View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18295_high_1 (Length: 2278)

Name: NF18295_high_1
Description: NF18295
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18295_high_1
NF18295_high_1
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (8-2263)||(859649-861902)
chr7 (8-2263)||(1220926-1223179)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 2197; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 2197; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 2263
Target Start/End: Complemental strand, 861902 - 859649
Alignment:
Q  8 ggacatcatcaaaactgcccgtcattctgatgatgatatctcaatttatggctttatagctgggaagcctacctggccctcttggctgcttattattgct 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  861902 ggacatcatcaaaactgcccgtcattctgatgatgatatctcaatttatggctttatagctgggaagcctacctggccctcttggctgcttattattgct 861803  T
Q  108 atattgctgactctagcatccattacatcaatcatacccattaaatacattgttgaactaaggactgtttactccattgctatgggtgttgcccttggta 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  861802 atattgctgactctagcatccattacatcaatcatacccattaaatacattgttgaactaaggactgtttactccattgctatgggtgttgcccttggta 861703  T
Q  208 tctacatttctgctgaattctttgtctgggcatttgttttggatgttctcattgttgtcaccatggtttgtgcctctgtctttgttgtcttcactcatat 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  861702 tctacatttctgctgaattctttgtctgggcatttgttttggatgttctcattgttgtcaccatggtttgtgcctctgtctttgttgtcttcactcatat 861603  T
Q  308 gccctctgcttcaagcacaaagcttttaccctgggtatttgctttacttgtagctctctttccagtcacttatcttttggagggccaactaagaattaaa 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  861602 gccctctgcttcaagcacaaagcttttaccctgggtatttgctttacttgtagctctctttccagtcacttatcttttggagggccaactaagaattaaa 861503  T
Q  408 aatattcttgaagatagcgagattggaaatttgggcgaggaagaaaagaagcttacaacattgctagcaatagagggtgccaggacatctcttcttggtt 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  861502 aatattcttgaagatagcgagattggaaatttgggcgaggaagaaaagaagcttacaacattgctagcaatagagggtgccaggacatctcttcttggtt 861403  T
Q  508 tgtatgcagcaatcttcatgcttatagccttggaaataaaatataaacttacttcaattatgcgggaaaaggtcattgattcaagtggaattagacatag 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  861402 tgtatgcagcaatcttcatgcttatagccttggaaataaaatataaacttacttcaattatgcgggaaaaggtcattgattcaagtggaattagacatag 861303  T
Q  608 tcattcaggtcaaagtgtatcttctagttccctgccaagagcgagattcatgcaacaccgtcgggcatctactgttccctcctttacaattaaaaagatg 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  861302 tcattcaggtcaaagtgtatcttctagttccctgccaagagcgagattcatgcaacaccgtcgggcatctactgttccctcctttacaattaaaaagatg 861203  T
Q  708 gctgccgatggagcttggatgccttctgttggcaactttgccacaacattgtgctttgctatatgcttgattctgaacgtttatctcaccggtggctcaa 807  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  861202 gctgctgatggagcttggatgccttctgttggcaactttgccacaacattgtgctttgctatatgcttgattctgaatgtttatctcaccggtggctcaa 861103  T
Q  808 accgttctatatttttcctggctcctatccttctgctgctcaaccaggattcagattttattgctggttttagcgacaaacacagatatttgccagtgac 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  861102 accgttctatatttttcctggctcctatccttctgctgctcaaccaggattcagattttattgctggttttagcgacaaacacagatatttgccagtgac 861003  T
Q  908 tgttgttatctcagtctacttttttgtaactgccttgtatagcatatgggaagatgtttggcaaggtaacggtggatggggtcttcaaattggtggacca 1007  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  861002 tgttgttatctcagtctacttttttgtaactgccttgtatagcatatgggaagatgtttggcaaggtaacggtggatggggtcttcaaatcggtggacca 860903  T
