View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18282_low_6 (Length: 573)

Name: NF18282_low_6
Description: NF18282
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18282_low_6
NF18282_low_6
[»] chr1 (34 HSPs)
chr1 (1-471)||(10979104-10979574)
chr1 (1-550)||(11010670-11011219)
chr1 (1-550)||(10914369-10914918)
chr1 (1-549)||(10903209-10903754)
chr1 (1-556)||(11028382-11028939)
chr1 (1-556)||(11004797-11005352)
chr1 (1-550)||(11032961-11033510)
chr1 (117-556)||(10974142-10974581)
chr1 (1-550)||(11007508-11008057)
chr1 (1-219)||(10993818-10994036)
chr1 (199-362)||(10901567-10901730)
chr1 (469-556)||(10983762-10983849)
chr1 (1-121)||(10932749-10932870)
chr1 (158-476)||(9432692-9433010)
chr1 (158-476)||(9453679-9453997)
chr1 (227-518)||(9319908-9320199)
chr1 (227-518)||(9318103-9318394)
chr1 (158-476)||(9399569-9399887)
chr1 (1-131)||(10901433-10901563)
chr1 (221-481)||(8964512-8964772)
chr1 (221-481)||(8999663-8999923)
chr1 (227-479)||(9350225-9350477)
chr1 (221-479)||(9384225-9384483)
chr1 (158-347)||(9082523-9082712)
chr1 (231-506)||(9233884-9234159)
chr1 (221-481)||(8873918-8874178)
chr1 (209-455)||(9488538-9488784)
chr1 (227-350)||(9255009-9255132)
chr1 (158-476)||(9486044-9486362)
chr1 (231-347)||(9096793-9096909)
chr1 (388-455)||(9464285-9464352)
chr1 (424-518)||(8956226-8956320)
chr1 (388-506)||(9056728-9056846)
chr1 (424-476)||(8942220-8942272)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (227-518)||(15927009-15927300)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (227-514)||(9159598-9159885)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (385-425)||(40225245-40225285)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (415-460)||(27692614-27692659)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (385-425)||(7945893-7945933)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 459; Significance: 0; HSPs: 34)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 459; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 471
Target Start/End: Original strand, 10979104 - 10979574
Alignment:
Q  1 tcttcttcttcaagcatctccaacactttatccattgaaggacggtcgtcgggttttgtctgtatacaccacaaagccacaatcatcattttctttgcca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10979104 tcttcttcttcaagcatctccaacactttatccattgaaggacggtcgtcgggttttgtctgtatacaccacaaagccacaatcatcattttctttgcca 10979203  T
Q  101 attttatttcctgatctgtgtcattttcaatcgtcacttcccttccatcatgtaatcgatcatatatccaaaaagggaaataaatttggctagattgctc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10979204 attttatttcctgatctgtgtcattttcaatcgttacttcccttccatcatgtaatcgatcatatatccaaaaagggaaataaatttggctagattgctc 10979303  T
Q  201 agccattgcattcaagttcctccttctacttgccatctccatcaacaacatcccaaaactatatacatcagctttgtaagatattgtgccaacatttctg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10979304 agccattgcattcaagttcctccttctacttgccatctccatcaacaacatcccaaaactatatacatcagctttgtaagatattgtgccaacatttctg 10979403  T
Q  301 tagaatagttcaggagccatgtatccaatggtccctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggacagagtctagcaagtccaaaatcag 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10979404 tagaatagttcaggagccatgtatccaatggtccctcttgctgcagttaatgacacaaagcttttatctgtaggacaaagtctagcaagtccaaaatcag 10979503  T
Q  401 aaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatatcaaagtgtagaattttcata 471  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10979504 aaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatatcaaagtgtagaattttcata 10979574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 394; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 550
Target Start/End: Original strand, 11010670 - 11011219
Alignment:
Q  1 tcttcttcttcaagcatctccaacactttatccattgaaggacggtcgtcgggttttgtctgtatacaccacaaagccacaatcatcattttctttgcca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |    
T  11010670 tcttcttcttcaagcatctccaaaactttatccattgaaggacgatcatcaggttttgtctgtatacaccataacgccacaatcatcattttctttgcta 11010769  T
Q  101 attttatttcctgatctgtgtcattttcaatcgtcacttcccttccatcatgtaatcgatcatatatccaaaaagggaaataaatttggctagattgctc 200  Q
      || ||||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||||||||| |||  |||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  11010770 gcttcatttcctgatctgtgtcgttctcaattgttacttcacttccatcatgaaatttatcataaatccaaaaaggaaaataaatttggctggattgctc 11010869  T
Q  201 agccattgcattcaagttcctccttctacttgccatctccatcaacaacatcccaaaactatatacatcagctttgtaagatattgtgccaacatttctg 300  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11010870 agccaatgcattcaagttcttccttctacttgccatctccatcaacaacatcccaaaactatatacatcagctttgtaagatattgtgccaacatttctg 11010969  T
Q  301 tagaatagttcaggagccatgtatccaatggtccctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggacagagtctagcaagtccaaaatcag 400  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  11010970 tagaatagttcaggggccatatatccaatggttcctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggacaaagtctagctagtccaaaatcag 11011069  T
Q  401 aaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatatcaaagtgtagaattttcatatcacatccattatgcaagtactcaatgcc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||    
T  11011070 aaacttttggattgaaattttcatcaagaagaatgttatgaggctttatatcaaagtgtagaattttcatattgcatccatgatgcaagtactcaatgcc 11011169  T
Q  501 acgagccaccccaagagaaatggcatgcaatttttcacaactcaaggaat 550  Q
    ||||||||| ||||||||||| | || ||||| ||| ||||| |||||||    
T  11011170 acgagccactccaagagaaattgaatacaattgttcgcaacttaaggaat 11011219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 378; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 550
Target Start/End: Original strand, 10914369 - 10914918
Alignment:
