View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18313_low_10 (Length: 501)

Name: NF18313_low_10
Description: NF18313
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18313_low_10
NF18313_low_10
[»] chr6 (15 HSPs)
chr6 (14-487)||(2951893-2952366)
chr6 (14-487)||(3003429-3003902)
chr6 (14-487)||(2927111-2927593)
chr6 (36-484)||(2964466-2964920)
chr6 (14-487)||(2934550-2935032)
chr6 (37-396)||(2937505-2937870)
chr6 (22-484)||(2973964-2974432)
chr6 (40-420)||(2982884-2983273)
chr6 (36-460)||(2658652-2659088)
chr6 (36-298)||(2997040-2997302)
chr6 (57-294)||(2929462-2929699)
chr6 (143-286)||(2978408-2978550)
chr6 (316-477)||(2997341-2997502)
chr6 (32-146)||(2979192-2979303)
chr6 (175-239)||(2954549-2954613)
[»] scaffold0024 (3 HSPs)
scaffold0024 (33-463)||(34906-35342)
scaffold0024 (32-239)||(44594-44801)
scaffold0024 (241-286)||(45123-45168)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (36-484)||(49613399-49613847)
chr3 (14-440)||(49618421-49618845)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (37-285)||(3339187-3339435)
chr7 (331-368)||(3339092-3339129)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 450; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 450; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 2952366 - 2951893
Alignment:
Q  14 atattatccagtatatccctccgaacaagtatatccacatcggtaccagtatttataatgtaatccaaaacaacaacataatcagcaatatatgactcct 113  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2952366 atattatctagtatatccctccgaacaagtatatccacatcggtaccagtatttataatgtaatccaaaacaacaacataatcagcaatatatgactcct 2952267  T
Q  114 cagggtaatgacactgctccaaagcaaccatattccgaaataaagtttcggtcgaatcctgaacttttaattgaggaatttcaagaactcctcccgaaaa 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2952266 cagggtaatgacactgctccaaagcaaccatattccgaaataaagtttcggttgaatcctgaacttttaattgaggaatttcaagaactccttccgaaaa 2952167  T
Q  214 cctcaagtcaagtaaacacttactttcagtgttcactttaaacctaactccagcttctaacaactcagttgcactcggtagatgttttatccattctaca 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2952166 cctcaagtcaagtaaacacttactttcagtgttcactttaaacctaactccagcttctaacaactcagttgcactcggtagatgttttatccattctaca 2952067  T
Q  314 actctactcggccgactttcaataggatgttgcaaatgaaatatcctaatcagatcagtgaagtgccttatactaatatcacccttatcaaaatccaatt 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2952066 actctactcggccgactttcaataggatgttgcaaatgaaatatcctaatcagatcagtgaagtgccttatactaatatcacccttatcaaaatccaatt 2951967  T
Q  414 ttgattttttgtaataaccaaaataatgaatagtgagtttaagaaaagaatggatcatagtgttgggaacatta 487  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  2951966 ttgatttattgtaataaccaaaataatgaatagtgagtttaagaaaagaatggatcatagtgataggaacatta 2951893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 487
Target Start/End: Original strand, 3003429 - 3003902
Alignment:
Q  14 atattatccagtatatccctccgaacaagtatatccacatcggtaccagtatttataatgtaatccaaaacaacaacataatcagcaatatatgactcct 113  Q
    ||||| |||||||| || ||| |||||||||||||||||||  || |||||||||||| |||||||||||||  |  |||||| | ||||||||| || |    
T  3003429 atattttccagtatttcgctctgaacaagtatatccacatccttagcagtatttataaggtaatccaaaacagaacgataatcggtaatatatgaatcat 3003528  T
Q  114 cagggtaatgacactgctccaaagcaaccatattccgaaataaagtttcggtcgaatcctgaacttttaattgaggaatttcaagaactcctcccgaaaa 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3003529 cagggtaatgacactgctccaaagcaaccatattccgaaataaagtttcggtcgaatccgcaactaataattgaggaatttcaagaactcctcccgaaaa 3003628  T
