View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18313_low_2 (Length: 855)

Name: NF18313_low_2
Description: NF18313
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18313_low_2
NF18313_low_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (37-840)||(27112530-27113336)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 610; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 610; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 840
Target Start/End: Original strand, 27112530 - 27113336
Alignment:
Q  37 cgtaattattgaatcaataatttgagtaaaagttagttgcatgaattctatttatagaactagctatctaacaagttaacttgtctagcaatagttaact 136  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27112530 cgtaattattgaatcaataatttgagtaaaagttagttacatgaattctatttatagagctagctatccaacaagttaacttgtctagcaatagttaact 27112629  T
Q  137 gtcgtaactaactgtaactataatctagtgtaactgtgactctatgaacttgatgagatgtcaatatgacttgctataacggtgaaggatgggaatcact 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  27112630 gtcgtaactaactgtaactataatctagtgtaattgtgactctatgaacttgatgagctgtcaatatgacttgctataacggtgaaggatgggaatcgat 27112729  T
Q  237 tgtattaacatcatcctctattaatcgcagttcaaaacaggaaatttaattgnnnnnnnatactttcacttcaaaatgtgtcaataacttttgtttt-ct 335  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  27112730 tgtattaacaagatcctctattaatcgcagttcaaaacagtaaatttaattgtttttttttactttcacttcaaaatgtgtcaataacttttttttttct 27112829  T
Q  336 tatgcacgcaaagaaagaagggaggtggaggatatatagcacttagggcatgataatggaagtgaatgacttcaatgcgaaaacaagaggagtgtgtttg 435  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27112830 tatgcacgcaaaggaagaagggaggtggaggatatatagcacttagggcatgataatggaagtgaatgacttcaatgcgaaaacaagaggagtgtgtttg 27112929  T
Q  436 tcatttnnnnnnntctcgggtaggtcattgcaattccatcnnnnnnnaatgaaatacatatggttattatcgagagagcatgtgatgatttcaaaataaa 535  Q
    ||||||       ||||||||||||||||||||||||  |       |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27112930 tcatttaaataaatctcgggtaggtcattgcaattccccctttttttaatgaaatgcatatggttattatcgagagagcatgtgatgatttcaaaataaa 27113029  T
Q  536 tcaatgcgaaaatgatacgatattgaaaaatagagtaggagagcacatcaacaattaagtgaatgattgtgagcctttgattaaacttaaattgaggaat 635  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27113030 tcaatgcgaaaatgatacgatattgaaaaatagagaaggagagcacatcaacac--aagtgaatgattgtgagcctttgattaaacttaaattgaggaat 27113127  T
Q  636 atgatcatgaggcttcacatatggctgtatgttttagttttatatcaatgaaactaaaagtacatatcaagccacatttattttatcctctagaaagaag 735  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27113128 atgatcatgaggcttcacatatggctgtatgttttagttttatatcaatgaaactaaaagtacatatcaagccacatttattttatcctctagaaagaag 27113227  T
Q  736 ----nnnnnnnngccaaatttatttgttcccattcttgaagttcagccattgggactaaagagagaatgcatttgaaaagaaaaggtaaacttgtaaatg 831  Q
                |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27113228 aagaaaaaaaaagccacatttatttgttcccattcttgaagttcagccattgggactaaagagagaatgcatttgaaaagaaaaggtaaacttgtaaatg 27113327  T
Q  832 agataagag 840  Q
    |||||||||    
T  27113328 agataagag 27113336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University