Q  1 tcttcttcttcaagcatctccaacactttatccattgaaggacggtcgtcgggttttgtctgtatacaccacaaagccacaatcatcattttctttgcca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10914369 tcttcttcttcaagcatctccaaaactttttccattgaaggacgatcctctggttttgtttgtatacaccacaaagctacaatcatcattttctttgcca 10914468  T
Q  101 attttatttcctgatctgtgtcattttcaatcgtcacttcccttccatcatgtaatcgatcatatatccaaaaagggaaataaatttggctagattgctc 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||| ||    
T  10914469 atttcatttcctgatctgtgtcattttcaatagttacttcccttccatcatgtaatcgatcataaatccaaaaagggaaataaatttcactagattgatc 10914568  T
Q  201 agccattgcattcaagttcctccttctacttgccatctccatcaacaacatcccaaaactatatacatcagctttgtaagatattgtgccaacatttctg 300  Q
    ||||| ||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||     
T  10914569 agccaatgcattcaaattcttccttctgcttgccatctccattaacaacatcccaaagctatatacatcagctttgtgagatattgtgccgacatttcta 10914668  T
Q  301 tagaatagttcaggagccatgtatccaatggtccctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggacagagtctagcaagtccaaaatcag 400  Q
    ||||||| |||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || || || |||||||||||||    
T  10914669 tagaataattcaggggccatatatccgatggttcctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggagaaagcctggctagtccaaaatcag 10914768  T
Q  401 aaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatatcaaagtgtagaattttcatatcacatccattatgcaagtactcaatgcc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  10914769 aaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatatcaaagtgtagaattttcatattgcatccattgtgcaagtactcaatgcc 10914868  T
Q  501 acgagccaccccaagagaaatggcatgcaatttttcacaactcaaggaat 550  Q
    ||||||||| ||||||||||| | || ||||| ||| ||||| |||||||    
T  10914869 acgagccactccaagagaaattgaatacaattgttcgcaacttaaggaat 10914918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 371; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 549
Target Start/End: Original strand, 10903209 - 10903754
Alignment:
Q  1 tcttcttcttcaagcatctccaacactttatccattgaaggacggtcgtcgggttttgtctgtatacaccacaaagccacaatcatcattttctttgcca 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  10903209 tcttctttttcaagcatctccaaaactttatccattgaaggacgatcctcgggttttgtttgtatacaccacaaagccacggtcatcattttctttgcca 10903308  T
Q  101 attttatttcctgatctgtgtcattttcaatcgtcacttcccttccatcatgtaatcgatcatatatccaaaaagggaaataaatttggctagattgctc 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10903309 atttcatttcctgatctgtgtcattttcaatagttacttcccttccatcatgtaatcgatcataaatccaaaaagggaaataaatttggctagattgttc 10903408  T
Q  201 agccattgcattcaagttcctccttctacttgccatctccatcaacaacatcccaaaactatatacatcagctttgtaagatattgtgccaacatttctg 300  Q
     |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||    
T  10903409 ggccaatgcattcaagttcttccttctacttgccatctccattaacaacatcccaaagctatagacatcagctttgtaagatatcattccaacatttctg 10903508  T
Q  301 tagaatagttcaggagccatgtatccaatggtccctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggacagagtctagcaagtccaaaatcag 400  Q
    ||||| |||||||| ||    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||    
T  10903509 tagaaaagttcaggggc---atatccaatggttcctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggagaaagtctggcaagtccaaaatcag 10903605  T
Q  401 aaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatatcaaagtgtagaattttcatatcacatccattatgcaagtactcaatgcc 500  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||| |||||||||||| |||||||    
T  10903606 aaacttttggattgaaactttcatcaagaagaatgttatgaggctttatatcaaagtgtagaattttcacattgcatccgttatgcaagtacgcaatgcc 10903705  T
Q  501 acgagccaccccaagagaaatggcatgcaatttttcacaactcaaggaa 549  Q
     ||||||||  ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  10903706 tcgagccacttcaacagaaatggcatacaacttttcacaactcaaggaa 10903754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 11028939 - 11028382
Alignment:
Q  1 tcttcttcttcaagcatctccaacactttatccattgaaggacggtcgtcgggttttgtctgtatacaccacaaagccacaatcatcattttctttgcca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  11028939 tcttcttcttcaagcatctccaaaactttatccattgaaggacgatcctctggttttgtttgtatacaccacaaagccgcagtcatcattttctttgcca 11028840  T
Q  101 attttatttcctgatctgtgtcattttcaatcgtca--cttcccttccatcatgtaatcgatcatatatccaaaaagggaaataaatttggctagattgc 198  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| |  |  |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  11028839 atttcatttcctgatctgtgtcattttcaatagatatacttcccttccatcatgtaatcgatcataaatccagaaagggaaataaatttggctagattgt 11028740  T
Q  199 tcagccattgcattcaagttcctccttctacttgccatctccatcaacaacatcccaaaactatatacatcagctttgtaagatattgtgccaacatttc 298  Q
    ||||||| ||||||| | ||| |||||||| | || |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11028739 tcagccaatgcattctaattcttccttctattcgcaatctccattaacaacatcccaaagctatagacatcagctttgtaagatattgtgccaacatttc 11028640  T
Q  299 tgtagaatagttcaggagccatgtatccaatggtccctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggacagagtctagcaagtccaaaatc 398  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  11028639 tatagaatagttcaggggccatgtatccaatggttcttcttgctgcagttaatgacacaatgctattacctgtaggacaaagtctagctagtccgaaatc 11028540  T
Q  399 agaaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatatcaaagtgtagaattttcatatcacatccattatgcaagtactcaatg 498  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  11028539 agaaacttttggattaaaattctcatcaagaaggatgttatgaggctttatatcaaagtgtagaattttcatattacatccattatgcaagtactcaatg 11028440  T
Q  499 ccacgagccaccccaagagaaatggcatgcaatttttcacaactcaaggaattactct 556  Q
    || | ||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||| |||  |||||||||    