Q  214 cctcaagtcaagtaaacacttactttcagtgttcactttaaacctaactccagcttctaacaactcagttgcactcggtagatgttttatccattctaca 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||       
T  3003629 cctcaagtcaagtaaacacttactttcagtgttcactttaaatctaactccagcttctaacaactcagttgcactcggtggatgtttcatccattctctg 3003728  T
Q  314 actctactcggccgactttcaataggatgttgcaaatgaaatatcctaatcagatcagtgaagtgccttatactaatatcacccttatcaaaatccaatt 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3003729 actctactcggccgactttcaataggatgttgcaaatgaaatatcctaatcagatcagtgaagtgacttatactaatatcacccttatcaaaatccaatt 3003828  T
Q  414 ttgattttttgtaataaccaaaataatgaatagtgagtttaagaaaagaatggatcatagtgttgggaacatta 487  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  3003829 ttgatttattgtaataaccaaaataatgaatagtgagtttaagaaaagaatggatcatagtggtaggaacatta 3003902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 2927593 - 2927111
Alignment:
Q  14 atattatccagtatatccctccgaacaagtatatccacatcggtaccagtatttataatgtaatccaaaacaacaacataatcagcaatatatgactcct 113  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||  |  |||||||| ||||||||| || |    
T  2927593 atattttccagtatttccctctgaacaagtatatccacatccttaccagtatttataaggtaatccaaaacagaacgataatcagtaatatatgaatcat 2927494  T
Q  114 cagggtaatgacactgctccaaagcaaccatattccgaaataaagtttcggtcgaatcctgaacttttaattgaggaatttcaagaactcctcccgaaaa 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2927493 cagggtaatgacactgctccaaagcaaccatattccgtaataaagtttcagtcgaatcctgaacttttaattgaggaatttcaagaactcctcccgaaaa 2927394  T
Q  214 cctcaagtcaagtaaacacttactttcagtgttcactttaaacctaactccagcttctaacaactcagttgcactcggtagatgttttatccattcta-- 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||      
T  2927393 cctcaagtcaagtaaacacttactttcagtgttcactttaaacctaactccagcttctaacaactcagttgcactcggtagatgttttatcatccctagg 2927294  T
Q  312 ca-------actctactcggccgactttcaataggatgttgcaaatgaaatatcctaatcagatcagtgaagtgccttatactaatatcacccttatcaa 404  Q
    ||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2927293 cagacccggtctctactcggccgactttcaataggatgttgcaaatgaaatatccgaatcagatcagtgaagtgccttataataatatcacccttatcaa 2927194  T
Q  405 aatccaattttgattttttgtaataaccaaaataatgaatagtgagtttaagaaaagaatggatcatagtgttgggaacatta 487  Q
    ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  2927193 aattcaattttgatttattgtaataaccaaaataatgaatagtgagtttaagaaaagaatggatcatagtggtaggaacatta 2927111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 36 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 2964920 - 2964466
Alignment:
Q  36 gaacaagtatatccacatcggtaccagtatttataatgtaatccaaaacaacaacataatcagcaatatatgactcctcagggtaatgacactgctccaa 135  Q
    |||||||||||||||||||  | ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||| | ||||||| |||||||||||||    
T  2964920 gaacaagtatatccacatccttgccagtatttataaggtaatccaaaacagcaacatagtcagtaatatatgactcataagggtaacgacactgctccaa 2964821  T
Q  136 agcaaccatattccgaaataaagtttcggtcgaatcctgaacttttaattgaggaatttcaagaactcctcccgaaaacctcaagtcaagtaaacactta 235  Q
    |||||||||||||||||| | | ||||||||  ||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2964820 agcaaccatattccgaaacataatttcggtcccatcgtgagctattaattgaggaatttcaagaactcctcccgaaaacctcaagtcaagtaaacactta 2964721  T
Q  236 ctttcagtgttcactttaaacctaactccagcttctaacaactcagttgcactcggtagatgttttatccattctacaa------ctctactcggccgac 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  ||     |      ||||||||||||||     
