View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF18300_high_11 (Length: 267)
Name: NF18300_high_11
Description: NF18300
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18300_high_11 |
 | |
|
| [»] scaffold0012 (2 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0069 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0006 (7 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0406 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0068 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: scaffold0012 (Bit Score: 253; Significance: 1e-141; HSPs: 2)
Name: scaffold0012
Description:
Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 253; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 1 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 115733 - 115481
Alignment:
| Q |
1 |
catcagtataaataattatttaaattacaattttaaaaaattggatgttttcaataatagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttctt |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
115733 |
catcagtataaataattatttaaattacaattttaaaaaattggatgttttcaataatagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttctt |
115634 |
T |
|
| Q |
101 |
tagttattatatcctccatgataggacaattacttatttcaagatgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatcc |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
115633 |
tagttattatatcctccatgataggacaattacttatttcaagatgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatcc |
115534 |
T |
|
| Q |
201 |
aacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgattct |
253 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
115533 |
aacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgattct |
115481 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0012; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 9e-79
Query Start/End: Original strand, 39 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 107889 - 107677
Alignment:
| Q |
39 |
aattggatgttttcaataatagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttctttagttattatatcctccatgataggacaattacttatt |
138 |
Q |
| |
|
||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||| |||| ||||| |||||| |||||||| || |||||||||||||| |
|
|
| T |
107889 |
aattggatgctcccaataatagaattatcatacctcttttattgcattttttctttcttttttagctattatctcctccatcatttgacaattacttatt |
107790 |
T |
|
| Q |
139 |
tcaagatgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcaca |
238 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
107789 |
tcaaggtgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagaagatgagaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcaca |
107690 |
T |
|
| Q |
239 |
ttgattgatgatt |
251 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |
|
|
| T |
107689 |
ttgattgatgatt |
107677 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 253; Significance: 1e-141; HSPs: 14)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 253; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 1 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 20477487 - 20477235
Alignment:
| Q |
1 |
catcagtataaataattatttaaattacaattttaaaaaattggatgttttcaataatagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttctt |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20477487 |
catcagtataaataattatttaaattacaattttaaaaaattggatgttttcaataatagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttctt |
20477388 |
T |
|
| Q |
101 |
tagttattatatcctccatgataggacaattacttatttcaagatgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatcc |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20477387 |
tagttattatatcctccatgataggacaattacttatttcaagatgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatcc |
20477288 |
T |
|
| Q |
201 |
aacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgattct |
253 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20477287 |
aacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgattct |
20477235 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 1 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 20368415 - 20368163
Alignment:
| Q |
1 |
catcagtataaataattatttaaattacaattttaaaaaattggatgttttcaataatagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttctt |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20368415 |
catcagtataaataattatttaaattacaattttaaaaaattggatgttttcaataatagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttctt |
20368316 |
T |
|
| Q |
101 |
tagttattatatcctccatgataggacaattacttatttcaagatgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatcc |
200 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20368315 |
tagtgattatatcctccatgataggacaattacttatttcaagatgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatcc |
20368216 |
T |
|
| Q |
201 |
aacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgattct |
253 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20368215 |
aacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgattct |
20368163 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 211; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 13670522 - 13670272
Alignment:
| Q |
1 |
catcagtataaataattatttaaattacaattttaaaaaattggatgttttcaataatagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttctt |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13670522 |
catcagtataaataattatataaattacaattttaaaaaattggatgttttcaataatagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttctt |
13670423 |
T |
|
| Q |
101 |
tagttattatatcctccatgataggacaattacttatttcaagatgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatcc |
200 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||| | |||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13670422 |
tagttattatatcctccattataagacaattacttatctcaaggtatttgagattcaaaaaactttcaaccaaagtagagggaaataaatacttcaatcc |