T  11028439 cctcaagcaactccaagagaaatagcatgcaatttttcgcaacccaaataattactct 11028382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 11005352 - 11004797
Alignment:
Q  1 tcttcttcttcaagcatctccaacactttatccattgaaggacggtcgtcgggttttgtctgtatacaccacaaagccacaatcatcattttctttgcca 100  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||  | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  11005352 tcttcttcttcaagcatctcaatcactttatccattgaaggacgatcacctggttttgtctgtatacaccataaagccacaatcatcattttctttgcca 11005253  T
Q  101 attttatttcctgatctgtgtcattttcaatcgtcacttcccttccatcatgtaatcgatcatatatccaaaaagggaaataaatttggctagattgctc 200  Q
    |||| ||||| | |||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||  || |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  11005252 atttcatttcttcatctgtgtcattctcaattgttacttcacttccatcatgtaactgaccataaatccaaaaagggaaataaatttggcaagattgctc 11005153  T
Q  201 agccattgcattcaagttcctccttctacttgccatctccatcaacaacatcccaaaactatatacatcagctttgtaagatattgtgccaacatttctg 300  Q
    ||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  11005152 agccaatggattcaagttcttccttctacttgccatctccatcaacaacatcccaaagctatagacatcagctttgtgagatattgtgccgacatttctg 11005053  T
Q  301 tagaatagttcaggagccatgtatccaatggtccctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggacagagtctagcaagtccaaaatcag 400  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| | |  ||||| | |||||||||||    
T  11005052 tagaatagttcaggggccatgtatccaatggttcctcttgctgcagttaaggacacaatgcttttgtctgtaggagaaaccctagctaatccaaaatcag 11004953  T
Q  401 aaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatatcaaagtgtagaattttcatatcacatccattatgcaagtactcaatgcc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||  |||| ||    
T  11004952 aaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatatcaaagtgtagaattttcatattgcatccattatgcaagtatgcaatacc 11004853  T
Q  501 acgagccaccccaagagaaatggcatgcaatttttcacaactcaaggaattactct 556  Q
     ||||| || |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| || |||||||    
T  11004852 tcgagctacaccaagagaaatggcatacaattttttacaactcaaagagttactct 11004797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 550
Target Start/End: Original strand, 11032961 - 11033510
Alignment:
Q  1 tcttcttcttcaagcatctccaacactttatccattgaaggacggtcgtcgggttttgtctgtatacaccacaaagccacaatcatcattttctttgcca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    ||||| | ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11032961 tcttcttcttcaagcatctccaacactttatccattggaggacgatcactaggtttcgcctgaatacaccacaaagccactatcatcattttctttgcca 11033060  T
Q  101 attttatttcctgatctgtgtcattttcaatcgtcacttcccttccatcatgtaatcgatcatatatccaaaaagggaaataaatttggctagattgctc 200  Q
    |||| ||||| |||| ||| |||||   ||| |||| |||||||||||| |||||  ||||||| | |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||    
T  11033061 atttcatttcatgatttgtatcattcagaattgtcatttcccttccatcttgtaactgatcataaacccaaaaagggaaataaatctggcttgattgatc 11033160  T
Q  201 agccattgcattcaagttcctccttctacttgccatctccatcaacaacatcccaaaactatatacatcagctttgtaagatattgtgccaacatttctg 300  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  11033161 agccaatgcattcaagttcttccttctatttgccatctccatcaacaacatcccaaaactataaacatcagctttgtaagatattgtgccgacatttcgg 11033260  T
Q  301 tagaatagttcaggagccatgtatccaatggtccctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggacagagtctagcaagtccaaaatcag 400  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  11033261 tagaatagttcaggggccatatatccaatggttcctcttgctgcagttaatgtgacaatgcttttatctgtaggacaaagtctagctagtccaaaatcag 11033360  T
Q  401 aaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatatcaaagtgtagaattttcatatcacatccattatgcaagtactcaatgcc 500  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  11033361 aaacttttgggttgaaattctcatcaagaaggatgttatgaggctttatgtcaaagtgtagaattttcatatcgcatccattatgcaagtactcaatgcc 11033460  T
Q  501 acgagccaccccaagagaaatggcatgcaatttttcacaactcaaggaat 550  Q
     |||||||| ||||||||||| | || ||||| ||| |||||||||||||    
T  11033461 tcgagccactccaagagaaattgaatacaattgttcgcaactcaaggaat 11033510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 117 - 556
Target Start/End: Original strand, 10974142 - 10974581
Alignment:
Q  117 tgtgtcattttcaatcgtcacttcccttccatcatgtaatcgatcatatatccaaaaagggaaataaatttggctagattgctcagccattgcattcaag 216  Q
    ||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||     
T  10974142 tgtgtcattttcaatagatacttcccttccatcatgtaatcgatcataaatccagaaagggaaataaatttggctagattgatcggccaatgcattcaaa 10974241  T
Q  217 ttcctccttctacttgccatctccatcaacaacatcccaaaactatatacatcagctttgtaagatattgtgccaacatttctgtagaatagttcaggag 316  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |    
T  10974242 ttcttccttctactcgccatctccattaacaacatcccaaagctatagacatcagctttgtaagatattgtgccaatatttctgtagaacagttcagggg 10974341  T
Q  317 ccatgtatccaatggtccctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggacagagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaa 416  Q
    ||||||||||||| || |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10974342 ccatgtatccaatcgttcctcttgcagcagttaatggcacaatgcttttatctgtaggacaaagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaa 10974441  T
Q  417 attttcatcaagaaggatgttatgaggctttatatcaaagtgtagaattttcatatcacatccattatgcaagtactcaatgccacgagccaccccaaga 516  Q
    || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10974442 atattcatcaagaaggatggtatgaggctttatatcaaagtgtagaattttcatatcacatccattatgaaagtactcaattccacgagccaccccaaga 10974541  T
Q  517 gaaatggcatgcaatttttcacaactcaaggaattactct 556  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10974542 gaaatggcatgcaatttttcacaactcaaggaattactct 10974581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 550
Target Start/End: Original strand, 11007508 - 11008057