T  2964720 ctttcagtgttcactttaaacctaactccagcttctaacaactcagttgcactaggtagatgtattatctgtttgttgatgttgtctctactcggccgat 2964621  T
Q  330 tttcaataggatgttgcaaatgaaatatcctaatcagatcagtgaagtgccttatactaatatcacccttatcaaaatccaattttgattttttgtaata 429  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2964620 tttcaataggatgttgcaaatgaaatatcctaatcagatcagtgaagtgccttatactaatatcacccttatcaaaatccaattttgatttattgtaata 2964521  T
Q  430 accaaaataatgaatagtgagtttaagaaaagaatggatcatagtgttgggaaca 484  Q
    | ||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||||||    
T  2964520 atcaaaataatcagtagtgagtttaagaaaagaagggatgttagtgttaggaaca 2964466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 14 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 2935032 - 2934550
Alignment:
Q  14 atattatccagtatatccctccgaacaagtatatccacatcggtaccagtatttataatgtaatccaaaacaacaacataatcagcaatatatgactcct 113  Q
    ||||||| |||||| ||  ||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||  |||||||| || |    
T  2935032 atattatgcagtatttcgttccgaacaagtatatcagcatccgtaccagtatttataaggtaatccatgacagcaacataatcagtgatatatgaatcat 2934933  T
Q  114 cagggtaatgacactgctccaaagcaaccatattccgaaataaagtttcggtcgaatcctgaacttttaattgaggaatttcaagaactcctcccgaaaa 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  || |||| |||  ||| | |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2934932 cagggtaatgacactgctccaaagcaaccatatttcgaaacgaaatttcagtcctatcgtcaaccgttaattgaggaatttcaagaactcctcccgaaaa 2934833  T
Q  214 cctcaagtcaagtaaacacttactttcagtgttcactttaaacctaactccagcttctaacaactcagttgcactcggtagatgttttatccattctaca 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||  | |  ||  |||  |     
T  2934832 cctcaagtcaagtaaacacttacttttagtattcactttaaacctaactccagcttctaacaattcagttgcaccgggtagacttatcttctgttcgtcg 2934733  T
Q  314 a------ctctactcggccgactttcaataggatgttgcaaatgaaatatcctaatcagatcagtgaagtgccttatactaatatcacccttatcaaaat 407  Q
    |      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2934732 aacatgtctctactcggccgactttcaataggatgttgcaaatgaaatatcctaatcagatcagtgaagtgccttatactaatatcacccttatcaaaat 2934633  T
Q  408 ccaattttgattttttgtaataaccaaaataatgaatagtgagtttaagaaaagaa---tggatcatagtgttgggaacatta 487  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   || ||||||||||||||| |||||    
T  2934632 ccaattttgatttattgtaataaccaaaataatgaatagtgagtctaagaaaagaatattgtatcatagtgttgggatcatta 2934550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 37 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 2937870 - 2937505
Alignment:
Q  37 aacaagtatatccacatcggtaccagtatttataatgtaatccaaaacaacaacataatcagcaatatatgactcctcagggtaatgacactgctccaaa 136  Q
    |||||||||| || ||||  |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  2937870 aacaagtatacccgcatccttaccggtatttataaggtaatccaaaacaacaacataatcagcaatatatgactcatgagggtaatgacactgctccaaa 2937771  T
Q  137 gcaaccatattccgaaataaagtttcggtcgaatcctgaacttttaattgaggaatttcaagaactcctcccgaaaacctcaagtcaagtaaacacttac 236  Q
    ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  2937770 gcaaccatattccaaaacaaaatttcggtcgaatcctcaactgttaattgaggaatttcaagaactcctcctgaaaatctcaagtcaagtaaacaattac 2937671  T
Q  237 tttcagtgttcactttaaacctaactccagcttctaacaactcagttgcactcggtagatgttttatccattctacaa------ctctactcggccgact 330  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||  | |      ||||||||||||||||    
T  2937670 tttcagtgttcactttaaacctaactccagcttctaacaactcagttgcactcggtagatgtattatctgttcgtcgatcgcttctctactcggccgact 2937571  T