13670323 |
T |
|
| Q |
201 |
aacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgatt |
251 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13670322 |
aacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgatt |
13670272 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 58 - 251
Target Start/End: Original strand, 15899338 - 15899531
Alignment:
| Q |
58 |
tagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttctttagttattatatcctccatgataggacaattacttatttcaagatgtttgaggttca |
157 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||| |
|
|
| T |
15899338 |
tagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttctttaactattatctcctccatcatagaacaattacttatttcaaggtgtttaaggttca |
15899437 |
T |
|
| Q |
158 |
taaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgatt |
251 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
15899438 |
taaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagcaagtcaagttgcacatagattgatgatt |
15899531 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 26 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 13655109 - 13654883
Alignment:
| Q |
26 |
tacaattttaaaa-aattggatgttttcaataatagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttctttagttattatatcctccatgatag |
124 |
Q |
| |
|
||||| ||||||| ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| || | ||||| |||||| |||||||| |||| |
|
|
| T |
13655109 |
tacaagtttaaaataattgtaagttttcaataacagaattaccatacctcttttaatgcattatttctctcctttttagctattatctcctccatcatag |
13655010 |
T |
|
| Q |
125 |
gacaattacttatttcaagatgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagct |
224 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13655009 |
gacaattacttatttcaaggtgtttgaggttcataaaacttttaaccaaagtagagggaaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagct |
13654910 |
T |
|
| Q |
225 |
agtcaagttgcacattgattgatgatt |
251 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
13654909 |
agtcaagttgcacatagattgatgatt |
13654883 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 52 - 251
Target Start/End: Original strand, 19138450 - 19138649
Alignment:
| Q |
52 |
caataatagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttctttagttattatatcctccatgataggacaattacttatttcaagatgtttga |
151 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||| | |||||| ||||| |||| ||||| |||||| |||||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
19138450 |
caataatagaattagcatacctctttcagtgcattgtttctgtcttttttagctattatctcctccatcatatgacagttacttatttcaaggtgtttga |
19138549 |
T |
|
| Q |
152 |
ggttcataaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgatt |
251 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
19138550 |
ggttcataaaactttcaaccaaagtagagggaaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgatt |
19138649 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 52 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 13506214 - 13506015
Alignment:
| Q |
52 |
caataatagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttctttagttattatatcctccatgataggacaattacttatttcaagatgtttga |
151 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||| | |||||| ||||| |||| ||||| |||||| |||||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
13506214 |
caataatagaattagcatacctctttcagtgcattgtttctgtcttttttagctattatctcctccatcatatgacagttacttatttcaaggtgtttga |
13506115 |
T |
|
| Q |
152 |
ggttcataaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgatt |
251 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
13506114 |
ggttcataaaactttcaaccaaagtagagggaaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacatagattgatgatt |
13506015 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 53 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 13543299 - 13543101
Alignment:
| Q |
53 |
aataatagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttctttagttattatatcctccatgataggacaattacttatttcaagatgtttgag |
152 |
Q |
| |
|
|||| |||| ||||||||| ||||| | |||||| ||||| |||||||||| ||| || ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
13543299 |
aatagtagagttaccatacatctttcaatgcattgtttctgtcttctttagctataatctccaccatcataggacaattacttatttcaaggtgtttgag |
13543200 |
T |
|
| Q |
153 |
gttcataaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgatt |
251 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13543199 |
gttcataaaactttcaaccaaagaagatgagaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgatt |
13543101 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 52 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 13610282 - 13610083
Alignment:
| Q |
52 |
caataatagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttctttagttattatatcctccatgataggacaattacttatttcaagatgtttga |
151 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||| | |||||| ||||| || | ||||| |||||| |||||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
13610282 |
caataatagaattagcatacctctttcagtgcattgtttctgtcctttttagctattatctcctccatcatatgacagttacttatttcaaggtgtttga |
13610183 |
T |
|
| Q |
152 |
ggttcataaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgatt |
251 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13610182 |
ggttcataaaactttcaaccaaagaagagggaaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgatt |
13610083 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 61 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 13649964 - 13649774
Alignment:
| Q |
61 |
aattaccatacctcttttactgcattatttctatcttctttagttattatatcctccatgataggacaattacttatttcaagatgtttgaggttcataa |
160 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||| | |||||| ||||| |||| ||||| |||||| |||||||| ||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
13649964 |
