View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18315_high_1 (Length: 1088)

Name: NF18315_high_1
Description: NF18315
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18315_high_1
NF18315_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (12-1073)||(9961295-9962355)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 926; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 926; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 1073
Target Start/End: Original strand, 9961295 - 9962355
Alignment:
Q  12 attattctcattatcacatcacattttacttaatcttaaaaggtgaatttgagtttataaataaactcttgattaccacttacttatttgttgtcgttgt 111  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9961295 attattctcattatcacaacacattttacttaatcttaaaaggtgaatttgagtttataaataaactcttgattaccacttacttatttgttgtcgttgt 9961394  T
Q  112 gtataatattgcgcctactcaactagtcatgtgcttacatggttagttgtctgtttgcttgattcatcgtttgcctcgatgattagacgttgtttatcag 211  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  9961395 gtataatattgcgcttactcaactagtcatgtgcttacatggttagttgtctgtttgcttgattcatcgtttgcccctatgattagacgttgtttatcag 9961494  T
Q  212 ctacaggttcctaaactactctagagagtgtttaatgtcgaagtttgcatgaaaggtgaaggaaaaataactaagaaacttataggcttcaacttcaagt 311  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9961495 ctacaagttcctaaactactctagagagtgtttaatgtcgaagtttgcatgaaaggtgaaggaaaaataactaagaaacttataggcttcaacttcaagt 9961594  T
Q  312 aagtagtgacttgcataaagataagtagtcatttgtttaatagatcgagtgtgttaagtagaatattatgatcggtgtttatagacttggaataactaaa 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9961595 aagtagtgacttgcataaagataagtagtcatttgtttaatagatcgagtgtgttaagtagaatattatgatcggtgtttatagacttagaataactaaa 9961694  T
Q  412 aacatacattaattaaccatgtttaccatgttcttgactcactaactcagatatcacttcgtgcaaaatcatggctaatgttactaatgtaggttattac 511  Q
    |||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9961695 aacatac----attaaccatgtttaccatgttcttgactcactaactcagatatcacttcgtgcaaaatcatggctaatgttactaatgtaggttattac 9961790  T
Q  512 ttgctaactaggttattactttcatataagtcaaccacatcctatgtaaccatatttttgggaaaatataagccttcatgcacgttataaaaacgtttaa 611  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9961791 ttgctaactaggttattattttcatataagtcaaccacatcctatataaccatatttttgggaaaatataagccttcatgcacgttataaaaacgtttaa 9961890  T
Q  612 aagcataatagttataaatttatgggataatttttcattttaaaatacgcacaagcatagagaacatcgcataatatacctgcaaaaaatattttcatgt 711  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9961891 aagcataatagttgtaaatttatgggataatttttcattttaaaatactcacaagcatagaaaacatcgcataatatacctgcaaaaaatattctcatgt 9961990  T
Q  712 aggacgtaagcccaaaaaatctttgcatgcaagagaaataaaatttcatctttaca-ttttttgagttccaaatggttagaagacannnnnnnngtaaac 810  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||        ||||||    
T  9961991 aggacgtaagcccaaaaaatctttgcatgcaagagaaataaaatttcatctttacatttttttgagttccaaatggttagaagacattttttttgtaaac 9962090  T
Q  811 tcggtaattttttgaggggtttgcaaatctgctcatacaaaaacctgcccccacaaataggataaatcttgtttgggtttattagttatggttttaccct 910  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9962091 tcggtaattttttgaggggtttgcaaatctgctcatacaaaaacctgcccccacaaataggataaatcttgtttgggtttattagttatggttttaccct 9962190  T
Q  911 ttact--nnnnnnnnngttatagttttacccgtcactagaattatctgtctaatttgattgttggtttgtgagagtgaatttaatagagatagttagcat 1008  Q
    |||||           ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9962191 ttactaaaaaaaaaaagttatggttttacccgtcactagaattatctgtctaatttgattgttggtttgtgagagtgaatttaatagagatagttagcat 9962290  T
Q  1009 aatgtgtgacattgttatatctttgtttattgaagagattatgcaatagtagatacatgagatat 1073  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9962291 aatgtgtgacattgttatatctttgtttattgaagagattatgcaatagtagatacatgagatat 9962355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University