View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18302_low_4 (Length: 816)

Name: NF18302_low_4
Description: NF18302
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18302_low_4
NF18302_low_4
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (10-800)||(32688397-32689194)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 730; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 730; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 800
Target Start/End: Original strand, 32688397 - 32689194
Alignment:
Q  10 aatacttcaatatgtgaagaagggaacttccaacattggaattatatatcctaaaaatgcagaagtttgcttgctatattcagattggtggtggtcatga 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  32688397 aatacttcaatatgtgaagaagggaacttccaacattggaattatatatcctaaaaatgcagaagtttgcttgctatattcagattggtg-tggtcatga 32688495  T
Q  110 aagtaatagcaaaacacagtagataatgcttttgtgtgtgggaaaatcctctgggcatcggacaaatagtttatggcagtggccaaatgtaaagtgaggt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  32688496 aagtaatagcaaaacacagtagataatgcttttgtgtgtgggaaaatcctctgggcatcggacaaatagtttatggtggtggccaaatgtaaagtgaggt 32688595  T
Q  210 cgagcatgttgttacaatgactatgaggccttgcatgccttgtggcttgatagttgatacattatattgctgcaggagatgaaagtaaaggtattgcaac 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32688596 cgagcatgttgttacaatgactatgaggccttgcatgccttatggcttgatagttgatacattatattgctgcaggagatgaaagtaaaggtattgcaac 32688695  T
Q  310 tgttaacttactgtctcaacaattaaattggctaagcgtccaattgctcatgggagaaccaaacacactgacataacaacattaggtttcatttgcttaa 409  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  32688696 tgttaacttgctgtctcaacaattaaattggctaagcgtccaattgctcatgggagaaccaaacacactgacataacgacatgaggtttcatttgcttaa 32688795  T
Q  410 aagtgaaaactgaaaatcaagaaaatatgaacttggaactgaggagaacgttagttctggtttccgttggatatttagttatatgtgaaaagtttaaaat 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32688796 aagtgaaaactgaaaatcaagaaaatatgaacttggaactgaggagaacgttagttctggtttccgttggatatttagttatatgtgaaaagtttaaaat 32688895  T
Q  510 catgaattcccacatcactaactgaagaatataaaattctctctatttaaaccccacctacttacctattaaaacaagcattttctgtatgagttaacca 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32688896 catgaattcccacatcactaactgaagaatataaaattctctctatttaaaccccacctacttacctattaaaacaagcattttctgtatgagttaacca 32688995  T
Q  610 caaggattttccgtagttatgttacttgagattattcttcgtggagcctgtcgaattctggaaatgtttg--------tcttcggtgaataaattcttaa 701  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||    
T  32688996 caaggattttccgtagttatgttacttgagattattcttcgtggagcctgttgaattctggaaatgtttgtcttcgactcttcggtgaataaattcttaa 32689095  T
Q  702 gcacggtctgccttcacatgcctctgcgccttatctatatctatgattcttctctatgtttgtggtctttgctctagattcatggttcatcattgttat 800  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32689096 gcacggtctgccttcacatgcctctgcgccttatctatatctatgattcttctctatgtttgtggtctctgctctagattcatggttcatcattgttat 32689194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University