Q  331 ttcaataggatgttgcaaatgaaatatcctaatcagatcagtgaagtgccttatactaatatcacc 396  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2937570 ttcaataggatgttgcaaatgaaatatcctaatcagatcagtgaagtgacttatactaatatcacc 2937505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 22 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 2974432 - 2973964
Alignment:
Q  22 cagtatatccctccgaacaagtatatccacatcggtaccagtatttataatgtaatccaaaacaacaacataatcagcaatatatgactcctcagggtaa 121  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| || |  |||||||  |||||||||||  | |||||||    
T  2974432 cagtatattgctccgaacaagtatatccacatccgtactagtatttataaggtaatccaaaataaaatgataatcaataatatatgactgataagggtaa 2974333  T
Q  122 tgacactgctccaaagcaaccatattccgaaataaagtttcggtcgaatcctgaacttttaattgaggaatttcaagaactcctcccgaaaacctcaagt 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||  ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2974332 tgacactgctccaaagcaaccatattccgaaacaaaatttcggtcccatcttgaactgttaattgaggaatttcaagaactcctcccgaaaacctcaagt 2974233  T
Q  222 caagtaaacacttactttcagtgttcactttaaacctaactccagcttctaacaactcagttgcactcggtagatgttttatccattctacaa------c 315  Q
    || ||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||  | |      |    
T  2974232 catgtaaacattcacttttagtgttcactttaaacctaactccagcttctaacaactcagttgcactcggtagatgtattatttgttcatcgatctgctc 2974133  T
Q  316 tctactcggccgactttcaataggatgttgcaaatgaaatatcctaatcagatcagtgaagtgccttatactaatatcacccttatcaaaatccaatttt 415  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||   ||||||||| ||||||||    
T  2974132 tctactcggcctactttcaataggatgtttcaaatgaaatatcctaatcagatcattgaagtgcattatactaatatcattgttatcaaaacccaatttt 2974033  T
Q  416 gattttttgtaataaccaaaataatgaatagtgagtttaagaaaagaatggatcatagtgttgggaaca 484  Q
    | ||| ||| || |   ||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2974032 ggtttattgaaacattgaaagtaagcaatagtgagtttaagaaaagaatggatcatagtgttaggaaca 2973964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 40 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 2983273 - 2982884
Alignment:
Q  40 aagtatatccacatcggtaccagtatttataatgtaatccaaaacaacaacataatcagcaatatatgactcctcagggtaatgacactgctccaaagca 139  Q
    ||||| |||||||||  ||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||    
T  2983273 aagtacatccacatccttaccattatttataaggtaatccaaaacaagaacataatcaagaatatatgactcatgagggtaatgacaatgctccaaagca 2983174  T
Q  140 accatattccgaaataaagtttcggtcga---atcctgaacttttaattgaggaatttcaagaactcctcccgaaaacctcaagtcaagtaaacacttac 236  Q
    | |||||||||||| ||| |||||||||    ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  2983173 atcatattccgaaacaaaatttcggtcgtccgatcatgaactattaattgaggaatttcaagaactcctcccgaaaacctcaagtcatataaacacttac 2983074  T
Q  237 tttcagtgttcactttaaacctaactccagcttctaacaactcagttgcactcggtagatgttttatccattctac------aactctactcggccgact 330  Q
    ||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || ||| |||| |||||| || | |       |||||||||||||||||    
T  2983073 ttttagttttcacttgaaacctaactccagcttctaccaactgagttgcagtctgtatatgtattatccgtttttcgatcttgactctactcggccgact 2982974  T
Q  331 ttcaataggatgttgcaaatgaaatatcctaatcagatcagtgaagtgccttatactaatatcacccttatcaaaatccaattttgattt 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  2982973 ttcaataggatgttgcaaatgaaatatcctaatcagatcagtgaagtgccttatactaatatcaccattatcaaaagacaattttgattt 2982884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 36 - 460
