View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18297_high_2 (Length: 766)

Name: NF18297_high_2
Description: NF18297
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18297_high_2
NF18297_high_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (19-757)||(43703074-43703814)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 631; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 631; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 757
Target Start/End: Complemental strand, 43703814 - 43703074
Alignment:
Q  19 actctggcttcacttcttgaggaagatgatagtagagcagcaagaagccttccccaagaatgttatagtactttatccaaactactgttttgagacttta 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43703814 actctggcttcacttcttgaggaaaatgatagtagagcagcaagaagccttccccaagaatgttatagtactttatccaaactactgttttgagacttta 43703715  T
Q  119 tccaaagcgtcaaaaacatattgctgagttacatcttccacaatgacccttttatctcttgacttagaaccagtacctagagatacttgtctacgtttta 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43703714 tccaaagcgtcaaaaacatattgctgagttacatcttccacaatgacccttttatctcttgacttagagccagtacctagagatacttgtcttcgtttta 43703615  T
Q  219 cacctaaaacctagcatcaccacaagaatgttatagtacttatgagatatgatggaccaatcacaagataagaatctcacaagacaaactcaactagtat 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43703614 cacctaaaacctagcatcaccacaagaatgttatagtacttatgagatatgatggaccaatcacaagataagaatctcacaagacaaactcaactagtat 43703515  T
Q  319 tttgattcctcaatgtaggtggttgaaccaacaaaagtaattcattatcaatacgaaaaagagtgtgcatttgggcaagtgttcgataaaggtggtttta 418  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43703514 tttgattcctcaatgtagatggttgaa-caacaaaagtaattcattatcaatacgaaaaaaagtgtgcatttgggcaagtgttcgataaaggtggtttta 43703416  T
Q  419 gatgaacataagtttataaaattg---nnnnnnnnnnnaaaccaaagtattctctgcatgcaattgaaagactaatccctcgagatactatcaaacacaa 515  Q
    ||| ||||||||||||||||||||              || |||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43703415 gataaacataagtttataaaattgttttttttttggtaaacccaaagtattccaggcatgcaattgaaagactaatccctcgagatactatcaaacacaa 43703316  T
Q  516 tgtatgcctctcccaacagaatttgcttgattcacaaaaactaaattttgaatcctatacctcttgctcaagggatccgagccccttcaagtcggaccaa 615  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43703315 tgtaggcctctcccaacagaatttgcttgattcacaaaaactaaattttgaatcctatacctcttgctcaagggatccgagccccttcaagtcggaccaa 43703216  T
Q  616 ctcatgttggtgataaaagtaatgtgaataaaaccaagtttaaactttgtagtgaaataaagtatgttttattttgctcaaaaagcaagtctaacatgaa 715  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43703215 ctcatgttggcgataaaagtaatgtgaataaaacaaagtttaaactttgtagtgaaataaagtatgttttattttgctcaaaaagcaagtctaacatgaa 43703116  T
Q  716 actttggtgtaaatttctctgcataagtgtaactgatgatgt 757  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43703115 actttggtgtaaatttctctgcataagtgtaactgttgatgt 43703074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University