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Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18315_low_3 (Length: 908)

Name: NF18315_low_3
Description: NF18315
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18315_low_3
NF18315_low_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-892)||(39032970-39033847)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 735; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 735; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 892
Target Start/End: Original strand, 39032970 - 39033847
Alignment:
Q  1 ttatacaagcaaggatgagtgttgcatgcaacccaatacaaactaaaaatgattaaataaataaaccaataactcgtatccccaatcgtattgttagtgt 100  Q
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T  39032970 ttatacaagcaaggatgagtgttgcatgcaacccaatacaaactaaaaatgattaaataaataaaccaa---ctcgtatccccaatcgtattgttagtgt 39033066  T
Q  101 gaacttctgtgttgacataatatttatctttacaatatttatcctattgtaaagaaagggttacaagatttatagttattaatgtttttaatttatctac 200  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  39033067 caacttctgtgttgacataatatttatctttacaatatttatcctattgtaaagaaagggttacaagctttatagtta---atgtttttaatttatctac 39033163  T
Q  201 atatttataaccctttcttaagattagttacgtaagtttcactaatcaacacactgagctgtctcatttattatatacagtgttgaacaaggaaatcatg 300  Q
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T  39033164 atatttataaccctttcttaagattagttacgtaagtttcactaatcaacacactgagctgtctcatttattatatacagtgttgaacaaggaaagcatg 39033263  T
Q  301 ttacaaatacatatttctcattgtggtgtgcagaagatatacaattatagttttcttctagagtgttgtgtttattatatttagacacctcctacatttg 400  Q
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T  39033264 ttacaaatacatatttctcattgtggtgtgcagaagatatacaattatagttttcttctaga-----gtgtttattatatttagacacctcctacatttc 39033358  T
Q  401 ggatggattctatattttcatcattcaagacacaatacaaggaaagggaagacaaaccaagagaaacaccatgttgacgctaactagggtttaatgtcac 500  Q
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T  39033359 ggatggattctatattttcatcattcaagacacaatacaaggaaagggaagacaaaccaagagaaacaccatgttgacgctaattagggtttaatgtcac 39033458  T
Q  501 agacgcattagtg-nnnnnnnnnnnnnnngatgcagtgaagtaggtggttttataacgtgtgtacacaaccaaatagagaaacgttttgttaatcagaaa 599  Q
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T  39033459 agacgcattagtgttttttttttttttttgacgcagtgaaataggtggttttataacgtgtgtacacaaccaaatagagaaacgttttgttaatcagaaa 39033558  T
Q  600 ggccaaaagaacatcatttcaattgtaaatgtattagtagtacttaagtagattagctttaatttccaccgaccaagattctcttgggtccatgcatgat 699  Q
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T  39033559 ggccaaaagaacatcatttcaattgtaaatgtagtattagtacttaagtagattagctttaatttccaccgaccaagattctcttgggtccatgcatgat 39033658  T
Q  700 cactacttaactccaatgcaaccaaatcaaaagcaaaaaccattacaaccaaagcaagcagctgttttcccttccatgcatgcgccgattattaaacgtg 799  Q
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T  39033659 cactacttaactcctatgcaaccaaatcaaaagcaaaaaccattacaacca----aagcagctgttttcccttccatgcatgcgccgattattaaacgtg 39033754  T
Q  800 gaatcttcataatttctacaaataataattgttttttgtttcatctattatgtttccatctttcaaattcaaagtgcttcctaatcaacgttc 892  Q
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T  39033755 gaatcttcataatttctacaaataataattgttttttgtttcatctattatgtttccatctttcaaattcaaagtgcttcctaatcaacgttc 39033847  T

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