacaccatttgtaagtttttccttcaaagcaagcaaag 409  Q
    ||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  35364264 agaatcttgtacaccatttttaagcttttccttcaaagcaagcaaag 35364218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 299; Significance: 1e-168; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 17 - 405
Target Start/End: Original strand, 10421560 - 10421947
Alignment:
Q  17 aaccttgtcggaattcttccaatgagttgattgaagcccagattaattactttgatatttgtgcaattagtgagctccataggaatctctccttgaagtt 116  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10421560 aaccttgttggaattcttccaatgagttgattgaagcccagattaattactttgatatttatgcaattactgagctccataggaatctctccttgaagtt 10421659  T
Q  117 tgctgttgttggttaagtgaagaatttgcagccgcttcaaacgaccaacttgttttggaatttcaccatgcaagtcgacgtttgaaaggtagagttttct 216  Q
    || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10421660 tgttgttgttggttaagtgaagaacttgcagccgcttcaaacgaccaacttgttttggaatttcaccatgcaagtcaacgtttgaaaggtagagttttct 10421759  T
Q  217 aagaaatgttagatttcccaatgatggtccgagagtaccacccaatattagattctccaaatgcgaagaaatgactctcatgtgacgacgaccacatgta 316  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||| || ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10421760 aagaaatgttagatttctcaatgatggtcc--gagtaccacccaatgtttgattctcgaaatgcaaagaaatgactctcatgtgacgactaccacatgta 10421857  T
Q  317 atcccttgccagtcacagaaatgtagagactcatt-catgatggcaaagaatctggtacaccatttgtaagtttttccttcaaagcaagc 405  Q
    ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||    
T  10421858 atcccctgccactcacagaaatatagagactcattccatgatggcaaagaatctggtacaccatttgtaagcgtttctttcaaagcaagc 10421947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 71 - 488
Target Start/End: Original strand, 10417698 - 10418113
Alignment:
Q  71 atatttgtgcaattagtgagctccataggaatctctccttgaagtttgctgttgttggttaagtgaagaatttgcagccgcttcaaacgaccaacttgtt 170  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| | |   ||     ||||   ||||| |||||  |||||||||||||||| |||||    
T  10417698 atatttgtgcaattagtgagctctatgggaatctctccttgaagatgg---ttaaatcttaacacaagaacttgcaatcgcttcaaacgaccaatttgtt 10417794  T
Q  171 ttggaatttcaccatgcaagtcgacgtttgaaaggtagagttttctaagaaatgttagatttcccaatgatggtccgagagtaccacccaatattagatt 270  Q
    ||||||||| ||||| |||||| || |||  ||| |  ||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  10417795 ttggaattttaccatacaagtcaacttttttaagtttaagtattctgagaaatgttagatttcccaaggatggtccaagagtaccacccaatgtttgatt 10417894  T
Q  271 ctccaaatgcgaagaaatgactctcatgtgacgacgaccacatgtaatcccttgccagtcacagaaatgtagagactcattc-atgatggcaaagaatct 369  Q
     ||||||||| | |||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10417895 ttccaaatgcaaggaagagactctcatgtgacgacgaccacatctaatcccttgccaatcacagaaatgtagagactcattctatgatggcaaagaatct 10417994  T
Q  370 ggtacaccatttgtaagtttttccttcaaagcaagcaaagcaagcttatcagtatgcgaactcaaagaaagagcagcagtggctgaaggtatgaaataat 469  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |  | |||||||| | ||||| |||| ||||| || ||| |||||     
T  10417995 ggtacaccatttgtaagcttttccttcaaagcaagcaaagcatgcttatcagtctctgtactcaaagcatgagcaacagtcgctgatggcatgtaataaa 10418094  T
Q  470 acaccaacatttggctagc 488  Q
    |||| ||||||||| ||||    
T  10418095 acacgaacatttggatagc 10418113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 26 - 420
Target Start/End: Original strand, 10411930 - 10412322
Alignment:
Q  26 ggaattcttccaatgagttgattgaagcccagattaattactttgatatttgtgcaattagtgagctccataggaatctctccttgaagtttgctgttgt 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  | | |  |||||| |||||||||||||| |||| |||||| || |||||||||||  |||| | |   ||      
T  10411930 ggaattcttccaatgagttgattgaaagctaaacaaattaccttgatatttgtgcagttagcgagctctatgggaatctctccaagaagatgg---ttaa 10412026  T
Q  126 tggttaagtgaagaatttgcagccgcttcaaacgaccaacttgttttggaatttcaccatgcaagtcgacgtttgaaaggtagagttttctaagaaatgt 225  Q
       |||||| ||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||  ||| |||||||||    
