View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18317_low_2 (Length: 781)

Name: NF18317_low_2
Description: NF18317
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18317_low_2
NF18317_low_2
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (13-766)||(11402477-11403231)
chr8 (22-117)||(11402167-11402262)
chr8 (176-246)||(11402306-11402376)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (13-558)||(42912884-42913450)
chr2 (13-388)||(42300558-42300933)
chr2 (394-469)||(42300959-42301034)
chr2 (571-761)||(42912819-42913013)
chr2 (571-677)||(42301083-42301189)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (13-558)||(29282025-29282591)
chr1 (571-761)||(29281960-29282154)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (13-558)||(45965972-45966538)
chr4 (13-558)||(27729984-27730550)
chr4 (16-558)||(24146715-24147261)
chr4 (571-761)||(45966409-45966603)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (13-558)||(29303705-29304271)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (13-558)||(12528771-12529337)
chr5 (13-558)||(35841685-35842251)
chr5 (21-113)||(12643685-12643777)
chr5 (394-560)||(12643795-12643962)
chr5 (578-758)||(12643834-12644017)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 719; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 719; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 766
Target Start/End: Complemental strand, 11403231 - 11402477
Alignment:
Q  13 aaaatgacggtgtatggagaagatattccggatagcaaggtggtggagaaaattctacacactatgtcgatgaagtttggtcatgtggtgactacgataa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  11403231 aaaatgacggtgtatggagaagatattccggatagcaaggtggtggagaaaattctacacactatgtcgataaagtttggtcatgtggtgactacgataa 11403132  T
Q  113 tggagtcctccaatatcgatatcttgttattagcagagttgcaaaggatgtatcgaaagtcat-tcaacaaaatattggagaagactgaaaaagtaaagg 211  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11403131 tggagtcctccaatatcaatatcttgttattagcagagtcgcaaaggatgtatcgaaagtcatgtcaacaaaatattggagaagactgaaaaagtaaagg 11403032  T
Q  212 aggaagccatgaaaagccaggtgaacctcaataacgttgctgaatccggttagaagggagagagtaaaggtcgtgataatttcaacaatggaggaagaaa 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11403031 aggaagccatgaaaagccaggtgaacctcaataacgttgctgaatccggttagaagggagagagtaaaggtcgtgataatttcaacaatggaggaagaaa 11402932  T
Q  312 aaactttagaggtagaggttgaggaacttttagaggaagaggatgtggaaacttcgatcaatggagagacaataatttcaagaggaagaggtggaaacaa 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11402931 aaactttagaggtagaggttgaggaacttttagaggaagaggacgtggaaacttcgatcaatggagagacaataatttcaagaggaagaggtggaaacaa 11402832  T
Q  412 ttttggttctaccaaccgtggcagagaaagaggttcttacaaacaagagagaccaaattacagttgttttcaccgttgaaattttaggcacaaagcagcc 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11402831 ttttggttctaccaaccgtggcagagaaagaggttcttacaaacaagagagaccaaattacagttgttttcaccgttgaaattttaggcacaaagcagcc 11402732  T
Q  512 gattgcaaatacaacatcaggcaaacgtggcagaaaattcatatcaaaacactgatgagtcttgtgaaagtgtattgcttgctaaaattaaaccatatgg 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11402731 gattgcaaatacaacatcaggcaaacgtggcagaaaattcatatcaaaacactaatgagtcttgtgaaagtgtattgcttgctaaaattaaaccatatgg 11402632  T
Q  612 attttcataagactcacaattgttttgatctaaattttctgcaatctgtgcatgatgtttatatcttcaatcgtctgctttgcgctcaaacttttcgcgg 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11402631 attttcataagactcacaattgttttgatataaattttttgcaatctgtgcatgatgtttatatcttcaatcgtctgctttgcgctcaaacttttcgcgg 11402532  T