Target Start/End: Original strand, 2658652 - 2659088
Alignment:
Q  36 gaacaagtatatccacatcggtaccagtatttataatgtaatccaaaacaacaacataatcagcaatatatgactcctcagggtaatgacactgctccaa 135  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||| ||||||||    
T  2658652 gaacaagtatatccacatccttaccagtatttataaggtaatccaaaacagcaacataatcagtaatatatgactcataagggtaatgacattgctccaa 2658751  T
Q  136 agcaaccatattccgaaataaagtttcggtcgaatcctgaacttttaattgaggaatttcaagaactcctcc------cgaaaacctcaagtcaagtaaa 229  Q
    |||||||||||| ||||| ||| |||| |||  ||| | |||  ||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||    
T  2658752 agcaaccatatttcgaaacaaaatttcagtcctatcgtcaaccgttaattgaggaatttcaagaactcctcctgattttgaaaacctcaagtcaagtaaa 2658851  T
Q  230 cacttactttcagtgttcactttaaacctaactccagcttctaacaactcagttgcactcggtagatgttttatccattc-tacaactc-----tactcg 323  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||| |    | |     ||||||    
T  2658852 cacttacttttagtgctcactttaaacctaactccagcttctaacaactcagttgcactcggtagatgtatcatccgttcgtcggtcgcgttattactcg 2658951  T
Q  324 gccgactttcaataggatgttgcaaatgaaatatcctaatcagatcagtgaagtgccttatactaatatcacccttatcaaaatccaattttgatttttt 423  Q
    | ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||  ||| |||||||| ||    
T  2658952 gtcgaatttcaataggaagttgcaaatgaaatatcctaatcagatcagtgaagtgcattatactaatatcaccattatcaaaaaacaagtttgatttatt 2659051  T
Q  424 gtaataaccaaaataatgaatagtgagtttaagaaaa 460  Q
    | || ||  |||||| | ||||||||||| |||||||    
T  2659052 ggaagaataaaaatatttaatagtgagttcaagaaaa 2659088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 36 - 298
Target Start/End: Original strand, 2997040 - 2997302
Alignment:
Q  36 gaacaagtatatccacatcggtaccagtatttataatgtaatccaaaacaacaacataatcagcaatatatgactcctcagggtaatgacactgctccaa 135  Q
    ||||||||||||| |||||  ||||||| ||||||| |||||||||||||  ||||||||||| ||||||| |||  | || ||||||| ||||||||||    
T  2997040 gaacaagtatatcaacatccttaccagtgtttataaggtaatccaaaacagaaacataatcagtaatatataacttgttagtgtaatgaaactgctccaa 2997139  T
Q  136 agcaaccatattccgaaataaagtttcggtcgaatcctgaacttttaattgaggaatttcaagaactcctcccgaaaacctcaagtcaagtaaacactta 235  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| |||  ||||   |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  2997140 agcaaccatattccgaaataaagcttcggtccgatcctcaacaattaacgaaggaatttcaagaacttctcccgaaaacctcaagtcaagtaaacacttg 2997239  T
Q  236 ctttcagtgttcactttaaacctaactccagcttctaacaactcagttgcactcggtagatgt 298  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2997240 cttttagtgttcactttaaacttaactccagcttctaacaactcagttgcacttggtagatgt 2997302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 57 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 2929699 - 2929462
Alignment:
Q  57 taccagtatttataatgtaatccaaaacaacaacataatcagcaatatatgactcctcagggtaatgacactgctccaaagcaaccatattccgaaataa 156  Q
    |||||||||||||||   |||||| || |  ||||||||||  |||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  2929699 taccagtatttataagaaaatccataatagtaacataatcaagaatatatgactcatgagggtaatgaaactgctccaaagcaatcatattccaaaataa 2929600  T
Q  157 agtttcggtcgaatcctgaacttttaattgaggaatttcaagaactcctcccgaaaacctcaagtcaagtaaacacttactttcagtgttcactttaaac 256  Q
    ||||||||||  |||   |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2929599 agtttcggtcccatctgcaactgttaattgaggaatttcaagaactcctcctgaaaaccttaagtcaagtaaacacttacttttagtgttcactttaaac 2929500  T