aattatcatacctctttcaatgcattgtttctgtcttttttagctattatctcctccatcatatgacagttacttatttcaaggtgtttgaggttcataa |
13649865 |
T |
|
| Q |
161 |
aactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgatt |
251 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13649864 |
aactttcaaccaaagtagagggaaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgatt |
13649774 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 58 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 13420820 - 13420627
Alignment:
| Q |
58 |
tagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttctttagttattatatcctccatgataggacaattacttatttcaagatgtttgaggttca |
157 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
13420820 |
tagaattaccatacctcttccactgcattatttctatcttcttcagctattatctcctccatcataggacaattagttatttcaaggtgtttgaggttca |
13420721 |
T |
|
| Q |
158 |
taaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgatt |
251 |
Q |
| |
|
||||||||||||| || | ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
13420720 |
taaaactttcaacaaacgaagaagagaataaatacttcaatccattgcaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacatagattgatgatt |
13420627 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 52 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 13684726 - 13684527
Alignment:
| Q |
52 |
caataatagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttctttagttattatatcctccatgataggacaattacttatttcaagatgtttga |
151 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||| | |||||| |||| || | ||||| |||||| |||||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
13684726 |
caataatagaattagcatacctctttcagtgcattgtttcagtcatttttagctattatctcctccatcatatgacagttacttatttcaaggtgtttga |
13684627 |
T |
|
| Q |
152 |
ggttcataaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgatt |
251 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13684626 |
ggttcataaaactttcaaccaaagaagaagaaaataaatacttcaatccaacacaattatccacaaacaagctagtcaagttgcacattgattgatgatt |
13684527 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 58 - 239
Target Start/End: Original strand, 16468659 - 16468840
Alignment:
| Q |
58 |
tagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttctttagttattatatcctccatgataggacaattacttatttcaagatgtttgaggttca |
157 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| | ||||| || | |||||||||| ||||| || ||||| | ||||||||||| |||||||| |||| |||||| |
|
|
| T |
16468659 |
tagaattaccatacctctttcaatgcatcgcttatctcttctttagcaattatctcttccatcaacggacaattactaatttcaaggtgttgaaggttct |
16468758 |
T |
|
| Q |
158 |
taaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacat |
239 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||| |||||| |||||||| |||||||| || |||| || |||||||||||| ||||||||||| |||| |
|
|
| T |
16468759 |
taaaacttccaaccacagtagacgagaataagtacttcaacgcaccacacttctccacaatcaaggtagtcaagttgtacat |
16468840 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 8 - 110
Target Start/End: Original strand, 16497250 - 16497353
Alignment:
| Q |
8 |
ataaataattatttaaattacaattttaaaa--aattggatgttttcaataatagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttctttagtt |
105 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||| | |||||| ||||| |||||||||| | |
|
|
| T |
16497250 |
ataaaaaattatttaaatg-caaatttaaaattaattggattgtttcaatgggagaattagcatacctctttcaatgcattgtttctctcttctttagct |
16497348 |
T |
|
| Q |
106 |
attat |
110 |
Q |
| |
|
||||| |
|
|
| T |
16497349 |
attat |
16497353 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0069 (Bit Score: 221; Significance: 1e-121; HSPs: 1)
Name: scaffold0069
Description:
Target: scaffold0069; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 16 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 26404 - 26168
Alignment:
| Q |
16 |
ttatttaaattacaattttaaaaaattggatgttttcaataatagaattacc-atacctcttttactgcattatttctatcttctttagttattatatcc |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26404 |
ttatttaaattacaattttaaaaaattgaatgttttcaataatagaattacccatacctcttttactgcattatttctatcttctttagttattatatcc |
26305 |
T |
|
| Q |
115 |
tccatgataggacaattacttatttcaagatgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatccaacacaattatcca |
214 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26304 |
tccatgataggacaattacttatttcaagatgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagaagaggagaataaatacttcaatccaacacaattatcca |
26205 |
T |
|
| Q |
215 |
caatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgatt |
251 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26204 |
caatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgatt |
26168 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0006 (Bit Score: 211; Significance: 1e-116; HSPs: 7)
Name: scaffold0006
Description:
Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 168136 - 167886
Alignment:
| Q |
1 |
catcagtataaataattatttaaattacaattttaaaaaattggatgttttcaataatagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttctt |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
168136 |
catcagtataaataattatataaattacaattttaaaaaattggatgttttcaataatagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttctt |
168037 |
T |
|
| Q |
101 |
tagttattatatcctccatgataggacaattacttatttcaagatgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatcc |
200 |
Q |
| |
|
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|
| T |
168036 |
tagttattatatcctccattataagacaattacttatctcaaggtatttgagattcaaaaaactttcaaccaaagtagagggaaataaatacttcaatcc |
167937 |
T |
|
| Q |
201 |
aacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgatt |
251 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
167936 |
aacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgatt |
167886 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 5 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 56945 - 56697
Alignment:
| Q |
5 |
agtataaataattatttaaattacaattttaaaa--aattggatgttttcaataatagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttcttta |
102 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| ||||||||| |
|
|
| T |
56945 |
agtataaatagttatttaaattgcaagtttaaaattaattggatgtttcctataatagaattaccatacctctttcaatgcattgtttctgtcttcttta |
56846 |
T |
|
| Q |
103 |
gttattatatcctccatgataggacaattacttatttcaagatgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatccaa |
202 |
Q |
| |
|
| ||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
56845 |
gctataatctcttccatcataggacaattacttatttcaaggtgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagagagaaataaatacttcaatccaa |
56746 |
T |
|
| Q |
203 |
cacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgatt |
251 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
56745 |
cacaataatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgatt |
56697 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0006; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 26 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 144870 - 144644
Alignment:
| Q |
26 |
tacaattttaaaa-aattggatgttttcaataatagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttctttagttattatatcctccatgatag |
124 |
Q |
| |
|
||||| ||||||| ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| || | ||||| |||||| |||||||| |||| |
|
|
| T |
144870 |
tacaagtttaaaataattgtaagttttcaataacagaattaccatacctcttttaatgcattatttctctcctttttagctattatctcctccatcatag |
144771 |
T |
|
| Q |
125 |
gacaattacttatttcaagatgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagct |
224 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
144770 |
gacaattacttatttcaaggtgtttgaggttcataaaacttttaaccaaagtagagggaaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagct |
144671 |
T |
|
| Q |
225 |
agtcaagttgcacattgattgatgatt |
251 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
144670 |
agtcaagttgcacatagattgatgatt |
144644 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0006; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 52 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 139765 - 139566
Alignment:
| Q |
52 |
caataatagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttctttagttattatatcctccatgataggacaattacttatttcaagatgtttga |
151 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||| | |||||| ||||| |||| ||||| |||||| |||||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
139765 |
caataatagaattagcatacctctttcagtgcattgtttctgtcttttttagctattatctcctccatcatatgacagttacttatttcaaggtgtttga |
139666 |
T |
|
| Q |
152 |
ggttcataaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgatt |
251 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
139665 |
ggttcataaaactttcaaccaaagtagagggaaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgatt |
139566 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0006; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 39 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 218697 - 218485
Alignment:
| Q |
39 |
aattggatgttttcaataatagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttctttagttattatatcctccatgataggacaattacttatt |
138 |
Q |
| |
|
||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||| | |||||| |||| || | ||||| |||||| |||||||| ||| |||| ||||||||| |
|
|
| T |
218697 |
aattggatgctcccaataatagaattatcatacctctttcagtgcattgtttccgtcatttttagctattatctcctccatcatatgacagttacttatt |
218598 |
T |
|
| Q |
139 |
tcaagatgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcaca |
238 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
218597 |
tcaaggtgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagaagatgagaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcaca |
218498 |
T |
|
| Q |
239 |
ttgattgatgatt |
251 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |
|
|
| T |
218497 |
ttgattgatgatt |
218485 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0006; HSP #6
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 39 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 109857 - 109643
Alignment:
| Q |
39 |
aattggatgttttcaataatagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttctttagttattatatcctccatgataggacaattacttatt |
138 |
Q |
| |
|
||||||||| | |||||||||||||| ||||||||| | | ||||| |||| || | ||||| |||||| |||||||| ||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
109857 |
aattggatgctcccaataatagaattatcatacctctctcaaagcattgtttccgtcatttttagctattatctcctccatcatatgacaattacttatt |
109758 |
T |
|
| Q |
139 |
tcaagatgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcaca |
238 |
Q |
| |
|
||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
109757 |
tcaaggtgtctgaggttcataaaactttcaaccaaagaagatgagaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcaca |
109658 |
T |
|
| Q |
239 |
ttgattgatgattct |
253 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |
|
|
| T |
109657 |
ttgattgatgattct |
109643 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0006; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 154 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 205706 - 205609
Alignment:
| Q |
154 |
ttcataaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgatt |
251 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
205706 |
ttcataaaactttcaaccaaagaagatgagaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgatt |
205609 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 180; Significance: 3e-97; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 5 - 253
Target Start/End: Original strand, 20814910 - 20815159
Alignment:
| Q |
5 |
