View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18306_low_1 (Length: 755)

Name: NF18306_low_1
Description: NF18306
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18306_low_1
NF18306_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (11-741)||(5418085-5418815)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 679; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 679; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 741
Target Start/End: Original strand, 5418085 - 5418815
Alignment:
Q  11 cagagaaaaaagccacgtaaacaaacacagtttttggtgctatgaacaactcatacaatgcaatgaatatggcaatttgacaatatcaatatgcatatgc 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5418085 cagagaaaaaagccacgtaaacaaacacagtttttggtgctatgaacaactcatacaatgcaatgaatatggcaatttgacaatatcaatatgcatatgc 5418184  T
Q  111 aacgtttcatcttgatgatcaatcaatatatatacatataggggacaaacgacaattaaattcgagtatggatcaataaagccataaagtacgtacgcgg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5418185 aacgtttcatcttgatgatcaatcaatatatatacatataggggacaaacgacaattaaattcgagtatggatcaataaagccataaagtacgtacgcgg 5418284  T
Q  211 cttccgcacataataccacactaccaaacccactatccagctgtctctttgcttgcaattttgagatgtcaatacatttcacaaaccaaagctaaaagac 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5418285 cttccgcacataataccacactaccaaacccactatccagctgtctctttgcttgcaattttgagatgtcaatacatttcacaaaacaaagctaaaagac 5418384  T
Q  311 tcataaattgactcaataaccttgaatttggtttaactgttttctagaatccgcattcacgtagtcgagacacaagtgaccgtttgattttaatgtaatt 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5418385 tcataaattgactcaataaccttgaatttggtttaactgttttctagaatccgcattcacttagtcgagacacaagtgaccgtttgattttaatgtaatt 5418484  T
Q  411 taaaattatagagtttgaatctgaatcgtccaatcttaatcaaatcaccactaaagttctagagtacgtgaatgcgcagaatccttaaaattaaagatga 510  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||    
T  5418485 taaaaatatagagtttgaatgtgaatcgtccaatcttaatcaaataaccactaaaattctagagtacgtgaatacgcggaatccttaaaattaaaggtga 5418584  T
Q  511 gcatgatccaattccctttagttataccttcccatcttttcacctacccattttgtactataaataatgtcactcacacaattcaaccacataagcctca 610  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5418585 gcatgatccaattccctttagttataccttcccatcttttcacctacccattttctactataaataatctcactcacacaattcaaccacataagcctca 5418684  T
Q  611 aacttccttagtgagtttcccttcctctgctctagtgagtgccactttagttaactttcatatagttcatctaaatattttctcaatattctacactttg 710  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5418685 aacttccttagtgagttttccttcctctgctctagtgagtgccactttagttaactttcatatagttcatctaaatcttttctcaatattctacactttg 5418784  T
Q  711 acagcaagatgaagccagcatttgcagctat 741  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5418785 acagcaagatgaagccagcatttgcagctat 5418815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University