Q  257 ctaactccagcttctaacaactcagttgcactcggtag 294  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2929499 ctaactccagcttctaacaactcagttgcactccgtag 2929462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 143 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 2978550 - 2978408
Alignment:
Q  143 atattccgaaataaagtttcggtcgaatcctgaacttttaattgaggaatttcaagaactcctcccgaaaacctcaagtcaagtaaacacttactttcag 242  Q
    |||| |||||| ||| ||||||||  ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||    
T  2978550 atataccgaaacaaaatttcggtcccatcctcaactcttaattgaggaatttcaagaactcctcccgaaaacctcaaatcaagtaaacactcacttttag 2978451  T
Q  243 tgttcactttaaacctaactccagcttctaacaactcagttgca 286  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  2978450 tgttcactttaaacctaa-tccagcttctaacaattcagttgca 2978408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 316 - 477
Target Start/End: Original strand, 2997341 - 2997502
Alignment:
Q  316 tctactcggccgactttcaataggatgttgcaaatgaaatatcctaatcagatcagtgaagtgccttatactaatatcacccttatcaaaatccaatttt 415  Q
    ||||| ||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||  ||| |||    
T  2997341 tctacccggccgattttcaaagggatgttgcaaatgaaatatcctaatcagatcagtgaagtgccttatactaatatcaccatcatcaaaaaacaagttt 2997440  T
Q  416 gattttttgtaataaccaaaataatgaatagtgagtttaagaaaagaatggatcatagtgtt 477  Q
    ||||| ||| || ||   ||| ||| ||||||||||| ||||||| || |||||||||||||    
T  2997441 gatttattgaaagaaaagaaaaaattaatagtgagttcaagaaaacaagggatcatagtgtt 2997502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 32 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 2979303 - 2979192
Alignment:
Q  32 ctccgaacaagtatatccacatcggtaccagtatttataatgtaatccaaaacaacaacataatcagcaatatatgactcctcagggtaatgacactgct 131  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| || ||||||   ||||||| |||||||||||| | |||||||| ||||||||    
T  2979303 ctccgaacaagtatatccacatccgtaccggtatttataaggtaatcgaagacaaca---taatcagtaatatatgactcatgagggtaataacactgct 2979207  T
Q  132 ccaaagcaaccatat 146  Q
    |||||||||||||||    
T  2979206 ccaaagcaaccatat 2979192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 175 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 2954613 - 2954549
Alignment:
Q  175 aacttttaattgaggaatttcaagaactcctcccgaaaacctcaagtcaagtaaacacttacttt 239  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2954613 aactcttaattgaggaattccaagaactcgttgtgaaaacctcaagtcaagtaaacactcacttt 2954549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 3)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 33 - 463
Target Start/End: Original strand, 34906 - 35342
Alignment:
Q  33 tccgaacaagtatatccacatcggtaccagtatttataatgtaatccaaaacaacaacataatcagcaatatatgactcctcagggtaatgacactgctc 132  Q
    ||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  34906 tccgaacaagtatatccgcatccttaccagtatttataaggaaatccaaaacaacaacataatcagtaatatatgactcataagggtaatgacactgctc 35005  T
Q  133 caaagcaaccatattccgaaataaagtttcggtcgaatcctgaacttttaattgaggaatttcaagaactcctcccgaaaacctcaagtcaagtaaacac 232  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||  ||||| ||||| |||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  35006 caaagcaaccatattccgaaacaaaatttcggtcccatcctcaacttctaatcgaggaatttcaagcactccttccgaaaaccccaagtcaagtaaacac 35105  T
Q  233 ttactttcagtgttcactttaaacctaactccagcttctaacaactcagttgcactcggtagatgttttatccattctacaa------ctctactcggcc 326  Q
    | ||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||  |||  | |      ||||||| |||     