Q  712 tgaaaacataatttctcctctcttggttgtaataacttcttcctttgccatatat 766  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11402531 tgaaaacataatttctcctctcttggttgtaataacttcttcctttgccatatat 11402477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 22 - 117
Target Start/End: Original strand, 11402167 - 11402262
Alignment:
Q  22 gtgtatggagaagatattccggatagcaaggtggtggagaaaattctacacactatgtcgatgaagtttggtcatgtggtgactacgataatggag 117  Q
    |||||||||||| |||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||   | ||||| ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  11402167 gtgtatggagaaaatattatggataacaaggtggtggagaaaagtctatgtaatatgttgatgaaagttgatcatgtggtgactacgataatggag 11402262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 176 - 246
Target Start/End: Original strand, 11402306 - 11402376
Alignment:
Q  176 tcaacaaaatattggagaagactgaaaaagtaaaggaggaagccatgaaaagccaggtgaacctcaataac 246  Q
    |||||| ||||||| ||||||| || |||| ||||||||||||| ||||||| || |||||| ||||||||    
T  11402306 tcaacagaatattgcagaagacagagaaagcaaaggaggaagccttgaaaagtcaagtgaacttcaataac 11402376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 151; Significance: 2e-79; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 13 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 42913450 - 42912884
Alignment:
Q  13 aaaatgacggtgtatggagaagatattccggatagcaaggtggtggagaaaattctacacactatgtcgatgaagtttggtcatgtggtgactacgataa 112  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| | || |||||||||||||||||||     
T  42913450 aaaatgagagtgtatggagaagatattcaagatagcaaggtggtggagaaaattctacgcaccatgccgatgaaatatgatcatgtggtgactacgatat 42913351  T
Q  113 tggagtcctccaatatcgatatcttgttattagcagagttgcaaaggatgtatcgaaagtcat-tcaacaaaatattggagaagactgaaaaagtaaagg 211  Q
    ||||||||    ||| ||||| |||||   |||||||||||||  ||| | || ||||| ||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  42913350 tggagtcccatgataccgataccttgtcggtagcagagttgcag-ggaagcattgaaagccatgtcaaccgaatattggagaagactgaaaaagtaaagg 42913252  T
Q  212 aggaagccatgaaaagccaggtgaacctcaataacgttgctgaatccggttagaagggagagagtaaaggtcgtgataatttcaacaatggaggaagaaa 311  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||| ||| ||    | || |||||| |||||||||||||||||||||      
T  42913251 aggaagccttgaagagccaggtgaacctcaacaacgttgctgaatccagtcagatgggtgaagccagagctcgtgacaatttcaacaatggaggaagagg 42913152  T
Q  312 aaactttagaggtagaggttgaggaacttttagaggaagaggatgtggaaacttcgatcaatggagagacaataatttcaa------------------- 392  Q
    ||| || ||||| |||||| ||||||  ||||||||||||||| |||| |||||| | |||||||||||||| |||| |||                       
T  42913151 aaatttcagaggaagaggtcgaggaagctttagaggaagaggacgtggcaacttcaaccaatggagagacaacaattacaacaatttcaatccatcccat 42913052  T
Q  393 -gaggaagaggtggaaacaattttggttctaccaaccgtggcagagaaagaggttcttacaaacaagagagaccaaattacagttgttttcaccgttgaa 491  Q
      ||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||||| |  |||||||| |  || |||    
T  42913051 caaggaaaaggtggaaacaattttggttccaataaccgtggcagaggaagaggttattacaaccaagagagaacaaataatggttgttttaattgtggaa 42912952  T
Q  492 attttaggcacaaagcagccgattgcaaata-caacatcaggcaaacgtggcagaaaattcatatcaa 558  Q
    | | | ||||||||||||| || |||| |||  ||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||    
T  42912951 agtatgggcacaaagcagctgactgcagatataaacatcaagcaaatatggcagagaattcatatcaa 42912884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 13 - 388
Target Start/End: Original strand, 42300558 - 42300933
Alignment:
Q  13 aaaatgacggtgtatggagaagatattccggatagcaaggtggtggagaaaattctacacactatgtcgatgaagtttggtcatgtggtgactacgataa 112  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| ||||||| | || |||||||||||||||||||     
T  42300558 aaaatgagagtgtatggagaagatattcaagatagcaaggtggtggagaaaattctatgcaccatgccgatgaaatatgatcatgtggtgactacgatat 42300657  T
Q  113 tggagtcctccaatatcgatatcttgttattagcagagttgcaaaggatgtatcgaaagtcat-tcaacaaaatattggagaagactgaaaaagtaaagg 211  Q
    ||||||||  | ||| ||||| |||||   |||||||||||| | ||| | || ||||| ||| |||||| |||||||||||||| |||||| |||||||    
T  42300658 tggagtcccacgataccgataccttgtcggtagcagagttgc-agggaagcattgaaagccatgtcaacagaatattggagaagagtgaaaatgtaaagg 42300756  T
Q  212 aggaagccatgaaaagccaggtgaacctcaataacgttgctgaatccggttagaagggagagagtaaaggtcgtgataatttcaacaatggaggaagaaa 311  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| || ||| ||| ||    | || |||||| |||||||||||||||||||||      
T  42300757 aggaagccttgaagagccaggtgaacctcaacaacattgttgaatccagtcagatgggtgaagccagagctcgtgacaatttcaacaatggaggaagagg 42300856  T
Q  312 aaactttagaggtagaggttgaggaacttttagaggaagaggatgtggaaacttcgatcaatggagagacaataatt 388  Q
    ||| || ||||| |||||| ||||||  ||||||||||||||| |||| |||||| | |||||||||||||| ||||    
T  42300857 aaatttcagaggaagaggtcgaggaagctttagaggaagaggacgtggcaacttcaaccaatggagagacaacaatt 42300933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 394 - 469
Target Start/End: Original strand, 42300959 - 42301034
Alignment:
Q  394 aggaagaggtggaaacaattttggttctaccaaccgtggcagagaaagaggttcttacaaacaagagagaccaaat 469  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |  | ||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||| |||||    
T  42300959 aggaagaggtggaaacaattttggttccaatagccgtggcagaggaagaggttattacaaccaagagagaacaaat 42301034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 571 - 761
Target Start/End: Original strand, 42912819 - 42913013
Alignment:
Q  571 tcttgtgaaagtgtattgcttgctaaaattaaaccatatggattttcataagactcacaattgttttgatctaaattttctgcaatctgtgcatgatgtt 670  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || | |||||| | ||||||||| |   | ||||| | |||| ||||| || | ||| |||||||    
T  42912819 tcttctgaaagtgtattgcttgctaaaaataaactatgttgattttgagaagactcaccaaaatgttgatatgaattctctgccatatttgcttgatgtt 42912918  T
Q  671 tatatcttcaatcgtctgctttgcgctcaaacttttcgcggtgaaaa----cataatttctcctctcttggttgtaataacttcttcctttgcca 761  Q
    ||||||| || ||  |||||||| || || ||||| | |  | ||||    ||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  42912919 tatatctgcagtcagctgctttgtgcccatactttccacaattaaaacaaccattatttgttctctcttggttgtaataacctcttcctctgcca 42913013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 571 - 677
Target Start/End: Complemental strand, 42301189 - 42301083
Alignment:
Q  571 tcttgtgaaagtgtattgcttgctaaaattaaaccatatggattttcataagactcacaattgttttgatctaaattttctgcaatctgtgcatgatgtt 670  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || | |||||| | ||||||||| |   | ||||| | |||| ||||| || | ||| |||||||    
T  42301189 tcttctgaaagtgtattgcttgctaaaaataaactatgttgattttgagaagactcaccaaaatgttgatatgaattctctgccatatttgcctgatgtt 42301090  T
Q  671 tatatct 677  Q
    |||||||    
T  42301089 tatatct 42301083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 151; Significance: 2e-79; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 13 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 29282591 - 29282025
Alignment:
Q  13 aaaatgacggtgtatggagaagatattccggatagcaaggtggtggagaaaattctacacactatgtcgatgaagtttggtcatgtggtgactacgataa 112  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| | || |||||||||||||||||||     
T  29282591 aaaatgagagtgtatggagaagatattcaagatagcaaggtggtggagaaaattctacgcaccatgccgatgaaatatgatcatgtggtgactacgatat 29282492  T
Q  113 tggagtcctccaatatcgatatcttgttattagcagagttgcaaaggatgtatcgaaagtcat-tcaacaaaatattggagaagactgaaaaagtaaagg 211  Q
    ||||||||    ||| ||||| |||||   |||||||||||||  ||| | || ||||| ||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29282491 tggagtcccatgataccgataccttgtcggtagcagagttgcag-ggaagcattgaaagccatgtcaaccgaatattggagaagactgaaaaagtaaagg 29282393  T
Q  212 aggaagccatgaaaagccaggtgaacctcaataacgttgctgaatccggttagaagggagagagtaaaggtcgtgataatttcaacaatggaggaagaaa 311  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||| ||| ||    | || |||||| |||||||||||||||||||||      
T  29282392 aggaagccttgaagagccaggtgaacctcaacaacgttgctgaatccagtcagatgggtgaagccagagctcgtgacaatttcaacaatggaggaagagg 29282293  T
Q  312 aaactttagaggtagaggttgaggaacttttagaggaagaggatgtggaaacttcgatcaatggagagacaataatttcaa------------------- 392  Q
    ||| || ||||| |||||| ||||||  ||||||||||||||| |||| |||||| | |||||||||||||| |||| |||                       
T  29282292 aaatttcagaggaagaggtcgaggaagctttagaggaagaggacgtggcaacttcaaccaatggagagacaacaattacaacaatttcaatccatcccat 29282193  T
Q  393 -gaggaagaggtggaaacaattttggttctaccaaccgtggcagagaaagaggttcttacaaacaagagagaccaaattacagttgttttcaccgttgaa 491  Q
      ||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||||| |  |||||||| |  || |||    
T  29282192 caaggaaaaggtggaaacaattttggttccaataaccgtggcagaggaagaggttattacaaccaagagagaacaaataatggttgttttaattgtggaa 29282093  T
Q  492 attttaggcacaaagcagccgattgcaaata-caacatcaggcaaacgtggcagaaaattcatatcaa 558  Q
    | | | ||||||||||||| || |||| |||  ||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||    
T  29282092 agtatgggcacaaagcagctgactgcagatataaacatcaagcaaatatggcagagaattcatatcaa 29282025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 571 - 761
Target Start/End: Original strand, 29281960 - 29282154
Alignment:
Q  571 tcttgtgaaagtgtattgcttgctaaaattaaaccatatggattttcataagactcacaattgttttgatctaaattttctgcaatctgtgcatgatgtt 670  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || | |||||| | ||||||||| |   | ||||| | |||| ||||| || | ||| |||||||    
T  29281960 tcttctgaaagtgtattgcttgctaaaaataaactatgttgattttgagaagactcaccaaaatgttgatatgaattctctgccatatttgcttgatgtt 29282059  T
Q  671 tatatcttcaatcgtctgctttgcgctcaaacttttcgcggtgaaaa----cataatttctcctctcttggttgtaataacttcttcctttgcca 761  Q
    ||||||| || ||  |||||||| || || ||||| | |  | ||||    ||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  29282060 tatatctgcagtcagctgctttgtgcccatactttccacaattaaaacaaccattatttgttctctcttggttgtaataacctcttcctctgcca 29282154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 147; Significance: 4e-77; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 13 - 558
Target Start/End: Original strand, 45965972 - 45966538
Alignment:
Q  13 aaaatgacggtgtatggagaagatattccggatagcaaggtggtggagaaaattctacacactatgtcgatgaagtttggtcatgtggtgactacgataa 112  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| | || |||||||||||||||||||     
T  45965972 aaaatgagagtgtatggagaagatattcaagatagcaaggtggtggagaaaattctacgcaccatgccgatgaaatatgatcatgtggtgactacgatat 45966071  T
Q  113 tggagtcctccaatatcgatatcttgttattagcagagttgcaaaggatgtatcgaaagtcat-tcaacaaaatattggagaagactgaaaaagtaaagg 211  Q
