View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18299_high_1 (Length: 983)

Name: NF18299_high_1
Description: NF18299
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18299_high_1
NF18299_high_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (14-974)||(26276217-26277177)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (538-697)||(39398737-39398897)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 921; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 921; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 974
Target Start/End: Original strand, 26276217 - 26277177
Alignment:
Q  14 catcaacggaggccctccaattcagcctatcatgggaatcatcaatagagagggtaaccgtgagaatttgctttgctaactctttagacttttgtatcag 113  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26276217 catcaacagaggccctccaattcagcctatcatgggaatcatcaatagagagggtaaccgtgagaatttgctttgctaactctttagacttttgtatcag 26276316  T
Q  114 atacatggggatattccaattaccatccagaatgtaatctgctaccttcatgttaagggcagggtgcatgtgcagagggatattaagagattccacaata 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26276317 atacatggggatattccaattaccatccagaatgtaatctgctaccttcatgttaagggcagggtgcatgtgcagagggatattaagagattccacaata 26276416  T
Q  214 gattgttctaaccatttatctgtccagaagttgacagtgttcccattacctattgaccatgaggattgctcagcaatcattctgagatggactctcattc 313  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  26276417 gattgttctaaccatttgtctgtccagaagttgacagtgttcccattacctattgaccatgaggattgctcagcattcattctgagatggactatcattc 26276516  T
Q  314 ccgaccaaactgaagacgctctattgtaggtgataggctttccattctttaagtaccgggttctacacatttgtgtccattgctcgtcagaagtgactaa 413  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26276517 ccgaccaaaatgaagacgctctattgtaggtgataggctttccattctttaagtaccgggttctacacatttgtgtccattgctcgtcagaagtgactaa 26276616  T
Q  414 agaccaacaaagctgcagcagggaggatgaattgaccaaccttgggtccttaacagatagacttccttcctcatttggtttacataaatccctccaagcc 513  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26276617 agaccaacaaagctgcagcagggaggatgaattgaccagccttgggtccttcacagatagacctccttcctcatttggtttacataaatccctccaagcc 26276716  T
Q  514 accgtacaaatttttgcctgagtgatatcaccgctccaaataaaggtctttatcatcttggttaactgcttcaaaagattagcaggccaaggataaacat 613  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26276717 accgtacaaatttttgcctgagtgatatcaccgctccaaataaaggtctttatcatcttggttaactgcttcaaaagattagcaggccaaggataaacat 26276816  T
Q  614 gaaatgagtacagcaacatactatttatcacagaattgacaagttgtactctccccattatagataacagcaagcctttccaaacagccaatttgacttt 713  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26276817 gaaatgagtacagcagcatactatttatcacagaattgacaagttgtactctccccattatagataacagcaagcctttccaaacagccaatttgacttt 26276916  T
Q  714 gattctgtccacaataggtcggaaatgatgagcttttgatctgcctttgaagagagggtgcgtgattgtttctaggtgctgcttctgtaaaggccaattg 813  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26276917 gattatgtccacaataggtcggaaatgatgagcttttgatctgcctttgaagagagggtgcgtgattgtttctaggtgctgcttctgtaaaggccaattg 26277016  T
Q  814 gagtcctctgatcatatcttcctgaactgcccggaaacagggatgttgtggagttggttgaaagatgtggcccaacatttggacaattctagtggcgtga 913  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26277017 gagtcctctgatcatatcttcctgaactgcccggaaacagggatgttgtggagttggttgaaagatgtggcccaacatttggacaattctagtggcgtga 26277116  T
Q  914 atctgctgtccagttgctttgataagggtagcagatttactcatcaggttctgatctctgc 974  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26277117 atctgctgtccagttgctttgataagggtagcagatttactcatcaggttctgatctctgc 26277177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 57; Significance: 3e-23; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 538 - 697
Target Start/End: Original strand, 39398737 - 39398897
Alignment:
Q  538 atatcaccgctccaaataaaggtctttatcatcttggttaact-gcttcaaaagattagcaggccaaggataaacatgaaatgagtacagcaacatacta 636  Q
    ||||| |||||| |||||||  ||||||||||||||||||  | ||| || |||||| | ||||||| ||||||||||||| ||||| || |||||||||    
T  39398737 atatccccgctctaaataaaattctttatcatcttggttaggttgctgcagaagattggtaggccaaagataaacatgaaacgagtaaagtaacatacta 39398836  T
Q  637 tttatcacagaattgacaagttgtactctccccattatagataacagcaagcctttccaaa 697  Q
     | ||||| |||||||| || || ||||  ||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  39398837 ctaatcaccgaattgaccagctgaactcgtcccattatagataacaataagcctttccaaa 39398897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University