Alignment:
Q  1 tcttcttcttcaagcatctccaacactttatccattgaaggacggtcgtcgggttttgtctgtatacaccacaaagccacaatcatcattttctttgcca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    ||||| |  || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11007508 tcttcttcttcaagcatctccaacactttatccattggaggacgatcactaggtttcgcttgaatacaccacaaagccactatcatcattttctttgcca 11007607  T
Q  101 attttatttcctgatctgtgtcattttcaatcgtcacttcccttccatcatgtaatcgatcatatatccaaaaagggaaataaatttggctagattgctc 200  Q
    |||| || || |||| |||  |||| ||||| || | ||| |||||||| |||||  ||||||| | |||||||||||||||||  |||||||||||  |    
T  11007608 atttcatctcatgatttgtagcattctcaattgttatttctcttccatcttgtaactgatcataaacccaaaaagggaaataaacctggctagattgacc 11007707  T
Q  201 agccattgcattcaagttcctccttctacttgccatctccatcaacaacatcccaaaactatatacatcagctttgtaagatattgtgccaacatttctg 300  Q
    ||||| | ||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |    
T  11007708 agccaatacatccaagttcttccttctatttgccatctccattaacaacatcccaaaactataaacatcagctttgtaagatatcgtgccgacatttcgg 11007807  T
Q  301 tagaatagttcaggagccatgtatccaatggtccctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggacagagtctagcaagtccaaaatcag 400  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  11007808 tagaatagttcaggggccatgtatccaatggttcctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggacaaagtctagcaagtccaaaatcag 11007907  T
Q  401 aaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatatcaaagtgtagaattttcatatcacatccattatgcaagtactcaatgcc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  11007908 aaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatgtcaaagtgtagaattttcatattgcatccattgtgcaagtactcaatgcc 11008007  T
Q  501 acgagccaccccaagagaaatggcatgcaatttttcacaactcaaggaat 550  Q
    ||||||||| ||||| ||||| | || ||||| ||| |||||||||||||    
T  11008008 acgagccactccaagtgaaattgaatacaattgttcgcaactcaaggaat 11008057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 10994036 - 10993818
Alignment:
Q  1 tcttcttcttcaagcatctccaacactttatccattgaaggacggtcgtcgggttttgtctgtatacaccacaaagccacaatcatcattttctttgcca 100  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||    ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  10994036 tcttcttcttcaagcatctcaatcactttatccattgaaggacgatcactaggttttgtctgaatacaccataatgccacaatcatcattttctttgcca 10993937  T
Q  101 attttatttcctgatctgtgtcattttcaatcgtcacttcccttccatcatgtaatcgatcatatatccaaaaagggaaataaatttggctagattgctc 200  Q
    |||| ||||| | |||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10993936 atttcatttcttcatctgtgtcattctcaattgttacttcacttccatcatgtaactgatcataaatccaaaaaggaaaataaatttggctagattgctc 10993837  T
Q  201 agccattgcattcaagttc 219  Q
    ||| | |||||||||||||    
T  10993836 agctaatgcattcaagttc 10993818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 199 - 362
Target Start/End: Original strand, 10901567 - 10901730
Alignment:
Q  199 tcagccattgcattcaagttcctccttctacttgccatctccatcaacaacatcccaaaactatatacatcagctttgtaagatattgtgccaacatttc 298  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  10901567 tcagccaatgcattcaagttcttccttctacttgccatctccatcaacaacattccaaaactatagacatcagctttgtgagatattgtgccgacatttc 10901666  T
Q  299 tgtagaatagttcaggagccatgtatccaatggtccctcttgctgcagttaatgacacaatgct 362  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  10901667 tgtagaataattcaggggccatgtatccaatggttcctcttgctgctgttaatgaaacaatgct 10901730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 469 - 556
Target Start/End: Original strand, 10983762 - 10983849
Alignment:
Q  469 atatcacatccattatgcaagtactcaatgccacgagccaccccaagagaaatggcatgcaatttttcacaactcaaggaattactct 556  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10983762 atatcacatccattatgcaagtactcaatgccacgagccaccccaagagaaatggcatgcaatttttcacaactcaaggaattactct 10983849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 121
Target Start/End: Original strand, 10932749 - 10932870
Alignment:
Q  1 tcttcttcttcaagcatctcc-aacactttatccattgaaggacggtcgtcgggttttgtctgtatacaccacaaagccacaatcatcattttctttgcc 99  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10932749 tcttcttcttcaagcatctcctaaaactttttccattgaaggacgatcctcgggatttgtttgtatacaccacaaagccacgatcatcattttctttgcc 10932848  T
Q  100 aattttatttcctgatctgtgt 121  Q
    ||||| ||||||||||||||||    
T  10932849 aatttcatttcctgatctgtgt 10932870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 158 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 9433010 - 9432692
Alignment:
Q  158 gatcatatatccaaaaagggaaataaatttggctagattgctcagccattgcattcaagttcctccttctacttgccatctccatcaacaacatcccaaa 257  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||| ||| || || ||||||||   || |||||| || || ||||||||||| || || ||||| | ||| |||||    
T  9433010 gatcataaatccaaaaggggaaataaagttgacttgaatgctcagcatgtgaattcaaatttcttcttctacttgcgatttcaatcaaaagcattccaaa 9432911  T
Q  258 actatatacatcagctttgtaagatattgtgccaacatttctgtagaatagttcaggagccatgtatccaatggtccctcttgctgcagttaatgacaca 357  Q
    |||||| ||||| || ||||  |||||| | |||| ||||  |||||| | ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || || |   ||    
T  9432910 actatacacatcggccttgtgtgatattctcccaatattttggtagaacaattcaggagccatgtaaccaattgttcctcttgctgccgtcaaagtggca 9432811  T
Q  358 atgcttttatctgtaggacagagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatatcaaagt 457  Q
    |||||||| ||  ||||| | ||  | ||||| ||||| || |||||||| ||  |||||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||| |    
T  9432810 atgcttttgtcaataggataaagctttgcaagaccaaagtccgaaactttagggatgaaattttcgtccagaaggatgttgtgaggcttaatatcaaaat 9432711  T
Q  458 gtagaattttcatatcaca 476  Q
    | | ||||| |||||||||    