    ||||||||    ||||||||| |||||   |||||||||||||  ||| | || ||||| ||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  45966072 tggagtcccatgatatcgataccttgtcggtagcagagttgcag-ggaagcattgaaagccatgtcaaccgaatattggagaagactgaaaaagtaaagg 45966170  T
Q  212 aggaagccatgaaaagccaggtgaacctcaataacgttgctgaatccggttagaagggagagagtaaaggtcgtgataatttcaacaatggaggaagaaa 311  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||| ||| ||    | |  |||||| |||||||||||||||||||||      
T  45966171 aggaagccttgaagagccaggtgaacctcaacaacgttgctgaatccagtcagatgggtgaagccagaactcgtgacaatttcaacaatggaggaagagg 45966270  T
Q  312 aaactttagaggtagaggttgaggaacttttagaggaagaggatgtggaaacttcgatcaatggagagacaataatttcaa------------------- 392  Q
    ||| || ||||| |||||| ||||||  ||||||||||||||| |||| |||||| | |||||||||||||| |||| |||                       
T  45966271 aaatttcagaggaagaggtcgaggaagctttagaggaagaggacgtggcaacttcaaccaatggagagacaacaattacaacaatttcaatccatcccat 45966370  T
Q  393 -gaggaagaggtggaaacaattttggttctaccaaccgtggcagagaaagaggttcttacaaacaagagagaccaaattacagttgttttcaccgttgaa 491  Q
      ||||| |||||||||||| |||||||| |  ||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||||| |  |||||||| |  || |||    
T  45966371 caaggaaaaggtggaaacaactttggttccaataaccgtggcagaggaagaggttattacaaccaagagagaacaaataatggttgttttaattgtggaa 45966470  T
Q  492 attttaggcacaaagcagccgattgcaaata-caacatcaggcaaacgtggcagaaaattcatatcaa 558  Q
    | | | ||||||||||||| || |||| |||  ||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||    
T  45966471 agtatgggcacaaagcagctgactgcagatataaacatcaagcaaatatggcagagaattcatatcaa 45966538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 13 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 27730550 - 27729984
Alignment:
Q  13 aaaatgacggtgtatggagaagatattccggatagcaaggtggtggagaaaattctacacactatgtcgatgaagtttggtcatgtggtgactacgataa 112  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| | || |||||||||||||||||||     
T  27730550 aaaatgagagtgtatggagaagatattcaagatagcaaggtggtggagaaaattctacgcaccatgccgatgaaatatgatcatgtggtgactacgatat 27730451  T
Q  113 tggagtcctccaatatcgatatcttgttattagcagagttgcaaaggatgtatcgaaagtcat-tcaacaaaatattggagaagactgaaaaagtaaagg 211  Q
    ||||||||    |||  |||| |||||   |||||||||||| | ||| | || ||||| ||| |||||  ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27730450 tggagtcccatgatactgataccttgtcggtagcagagttgc-agggaagcattgaaagccatgtcaaccgaatattggaaaagactgaaaaagtaaagg 27730352  T
Q  212 aggaagccatgaaaagccaggtgaacctcaataacgttgctgaatccggttagaagggagagagtaaaggtcgtgataatttcaacaatggaggaagaaa 311  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||| ||| ||    | || |||||| |||||||||||||||||||||      
T  27730351 aggaagccttgaagagccaggtgaacctcaacaacgttgctgaatccagtcagatgggtgaagccagagctcgtgacaatttcaacaatggaggaagagg 27730252  T
Q  312 aaactttagaggtagaggttgaggaacttttagaggaagaggatgtggaaacttcgatcaatggagagacaataatttcaa------------------- 392  Q
    ||| || ||||| |||||| ||||||  ||||||||||||||| |||| |||||| | |||||||||||||| |||| |||                       
T  27730251 aaatttcagaggaagaggtcgaggaagctttagaggaagaggacgtggcaacttcaaccaatggagagacaacaattacaacaatttcaatccatcccat 27730152  T
Q  393 -gaggaagaggtggaaacaattttggttctaccaaccgtggcagagaaagaggttcttacaaacaagagagaccaaattacagttgttttcaccgttgaa 491  Q
      ||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||||| |  |||||||| |  || |||    
T  27730151 caaggaaaaggtggaaacaattttggttccaataaccgtggcagaggaagaggttattacaaccaagagagaacaaataatggttgttttaattgtggaa 27730052  T