Q  1008 gactggatttttatggtgaagaatttagcactccttgttcttacgtttcccagtcatataattttcaacaggtatgtatggagccatacaaaacagagtg 1107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  860902 gactggatttttatggtgaagaatttagcactccttgttcttacgtttcccagtcatataattttcaacaggtatgtatggagccatacaaaacagagtg 860803  T
Q  1108 acacaccaccatggataacaattccccttaatctgcttcctatagcatgtacagatgttctgaagattaagatcttgggtatcttaggagttatatattc 1207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  860802 acacaccaccatggataacaattccccttaatctgcttcctatagcatgtacagatgttctgaagattaagatcttgggtatcttaggagttatatattc 860703  T
Q  1208 actggcccagtatctaattactaggcaacaatatatctctggtctcaagtacatctaaaattaccatgtactctgtactatatgttttgtcaatttagtt 1307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  860702 actggcccagtatctaattactaggcaacaatatatctctggtctcaagtacatctaaaattaccatgtactctgtactatatgttttgtcaatttagtt 860603  T
Q  1308 atatagatgcttgggctgcttgtgttgaaatttgtatgaggaatatgacaaaatgcatttttgttattgccaatagttaatttaacctatcttgaaaaat 1407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  860602 atatagatgcttgggctgcttgtgttgaaatttgtatgaggaatatgacaaaatgcatttttgttattgccaatagttaatttaacctatcttgaaaaat 860503  T
Q  1408 acgaataatggtttggttgtttgtggctggatgtaatttgatgcatgttgtgaagtgtccgaaattttatgcacaacatcaagacaacggatatccaata 1507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  860502 acgaataatggtttggttgtttgtggctggatgtaatttgatgcatgtcgtgaagtgtccgaaattttatgcacaacatcaagacaacggatatccaata 860403  T
Q  1508 actagcaaagtgcaacatcctgtgctttcatgttgcattcgataagttcataaataaacaatataactgtttttagctctatctttgctagtgcggaaaa 1607  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  860402 gctagcaaagtgcaacatcctgtgctttcatgttgcattcgataagttcataaataaacaatataactatttttagctctatctttgctagtgcggaaaa 860303  T
Q  1608 tggagggacatgtgttttgtacattttaggtgagtttatcatcctaaagaacaaagatcaagaaaacgggtgacatttgatgtaatagatgttattatat 1707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  860302 tggagggacatgtgttttgtacattttaggtgagtttatcatcctaaagaacaaagatcaagaaaacgggtgacatttgatgtaatagatgttattatat 860203  T
Q  1708 ttgattgcatgttttctcttgttcaaaatccatttaccactgctagtttgtgagtgcattgcttgacccttttgttctgatcttcgcttttatcctctcc 1807  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  860202 ttgattgcatattttctcttgttcaaaattcatttaccactgctagtttgtgagtgcattgcttgacccttttgttctgatcttcgcttttatcctctcc 860103  T
Q  1808 tggatcttaaccaatgattatgattttccttctattttaacaaaattatgagacttccacaggcaagaaaaatctgagacttcgacaaacaggtgacctt 1907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  860102 tggatcttaaccaatgattatgattttccttctattttaacaaaattatgagacttccacaggcaagaaaaatctgagacttcgacaaacaggtgacctt 860003  T
Q  1908 gggcaaaatatgacatcaataaaatcttccgaccaagttgcagaatatattgcaataaaattctactctgagttactcttcaacatttgttagtagcttg 2007  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  860002 cggcaaaatatgacatcaataaaatcttccgaccaagttgcagaatatattgcaataaaattctactctgagttactcttcaacatttgttagtagcttg 859903  T
Q  2008 aaaggggatgtggttggaaagtacaaggtagaaacctggataactgaatcacacgactttgatgtttactgctctgtgtgtcgttgggatatgattttca 2107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||    
T  859902 aaaggggatgtggttggaaagtacaaggtagaagcctggataactgaatcacacgactttgatgtttactgctct--gtgtcgtagggatatgattttca 859805  T
Q  2108 taagcaattttgaaaagttttataaactgacaacaacttatcgggatgttattaggtgtttctacaagctatttgatatagtctacaagtgttatggaga 2207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  859804 taagcaattttgaaaagttttataaactgacaacaacttatcgggatgttattaggtgtttctataagctatttgatatagtctacaagtgttatggaga 859705  T