T  10412027 atcttaagtcaagaacttgcaatcgcttcaaacgaccaacttgttttggaatttcaccatgcaagttgacatttgaaaggttgagcattcgaagaaatgt 10412126  T
Q  226 tagatttcccaatgatggtccgagagtaccacccaatattagattctccaaatgcgaaga-aatgactctcatgtgacgacgaccacatgtaatcccttg 324  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  || |||| ||||||||| |||| |   ||||||||||| |||||||| |||  ||  || ||    
T  10412127 tagatttcccaaggatggtccaagagtaccacccaagttttgattttccaaatgc-aagacagaaactctcatgtgtcgacgaccgcattcaactccctg 10412225  T
Q  325 ccagtcacagaaatgtagagactcatt-catgatggcaaagaatctggtacaccatttgtaagtttttccttcaaagcaagcaaagcaagcttatca 420  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  10412226 ccattcacagaaatgtagagactcattccatgatggcaaagaatcttgtacaccatttgtaagcttttccttcaaagcaagcaaagcatgctcatca 10412322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 363 - 409
Target Start/End: Original strand, 10422395 - 10422441
Alignment:
Q  363 agaatctggtacaccatttgtaagtttttccttcaaagcaagcaaag 409  Q
    ||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  10422395 agaatcttgtacaccatttttaagcttttccttcaaagcaagcaaag 10422441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 176; Significance: 2e-94; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 60 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 30633486 - 30633108
Alignment:
Q  60 taattactttgatatttgtgcaattagtgagctccataggaatctctccttgaagtttgctgttgttggttaagtgaagaatttgcagccgcttcaaacg 159  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||   |||||   ||||| ||||| | |||  |  |||||| |    
T  30633486 taattaccttgatatttgtgcagttagtgagctctatgggaatctctccttgaagattg---ttgtttcctaagtcaagaactcgcaatcctttcaaaag 30633390  T
Q  160 accaacttgttttggaatttcaccatgcaagtcgacgtttgaaaggtagagttttctaagaaatgttagatttcccaatgatggtccgagagtaccaccc 259  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| |||||     
T  30633389 accaacttgtgttggaatttcaccatgcaagttgacatttgaaaggttgagcattcgaagaaatgttagatttcccaaggatgatccaagagtgccacca 30633290  T
Q  260 aatattagattctccaaatgcgaagaaatgactctcatgtgacgacgaccacatgtaatcccttgccagtcacagaaatgtagagactcatt-catgatg 358  Q
    ||| || |||| ||||||||| | | |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30633289 aatgtttgattttccaaatgcaaggcagagactctcatgtgacgacgaccacatgtaatcccttcccattcacagaaatgtagagactcattccatgatg 30633190  T
Q  359 gcaaagaatctggtacaccatttgtaagtttttccttcaaagcaagcaaagcaagcttatcagtatgcgaactcaaagaaag 440  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||| ||||||||||    
T  30633189 gcaaataatctgatacaccatttgtaagcttttccttcaaagcaagcaaagctagcttatcagtctttgaattcaaagaaag 30633108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 60 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 30661215 - 30660837
Alignment:
Q  60 taattactttgatatttgtgcaattagtgagctccataggaatctctccttgaagtttgctgttgttggttaagtgaagaatttgcagccgcttcaaacg 159  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||   |||||   ||||| ||||| | |||  |  |||||| |    
T  30661215 taattaccttgatatttgtgcagttagtgagctctatgggaatctctccttgaagattg---ttgtttcctaagtcaagaactcgcaatcctttcaaaag 30661119  T
Q  160 accaacttgttttggaatttcaccatgcaagtcgacgtttgaaaggtagagttttctaagaaatgttagatttcccaatgatggtccgagagtaccaccc 259  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| |||||     
T  30661118 accaacttgtgttggaatttcaccatgcaagttgacatttgaaaggttgagcattcgaagaaatgttagatttcccaaggatgatccaagagtgccacca 30661019  T
Q  260 aatattagattctccaaatgcgaagaaatgactctcatgtgacgacgaccacatgtaatcccttgccagtcacagaaatgtagagactcatt-catgatg 358  Q
    ||| || |||| ||||||||| | | |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30661018 aatgtttgattttccaaatgcaaggcagagactctcatgtgacgacgaccacatgtaatcccttcccattcacagaaatgtagagactcattccatgatg 30660919  T
Q  359 gcaaagaatctggtacaccatttgtaagtttttccttcaaagcaagcaaagcaagcttatcagtatgcgaactcaaagaaag 440  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||| ||||||||||    