Q  492 attttaggcacaaagcagccgattgcaaata-caacatcaggcaaacgtggcagaaaattcatatcaa 558  Q
    | | | ||||||||||||| || |||| |||  ||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||    
T  27730051 agtatgggcacaaagcagctgactgcagatataaacatcaagcaaatatggcagagaattcatatcaa 27729984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 16 - 558
Target Start/End: Original strand, 24146715 - 24147261
Alignment:
Q  16 atgacggtgtatggagaagatattccggatagcaaggtggtggagaaaattctacacactatgtcgatgaagtttggtcatgtggtgactacgataatgg 115  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||| ||| ||| ||||||| | || ||||||||||||||| ||| |||    
T  24146715 atgagggtgtatggagaagatattccagatagcaaggtagtggagaaaattttacgcaccatgccgatgaaatatgatcatgtggtgactacaatattgg 24146814  T
Q  116 agtcctccaatatcgatatcttgttattagcagagttgcaaaggatgtatcgaaagtcat-tcaacaaaatattggagaagactgaaaaagtaaaggagg 214  Q
            |||| | ||| |||||   |||||||||||| | ||| | || ||||| ||| |||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24146815 --------aataccaataccttgtcggtagcagagttgc-agggaagcattgaaagccatgtcaatagaatattggataagactgaaaaagtaaaggagg 24146905  T
Q  215 aagccatgaaaagccaggtgaacctcaataacgttgctgaatccggttagaagggagagagtaaaggtcgtgataatttcaacaatggaggaagaaaaaa 314  Q
    ||||| |||| ||||||||||| ||||| ||| ||| | |||||  ||||| ||| ||    | ||   |||| |||||||||| ||||  ||||  |||    
T  24146906 aagccttgaagagccaggtgaagctcaacaacattgtttaatccaattagatgggtgaagccagagaatgtgacaatttcaacattggattaagaggaaa 24147005  T
Q  315 ctttagaggtagaggttgaggaacttttagaggaagaggatgtggaaacttcgatcaatggagagacaataatttcaa-----------gaggaagaggt 403  Q
     || |||| || |||| ||||||| ||||||||||||||| |||| |||||| | |||||||||||||| ||||||||            ||||||||||    
T  24147006 tttcagagttaaaggtcgaggaacctttagaggaagaggacgtggcaacttcaaccaatggagagacaacaatttcaatccatcccatcaaggaagaggt 24147105  T
Q  404 ggaaacaattttggttctaccaaccgtggcagagaaagaggttcttacaaacaagagagaccaaattacagttgttttcaccgttgaaattttaggcaca 503  Q
    |||||||||||||| || | |||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||   |||| |  |||| ||| |  || |||| |  |||||||    
T  24147106 ggaaacaattttggctccaacaaccgtggcagaggaagaggttattacaaccaagagaggaaaaataatggttgctttaattgtggaaagtacaggcaca 24147205  T
Q  504 aagcagccgattgcaaatac-aacatcaggcaaacgtggcagaaaattcatatcaa 558  Q
    ||| ||| ||||| | |||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  24147206 aagaagctgattgtagatacaaacataaggcaaacatggcagagaattcatatcaa 24147261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 571 - 761
Target Start/End: Complemental strand, 45966603 - 45966409
Alignment:
Q  571 tcttgtgaaagtgtattgcttgctaaaattaaaccatatggattttcataagactcacaattgttttgatctaaattttctgcaatctgtgcatgatgtt 670  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || | |||||| | ||||||||| |   | ||||| | |||| ||||| || | ||| |||||||    
T  45966603 tcttctgaaagtgtattgcttgctaaaaataaactatgttgattttgagaagactcaccaaaatgttgatatgaattctctgccatatttgcttgatgtt 45966504  T
Q  671 tatatcttcaatcgtctgctttgcgctcaaacttttcgcggtgaaaa----cataatttctcctctcttggttgtaataacttcttcctttgcca 761  Q
    ||||||| || ||  |||||||| || || ||||| | |  | ||||    ||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  45966503 tatatctgcagtcagctgctttgtgcccatactttccacaattaaaacaaccattatttgttctctcttggttgtaataacctcttcctctgcca 45966409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 143; Significance: 1e-74; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 13 - 558
Target Start/End: Original strand, 29303705 - 29304271
Alignment:
Q  13 aaaatgacggtgtatggagaagatattccggatagcaaggtggtggagaaaattctacacactatgtcgatgaagtttggtcatgtggtgactacgataa 112  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| | || |||||||||||||||||||     
T  29303705 aaaatgagagtgtatggagaagatattcaagatagcaaggtggtggagaaaattctacgcaccatgccgatgaaatatgatcatgtggtgactacgatat 29303804  T
Q  113 tggagtcctccaatatcgatatcttgttattagcagagttgcaaaggatgtatcgaaagtcat-tcaacaaaatattggagaagactgaaaaagtaaagg 211  Q
    ||||||||    ||| ||||| |||||   |||||||||||| | ||| | || ||||| ||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29303805 tggagtcccatgataccgataccttgtcggtagcagagttgc-agggaagcattgaaagccatgtcaaccgaatattggagaagactgaaaaagtaaagg 29303903  T
Q  212 aggaagccatgaaaagccaggtgaacctcaataacgttgctgaatccggttagaagggagagagtaaaggtcgtgataatttcaacaatggaggaagaaa 311  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||| ||| ||   || |  |||||| |||||||||||||||||||||      
T  29303904 aggaagccttgaagagccaggtgaacctcaacaacgttgctgaatccagtcagatgggtgaagctagaactcgtgacaatttcaacaatggaggaagagg 29304003  T
Q  312 aaactttagaggtagaggttgaggaacttttagaggaagaggatgtggaaacttcgatcaatggagagacaataatttcaa------------------- 392  Q
    ||  || ||||| |||| | ||||||  ||||||||||||||| |||| |||||| | |||||||||||||| |||| |||                       
T  29304004 aagtttcagaggaagagatcgaggaagctttagaggaagaggacgtggcaacttcaaccaatggagagacaacaattacaacaatttcaatcaatcccat 29304103  T
Q  393 -gaggaagaggtggaaacaattttggttctaccaaccgtggcagagaaagaggttcttacaaacaagagagaccaaattacagttgttttcaccgttgaa 491  Q
      ||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||||| |  |||||||| |  || |||    
T  29304104 caaggaaaaggtggaaacaattttggttccaataaccgtggcagaggaagaggttattacaaccaagagagaacaaataatggttgttttaattgtggaa 29304203  T
Q  492 attttaggcacaaagcagccgattgcaaata-caacatcaggcaaacgtggcagaaaattcatatcaa 558  Q
    | | | ||||||||||||| || |||| |||  ||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||    
T  29304204 agtatgggcacaaagcagctgactgcagatataaacatcaagcaaatatggcagagaattcatatcaa 29304271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 143; Significance: 1e-74; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 13 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 12529337 - 12528771
Alignment:
Q  13 aaaatgacggtgtatggagaagatattccggatagcaaggtggtggagaaaattctacacactatgtcgatgaagtttggtcatgtggtgactacgataa 112  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| | || |||||||||||||||||||     
T  12529337 aaaatgagagtgtatggagaagatattcaagatagcaaggtggtggagaaaattctacgcaccatgccgatgaaatatgatcatgtggtgactacgatat 12529238  T
Q  113 tggagtcctccaatatcgatatcttgttattagcagagttgcaaaggatgtatcgaaagtcat-tcaacaaaatattggagaagactgaaaaagtaaagg 211  Q
    ||||||||    ||| ||||| |||||   |||||||||||| | ||| | || ||||| ||| |||||  |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  12529237 tggagtcccatgataccgataccttgtcggtagcagagttgc-agggaagcattgaaagccatgtcaaccgaatattggagaatactgaaaaagtaaagg 12529139  T
Q  212 aggaagccatgaaaagccaggtgaacctcaataacgttgctgaatccggttagaagggagagagtaaaggtcgtgataatttcaacaatggaggaagaaa 311  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||| ||| ||  | | |  |||||| |||||||||||||||||||||      
T  12529138 aggaagccttgaagagccaggtgaacctcaacaacgttgctgaatccagtcagatgggtgaaggcagaactcgtgacaatttcaacaatggaggaagagg 12529039  T
Q  312 aaactttagaggtagaggttgaggaacttttagaggaagaggatgtggaaacttcgatcaatggagagacaataatttcaa------------------- 392  Q
    ||  || ||||| |||||| ||||||  ||||||||||||||| |||| |||||| | |||||||||||||| |||| |||                       