T  9432710 gcaaaatttgcatatcaca 9432692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 158 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 9453997 - 9453679
Alignment:
Q  158 gatcatatatccaaaaagggaaataaatttggctagattgctcagccattgcattcaagttcctccttctacttgccatctccatcaacaacatcccaaa 257  Q
    ||||||| |||||||| |||| ||||| |||||| || ||||||||   || |||||| || || || |||||||| || || ||||  | ||| |||||    
T  9453997 gatcataaatccaaaaggggatataaagttggcttgaatgctcagcatgtgaattcaaatttctactcctacttgcaatttcaatcagaagcattccaaa 9453898  T
Q  258 actatatacatcagctttgtaagatattgtgccaacatttctgtagaatagttcaggagccatgtatccaatggtccctcttgctgcagttaatgacaca 357  Q
    |||||| ||||| || ||||  |||||| | |||| ||||  |||||| | ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || || |  |||    
T  9453897 actatacacatcggccttgtgtgatattctcccaatattttggtagaacaattcaggagccatgtaaccaattgttcctcttgctgctgtcaaagcgaca 9453798  T
Q  358 atgcttttatctgtaggacagagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatatcaaagt 457  Q
    ||||| || ||  ||||| | ||  | ||||| |||||||| |||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |    
T  9453797 atgctattgtcaataggataaagctttgcaagaccaaaatctgaaactttagggatgaaattttcgtcaagaaggatgttgtgaggcttaatatcaaaat 9453698  T
Q  458 gtagaattttcatatcaca 476  Q
    | | ||||| |||||||||    
T  9453697 gcaaaatttgcatatcaca 9453679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 227 - 518
Target Start/End: Original strand, 9319908 - 9320199
Alignment:
Q  227 tacttgccatctccatcaacaacatcccaaaactatatacatcagctttgtaagatattgtgccaacatttctgtagaatagttcaggagccatgtatcc 326  Q
    |||||||||| |||||||| | ||| || || |||||||||||||| ||||| |||| |   |||| |||| ||||||| | |||||||||||| |||||    
T  9319908 tacttgccatttccatcaaaagcattccgaagctatatacatcagccttgtaggatactcctccaatatttttgtagaacaattcaggagccatatatcc 9320007  T
Q  327 aatggtccctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggacagagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatca 426  Q
    ||| || ||||||||||||||||| |  ||||||||  | ||  ||||| | ||  ||||||| ||||| || |||||||| ||  | || || ||||||    
T  9320008 aattgttcctcttgctgcagttaaagtgacaatgctaatctcattaggataaagcttagcaagaccaaagtctgaaactttggggataaagttctcatca 9320107  T
Q  427 agaaggatgttatgaggctttatatcaaagtgtagaattttcatatcacatccattatgcaagtactcaatgccacgagccaccccaagaga 518  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||| || | ||||| ||| |||||||| | ||| || ||  | || ||||||||||| ||||||||    
T  9320108 agaaggatgttatggggcttgatatcaaaatgcaaaatttgcatgtcacatccttgatgtaaataagccataccacgagccactccaagaga 9320199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 227 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 9318394 - 9318103
Alignment:
Q  227 tacttgccatctccatcaacaacatcccaaaactatatacatcagctttgtaagatattgtgccaacatttctgtagaatagttcaggagccatgtatcc 326  Q
    |||||||||| |||||||| | ||| ||||| ||||||||||| || ||||| |||| |   |||| |||| ||||||| | ||||||||||||||||||    
T  9318394 tacttgccatttccatcaaaagcattccaaagctatatacatcggccttgtaggatactcctccaatatttttgtagaacaattcaggagccatgtatcc 9318295  T
Q  327 aatggtccctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggacagagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatca 426  Q
    ||| || ||||| ||||||||||| |  ||||||||  | ||  | ||| | ||  | || || ||||| || |||||||| ||| | || || ||||||    
T  9318294 aattgttcctctagctgcagttaaagtgacaatgctaatgtcatttggataaagctttgccagaccaaagtctgaaactttgggaataaagttctcatca 9318195  T
Q  427 agaaggatgttatgaggctttatatcaaagtgtagaattttcatatcacatccattatgcaagtactcaatgccacgagccaccccaagaga 518  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||| || |  |||| ||| |||||||| | |||||| ||  |||| ||||||||||| ||||||||    
T  9318194 agaaggatgttatggggcttgatatcaaaatgcaagatttgcatgtcacatccttcatgcaaataagcaattccacgagccactccaagaga 9318103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 158 - 476
Target Start/End: Original strand, 9399569 - 9399887
Alignment:
Q  158 gatcatatatccaaaaagggaaataaatttggctagattgctcagccattgcattcaagttcctccttctacttgccatctccatcaacaacatcccaaa 257  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||| ||| || || ||||||||   || |||||| || || || |||||||| || || ||||| | ||| |||||    
T  9399569 gatcataaatccaaaaggggaaataaagttgacttgaatgctcagcatgtgaattcaaatttcttctcctacttgcaatttcaatcaaaagcataccaaa 9399668  T
Q  258 actatatacatcagctttgtaagatattgtgccaacatttctgtagaatagttcaggagccatgtatccaatggtccctcttgctgcagttaatgacaca 357  Q
     ||||| |||||||| || || ||||||   |||| ||||  | |||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||  | || |   ||    
T  9399669 gctatacacatcagccttatatgatattcccccaatattttggaagaacagttcaggagccatgtaaccaattgttcctcttgctgccatcaaagtggca 9399768  T
Q  358 atgcttttatctgtaggacagagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatatcaaagt 457  Q
    |||||||| ||  ||||| | ||  | ||||| ||||| || |||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |    
T  9399769 atgcttttgtcaataggataaagctttgcaagaccaaagtccgaaactttagggatgaaattttcgtcaagaaggatgttgtgaggcttaatatcaaaat 9399868  T
Q  458 gtagaattttcatatcaca 476  Q
    | | ||||| |||||||||    
T  9399869 gcaaaatttgcatatcaca 9399887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 131
Target Start/End: Original strand, 10901433 - 10901563
Alignment:
Q  1 tcttcttcttcaagcatctccaacactttatccattgaaggacggtcgtcgggttttgtctgtatacaccacaaagccacaatcatcattttctttgcca 100  Q
    ||||||| | |||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||    |||||||||||  ||||||| || |||||||||||| ||||||||||||    
T  10901433 tcttcttatgcaagcatctcaatcactttatccattgaaggacgatcactaggttttgtctgagtacaccataatgccacaatcatcgttttctttgcca 10901532  T
Q  101 attttatttcctgatctgtgtcattttcaat 131  Q
    |||| ||||| | |||||||||||| |||||    