agtataaataattatttaaattacaattttaaaa--aattggatgttttcaataatagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttcttta |
102 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||| |||| |
|
|
| T |
20814910 |
agtataaacaattatttaaattacaagtttaaaattaattgaatgctc-caataatagaattaccataccttttttcctgcattatttctctctgtttta |
20815008 |
T |
|
| Q |
103 |
gttattatatcctccatgataggacaattacttatttcaagatgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatccaa |
202 |
Q |
| |
|
| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20815009 |
gctataatctcctccatgataggacaattacttatttcaagatgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatccaa |
20815108 |
T |
|
| Q |
203 |
cacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgattct |
253 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20815109 |
cacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgattct |
20815159 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 178; Significance: 4e-96; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 5 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 21814398 - 21814155
Alignment:
| Q |
5 |
agtataaataattatttaaattacaattttaaaa--aattggatgttttcaataatagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttcttta |
102 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||| |
|
|
| T |
21814398 |
agtataaacaattatttaaattacaagtttaaaattaattgaatgctc-caataatagaattaccatacctattttactgcattatttctctctgtttta |
21814300 |
T |
|
| Q |
103 |
gttattatatcctccatgataggacaattacttatttcaagatgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatccaa |
202 |
Q |
| |
|
| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21814299 |
gctataatctcctccatgataggacaattacttatttcaagatgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatccaa |
21814200 |
T |
|
| Q |
203 |
cacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgat |
247 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21814199 |
cacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgat |
21814155 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 68 - 251
Target Start/End: Original strand, 22284215 - 22284398
Alignment:
| Q |
68 |
atacctcttttactgcattatttctatcttctttagttattatatcctccatgataggacaattacttatttcaagatgtttgaggttcataaaactttc |
167 |
Q |
| |
|
|||||||||| | |||||| ||||| |||| ||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22284215 |
atacctctttcaatgcattgtttctgtcttttttagctattatctcctccatcataggacaattacttatttcaaggtgtttgaggttcataaaactttc |
22284314 |
T |
|
| Q |
168 |
aaccaaagtagaggagaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgatt |
251 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||| |
|
|
| T |
22284315 |
aaccaaagtagagggaaataaatacttcaatccaacacaattatcgacaatcaagttagtcaagttgtacatagattgatgatt |
22284398 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 150; Significance: 2e-79; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 58 - 251
Target Start/End: Original strand, 38057983 - 38058176
Alignment:
| Q |
58 |
tagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttctttagttattatatcctccatgataggacaattacttatttcaagatgtttgaggttca |
157 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||| ||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
38057983 |
tagaattaccatacctctttcaatgcattatttctgtcttttttagctattatctcctccatcataggacaattacttatttcaaggtgtttgaggttca |
38058082 |
T |
|
| Q |
158 |
taaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgatt |
251 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
38058083 |
taaaactttcaaccaaagtagaggggaataaatacttcaatccaacacaattatcgacaatcaagctagtcaagttgcacatagattgatgatt |
38058176 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0406 (Bit Score: 141; Significance: 5e-74; HSPs: 1)
Name: scaffold0406
Description:
Target: scaffold0406; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 39 - 251
Target Start/End: Original strand, 7949 - 8161
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| Q |
39 |
aattggatgttttcaataatagaattaccatacctcttttactgcattatttctatcttctttagttattatatcctccatgataggacaattacttatt |
138 |
Q |
| |
|
||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||| | |||||| |||| || | ||||| |||||| |||||||| ||| |||| ||||||||| |
|
|
| T |
7949 |
aattggatgctcccaataatagaattatcatacctctttcagtgcattgtttccgtcatttttagctattatctcctccatcatatgacagttacttatt |
8048 |
T |
|
| Q |
139 |
tcaagatgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcaca |
238 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8049 |
tcaaggtgtttgaggttcataaaactttcaaccaaagaagaggagaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcaca |
8148 |
T |
|
| Q |
239 |
ttgattgatgatt |
251 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |
|
|
| T |
8149 |
ttgattgatgatt |
8161 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0068 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 1)
Name: scaffold0068
Description:
Target: scaffold0068; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 65 - 251
Target Start/End: Original strand, 41141 - 41327
Alignment:
| Q |
65 |
accatacctcttttactgcattatttctatcttctttagttattatatcctccatgataggacaattacttatttcaagatgtttgaggttcataaaact |
164 |
Q |
| |
|
||||||||||||| | ||||| ||||| || | ||||| |||||| |||||||| ||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
41141 |
accatacctctttcaatgcatggtttctctcctttttagctattatttcctccatcatatgacagttacttatttcaaggtgtttgaggttcataaaact |
41240 |
T |
|
| Q |
165 |
ttcaaccaaagtagaggagaataaatacttcaatccaacacaattatccacaatcaagctagtcaagttgcacattgattgatgatt |
251 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
41241 |
ttcaaccaaagtagagggaaataaatacttcaatccaacacatttatcgacaatcaagctagtcaagttgcacatagattgatgatt |
41327 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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