View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18277_high_2 (Length: 850)

Name: NF18277_high_2
Description: NF18277
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18277_high_2
NF18277_high_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (9-833)||(53693793-53694625)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 746; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 746; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 833
Target Start/End: Complemental strand, 53694625 - 53693793
Alignment:
Q  9 acatcatcactaccaaataagttaaagtgcaccacatcaatggaaaaatgagatcaaggacaaattcataatgattaatatttgcacgtcaaattgaaag 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53694625 acatcatcactaccaaataagttaaagtgcaccacatcagtggaaaaatgagatcaaggacaaattcataatgattaatatttgcacgtcaaattgaaag 53694526  T
Q  109 aatttgtaattgtatggaccaaaacctaagtttgttatatttgcaaagaccatttacatatttaattatttatttttatagcgattgttgaatttggcca 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53694525 aatttgtaattgtatggaccaaaacctaagtttgttatatttgcaaagaccatttacatatttaattatttatttttatagcgattgttgaatttggcca 53694426  T
Q  209 agtaattgatatggtttgctcttaaaataaaattagatgtgnnnnnnnnnnnnaaggaataaaaagagatgtattgtttgttacatcatatagctcagtc 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53694425 agtaattgatatggtttgctcttaaaataaaattagatgtgtttttattttttaaggaataaaaagagatgtattgtttgttacatcatatagctcagtc 53694326  T
Q  309 ttgatataaaaagagatggatttaaacaagacataattatcaaattcacatttctccctattgtccttttcgtcctctcatatggcctcaaatgacaaga 408  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53694325 ttgaaataaaaagagatggatttaaacaagacataattatcaaattcacatttctccctattgtccttttcgtcctctcatatggcctcaaatgacaaga 53694226  T
Q  409 tttttagattattatccaacatgatctcttaaactttccctccacttagttaaccatttgaaaaccattcataactcatttacatagcaaataaacctc- 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  53694225 tttttagattattatccaacatgatctcttaaactttccctccacctagttaaccatttgaaaaccattcataactcatttacatagcaaataaacctca 53694126  T
Q  508 -aatactataggggaggttacatataacctcaaatttttgctggatttacctaagtcccaacttaagcttgatttatccgactctgttaaacactctcct 606  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53694125 aaatactataggggaggttacatataacctcaaatttttgctggatttacctaagtcccaacttaagcttgatttatccgactctgttaaacactctcct 53694026  T
Q  607 tctatgagagttcttgtaacaggattaattgattgcattgca-----ttgtgaaggaggaaacactttagtgttgctttgaatcctctacatctatg-tt 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  53694025 tctatgagagttcttgtaacaggattaattgattgcattgcatcaagttgtgaaggaggaaacactttagtgttgctttgaatcctctacatctatgttt 53693926  T
Q  701 tgctttgatgatagagaacatgttgaaacattggactataactgaaacattccaccactcatggttactgaacatggagtgcttttggtggtacatggca 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53693925 tgctttgatgatagagaacatgttgaaacattggactataactgaaacattccaccactcatggttactgaacatggagtgcttttggtggtacatggca 53693826  T
Q  801 ttctgttagattggagttggtttgagcttcatc 833  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53693825 ttctgttagattggagttggtttgagcttcatc 53693793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University