View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18314_low_3 (Length: 640)

Name: NF18314_low_3
Description: NF18314
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18314_low_3
NF18314_low_3
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (12-562)||(30049252-30049806)
chr8 (12-562)||(7162205-7162758)
chr8 (284-562)||(30045121-30045403)
chr8 (598-626)||(7162795-7162823)
chr8 (598-626)||(30045440-30045468)
chr8 (598-626)||(30049843-30049871)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (12-562)||(3945506-3946060)
chr4 (282-562)||(3941377-3941661)
chr4 (598-626)||(3941693-3941721)
chr4 (598-626)||(3946092-3946120)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (12-562)||(22365134-22365684)
chr3 (284-562)||(22361019-22361297)
chr3 (303-512)||(23397192-23397404)
chr3 (529-562)||(36028879-36028912)
chr3 (77-141)||(22135200-22135264)
chr3 (598-626)||(22361333-22361361)
chr3 (598-626)||(22365720-22365748)
chr3 (598-626)||(36028815-36028843)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (12-562)||(39949376-39949924)
chr7 (283-562)||(39953768-39954045)
chr7 (598-626)||(39949312-39949340)
chr7 (598-626)||(39953704-39953732)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (12-562)||(196224-196763)
chr5 (282-562)||(200603-200872)
chr5 (598-626)||(196160-196188)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (284-562)||(1330569-1330847)
[»] scaffold1453 (2 HSPs)
scaffold1453 (455-562)||(1-108)
scaffold1453 (598-626)||(144-172)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 530; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 530; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 562
Target Start/End: Original strand, 30049252 - 30049806
Alignment:
Q  12 tgaatcatgtacaagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049252 tgaatcatgtacaagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 30049351  T
Q  112 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049352 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 30049451  T
Q  212 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049452 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctaggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 30049551  T
Q  312 ctgaatactttattgtttatgttagtttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcacaagtaagattatctgca 411  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049552 ctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcacaagtaagattatctgca 30049651  T
Q  412 caagttaagtaggtttatgtc----atatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggat 507  Q
    |||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049652 caagttaagtaggtttatgtcatatatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggat 30049751  T
Q  508 ggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 562  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049752 ggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 30049806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 468; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 562
Target Start/End: Original strand, 7162205 - 7162758
Alignment:
Q  12 tgaatcatgtacaagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 111  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  7162205 tgaatcatatacaagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaactgccaaaaatccaattcaacatggaagagcaaagcatat 7162304  T
Q  112 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  7162305 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacagaatggagatgtaaaattgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaaaaaag 7162404  T
Q  212 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 311  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7162405 gcacttgctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtattccagaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 7162504  T
Q  312 ctgaatactttattgtttatgttagtttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcacaag---taagattatct 408  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||    
T  7162505 ctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaatcattttaacttattttgttagtaaaactatgctgcacaagtaataaggttatct 7162604  T
Q  409 gcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatg 508  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7162605 gcacaagttaagcaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattactaagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatg 7162704  T
Q  509 gtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 562  Q
    || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7162705 gtttgtattaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 7162758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 284 - 562
Target Start/End: Original strand, 30045121 - 30045403
Alignment:
Q  284 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttagtttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaa 383  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30045121 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaa 30045220  T
Q  384 ctatgctgcacaagtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtc----atatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggc 479  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30045221 ctatgctgcacaagtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggc 30045320  T
Q  480 tataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 562  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30045321 tataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 30045403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 598 - 626
Target Start/End: Original strand, 7162795 - 7162823
Alignment:
Q  598 gagcttattgcttctgctgccattacaaa 626  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7162795 gagcttattgcttctgctgccattacaaa 7162823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 598 - 626
Target Start/End: Original strand, 30045440 - 30045468
Alignment:
Q  598 gagcttattgcttctgctgccattacaaa 626  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30045440 gagcttattgcttctgctgccattacaaa 30045468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 598 - 626
Target Start/End: Original strand, 30049843 - 30049871
Alignment:
Q  598 gagcttattgcttctgctgccattacaaa 626  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049843 gagcttattgcttctgctgccattacaaa 30049871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 530; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 530; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 562
Target Start/End: Original strand, 3945506 - 3946060
Alignment:
Q  12 tgaatcatgtacaagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945506 tgaatcatgtacaagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 3945605  T
Q  112 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945606 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 3945705  T
Q  212 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945706 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctaggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 3945805  T
Q  312 ctgaatactttattgtttatgttagtttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcacaagtaagattatctgca 411  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945806 ctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcacaagtaagattatctgca 3945905  T
