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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF18305_low_3 (Length: 683)
Name: NF18305_low_3
Description: NF18305
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18305_low_3 |
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Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 622; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 622; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 670
Target Start/End: Original strand, 34029980 - 34030625
Alignment:
| Q |
25 |
ctttctttctcctatcctattatagaatcattggaattttgtgtttgtttgattcaaatatatatagaacatgtgctttttaatataattataaaacata |
124 |
Q |
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| T |
34029980 |
ctttctttctcctatcctattatagaagcattggaattttgtgtttgtttgattcaaatatatatagaacatgtgctttttaatataattatagaacata |
34030079 |
T |
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| Q |
125 |
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224 |
Q |
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| T |
34030080 |
taatatgaaaaagagatgtatttttgtttgaataaaagatgtgtggaataaagatggcagaattaaatatatccttttgtttgtttgttttttattgatg |
34030179 |
T |
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| Q |
225 |
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324 |
Q |
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| T |
34030180 |
tactgttacttttagggatatggtctgactgaaagtggaggaggggcagcaagaatgataggttttgatgaagctaagcgccacggttctgtgggtcgac |
34030279 |
T |
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| Q |
325 |
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424 |
Q |
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| T |
34030280 |
tagcagaaaatatggaagctaagatagttgaccctgttactggagaggcattatctcctggccagaaaggggagctttggttgcgaggaccaacaatcat |
34030379 |
T |
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| Q |
425 |
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524 |
Q |
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34030380 |
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34030479 |
T |
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| Q |
525 |
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624 |
Q |
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| T |
34030480 |
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34030579 |
T |
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| Q |
625 |
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670 |
Q |
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| T |
34030580 |
caatgaatatgtctctcactttagttcattgattggagttcatctc |
34030625 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 189 - 670
Target Start/End: Original strand, 34022889 - 34023373
Alignment:
| Q |
189 |
aaatatatccttttatttgtttgtttttt-attgatgtactgtt-acttgtagggatatggtctgactgaaagtggaggaggggcagcaagaatgatagg |
286 |
Q |
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| T |
34022889 |
aaatatattcttttatttgtttgtttttttattgatgtattgtttacttatagggatatggtctgactgaaagtggaggagcggtagcaagaatgatagg |
34022988 |
T |
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| Q |
287 |
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386 |
Q |
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| T |
34022989 |
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34023088 |
T |
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| Q |
387 |
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484 |
Q |
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| T |
34023089 |
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34023188 |
T |
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| Q |
485 |
agtgaaaatgtgcactaaaaaccaaagatttgctatgttcatgaagttgtaaaatgcaattatagatagagttgtgaaagttgcaaataggctgacaatg |
584 |
Q |
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| T |
34023189 |
agtgaaaatgtgcact-aaaaccaaagatttgctatgttcatgaagttgtaaaatggaattatagatagagttgtgaaagttgcaagtaagctgacaacg |
34023287 |
T |
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| Q |
585 |
agttaagtaaagataatattagtggacagattcatgtattcaatgaatatgtctctcactttagttcattgattggagttcatctc |
670 |
Q |
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| T |
34023288 |
agttaaataatgataatattagtggacagattcatgtattcaatgaataagtctatcactttagttcattaattagagttcatctc |
34023373 |
T |
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