View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18280_low_1 (Length: 680)

Name: NF18280_low_1
Description: NF18280
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18280_low_1
NF18280_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-662)||(20170151-20170789)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-662)||(44391861-44392499)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 533; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 533; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 662
Target Start/End: Complemental strand, 20170789 - 20170151
Alignment:
Q  1 tcttgcttactcaatgtttttgaaagaacacttatattaatttaaacattcttaaattttcaacactcattcaacgcatcattttatctccatctctcat 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  20170789 tcttgcttactcgatgtttttgaaagaacacttatatt----taaacattcttaaattttcaacactcattcaacgccttattttatctccatctctcat 20170694  T
Q  101 ttcatatcatgttatcaacctatcacatatattagtatattatatctttttctctcaagaagtagattgattgtttgggtgtttaaaaataaaactcctt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20170693 ttcatatcatgttatcaacctatcacatatattagtatattatatctttttctctcaagatgtagattgattgtttgggtatttaaaaataaaactcctt 20170594  T
Q  201 tgtgaaatgatacgaagactttaattgtgagttaattatatggttttaaatgtaagtggcattactatacattgaatttatagatttatgaatcatataa 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20170593 tgtgaaatgatacgaagactttaattgtgagttaattatatgcttttaaatgtaagtggcattactatacattgaatttatagatttatgaatcatataa 20170494  T
Q  301 gaaagcatggccacatatttaggagcttaatagagataatatataaccttgatgaagtaaccaacatggtatcctagggtttatcaaaatgaactttgat 400  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20170493 gaaagtatggccacatatttaggagcttaa----------------ccttgatgaagtaaccaacatggtatcctagggtttatcaaaatgaactttgat 20170410  T
Q  401 tctatatgtgaagggaagtggtaagtcactagaaagtgggaaccaacatattactgacaagttacgacaaatagtctttgctgttacaaggaaacctttg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20170409 tctatatgtgaagggaagtggtaagtcgctagaaagtgggaaccaacatattactgacaagttacgacaaatagtctttgctgttacaaggaaacctttg 20170310  T
Q  501 ttatgtatgactaaattttctcaggtgacccatgtctaagtgacttatatggtatacgataagtgtatatacaaagacaaacatattctacaataatgaa 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  20170309 ttatgtatgactaaattttctcaggtgacccatgtctaagtgacttgtatggtatacgataagtgtatatacaaagacaaacatattctacaataatg-- 20170212  T
Q  601 ttatgtttacaacaacattgcgttttgtaagattatgtatatgacttaattgtgggtattgt 662  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  20170211 ttatgtttacaacaacattgcg-tttgtaagattatgtatatgacttaattgtaggtattgt 20170151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 533; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 533; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 662
Target Start/End: Complemental strand, 44392499 - 44391861
Alignment:
Q  1 tcttgcttactcaatgtttttgaaagaacacttatattaatttaaacattcttaaattttcaacactcattcaacgcatcattttatctccatctctcat 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  44392499 tcttgcttactcgatgtttttgaaagaacacttatatt----taaacattcttaaattttcaacactcattcaacgccttattttatctccatctctcat 44392404  T
Q  101 ttcatatcatgttatcaacctatcacatatattagtatattatatctttttctctcaagaagtagattgattgtttgggtgtttaaaaataaaactcctt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  44392403 ttcatatcatgttatcaacctatcacatatattagtatattatatctttttctctcaagatgtagattgattgtttgggtatttaaaaataaaactcctt 44392304  T
Q  201 tgtgaaatgatacgaagactttaattgtgagttaattatatggttttaaatgtaagtggcattactatacattgaatttatagatttatgaatcatataa 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44392303 tgtgaaatgatacgaagactttaattgtgagttaattatatgcttttaaatgtaagtggcattactatacattgaatttatagatttatgaatcatataa 44392204  T
Q  301 gaaagcatggccacatatttaggagcttaatagagataatatataaccttgatgaagtaaccaacatggtatcctagggtttatcaaaatgaactttgat 400  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44392203 gaaagtatggccacatatttaggagcttaa----------------ccttgatgaagtaaccaacatggtatcctagggtttatcaaaatgaactttgat 44392120  T
Q  401 tctatatgtgaagggaagtggtaagtcactagaaagtgggaaccaacatattactgacaagttacgacaaatagtctttgctgttacaaggaaacctttg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44392119 tctatatgtgaagggaagtggtaagtcgctagaaagtgggaaccaacatattactgacaagttacgacaaatagtctttgctgttacaaggaaacctttg 44392020  T
Q  501 ttatgtatgactaaattttctcaggtgacccatgtctaagtgacttatatggtatacgataagtgtatatacaaagacaaacatattctacaataatgaa 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  44392019 ttatgtatgactaaattttctcaggtgacccatgtctaagtgacttgtatggtatacgataagtgtatatacaaagacaaacatattctacaataatg-- 44391922  T
Q  601 ttatgtttacaacaacattgcgttttgtaagattatgtatatgacttaattgtgggtattgt 662  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  44391921 ttatgtttacaacaacattgcg-tttgtaagattatgtatatgacttaattgtaggtattgt 44391861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University