Q  412 caagttaagtaggtttatgtc----atatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggat 507  Q
    |||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945906 caagttaagtaggtttatgtcatatatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggat 3946005  T
Q  508 ggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 562  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3946006 ggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 3946060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 282 - 562
Target Start/End: Original strand, 3941377 - 3941661
Alignment:
Q  282 agtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttagtttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaa 381  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3941377 agtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaa 3941476  T
Q  382 aactatgctgcacaagtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtc----atatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttg 477  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3941477 aactatgctgcacaagtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttg 3941576  T
Q  478 gctataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 562  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3941577 gctataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 3941661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 598 - 626
Target Start/End: Original strand, 3941693 - 3941721
Alignment:
Q  598 gagcttattgcttctgctgccattacaaa 626  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3941693 gagcttattgcttctgctgccattacaaa 3941721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 598 - 626
Target Start/End: Original strand, 3946092 - 3946120
Alignment:
Q  598 gagcttattgcttctgctgccattacaaa 626  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3946092 gagcttattgcttctgctgccattacaaa 3946120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 503; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 503; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 562
Target Start/End: Original strand, 22365134 - 22365684
Alignment:
Q  12 tgaatcatgtacaagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365134 tgaatcatgtacaagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 22365233  T
Q  112 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365234 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacagaatggagatgtaaaattgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 22365333  T
Q  212 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365334 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtattccagataagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 22365433  T
Q  312 ctgaatactttattgtttatgttagtttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcacaagtaagattatctgca 411  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  22365434 ctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcataagtaaggttatctgca 22365533  T
Q  412 caagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggta 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  22365534 caagttaagtaggtttatgtcatatgacatcaactaagcataggctgagtcattactaagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatgata 22365633  T
Q  512 tgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 562  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365634 tgtatcaaatttgcagtatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 22365684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 284 - 562
Target Start/End: Original strand, 22361019 - 22361297
Alignment:
Q  284 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttagtttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaa 383  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  22361019 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaag 22361118  T
Q  384 ctatgctgcacaagtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctata 483  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22361119 ctatgctgcacaagtaaggttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattactaagtatttggctata 22361218  T
Q  484 agtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 562  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22361219 agtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 22361297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 303 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 23397404 - 23397192
Alignment:
Q  303 aaaacttttctgaatactttattgtttatgttagtttattgcttatgtgtgt--aattattttaactt-gttttgttagtaaaactatgctgcacaagta 399  Q
    |||||||||||||||| ||  ||||| |||||| |||||||| |||||||||  ||| |||||||||| |||||||  |||| ||| | |||||||||||    
T  23397404 aaaacttttctgaatatttcgttgttaatgttactttattgcctatgtgtgtgtaatgattttaacttagttttgtcggtaatactttcctgcacaagta 23397305  T
Q  400 agattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggat 499  Q
    || |  |||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||| | ||| ||| | |  ||||||||| |||||||| || ||| |||||||||| |||    
T  23397304 aggtgttctgtacaagttaaataggtttatgtcgtatgacatcaacaaagtataagttatgtcattactaagtatttgactctaaatatgtaagaaagat 23397205  T
Q  500 gtatggatggtat 512  Q
    |||||||||||||    
T  23397204 gtatggatggtat 23397192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 529 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 36028912 - 36028879
Alignment:
Q  529 atagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 562  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36028912 atagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 36028879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 77 - 141
Target Start/End: Original strand, 22135200 - 22135264
Alignment:
Q  77 aaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatatcaatgtcaaatttcatgctataagagaagc 141  Q
    ||||||||| |||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  22135200 aaaaatccagttcagcatggtagaactaagcacatcaatgtaaaattccatgccataagagaagc 22135264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 598 - 626
Target Start/End: Original strand, 22361333 - 22361361
Alignment:
Q  598 gagcttattgcttctgctgccattacaaa 626  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22361333 gagcttattgcttctgctgccattacaaa 22361361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 598 - 626
Target Start/End: Original strand, 22365720 - 22365748
Alignment:
Q  598 gagcttattgcttctgctgccattacaaa 626  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365720 gagcttattgcttctgctgccattacaaa 22365748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 598 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 36028843 - 36028815
Alignment:
Q  598 gagcttattgcttctgctgccattacaaa 626  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36028843 gagcttattgcttctgctgccattacaaa 36028815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 484; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 484; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 39949924 - 39949376
Alignment:
Q  12 tgaatcatgtacaagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949924 tgaatcatgtacaagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 39949825  T
Q  112 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 211  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949824 caatgtaaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 39949725  T
