View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF18278_low_2 (Length: 818)
Name: NF18278_low_2
Description: NF18278
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18278_low_2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 770; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 770; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 806
Target Start/End: Original strand, 43020518 - 43021308
Alignment:
| Q |
16 |
caattacaatacaaagacaaaatgcttcaaatcatgtccataaaccatggtttgaataaatatggtcacgagagagattttgaaacggagaatcaagatt |
115 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43020518 |
caattacaatacaaagacaaaatgcttcaaatcatgtccataaaccatggtttgaataaatatggtcacgagagagattttgaaacggagaatcaagatt |
43020617 |
T |
|
| Q |
116 |
ttataacagcactgcaccattagcatatgcagaaatgcagttaatccaatatttcatcatcaaaataggcgagacacgccggaatagctccctcaaccat |
215 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43020618 |
ttataacagcactgcaccattagcatatgcagaaatgcagttaatccaatatttcatcatcaaaataggcgagacacgccggaatagctccctcaaccat |
43020717 |
T |
|
| Q |
216 |
ttcgtaaacaaccacacaatataacttgatagataaatactattaacaataaatgaagccaagagaaataacttccaaagactacaataattaaatccnn |
315 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43020718 |
ttcgtaaacaaccacacaatataacttgatagataaatactattaacaataaatgaagccaagagaaataacttccaaagactacaataattaaatccaa |
43020817 |
T |
|
| Q |
316 |
nnnnntaacaaatgggattatctactataatgatgttcttttgcatgcttgaggtttctggacaaacatttggtagaaaacccacagaaattaataagcg |
415 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43020818 |
aaaaataacaaatgggattatctactataatgatgttcttttgcatgcttgaggtttctggacaaacatttggtagaaaacccacagaaattaataagcg |
43020917 |
T |
|
| Q |
416 |
cataagctgaaaattaaaacaatagaaagtacatactgcttttggtttcgatgaagaaacatctccaacactactcacatctctaccaaattctcgatct |
515 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43020918 |
cataagctgaaaattaaaacaatagaaagtacatactgcttttggtttcgatgaagaaacatctccaacactactcacatctctaccaaattctcgatct |
43021017 |
T |
|
| Q |
516 |
ttggataagttcctgttccatgaaagaaataaactcattaaaagcaataagacaataaactcggatgagtcttaagcactgcatagttcacatgccaaaa |
615 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43021018 |
ttggataagttcctgttccatgaaagaaataaactcattaaaagcaataagacaataaactcggatgagtcttaagcactgcatagttcacatgccaaaa |
43021117 |
T |
|
| Q |
616 |
gaataatgataacatctatcatccttttacaatatgttactctgtcaaccataaaagttcgaaactatattcaataggtaagtagttaatgatatgcaaa |
715 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43021118 |
gaataatgataacatctatcatccttttacaatatgttactctgtcaaccataaaagttcgaaactatattcaataggtaagtagttaatgatatgcaaa |
43021217 |
T |
|
| Q |
716 |
aatgtctttgtgtaaagcagtgctttgcaattattttatgaaaatccacaacatattctgctttatcaaacaagatttgctgtagaataat |
806 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43021218 |
aatgtctttgtgtaaagcagtgctttgcaattattttatgaaaatccacaacatattctgctttatcaaacaagatttgctgtagaataat |
43021308 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 461; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 177 - 784
Target Start/End: Original strand, 42809857 - 42810459
Alignment:
| Q |
177 |
aaaataggcgagacacgccggaatagctccctcaaccatttcgtaaacaaccacacaatataacttgatagataaatactattaacaataaatgaagcca |
276 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42809857 |
aaaataggtgagacaagccggaatagctccctcaaccatttcgtaaacaaccacgcaatataacttgatagataaatactattaacaataaatgaagcca |
42809956 |
T |
|
| Q |
277 |
agagaaataacttccaaagactacaataattaaatccnnnnnnntaacaaatgggattatctactataatgatgttcttttgcatgcttgaggtttctgg |
376 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42809957 |
agagaaataacttccaaagactacaataattaaatccaaaaaaataacaaatgggattatctactataatgatgttcttttgcatgcttgaggtttctgg |
42810056 |
T |
|
| Q |
377 |
acaaacatttggtagaaaacccacagaaattaataagcgcataagctgaaaattaaaacaatagaaagtacatactgcttttggtttcgatgaagaaaca |
476 |
Q |
| |
|
|||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
42810057 |
acaaacgtgtggtagaaaacccacagaaattaataagcgcataagctgaaaattaaaacaatagaaagtacatactgcttttggtttcgacgaagaaaca |
42810156 |
T |
|
| Q |
477 |
tctccaacactactcacatctctaccaaattctcgatctttggataagttcctgttccatgaaagaaataaactcattaaaagcaataagacaataaact |
576 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
42810157 |
tctccaacactactcacatctctaccaaattctcgatctttggataagtccctgttccatgaaagaattaaactcattaaaagcaataagac---aaact |
42810253 |
T |
|
| Q |
577 |
cggatgagtcttaagcactgcatagttcacatgccaaaagaataatgataacatctatcatccttttacaatatgttactctgtcaaccataaaagttcg |
676 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| | |
|
|
| T |
42810254 |
tcgatgactcttaagcactccatagttcaaatgcaaaaagaatagtgataacat-tatcatccttttacaatatgttactctgccaatcataaaagttgg |
42810352 |
T |
|
| Q |
677 |