T  30660918 gcaaataatctgatacaccatttgtaagcttttccttcaaagcaagcaaagctagcttatcagtctttgaattcaaagaaag 30660837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 26 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 30669929 - 30669517
Alignment:
Q  26 ggaattcttccaatgagttgattgaagcccagattaattactttgatatttgtgcaattagtgagctccataggaatctctccttgaagtttgctgttgt 125  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||    | || |||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||   ||||    
T  30669929 ggaactcttccaatgagtttattgaaaggtaaatcaattaccttgatatttgtgcagttagtgagctctatgggaatctctccttgaagattg---ttgt 30669833  T
Q  126 tggttaagtgaagaatttgcagccgcttcaaacgaccaacttgttttggaatttcaccatgcaagtcgacgtttgaaaggtagagttttctaagaaatgt 225  Q
    |    ||| |||||| | |||  || |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  ||| |||  |||||||||    
T  30669832 ttccaaagagaagaactcgcaatcgtttcaaaagaccaacttgtgttggaatttcaccatgcaagttgacatttgaaaggctgagcttttgaagaaatgt 30669733  T
Q  226 tagatttcccaatgatggtccgagagtaccacccaatattagattctccaaatgcgaagaaatgactctcatgtgacgacgaccacatgtaatcccttgc 325  Q
    || ||||||||| |||| ||| ||||| ||||| ||| || |||| ||||||||| | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  30669732 taaatttcccaaggatgatccaagagtgccaccaaatgtttgattttccaaatgcaaggcagtgactctcatgtgacgacgaccacatgtaatcccttcc 30669633  T
Q  326 cagtcacagaaatgtagagactcatt-catgatggcaaagaatctggtacaccatttgtaagtttttccttcaaagcaagcaaagcaagcttatcagtat 424  Q
    || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  30669632 cattcacagaaatgtagagactcattccatgatggcaaataatatggtacaccatttgtaagcttttccttcaaagcaagcaaagccagcttatcagtct 30669533  T
Q  425 gcgaactcaaagaaag 440  Q
      ||| ||||||||||    
T  30669532 ttgaattcaaagaaag 30669517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 60 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 30631381 - 30631057
Alignment:
Q  60 taattactttgatatttgtgcaattagtgagctccataggaatctctccttgaagtttgctgttgttggttaagtgaagaatttgcagccgcttcaaacg 159  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||   |||||   ||||| ||||| | |||  || |||||| |    
T  30631381 taattaccttgatatttgtgcagttagtgagctctatgggaatctctccttgaagattg---ttgtttactaagtcaagaactcgcaatcgtttcaaaag 30631285  T
Q  160 accaacttgttttggaatttcaccatgcaagtcgacgtttgaaaggtagagttttctaagaaatgttagatttcccaatgatggtccgagagtaccaccc 259  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| |||||     
T  30631284 accaacttgtgttggaatttcaccatgcaagttgacatttgaaaggttgagcattcgaagaaatgttagatttcccaaggatgatccaagagtgccacca 30631185  T
Q  260 aatattagattctccaaatgcgaagaaatgactctcatgtgacgacgaccacatgtaatcccttgccagtcacagaaatgtagagactcatt-catgatg 358  Q
    ||| || |||| ||||||||| | | |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30631184 aatgtttgattttccaaatgcaaggcagagactctcatgtgacgacgaccacatgtaatcccttcccattcacagaaatgtagagactcattccatgatg 30631085  T
Q  359 gcaaagaatctggtacaccatttgtaag 386  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30631084 gcaaataatctggtacaccatttgtaag 30631057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 118; Significance: 6e-60; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 26 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 13563590 - 13563195
Alignment:
Q  26 ggaattcttccaatgagttgattgaagcccagattaattactttgatatttgtgcaattagtgagctccataggaatctctccttgaagtttgctgttgt 125  Q
    |||| ||||||| |||||||||||   | || || |||||  |||||||| |||||||||| |||||| || ||||||||||||||||  ||| | || |    
T  13563590 ggaactcttccagtgagttgattgctccacatatcaattatcttgatattagtgcaattagcgagctctatcggaatctctccttgaatattgttctttt 13563491  T
Q  126 tggttaagtgaagaatttgcagccgcttcaaacgaccaacttgttttggaatttcaccatgcaagtcgacgtttgaaaggtagagttttctaagaaatgt 225  Q
    |   ||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||| |||   ||| |  ||  |||||||||| ||    
T  13563490 t---taagtcaagaatttgcaatcacttcaaacgaccaacttcttttggaatttcatc-tgcaagtcgatgttcttaagttttaggattctaagaaaggt 13563395  T