T  10901533 atttcatttcttcatctgtgtcattctcaat 10901563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 221 - 481
Target Start/End: Original strand, 8964512 - 8964772
Alignment:
Q  221 tccttctacttgccatctccatcaacaacatcccaaaactatatacatcagctttgtaagatattgtgccaacatttctgtagaatagttcaggagccat 320  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||||| || || || | |   |||| |||| | ||||| | ||| ||||||||    
T  8964512 tccttttacctgccatctccatcaaaagcatcccaaagctataaacatcagccttataggacactcccccaatatttttatagaacaattctggagccat 8964611  T
Q  321 gtatccaatggtccctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggacagagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattt 420  Q
     ||||||||||| |||||||| || || | ||  |||||||| || |||  |||| | ||  |||| | |||||| ||||| ||||||||  |||||||     
T  8964612 atatccaatggtacctcttgccgctgtcattgtgacaatgctattctctacaggatatagcttagccaatccaaagtcagagacttttggggtgaaattc 8964711  T
Q  421 tcatcaagaaggatgttatgaggctttatatcaaagtgtagaattttcatatcacatccat 481  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || | ||| ||||| || |||||||    
T  8964712 tcatcaagaaggatgttgtgaggcttaatatcaaaatgcaaaatcttcatttcgcatccat 8964772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 221 - 481
Target Start/End: Original strand, 8999663 - 8999923
Alignment:
Q  221 tccttctacttgccatctccatcaacaacatcccaaaactatatacatcagctttgtaagatattgtgccaacatttctgtagaatagttcaggagccat 320  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||||| || ||||| | |   |||| |||| | ||||| | ||| ||||||||    
T  8999663 tccttttacctgccatctccatcaaaagcatcccaaagctataaacatcagccttataagacactcccccaatatttttatagaacaattctggagccat 8999762  T
Q  321 gtatccaatggtccctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggacagagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattt 420  Q
     ||||||||||| |||||||| ||||| | ||  |||||||| || ||    ||| | ||  |||| | ||| || ||||| ||||||||  |||| |||    
T  8999763 atatccaatggtacctcttgccgcagtcattgtgacaatgctattctccacgggatatagcttagccaatccgaagtcagagacttttggtgtgaagttt 8999862  T
Q  421 tcatcaagaaggatgttatgaggctttatatcaaagtgtagaattttcatatcacatccat 481  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||| ||| ||||| || |||||||    
T  8999863 tcatcaagaaggatgttgtgaggcttgatatcaaaatgtaaaatcttcatttcgcatccat 8999923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 227 - 479
Target Start/End: Original strand, 9350225 - 9350477
Alignment:
Q  227 tacttgccatctccatcaacaacatcccaaaactatatacatcagctttgtaagatattgtgccaacatttctgtagaatagttcaggagccatgtatcc 326  Q
    ||||||| || |||||||| | ||| || || |||||||||||||| ||||| |||| |   |||| |||| ||||||| |  ||||||||||| |||||    
T  9350225 tacttgcgatttccatcaaaagcattccgaagctatatacatcagccttgtaggatactcctccaatatttttgtagaacaactcaggagccatatatcc 9350324  T
Q  327 aatggtccctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggacagagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatca 426  Q
    ||| || ||||||||||||||||| |  ||||||||  | ||  ||||| | ||  ||||||| ||||| || |||||||| ||  | || || ||||||    
T  9350325 aattgttcctcttgctgcagttaaagtgacaatgctaatctcattaggataaagcttagcaagaccaaagtctgaaactttggggataaagttctcatca 9350424  T
Q  427 agaaggatgttatgaggctttatatcaaagtgtagaattttcatatcacatcc 479  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||| || | ||||| ||| ||||||||    
T  9350425 agaaggatgttatggggcttgatatcaaaatgcaaaatttgcatgtcacatcc 9350477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 221 - 479
Target Start/End: Original strand, 9384225 - 9384483
Alignment:
Q  221 tccttctacttgccatctccatcaacaacatcccaaaactatatacatcagctttgtaagatattgtgccaacatttctgtagaatagttcaggagccat 320  Q
    ||||| ||| |||||| |||||||| | ||| ||||| |||||||||||||| |||||||| | |   |||| |||| ||||||| ||||||||||||||    
T  9384225 tccttttacctgccatttccatcaaaagcattccaaagctatatacatcagccttgtaagacactccaccaatatttttgtagaacagttcaggagccat 9384324  T
Q  321 gtatccaatggtccctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggacagagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattt 420  Q
    ||| || |  || |||||||| |||||||| |  |||||||| |  |    |||| | ||  | |||||||||||||| ||||| ||||||   || | |    
T  9384325 gtaacccaaagttcctcttgccgcagttaaggtaacaatgctatcgttcacaggatatagctttgcaagtccaaaatccgaaacctttggaacaaactct 9384424  T
Q  421 tcatcaagaaggatgttatgaggctttatatcaaagtgtagaattttcatatcacatcc 479  Q
    || || ||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  9384425 tcgtctagaagaatattatgaggcttgatatcaaaatgtagaatttgcatatcacatcc 9384483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 158 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 9082712 - 9082523
Alignment:
Q  158 gatcatatatccaaaaagggaaataaatttggctagattgctcagccattgcattcaagttcctccttctacttgccatctccatcaacaacatcccaaa 257  Q
    |||||||||||||||| || ||||||| |||||| || ||||| ||| | |  |||| |||  ||||  | ||||||||||||||||| | |||||||||    
T  9082712 gatcatatatccaaaagggaaaataaagttggcttgaatgctctgccttggtgttcaggtttttcctcttgcttgccatctccatcaaaagcatcccaaa 9082613  T
Q  258 actatatacatcagctttgtaagatattgtgccaacatttctgtagaatagttcaggagccatgtatccaatggtccctcttgctgcagt 347  Q
    |||||| |||||||| ||||| || | |   || | |||| |||||||||  ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  9082612 actataaacatcagccttgtacgacactccccctatatttttgtagaataactcaggagccatatatccaattgtacctcttgctgcagt 9082523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 231 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 9234159 - 9233884
Alignment:
Q  231 tgccatctccatcaacaacatcccaaaactatatacatcagctttgtaagatattgtgccaacatttctgtagaatagttcaggagccatgtatccaatg 330  Q
    |||||| |||||||| | ||| |||||||| ||||||||||||||||| || | |   |||| |||| ||||||| | ||||||||||||||| || |      
T  9234159 tgccatttccatcaaaagcattccaaaactgtatacatcagctttgtacgacactccaccaatatttttgtagaacaattcaggagccatgtaacccaaa 9234060  T
