View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18314_high_2 (Length: 742)

Name: NF18314_high_2
Description: NF18314
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18314_high_2
NF18314_high_2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-728)||(30238490-30239213)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 654; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 654; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 728
Target Start/End: Original strand, 30238490 - 30239213
Alignment:
Q  1 gtactaggtgcttcattgtgttggtgatacttgaaaacactcacctttcatgatgttttttcatttgtttgagtaatacaatgaaactctctaggatgta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30238490 gtactaggtgcttcattgtgttggtgacacttgaaaaaactcacctttcatgatgttttttcatttgtttgagtaatacaatgaaactctcaaggatgta 30238589  T
Q  101 tagccttcaaagaaatcaattgatgaagtttcaaaggaaaacaagagttacctcttcagtgacacttggtaataataatgttcaaagaagcgttacactt 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30238590 tagctttcaaagaaatcaattgatgaagtttcaaaggaaaacaagagttacctcttcagtgacacttggtaataataatgttcaaagaagcgttacactt 30238689  T
Q  201 gagtgttgctctttgtcatgtattgtnnnnnnnctattttgtaagttgaagaattgttggaaacaatctcttgggtggaaaaggagcagtccacagtata 300  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30238690 gagtgttgctctttgtcatttattgtaaaaaaactattttgtaagttgaagaattgttggaaacaatctcttgggtggaaaaggagcagtccacagtata 30238789  T
Q  301 gctatgatcttcaaagctattgtctcaactttgatgatggcacttcaaatgattgtatgattccgtctcgtgtttgttgatgatcttttcgtttaatcta 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30238790 gctatgatcttcaaagctattgtctcaactttgatgatggcacttcaaatgattgtatgattccgtctcgtgtttgttgatgatcttttcgtttaatcta 30238889  T
Q  401 ttcgctatttttctgaattgtgattaagttgatctagtgtttgttgttgttctgtaatcatatgattaaatactacactaagttgcataattgtaaattg 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30238890 ttcgctatttttctgaattgtgattaagttgatctagtgtttgttgttgttctgtaatcatatgataaaatactacacaaagttgcataattgtaaattg 30238989  T
Q  501 atttcagatctttgttatccaacaagttttgcttagtgaagagtttggttgaaacttggaactaatgcatgtgttatgttacatacgatttcaaccttaa 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30238990 atttcagatctttgttatccaacaagttttgcttagtgaagagtttggttgaaacttagaacta----atgtgttatgttacatacgatttcaaccttaa 30239085  T
Q  601 atctggacatgtgtctcaatgagtctaacccttttcttgatccattcctcattggtagctgaaatgttgatttaaattatcacatttatgtataaataat 700  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30239086 atctggacatgtgtctcaacgagtctaacccttttcttgatccattcctcattggtagctgaaatgttgatttaaattatcacatttatgtataaataat 30239185  T
Q  701 tacttccgttgttgaataagggtgataa 728  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30239186 tacttccgttgttgaataagggtgataa 30239213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University