T  35106 tcacttttaggcttcacttgaaacctaactccagcttctaacaactgagttgcactcggtagatgtattatctgttcgtcgatcttgtctctacttggct 35205  T
Q  327 gactttcaataggatgttgcaaatgaaatatcctaatcagatcagtgaagtgccttat--act-aatatcacccttatcaaaatccaattttgatttttt 423  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||| |   ||||||||| ||||||||||||  ||    
T  35206 gactttcaataggatgttgcaaatgaaatatcctaatcagatcagtgaagtgccttatgcactgactatta---ttatcaaaaaccaattttgattgatt 35302  T
Q  424 gtaataaccaaaataatgaatagtgagtttaagaaaagaa 463  Q
    | ||||   |||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  35303 gaaatattgaaaataattaatagtgagttcaagaaaagaa 35342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 32 - 239
Target Start/End: Original strand, 44594 - 44801
Alignment:
Q  32 ctccgaacaagtatatccacatcggtaccagtatttataatgtaatccaaaacaacaacataatcagcaatatatgactcctcagggtaatgacactgct 131  Q
    ||||||||| |||||||  ||||  ||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |  ||||||||| || | |||||||||| ||| ||    
T  44594 ctccgaacatgtatatctgcatccttaccagtatttataaggtaatccaaaatagcaacataattaataatatatgattcattagggtaatgatactact 44693  T
Q  132 ccaaagcaaccatattccgaaataaagtttc-ggtcgaatcctgaacttttaattgaggaatttcaagaactcctcccgaaaacctcaagtcaagtaaac 230  Q
    ||| |||||||||||| | ||| ||| |||| ||| | ||| | | || |||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||| ||||||||||    
T  44694 ccatagcaaccatatttcaaaacaaaatttcaggttg-atcatcagctcttaattgaggaatttcaagaactctttctgaaaacctcaaatcaagtaaac 44792  T
Q  231 acttacttt 239  Q
    ||| |||||    
T  44793 actcacttt 44801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 241 - 286
Target Start/End: Original strand, 45123 - 45168
Alignment:
Q  241 agtgttcactttaaacctaactccagcttctaacaactcagttgca 286  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  45123 agtggtcacttgaaacctaactccagcttctaacaactcatttgca 45168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 36 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 49613847 - 49613399
Alignment:
Q  36 gaacaagtatatccacatcggtaccagtatttataatgtaatccaaaacaacaacataatcagcaatatatgactcctcagggtaatgacactgctccaa 135  Q
    |||||||||||||||||||  | |||||||| |||| | ||||||||||| |||||||||| | ||| || |||||   |||||| ||||| ||||||||    
T  49613847 gaacaagtatatccacatccttgccagtattaataaggaaatccaaaacagcaacataatccgtaatgtaggactcactagggtagtgacattgctccaa 49613748  T
Q  136 agcaaccatattccgaaataaagtttcggtcgaatcctgaacttttaattgaggaatttcaagaactcctcccgaaaacctcaagtcaagtaaacactta 235  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||| ||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||| |    
T  49613747 agcaaccatattccgaaacaaaatttcagtccaatcctcaactttcaattgaggaatttcaagaacccgtcctgaaaacctcaaatcaagtaaacactca 49613648  T
Q  236 ctttcagtgttcactttaaacctaactccagcttctaacaactcagttgcactcggtagatgttttatccattctacaactctactcggccgactttcaa 335  Q
    |||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||   |||  ||| ||||  |||||| ||||  |    
T  49613647 cttttagtgttcactttaaacctcaccccagcttctaacaactcagttgcactctgtagatgtttcattggttcatcaattctaagcggccgtctttgca 49613548  T
Q  336 taggatgttgcaaatgaaatatcctaatcagatcagtgaagtgccttatactaatatcacccttatcaaaatccaattttgattttttgtaataaccaaa 435  Q
     |||||||||||  || || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||| |||| |||||||  ||||||||  ||||    
T  49613547 aaggatgttgcaggtggaaaatcctaatcagatcagtgaagtgccttatactaaaatcgccattatcaaaacccaagtttgattgattgtaatatgcaaa 49613448  T
