View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18316_high_1 (Length: 716)

Name: NF18316_high_1
Description: NF18316
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18316_high_1
NF18316_high_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (21-700)||(5680401-5681083)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 601; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 601; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 700
Target Start/End: Complemental strand, 5681083 - 5680401
Alignment:
Q  21 gtatcttcctgattgtactgccggtaagactttcaattcatgttgaataggtatggatatagggtacggtatttggtatgatataagtacgagaatatga 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5681083 gtatcttcctgattgtactgccggtaaaactttcaattcatgttgaataggtatggatatagggtacggtatttggtatgatataagtacgagaatatga 5680984  T
Q  121 aaatttcaaaaaataaaagagtagggcaacgtaactttgcttatgtggtattcttgctttgctcgtatcataacaccttggattctataaagatcatggc 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5680983 aaatttcaaaaaataaaagagtagggcaacgtaactttgcttatgtggtattcttgctttgctcgtatcataacaccttggattctataaatatcatggc 5680884  T
Q  221 taccttgatgagttggtcaatgatttacaagactttgtgccaaataatgttaacaatactctaaaactccaagcccaaaaggtttaacgatagaatga-g 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5680883 taccttgatgagttggtcaatgatttacaagactttgtgccaaataatgttaacaatactctaaaactccaagcccaaaaggtttaacgatagaatgagg 5680784  T
Q  320 gtaccaaacaaacatctttcatgtaacaataaagttgtggtaaaatttgtccattttgctgaaaataaaatgttatttgacaatacnnnnnnngagatcg 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||    
T  5680783 gtaccaaacaaacatctttcatgtaacaataaagttgtggtaaaatttgtccattttgctgaaaataaaatgttatttgacaata-aaaaaaagagatcg 5680685  T
Q  420 ctccaatggatcacgctacagttcattttgaaggaaattatcaatttcgcaaaatagagcataagattagtcgaagagggaacctatgtgatagtttatg 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5680684 ctccaatggatcacgctacagttcattttaaaggaaattatcaatttcgtaaaatagggcataagattagttgaagagggaacctatatgatagtttatg 5680585  T
Q  520 agctttctcactccacgactacatgaatatgaatttcgaagttcaggaggtaccgaatattgtatgatttgtttgattaaccaaacaaaccatacactat 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5680584 agctttctcactccacgactacatgaatatgaatttcgaagttcaggaggtaccgaatattgtatgatttgtttgattaaccaaacaaaccatacactat 5680485  T
Q  620 tagatactaaagaactcctcaactattatccatacagtctttgaacaaaatcactcatgag---ctactactcatccgccctat 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  5680484 tagatactaaagaactcctcaactattatccatacagtctttgaacaaaatgactcatgagctactactactcatccgccctat 5680401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University