aaactatattcaataggtaagtagttaatgatatgcaaaaatgtctttgtgtaaagcagtgctttgcaattattttatgaaaatccacaacatattctgc |
776 |
Q |
| |
|
|||||| ||||| || ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42810353 |
aaactaaattcactatgtaagtagttaatgacatggaaaaatgtc-ttgtgtaaagcagtgctttacaattattttatgaaaatccacaacatattctgc |
42810451 |
T |
|
| Q |
777 |
tttatcaa |
784 |
Q |
| |
|
|||||||| |
|
|
| T |
42810452 |
tttatcaa |
42810459 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 437; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 177 - 806
Target Start/End: Original strand, 35059360 - 35060006
Alignment:
| Q |
177 |
aaaataggcgagacacgccggaatagctccctcaaccatttcgtaaacaaccacacaatataacttgatagataaatactattaacaataaatgaagcca |
276 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |
|
|
| T |
35059360 |
aaaataggtgagacacgccggaatcgctccctcaaccatttcggaaacaaccacacaatataacttgatagataaatactataatcaataaatgaagcca |
35059459 |
T |
|
| Q |
277 |
agagaaataacttccaaagactacaataattaaatccnnnnnnntaacaaatgggattatctactataatgatgttcttttgcatgcttgaggtttctgg |
376 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35059460 |
aaagaaataacttccaaagactactataattaaatacaaaaaaataacaaatgggattatctactataatgatgttcttttgcatgcttgaggtttctgg |
35059559 |
T |
|
| Q |
377 |
acaaacatttggtagaaaacccacagaaattaataagcgcataa---------------gctgaaaattaaaacaatagaaagtacatactgcttttggt |
461 |
Q |
| |
|
|||||| || ||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||| |
|
|
| T |
35059560 |
acaaacgttaggtagaaaacccacagaaaataataaacgcataaaattccacatagagagctgaaaattaagacaatagaaagtgcatactgtttttggt |
35059659 |
T |
|
| Q |
462 |
ttcgatgaagaaacatctccaacactactcacatctctaccaaattctcgatctttggataagttcctgttccatgaaagaaataaactcattaaaagca |
561 |
Q |
| |
|
||| | |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35059660 |
ttcaacgaagaaacatctccaacattgctcacatctctaccaaattctcgatctttggataagtccctgttccatgtaggaattaaactcattaaaagca |
35059759 |
T |
|
| Q |
562 |
ataagacaataa---actcggatgagtcttaagcactgcatagttc-acatgccaaaagaataatgataacatctatcatccttttacaatatgttactc |
657 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35059760 |
ataagacaataataaactcggatgagtctcaagcactgcatagttccacatgcaaaaagaataatgataacatctatcatccttttacaatatgttactc |
35059859 |
T |
|
| Q |
658 |
tgtcaaccataaaagttcgaaactatattcaataggtaagtagttaatgatatgcaaaaatgtctttgtgtaaagcagtgctttgcaattattttatgaa |
757 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35059860 |
tgtcaaccataaaagttcgaaactatattcaataggtaagtagttaatgatatgaaaaaatgtc--tgtgtaaagcagtgctttgcaattattttatgaa |
35059957 |
T |
|
| Q |
758 |
aatccacaacatattctgctttatcaaacaagatttgctgtagaataat |
806 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35059958 |
aatccgcaacatattctgctttatcaaacaagatttgctgtagaataat |
35060006 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 16 - 175
Target Start/End: Original strand, 35059165 - 35059321
Alignment:
| Q |
16 |
caattacaatacaaagacaaaatgcttcaaatcatgtccataaaccatggtttgaataaatatggtcacgagagagattttgaaacggagaatcaagatt |
115 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
35059165 |
caattacaatacaaagacaaaatgcttcaaatcatgtccataaaccatggtttgaataa--atggccacgagagagattttgaaacggcgaatcaagatt |
35059262 |
T |
|
| Q |
116 |
ttataacagcactgcaccattagcatatgcagaaatgcagttaatccaatatttcatcat |
175 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35059263 |
ttataacagcactacaccgttatcatatgcagcaatgcagtt-atccaatatttcatcat |
35059321 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 105; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 16 - 178
Target Start/End: Original strand, 42809655 - 42809812
Alignment:
| Q |
16 |
caattacaatacaaagacaaaatgcttcaaatcatgtccataaaccatggtttgaataaatatggtcacgagagagattttgaaacggagaatcaagatt |
115 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
42809655 |
caattacaatacagagataaaatgcttcaaatcatgcccataaaccatggtttgaataaat--ggtcacaagag--attttgaaacggcgaatcaagatt |
42809750 |
T |
|
| Q |
116 |
ttataacagcactgcaccattagcatatgcagaaatgcagttaatccaatatttcatcatcaa |
178 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42809751 |
ttataacagcactgcaccattatcatatgcagcaatgcagtt-atccaatatttcatcatcaa |
42809812 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 423 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 41567544 - 41567447
Alignment:
| Q |
423 |
tgaaaattaaaacaatagaaagtacatactgcttttggtttcgatgaagaaacatctccaacactactcacatctctaccaaattctcgatctttgga |
520 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||| ||||||||||| | ||||| ||| |||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||| |||||||| ||||| |
|
|
| T |
41567544 |
tgaaaattaagacaataaaaagtacatacagtttttgattttattgaagaaacatccccaacactgctcacttccctaccaaaatctcgatccttgga |
41567447 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University