View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18301_high_1 (Length: 1256)

Name: NF18301_high_1
Description: NF18301
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18301_high_1
NF18301_high_1
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (18-1251)||(2262029-2263263)
chr7 (579-643)||(2287785-2287849)
chr7 (1196-1240)||(2228731-2228775)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 1148; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 1148; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1251
Target Start/End: Complemental strand, 2263263 - 2262029
Alignment:
Q  18 gatgggaaggggaacattcctaaaccaaggacttcacatctttgcccatacgaggccatgaaaaagaagctgccaagcgagcaagcattcatttgacact 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  2263263 gatgggaaggggaacattcctaaaccaaggacttcacatctttggccatacgaggccatgaaaaagaagctgccaagcaagcaagcgttcatttgacact 2263164  T
Q  118 cgaatgaccacccatcggtgtgtggcattaaactcattgagaaggttctggcgtaaattgttctcaagaggaatgaatgtgactcttataataaagaaaa 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2263163 cgaatgaccacccatcagtgtgtggcattaaactcattgagaaggttctggcgtaaattgttctcaagaggagtgaatgtgactcttataataaagaaaa 2263064  T
Q  218 ccatgaagttgagagaaaggacatcgttctatagaagattgtcgaaacttttacaccagagcttgtcatgtgtaggaccgaaagtctaaaagttgtgaag 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  2263063 ccatgaagttgagagaaaggacatcgttctatagaagattgtcgaaacttttacaccagagcttgtcatgt--aggaccgaaagtctaaaagttgtgaag 2262966  T
Q  318 ttggtccaaaataaaggactaacatgtggtattggaactataatagcttcaagagaggttcatcagtttgagaaaggccatctgcaacaatgctggtacg 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2262965 ttggtccaaaataaaggactaacatgtagtattggaactataatagcttctagagaggttcatcagtttgagaaaggccatctgcaacaatgctggtacg 2262866  T
Q  418 tccgagtgtgcaaaatatttcatagtcaaaacccaatagttctgttaaccatttgtattgcattggtgcttgaagagtttgtaagagtaacccgtgaagt 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2262865 tccgagtgtgcaaaatatttcatagtcaaaacccaatagttctgttaaccatttgtattgcattggtgcttgaagagtttgtaagagtaacccgtgaagt 2262766  T
Q  518 ctttatagatcggtgtaacttttcaaatgtaaacaaaggaggtaacgacaccannnnnnnn---atagtcgaattgatgacatacatttcacgttcatag 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2262765 ctttatagatcggtgtaacttttcaaatgtaaacaaaggaggtaacgacgccatttttttttttatagtcgaattgatgacatacatttcacgttcatag 2262666  T
Q  615 gccgaggagaggctcatagtcgaattaatcaaacacatactaacataatacattaattatcatccaaatccaaacaaacacgtacaagacacaatattac 714  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2262665 gccgaggagaggctcatagtcgaattaatcaaacacatactaacataatacattaattatcatccaaatccaaacaaacacgtacaagacacaatattac 2262566  T
Q  715 atatttcccgaaatgatcgagtctagagaattcaagtaaatatatatatttttcgcaacaccataaaatatgtgtaattttatggtcatacatatactat 814  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2262565 atatttcccgaaatgatcgagtctagagaattcaagtaaatatatatatttttcgcaacaccataaaatatgtgtaattttatggtcatacatatactat 2262466  T
Q  815 caccaaccatagtaatagtatggtttacttagatacaaaaggcataaagagaagtaccaccagtaaggcctccaataaccgttgccaaacccacagtata 914  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2262465 caccaaccatagtaatagtatggtttacttagacacaaaaggcataaagagaagtaccaccagtaaggcctccaataaccgttgccaaacccacagtata 2262366  T
Q  915 accatttccaagatatatgcaaccattgttaattgaaattccaccatacacagttgctccagtctcataagaccacaaaatttcaccactcttaccattt 1014  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2262365 accatttccaagatatatgcaaccattgttaattgaaattccaccatacacagttgctccagtctcataagaccacaaaatttcaccagtcttaccattt 2262266  T
Q  1015 attgcatagataggtcctttcctatttgcagatcctgcaaagacaatgccattagctacactaacaggaccattagcagtagcattactagggttagcta 1114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2262265 attgcatagataggtcctttcctatttgcagatcctgcaaagacaatgccattagctacactaacaggaccattagcagtagcattactagggttagcta 2262166  T
Q  1115 tggcccataagatcttgccactacttgcttccattgctacccaacctccagatgttattgtcttgttggatggtttaagagtgaaatttttcgcatttga 1214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2262165 tggcccataagatcttgccactacttgcttccattgctacccaacctccagatgttattgtcttgttggatggtttaagagtgaaatttttcgcatttga 2262066  T
Q  1215 attagcaatgtttgtataaactctttctttgtctgtg 1251  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2262065 attagcaatgtttgtataaactctttctttgtctgtg 2262029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 579 - 643
Target Start/End: Complemental strand, 2287849 - 2287785
Alignment:
Q  579 atagtcgaattgatgacatacattt-cacgttcataggccgaggagaggctcatagtcgaattaat 643  Q
    ||||| |||||||| |||||||||| | ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  2287849 atagtagaattgataacatacattttctcgttcatag-ccgaggtgaggctcatagtcgaattaat 2287785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 1196 - 1240
Target Start/End: Original strand, 2228731 - 2228775
Alignment:
Q  1196 tgaaatttttcgcatttgaattagcaatgtttgtataaactcttt 1240  Q
    |||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2228731 tgaaatttttggcatctgaatttgcaatgtttgtataaactcttt 2228775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University