Q  2208 tgttattaaacatttgatttcttgtagtattttgggaaacgtattagagttgatcc 2263  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  859704 tgttattaaacatttgatttcttgtagtattttgggaaacgtattagagttgatcc 859649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 2197; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 2263
Target Start/End: Complemental strand, 1223179 - 1220926
Alignment:
Q  8 ggacatcatcaaaactgcccgtcattctgatgatgatatctcaatttatggctttatagctgggaagcctacctggccctcttggctgcttattattgct 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1223179 ggacatcatcaaaactgcccgtcattctgatgatgatatctcaatttatggctttatagctgggaagcctacctggccctcttggctgcttattattgct 1223080  T
Q  108 atattgctgactctagcatccattacatcaatcatacccattaaatacattgttgaactaaggactgtttactccattgctatgggtgttgcccttggta 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1223079 atattgctgactctagcatccattacatcaatcatacccattaaatacattgttgaactaaggactgtttactccattgctatgggtgttgcccttggta 1222980  T
Q  208 tctacatttctgctgaattctttgtctgggcatttgttttggatgttctcattgttgtcaccatggtttgtgcctctgtctttgttgtcttcactcatat 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1222979 tctacatttctgctgaattctttgtctgggcatttgttttggatgttctcattgttgtcaccatggtttgtgcctctgtctttgttgtcttcactcatat 1222880  T
Q  308 gccctctgcttcaagcacaaagcttttaccctgggtatttgctttacttgtagctctctttccagtcacttatcttttggagggccaactaagaattaaa 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1222879 gccctctgcttcaagcacaaagcttttaccctgggtatttgctttacttgtagctctctttccagtcacttatcttttggagggccaactaagaattaaa 1222780  T
Q  408 aatattcttgaagatagcgagattggaaatttgggcgaggaagaaaagaagcttacaacattgctagcaatagagggtgccaggacatctcttcttggtt 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1222779 aatattcttgaagatagcgagattggaaatttgggcgaggaagaaaagaagcttacaacattgctagcaatagagggtgccaggacatctcttcttggtt 1222680  T
Q  508 tgtatgcagcaatcttcatgcttatagccttggaaataaaatataaacttacttcaattatgcgggaaaaggtcattgattcaagtggaattagacatag 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1222679 tgtatgcagcaatcttcatgcttatagccttggaaataaaatataaacttacttcaattatgcgggaaaaggtcattgattcaagtggaattagacatag 1222580  T
Q  608 tcattcaggtcaaagtgtatcttctagttccctgccaagagcgagattcatgcaacaccgtcgggcatctactgttccctcctttacaattaaaaagatg 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1222579 tcattcaggtcaaagtgtatcttctagttccctgccaagagcgagattcatgcaacaccgtcgggcatctactgttccctcctttacaattaaaaagatg 1222480  T
Q  708 gctgccgatggagcttggatgccttctgttggcaactttgccacaacattgtgctttgctatatgcttgattctgaacgtttatctcaccggtggctcaa 807  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1222479 gctgctgatggagcttggatgccttctgttggcaactttgccacaacattgtgctttgctatatgcttgattctgaatgtttatctcaccggtggctcaa 1222380  T
Q  808 accgttctatatttttcctggctcctatccttctgctgctcaaccaggattcagattttattgctggttttagcgacaaacacagatatttgccagtgac 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1222379 accgttctatatttttcctggctcctatccttctgctgctcaaccaggattcagattttattgctggttttagcgacaaacacagatatttgccagtgac 1222280  T
Q  908 tgttgttatctcagtctacttttttgtaactgccttgtatagcatatgggaagatgtttggcaaggtaacggtggatggggtcttcaaattggtggacca 1007  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1222279 tgttgttatctcagtctacttttttgtaactgccttgtatagcatatgggaagatgtttggcaaggtaacggtggatggggtcttcaaatcggtggacca 1222180  T
Q  1008 gactggatttttatggtgaagaatttagcactccttgttcttacgtttcccagtcatataattttcaacaggtatgtatggagccatacaaaacagagtg 1107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1222179 gactggatttttatggtgaagaatttagcactccttgttcttacgtttcccagtcatataattttcaacaggtatgtatggagccatacaaaacagagtg 1222080  T