Q  331 gtccctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggacagagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatcaagaa 430  Q
    || |||||||| |||||||| |  |||||||| |  |    |||  | ||  | |||||||||||||| ||||| ||||||  ||||| ||| || ||||    
T  9234059 gttcctcttgccgcagttaacggaacaatgctatcgttcacagggtaaagctttgcaagtccaaaatccgaaacctttggaacgaaatcttcgtctagaa 9233960  T
Q  431 ggatgttatgaggctttatatcaaagtgtagaattttcatatcacatccattatgcaagtactcaatgccacgagc 506  Q
    | || ||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| || | |||||  ||||| || ||||||||    
T  9233959 gaatattatgaggcttgatatcaaaatgtagaatttgcatatcacaaccttgatgcagatactctatcccacgagc 9233884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 221 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 8874178 - 8873918
Alignment:
Q  221 tccttctacttgccatctccatcaacaacatcccaaaactatatacatcagctttgtaagatattgtgccaacatttctgtagaatagttcaggagccat 320  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||||| | ||||||||||||||| |||||||| || || || | |   |||| |||| | || || | ||| ||||||||    
T  8874178 tccttttacctgccatcaccatcaaaagcatcccaaaactataaacatcagccttataggacactccaccaatatttttataaaacaattctggagccat 8874079  T
Q  321 gtatccaatggtccctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggacagagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattt 420  Q
     ||||||||||| |||||||| ||||| | ||  |||||||| || ||   |||| | ||  |||| | |||||| ||||| ||||| ||| | || ||     
T  8874078 atatccaatggtacctcttgccgcagtcattgtgacaatgctattctccacaggatatagcttagccaatccaaagtcagagactttcggagtaaagttc 8873979  T
Q  421 tcatcaagaaggatgttatgaggctttatatcaaagtgtagaattttcatatcacatccat 481  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || | ||| ||||| ||||||||||    
T  8873978 tcatcaagaaggatgttgtgaggcttaatatcaaaatgcaaaatcttcatttcacatccat 8873918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 209 - 455
Target Start/End: Original strand, 9488538 - 9488784
Alignment:
Q  209 cattcaagttcctccttctacttgccatctccatcaacaacatcccaaaactatatacatcagctttgtaagatattgtgccaacatttctgtagaatag 308  Q
    |||||| |||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| |||| |   |||| |||  | ||||| |     
T  9488538 cattcatgttccttctcctactcgccatttccattaacaacattccaaagctataaacatctgctttgtacgatactcctccaatattcttatagaacaa 9488637  T
Q  309 ttcaggagccatgtatccaatggtccctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggacagagtctagcaagtccaaaatcagaaactttt 408  Q
    ||| || ||||||||||| || || |||||||| || || |  ||||||||||| || || || ||| | |   | || |||| |||||| ||||| |||    
T  9488638 ttctggtgccatgtatcccatagttcctcttgcagctgtaagagacacaatgctattgtccgttggatataactttgctagtctaaaatctgaaaccttt 9488737  T
Q  409 ggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatatcaaa 455  Q
    ||| |||| ||| | |||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  9488738 ggagtgaagtttacgtcaagaagaatgttatgaggctttatgtcaaa 9488784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #28
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 227 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 9255132 - 9255009
Alignment:
Q  227 tacttgccatctccatcaacaacatcccaaaactatatacatcagctttgtaagatattgtgccaacatttctgtagaatagttcaggagccatgtatcc 326  Q
    |||||||||| || ||||| | ||| ||||| ||||||||||| || ||||| |||| |   |||| ||||  |||||| | ||||||||||||||||||    
T  9255132 tacttgccatttcaatcaaaagcattccaaagctatatacatcggccttgtacgatactcctccaatattttggtagaacaattcaggagccatgtatcc 9255033  T
Q  327 aatggtccctcttgctgcagttaa 350  Q
    ||| ||||| |||||||| |||||    
T  9255032 aattgtcccccttgctgcggttaa 9255009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #29
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 158 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 9486362 - 9486044
Alignment:
Q  158 gatcatatatccaaaaagggaaataaatttggctagattgctcagccattgcattcaagttcctccttctacttgccatctccatcaacaacatcccaaa 257  Q
    ||||||| |||||||| || || |||| ||| || || ||||||||   || |||||| || || |||||||||||||| || ||||| | ||| |||||    
T  9486362 gatcataaatccaaaagggaaagtaaagttgacttgaatgctcagcatgtgtattcaaatttcttcttctacttgccatttcaatcaaaagcattccaaa 9486263  T
Q  258 actatatacatcagctttgtaagatattgtgccaacatttctgtagaatagttcaggagccatgtatccaatggtccctcttgctgcagttaatgacaca 357  Q
     ||||| |  ||||| ||||| ||||||   || | ||||  |||||| | ||||||||||||||| || || || ||||||||||| || || |   ||    
T  9486262 gctatacatgtcagccttgtatgatattcctccgatattttggtagaacaattcaggagccatgtaaccgattgttcctcttgctgctgtcaaggtggca 9486163  T
Q  358 atgcttttatctgtaggacagagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatatcaaagt 457  Q
    |||||||| ||  ||||| | ||  | ||||| ||||| || |||||||| ||    |||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||| |    
T  9486162 atgcttttgtcaataggataaagctttgcaagaccaaagtccgaaactttagggacaaaattttcgtcaagaagaatgttgtgaggcttaatatcaaaat 9486063  T
Q  458 gtagaattttcatatcaca 476  Q
    | | ||||| |||| ||||    
T  9486062 gcaaaatttgcataccaca 9486044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #30
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 231 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 9096909 - 9096793
Alignment:
Q  231 tgccatctccatcaacaacatcccaaaactatatacatcagctttgtaagatattgtgccaacatttctgtagaatagttcaggagccatgtatccaatg 330  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||||||||| || || | |   |||| |||| ||||||| | ||| |||||||| ||||||||     
T  9096909 tgccatctccatcaaaagcatcccaaagctataaacatcagctttataggaaactcccccaatatttttgtagaacaattctggagccatatatccaatt 9096810  T
Q  331 gtccctcttgctgcagt 347  Q
    || |||||||| |||||    
T  9096809 gtacctcttgcagcagt 9096793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #31
