View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18284_high_1 (Length: 698)

Name: NF18284_high_1
Description: NF18284
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18284_high_1
NF18284_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (22-680)||(2558624-2559288)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 506; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 506; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 680
Target Start/End: Original strand, 2558624 - 2559288
Alignment:
Q  22 ccgacgtccctaaaactgctgctgtttcaaccaatcgcacaaacccatggattgaacctgaaacattgaaacttcagcaccgaattggtcgaggaccctt 121  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2558624 ccgacgtccctaaaacggctgctgttccgaccaatcgcgcaaatccatggattgaacctgaaacattgaaacttcagcaccgaattggtcgaggaccctt 2558723  T
Q  122 tggtgatgtttggcttgcaactcttcatcagtcaactgaagattatgatgagcatcatgaagttgctgctaagatgttacatccaatcaaagaggatcat 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2558724 tggtgatgtttggcttgcaactcttcatcagtcaactgaagattatgatgagcaccatgaagttgctgctaagatgttacatccaatcaaagaggatcat 2558823  T
Q  222 gtgaagattgtattggagaaattcaatgaattatacttgaagtgccaaggagtttctagtgtttgctggatacacggaatttcaatgttaaatggaaggg 321  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2558824 gtgaagattgtattgaagaaattcaatgaattatacttgaagtgccaaggagtttctagtgtttgctggttacatggaatttcaatgttaaatggaaggg 2558923  T
Q  322 ttag-------------atttatttcaatatataggatattgttagctacccttttgagttttgacttctatcaagctaacacgtttgtttgtattcaca 408  Q
    ||||             |||||||||||| |||||||||||||| |||||||       |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2558924 ttagagttggactgtgcatttatttcaatgtataggatattgtttgctaccc-------ttttgacttctatcaagctaacacatttgtttgtattcaca 2559016  T
Q  409 gatctgcatcattatgaaattgtatgagggttcaattggtgacaagttggctagactaagggatggatggatttcattacatgatgttttgaggtgatgt 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||    
T  2559017 gatctgcatcattatgaaattgtatgagggttcaattggtgacaagttggctagactaagaaatggatggatctcactacctgatgttttgaggtgatgt 2559116  T
Q  509 gttttcagagaaacatgcttatctttaacttatatagcatagggaaaattactggtcaatactaaggatgtgttggtcgttaatggcaggtatgggatcg 608  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2559117 gttttcagaaaaacatgattatctttaacttatatagcatagggaaaattactggtcaatactaaggacgtgttggtcgttaatggcaggtatgggatcg 2559216  T
Q  609 atctggctcaaggcattctagagcttcacgctaaagggatccttgttctcaaccttaaaccgtgcaatgttc 680  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  2559217 atctggctcaaggcattctagagcatcatgctaaagggatccttgttctgaaccttaaaccgtgtaatgttc 2559288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University