Q  1108 acacaccaccatggataacaattccccttaatctgcttcctatagcatgtacagatgttctgaagattaagatcttgggtatcttaggagttatatattc 1207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1222079 acacaccaccatggataacaattccccttaatctgcttcctatagcatgtacagatgttctgaagattaagatcttgggtatcttaggagttatatattc 1221980  T
Q  1208 actggcccagtatctaattactaggcaacaatatatctctggtctcaagtacatctaaaattaccatgtactctgtactatatgttttgtcaatttagtt 1307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1221979 actggcccagtatctaattactaggcaacaatatatctctggtctcaagtacatctaaaattaccatgtactctgtactatatgttttgtcaatttagtt 1221880  T
Q  1308 atatagatgcttgggctgcttgtgttgaaatttgtatgaggaatatgacaaaatgcatttttgttattgccaatagttaatttaacctatcttgaaaaat 1407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1221879 atatagatgcttgggctgcttgtgttgaaatttgtatgaggaatatgacaaaatgcatttttgttattgccaatagttaatttaacctatcttgaaaaat 1221780  T
Q  1408 acgaataatggtttggttgtttgtggctggatgtaatttgatgcatgttgtgaagtgtccgaaattttatgcacaacatcaagacaacggatatccaata 1507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1221779 acgaataatggtttggttgtttgtggctggatgtaatttgatgcatgtcgtgaagtgtccgaaattttatgcacaacatcaagacaacggatatccaata 1221680  T
Q  1508 actagcaaagtgcaacatcctgtgctttcatgttgcattcgataagttcataaataaacaatataactgtttttagctctatctttgctagtgcggaaaa 1607  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1221679 gctagcaaagtgcaacatcctgtgctttcatgttgcattcgataagttcataaataaacaatataactatttttagctctatctttgctagtgcggaaaa 1221580  T
Q  1608 tggagggacatgtgttttgtacattttaggtgagtttatcatcctaaagaacaaagatcaagaaaacgggtgacatttgatgtaatagatgttattatat 1707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1221579 tggagggacatgtgttttgtacattttaggtgagtttatcatcctaaagaacaaagatcaagaaaacgggtgacatttgatgtaatagatgttattatat 1221480  T
Q  1708 ttgattgcatgttttctcttgttcaaaatccatttaccactgctagtttgtgagtgcattgcttgacccttttgttctgatcttcgcttttatcctctcc 1807  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1221479 ttgattgcatattttctcttgttcaaaattcatttaccactgctagtttgtgagtgcattgcttgacccttttgttctgatcttcgcttttatcctctcc 1221380  T
Q  1808 tggatcttaaccaatgattatgattttccttctattttaacaaaattatgagacttccacaggcaagaaaaatctgagacttcgacaaacaggtgacctt 1907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1221379 tggatcttaaccaatgattatgattttccttctattttaacaaaattatgagacttccacaggcaagaaaaatctgagacttcgacaaacaggtgacctt 1221280  T
Q  1908 gggcaaaatatgacatcaataaaatcttccgaccaagttgcagaatatattgcaataaaattctactctgagttactcttcaacatttgttagtagcttg 2007  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1221279 cggcaaaatatgacatcaataaaatcttccgaccaagttgcagaatatattgcaataaaattctactctgagttactcttcaacatttgttagtagcttg 1221180  T
Q  2008 aaaggggatgtggttggaaagtacaaggtagaaacctggataactgaatcacacgactttgatgtttactgctctgtgtgtcgttgggatatgattttca 2107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||    
T  1221179 aaaggggatgtggttggaaagtacaaggtagaagcctggataactgaatcacacgactttgatgtttactgctct--gtgtcgtagggatatgattttca 1221082  T
Q  2108 taagcaattttgaaaagttttataaactgacaacaacttatcgggatgttattaggtgtttctacaagctatttgatatagtctacaagtgttatggaga 2207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1221081 taagcaattttgaaaagttttataaactgacaacaacttatcgggatgttattaggtgtttctataagctatttgatatagtctacaagtgttatggaga 1220982  T
Q  2208 tgttattaaacatttgatttcttgtagtattttgggaaacgtattagagttgatcc 2263  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1220981 tgttattaaacatttgatttcttgtagtattttgggaaacgtattagagttgatcc 1220926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University