View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF18311_high_1 (Length: 1222)
Name: NF18311_high_1
Description: NF18311
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18311_high_1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 596; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 596; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 656
Target Start/End: Original strand, 38120400 - 38121055
Alignment:
| Q |
1 |
ctcttgtcatggaacaaagacctgagtgtgatgaagaaagaatgaagacgaacaaagattattgtgtgatgaatgatgaaacaaaatattcaaccataag |
100 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
38120400 |
ctcttgtcatggaacaaagacctgagtgtgatgaagaaagaatgaagacgaacaaagattattgtgtgatgaatgatgaaacaaaatattcaaccataag |
38120499 |
T |
|
| Q |
101 |
cttgttcnnnnnnnnnnnnnttcaacaataaatcccaatcttccttcttttcatttcacattatggcgaagagatgaagcaaagggaatgtagaagatga |
200 |
Q |
| |
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||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
38120500 |
cttgttcaaaaaaataaaaattcaacaataaatcccaatcttccttcttttcatttcacattatggcgaagagatgaagcaaagggaatgtagaagatga |
38120599 |
T |
|
| Q |
201 |
tgcaacgatggtgtggtgaagtgatgaagcagaataactatgttaattaataccaaagttgtgctaatgatactcatgactatgcaatgcaactattatt |
300 |
Q |
| |
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| T |
38120600 |
tgcaacgatggtgtggtgaagtgatgaagcagaataactatgttaattaataccaaagttgtgctaatgatactcatgactatgcaatgcaactattatt |
38120699 |
T |
|
| Q |
301 |
nnnnnnnctaaacgttttgtaaccactgcaagaaaagtaaacatttgaagaggcaaatgtgatattattattgtgtcttatttatactaaaggagttggt |
400 |
Q |
| |
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| T |
38120700 |
aagaaaactaaacgttttgtaaccactgcaagaaaagtaaacatttgaagaggcaaatgtgatattattattgtgtcttatttatactaaaggagttggt |
38120799 |
T |
|
| Q |
401 |
ttcggttcagcttcaacttctttgttaagttaccgttttgcaattgaaggttagccaccaatcatattcatcatgatatcacacttactataaatagaat |
500 |
Q |
| |
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| T |
38120800 |
ttcggttcagcttcaacttctttgttaagttaccgttttgcaattgaaggttagccaccaatcatattcatcatgatatcacacttactataaatagaat |
38120899 |
T |
|
| Q |
501 |
catgctatctttctctttaaccaaacactttaccctcttcattatctttggttacttcacactgtttttcttttcagtaagaacaaagcacaagtttggt |
600 |
Q |
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| T |
38120900 |
catgctatctttctctttaaccaaacactttaccctcttcattatctttggttacttcacactgtttttcttttcagtaagaacaaagcacaagtttggt |
38120999 |
T |
|
| Q |
601 |
tagttcaaactctatttctcttcgtcttcctagctctttttccttaattttatttt |
656 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38121000 |
tagttcaaactctatttctcttcgtcttcctagctctttttccttaattttatttt |
38121055 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 827 - 1207
Target Start/End: Original strand, 38121272 - 38121652
Alignment:
| Q |
827 |
gtcctaaactgagttttatttcacaatgtgaaccttatttgctttaatttgtgctttaattactctttacgtctcccataagctctgatttagccctatg |
926 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38121272 |
gtcctaaactgagttttatttcacaatgtgaaccttatttgctttaatttgtgctttaattactctttacgtctcccataagctctgatttagccctatg |
38121371 |
T |
|
| Q |
927 |
ttttcgaaaatattctcggatgttttcgtttgtgtgatgaatcttgtgttatgttgaatggnnnnnnnagcgttattctttgactttaggattttcacat |
1026 |
Q |
| |
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| T |
38121372 |
ttttcgaaaatattctcgtatgttttcgtttgtgtgatgaatcttgtgttatgttgaatggtttttttagcgttattctttgactttaggattttcacat |
38121471 |
T |
|
| Q |
1027 |
cactgcttcatgcttttggggttttgcacttactatttgttttatgcttttgagtttttgtgtgtgctgatttaatgatcaatttagtatatacctaata |
1126 |
Q |
| |
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|
| T |
38121472 |
cactgcttcatgcttttggggttttgcacttactatttgttttatgcttttgagtttttgtgtgtgctgatttaatgatcaatttagtatatacctaata |
38121571 |
T |
|
| Q |
1127 |
gactaatacttattacttgtgatatttattcagaatatgagttcacaagagaacaaagaatgtttgcccccaccacctccc |
1207 |
Q |
| |
|
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|
| T |
38121572 |
gactaatacttattacttgtgatatttattcagaatatgagttcacaagagaacaaagaatgtttgcccccaccacctccc |
38121652 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 648 - 736
Target Start/End: Original strand, 38121094 - 38121182
Alignment:
| Q |
648 |
ttttattttgtaatgtggtaactggtaatgttcatgtagtttttatcttaactttgcatgtttttatttagtaatgtggtaaacacaag |
736 |
Q |
| |
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| T |
38121094 |
ttttattttgtaatgtggtaactggtaatgttcatgtagtttttatcttaactttgcatgtttttattttgtaatgtggtaaacacaag |
38121182 |
T |
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