Q  436 ataatgaatagtgagtttaagaaaagaatggatcatagtgttgggaaca 484  Q
    ||||| || | | |||| |||||||||| ||||  |||| |||||||||    
T  49613447 ataatcaaaactaagttcaagaaaagaagggattttagtcttgggaaca 49613399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 14 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 49618845 - 49618421
Alignment:
Q  14 atattatccagtatatccctccgaacaagtatatccacatcggtaccagtatttataatgtaatccaaaacaacaacataatcagcaatatatgactcct 113  Q
    ||||||||| ||||  | ||| |||||||||||||| ||||  ||||  ||||||||| |||||||||||||  || |||||||  |||||| || || |    
T  49618845 atattatcctgtattcctctctgaacaagtatatccgcatccctaccgatatttataaggtaatccaaaacagaaatataatcataaatataggaatcat 49618746  T
Q  114 cagggtaatgacactgctccaaagcaaccatattccgaaataaagtttcggtcgaatcctgaacttttaattgaggaatttcaagaactcctcccgaaaa 213  Q
     ||||||||||           |||||||||||||| |||||||||| |||||   |||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  49618745 gagggtaatga-----------agcaaccatattcc-aaataaagttacggtccggtcctcaactcttaattgaggaatttcaagaactcgtccggaaaa 49618658  T
Q  214 cctcaagtcaagtaaacacttactttcagtgttcactttaaacctaactccagcttctaacaactcagttgcactcggtagatgttttatccatt----- 308  Q
    ||||||||||||||||||  || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || ||||||| | | ||  |||         
T  49618657 cctcaagtcaagtaaacatgtagttttagtgttcactttaaacctaactccagcttctaacaactcagtggtgctgggtagatatatcatagatttgtcg 49618558  T
Q  309 --ctaca-----actctactcggccgactttcaataggatgttgcaaatgaaatatcctaatcagatcagtgaagtgccttatactaatatcacccttat 401  Q
       | ||     | ||||| |||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  49618557 aagtccatgatgattctacccggctgcctttcaataggatgttccaaatgaaatatcctaatcagatcagtgaagtgccttatactaatatcaccgtcat 49618458  T
Q  402 caaaatccaattttgattttttgtaataaccaaaataat 440  Q
    ||||||||||||||||||| |  |||||| |||||||||    
T  49618457 caaaatccaattttgatttat--taataatcaaaataat 49618421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 165; Significance: 5e-88; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 37 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 3339435 - 3339187
Alignment:
Q  37 aacaagtatatccacatcggtaccagtatttataatgtaatccaaaacaacaacataatcagcaatatatgactcctcagggtaatgacactgctccaaa 136  Q
    ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| | ||||||||| | |||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3339435 aacaagtatatccacatccatactagtatttataaggaaatccaaaaaagcaacataatcaataatatatgactcatcagggtaatgacactgctccaaa 3339336  T
Q  137 gcaaccatattccgaaataaagtttcggtcgaatcctgaacttttaattgaggaatttcaagaactcctcccgaaaacctcaagtcaagtaaacacttac 236  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||  ||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  3339335 gcaaccatattccgaaacaaaatttcggtcccatcgtcaactgttaattgaggaatttcaagaactcctcccgaaaacctcaagccaagtaaacactcac 3339236  T
Q  237 tttcagtgttcactttaaacctaactccagcttctaacaactcagttgc 285  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3339235 ttttagtgttcactttaaacctaactcctgcttctaacaactcagttgc 3339187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 331 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 3339129 - 3339092
Alignment:
Q  331 ttcaataggatgttgcaaatgaaatatcctaatcagat 368  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3339129 ttcaataggatgttgcaaatgaaatatcctaatcagat 3339092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University