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 388 - 455
Target Start/End: Original strand, 9464285 - 9464352
Alignment:
Q  388 agtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatatcaaa 455  Q
    |||| |||||| ||||| |||||| |||| ||| | |||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  9464285 agtcaaaaatccgaaacctttggagtgaagtttacgtcaagaagaatgttatgaggctttatgtcaaa 9464352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #32
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 424 - 518
Target Start/End: Original strand, 8956226 - 8956320
Alignment:
Q  424 tcaagaaggatgttatgaggctttatatcaaagtgtagaattttcatatcacatccattatgcaagtactcaatgccacgagccaccccaagaga 518  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||| ||||| ||| ||||| || | |||||| ||  |||| ||||| || || ||||||||    
T  8956226 tcaagaagaatgttatgaggcttgatatcaaaatgtaaaatttgcatgtcacaaccttgatgcaaataagcaattccacgtgcaactccaagaga 8956320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #33
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 388 - 506
Target Start/End: Original strand, 9056728 - 9056846
Alignment:
Q  388 agtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatatcaaagtgtagaattttcatatcacatccattatgca 487  Q
    |||||||| ||||| |  |||||| | ||||| || ||||| ||||| || || ||||| |||||||| || | ||||||||| |||||||||||||| |    
T  9056728 agtccaaagtcagatatctttggaataaaattctcgtcaagtaggatattgtgtggcttgatatcaaaatgcaaaattttcatttcacatccattatgga 9056827  T
Q  488 agtactcaatgccacgagc 506  Q
      || ||||| ||||||||    
T  9056828 gataatcaatcccacgagc 9056846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #34
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 424 - 476
Target Start/End: Original strand, 8942220 - 8942272
Alignment:
Q  424 tcaagaaggatgttatgaggctttatatcaaagtgtagaattttcatatcaca 476  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||| ||||| ||| |||||    
T  8942220 tcaagaagtatgttatgaggcttgatatcaaaatgtaaaatttgcatgtcaca 8942272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 52; Significance: 2e-20; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 227 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 15927300 - 15927009
Alignment:
Q  227 tacttgccatctccatcaacaacatcccaaaactatatacatcagctttgtaagatattgtgccaacatttctgtagaatagttcaggagccatgtatcc 326  Q
    |||||||||| |||||||| | ||| ||||| ||||||||||| || || || || | |   |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15927300 tacttgccatttccatcaaaagcattccaaagctatatacatcggccttatacgaaactcctccaatatttttgtagaataattcaggagccatgtatcc 15927201  T
Q  327 aatggtccctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggacagagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatca 426  Q
    ||| || ||||||||||||||||| |  ||||| ||  | ||  ||||| | ||  | ||||| ||||| || |||||||| ||  | || || ||||||    
T  15927200 aatcgttcctcttgctgcagttaaagtgacaatactaatctcattaggataaagctttgcaagaccaaagtcggaaactttggggataaagttctcatca 15927101  T
Q  427 agaaggatgttatgaggctttatatcaaagtgtagaattttcatatcacatccattatgcaagtactcaatgccacgagccaccccaagaga 518  Q
    |||||||||||||| ||||| || ||||| || | ||||| ||| | |||||| | ||| |||||  | || |||||||| || ||||||||    
T  15927100 agaaggatgttatggggcttgatgtcaaaatgcaaaatttgcatgttacatccttgatgtaagtaagccataccacgagcaactccaagaga 15927009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 44; Significance: 9e-16; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 227 - 514
Target Start/End: Original strand, 9159598 - 9159885
Alignment:
Q  227 tacttgccatctccatcaacaacatcccaaaactatatacatcagctttgtaagatattgtgccaacatttctgtagaatagttcaggagccatgtatcc 326  Q
    |||||||||| |||||||| | ||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||| |   |||| |||| ||||||| |  || |||||||| || ||    
T  9159598 tacttgccatttccatcaaaagcattccaaaactataaacatcagccttgtatgatactccaccaatatttttgtagaacaactcgggagccatataacc 9159697  T
Q  327 aatggtccctcttgctgcagttaatgacacaatgcttttatctgtaggacagagtctagcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatca 426  Q
    ||| || |||||||||||||||||    ||||| || || ||  ||||| | ||  | ||||| ||||| |||||||| || ||  | || || || |||    
T  9159698 aattgttcctcttgctgcagttaaatttacaatactattgtcattaggataaagctttgcaagaccaaagtcagaaaccttggggataaagttctcgtca 9159797  T
Q  427 agaaggatgttatgaggctttatatcaaagtgtagaattttcatatcacatccattatgcaagtactcaatgccacgagccaccccaa 514  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||||||| || |  |||| ||| |||||||| | |||||| ||  |||| ||||||||||| ||||    
T  9159798 agaagtatgttatggggcttgatatcaaaatgcaagatttgcatgtcacatccttgatgcaaataagcaattccacgagccactccaa 9159885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 385 - 425
Target Start/End: Original strand, 40225245 - 40225285
Alignment:
Q  385 gcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatc 425  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  40225245 gcaagtccaaaatcagagagttttggattgaaattttcatc 40225285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 415 - 460
Target Start/End: Original strand, 27692614 - 27692659
Alignment:
Q  415 aaattttcatcaagaaggatgttatgaggctttatatcaaagtgta 460  Q
    ||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  27692614 aaattctcgtcaagaagaatgttatgaggttttatatcaaagtgta 27692659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000008; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 385 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 7945933 - 7945893
Alignment:
Q  385 gcaagtccaaaatcagaaacttttggattgaaattttcatc 425  Q
    ||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  7945933 gcaagaccaaaatcagaaagctttggattgaaattttcatc 7945893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University