Q  226 tagatttcccaatgatggtccgagagtaccacccaatattagattctccaaatgcgaagaaatgactctcatgtgacgacgaccacatgtaatcccttgc 325  Q
    || ||||||||| |||||||| | |||| ||||| || || |||||| ||||||| | | |  ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| |||    
T  13563394 taaatttcccaaggatggtccaaaagtagcaccccatgtttgattcttcaaatgcaaggcagagactcgcatgtgacgaccaccacatgtaaccccctgc 13563295  T
Q  326 cagtcacagaaatgtagagactcatt-catgatggcaaagaatctggtacaccatttgtaagtttttccttcaaagcaagcaaagcaagcttatcagtat 424  Q
    || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||| || || ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  13563294 cattcacagaaatgtagagactcattccatgatggtagagaatcgggcacgccatttgtaagcttttcctacaaagcaagcaaagctagcttatcggtat 13563195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 108; Significance: 6e-54; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 71 - 444
Target Start/End: Original strand, 29625129 - 29625492
Alignment:
Q  71 atatttgtgcaattagtgagctccataggaatctctccttgaagtttgctgttgttggttaagtgaagaatttgcagccgcttcaaacgaccaacttgtt 170  Q
    ||||||||||| || ||||||||  |||||||||||||||||||||||   || | ||||||||  |||| || |||  |||||||||| ||||||||      
T  29625129 atatttgtgcagtttgtgagctctgtaggaatctctccttgaagtttg---ttatcggttaagttgagaacttccagttgcttcaaacggccaacttgac 29625225  T
Q  171 ttggaatttcaccatgcaagtcgacgtttgaaaggtagagttttctaagaaatgttagatttcccaatgatggtccgagagtaccacccaatattagatt 270  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |  |||   |||   ||| ||||| |||||||||||||||||||| || | ||||||||||||| || | ||    
T  29625226 ttggaatttcaccatgcaagtcgacgtgtacaagtatgagcactctgagaaaggttagatttcccaatgatggcccaatagtaccacccaatgtttggtt 29625325  T
Q  271 ctccaaatgcgaagaaatgactctcatgtgacgacgaccacatgtaatcccttgccagtcacagaaatgtagagactcattc-atgatggcaaagaatct 369  Q
     |||||| || |        ||||||||||  || || ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||     
T  29625326 ttccaaacgcaa--------ctctcatgtgtggatgatcacatgtaatcccttgccattcacagaaatgtaaagactcattccatgatggcagagaatcc 29625417  T
Q  370 ggtacaccatttgtaagtttttccttcaaagcaagcaaagcaagcttatcagtatgcgaactcaaagaaagagca 444  Q
    |  || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||| |||||| ||||    
T  29625418 gacaccccattcgtaagcttttccttcaaagcaagcaaagcgagcttatcagtgtctgaactcgaagaaatagca 29625492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 517 - 561
Target Start/End: Original strand, 29625562 - 29625606
Alignment:
Q  517 ctcattttgctatttgaaaatatgtattatgggtaaccaaataat 561  Q
    |||||||||||| | || ||||||||||||||||||| |||||||    
T  29625562 ctcattttgctagtggagaatatgtattatgggtaacaaaataat 29625606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 100; Significance: 3e-49; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 148 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 1153323 - 1153053
Alignment:
Q  148 ccgcttcaaacgaccaacttgttttggaatttcaccatgcaagtcgacgtttgaaaggtagagttttctaagaaatgttagatttcccaatgatggtccg 247  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||| | |||| || | |||||||||||||||||||| | | || |     
T  1153323 ccgcttcaaacaaccagcttgttttggaatttcaccatgcaagccgatatttgaaagcttgagtattgttagaaatgttagatttcccaaggctcgttca 1153224  T
Q  248 agagtaccacccaatattagattctccaaatgcgaaga-aatgactctcatgtgacgac-gaccacatgtaatcccttgccagtcacagaaatgtagaga 345  Q
    |||||||||||| |  || |||||||||||||| |||| |  |||||||||||||  || |||||||| ||| ||||||||| | ||| |||||||||||    
T  1153223 agagtaccaccccaggtttgattctccaaatgc-aagatagagactctcatgtgagcactgaccacatttaaccccttgccatttacaaaaatgtagaga 1153125  T
Q  346 ctcatt-catgatggcaaagaatctggtacaccatttgtaagtttttccttcaaagcaagcaaagcaagctt 416  Q
    |||||| ||||| |||| |||||| || || |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  1153124 ctcattccatgacggcagagaatcaggcacgccatttgtaagttttttcttcaaagcaagcaaagctagctt 1153053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University