Q  212 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949724 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtattccagaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 39949625  T
Q  312 ctgaatactttattgtttatgttagtttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcacaagtaagattatctgca 411  Q
    ||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||      
T  39949624 ctttatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcacaagtaaggttatctg-- 39949527  T
Q  412 caagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggta 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  39949526 caagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaaacataggctgagttattactaagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatgata 39949427  T
Q  512 tgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 562  Q
    | ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949426 tataaaaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 39949376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 283 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 39954045 - 39953768
Alignment:
Q  283 gtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttagtttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaa 382  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39954045 gtgttgactaattgacctataaaacttttctttatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaa 39953946  T
Q  383 actatgctgcacaagtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctat 482  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||| |||||||||||||    
T  39953945 actatgctgcacaagtaaggttatctgca--agttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaaacatagactgagttattactaagtatttggctat 39953848  T
Q  483 aagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 562  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39953847 aagtatgtaagaaggatgtatggatgatatataaaaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 39953768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 598 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 39949340 - 39949312
Alignment:
Q  598 gagcttattgcttctgctgccattacaaa 626  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949340 gagcttattgcttctgctgccattacaaa 39949312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 598 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 39953732 - 39953704
Alignment:
Q  598 gagcttattgcttctgctgccattacaaa 626  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39953732 gagcttattgcttctgctgccattacaaa 39953704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 477; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 477; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 196763 - 196224
Alignment:
Q  12 tgaatcatgtacaagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196763 tgaatcatgtacaagaggaaccaattgtgctatggtgtgacaacaaatcagctatagcaattgccaaaaatccaattcaacatggaagaacaaagcatat 196664  T
Q  112 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196663 caatgtcaaatttcatgctataagagaagctgaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaa 196564  T
Q  212 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196563 gcacttcctagtgccaagttcatggagctaagaagcaagctaggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaactttt 196464  T
Q  312 ctgaatactttattgtttatgttagtttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcacaagtaagattatctgca 411  Q
    |||||           |||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  196463 ctgaa-----------ttatgttactttattgtttatgtgtgtaatcattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcacaagtaaggttatctgca 196375  T
Q  412 caagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggta 511  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196374 cgagttaagtaggtttacgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattactaagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggta 196275  T
Q  512 tgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 562  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  196274 tgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtctctttctcttcca 196224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 282 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 200872 - 200603
Alignment:
Q  282 agtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttagtttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaa 381  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  200872 agtgttgactaattgacctataaaacttttctgaat-----------tatgttactttattgtttatgtgtgtaatcattttaacttgttttgttagtaa 200784  T
Q  382 aactatgctgcacaagtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggcta 481  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  200783 aactatgctgcacaagtaaggttatctgcacaagttaagtaggtttacctcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattactaagtatttggcta 200684  T
Q  482 taagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 562  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  200683 taagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 200603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 598 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 196188 - 196160
Alignment:
Q  598 gagcttattgcttctgctgccattacaaa 626  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  196188 gagcttattgcttctgctgccattacaaa 196160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 223; Significance: 1e-122; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 284 - 562
Target Start/End: Original strand, 1330569 - 1330847
Alignment:
Q  284 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttagtttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaa 383  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1330569 tgttgactaattgacctataaaacttgtctgaatactttattgtttatgttactctattgcttatgtgtgtaatcattttaacttgttttgttagtaaaa 1330668  T
Q  384 ctatgctgcacaagtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatttggctata 483  Q
    |||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| | |||||||| |||||    
T  1330669 ctatactgcacaagtaatgttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagcaaagtataggttgagtcattagtaagtatttgactata 1330768  T
Q  484 agtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 562  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1330769 agtatgtaagaaggatgtaaggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtccctttctcttcca 1330847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1453 (Bit Score: 104; Significance: 2e-51; HSPs: 2)
Name: scaffold1453
Description:

Target: scaffold1453; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 455 - 562
Target Start/End: Original strand, 1 - 108
Alignment:
Q  455 gctgagtcattacttagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtcccttt 554  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1 gctgagtcattactaagtatttggctataagtatgtaagaaggatgtatggatggtatgtatcaaatttgcagcatagtaaacattgttattgtcccttt 100  T
Q  555 ctcttcca 562  Q
    ||||||||    
T  101 ctcttcca 108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1453; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 598 - 626
Target Start/End: Original strand, 144 - 172
Alignment:
Q  598 gagcttattgcttctgctgccattacaaa 626  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  144 gagcttattgcttctgctgccattacaaa 172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University