T  12529038 aagtttcagaggaagaggtcgaggaagctttagaggaagaggacgtggcaacttcaaccaatggagagacaacaattacaacaatttcaatcaatcccat 12528939  T
Q  393 -gaggaagaggtggaaacaattttggttctaccaaccgtggcagagaaagaggttcttacaaacaagagagaccaaattacagttgttttcaccgttgaa 491  Q
      ||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||||| |  |||||||| |  || |||    
T  12528938 caaggaaaaggtggaaacaattttggttccaataaccgtggcagaggaagaggttattacaaccaagagagaacaaataatggttgttttaattgtggaa 12528839  T
Q  492 attttaggcacaaagcagccgattgcaaata-caacatcaggcaaacgtggcagaaaattcatatcaa 558  Q
    | | | ||||||||||||| || |||| |||  ||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||    
T  12528838 agtatgggcacaaagcagctgactgcagatataaacatcaagcaaatatggcagagaattcatatcaa 12528771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 13 - 558
Target Start/End: Original strand, 35841685 - 35842251
Alignment:
Q  13 aaaatgacggtgtatggagaagatattccggatagcaaggtggtggagaaaattctacacactatgtcgatgaagtttggtcatgtggtgactacgataa 112  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| | || |||||||||||||| ||||     
T  35841685 aaaatgagagtgtatggagaagatattcaagatagcaaggtggtggagaaaattctacgcaccatgccgatgaaatatgatcatgtggtgactatgatat 35841784  T
Q  113 tggagtcctccaatatcgatatcttgttattagcagagttgcaaaggatgtatcgaaagtcat-tcaacaaaatattggagaagactgaaaaagtaaagg 211  Q
    ||||||||    |||  |||| |||||   |||||||||||||  ||| | || ||||| ||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  35841785 tggagtcccatgatactgataccttgtcggtagcagagttgcag-ggaagcattgaaagccatgtcaaccgaatattggagaagactgaaaaagtaaagg 35841883  T
Q  212 aggaagccatgaaaagccaggtgaacctcaataacgttgctgaatccggttagaagggagagagtaaaggtcgtgataatttcaacaatggaggaagaaa 311  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||| ||| ||    | || |||||| |||||||||||||||||||||      
T  35841884 aggaagccttgaagagccaggtgaacctcaacaacgttgctgaatccagtcagatgggtgaagccagagctcgtgacaatttcaacaatggaggaagagg 35841983  T
Q  312 aaactttagaggtagaggttgaggaacttttagaggaagaggatgtggaaacttcgatcaatggagagacaataatttcaa------------------- 392  Q
    ||| || ||||| |||||| ||||||  ||||||||||||||| |||| |||||| | |||||||||||||| |||| |||                       
T  35841984 aaatttcagaggaagaggtcgaggaagctttagaggaagaggacgtggcaacttcaaccaatggagagacaacaattacaacaatttcaatccatcccat 35842083  T
Q  393 -gaggaagaggtggaaacaattttggttctaccaaccgtggcagagaaagaggttcttacaaacaagagagaccaaattacagttgttttcaccgttgaa 491  Q
      ||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||||| |  |||||||| |  || |||    
T  35842084 caaggaaaaggtggaaacaattttggttccaataaccgtggcagaggaagaggttgttacaaccaagagagaacaaataatggttgttttaattgtggaa 35842183  T
Q  492 attttaggcacaaagcagccgattgcaaata-caacatcaggcaaacgtggcagaaaattcatatcaa 558  Q
    | | | ||||||||||||| || |||| |||  ||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||    
T  35842184 agtatgggcacaaagcagctgactgcagatataaacatcaagcaaatatggcagagaattcatatcaa 35842251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 21 - 113
Target Start/End: Original strand, 12643685 - 12643777
Alignment:
Q  21 ggtgtatggagaagatattccggatagcaaggtggtggagaaaattctacacactatgtcgatgaagtttggtcatgtggtgactacgataat 113  Q
    ||||| |||| ||||||||| | ||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  12643685 ggtgtgtggaaaagatattctgaataacaaagtggtagagaaaattctacacactatgccgatgaagtttgatcatgtggtgactacaataat 12643777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 394 - 560
Target Start/End: Original strand, 12643795 - 12643962
Alignment:
Q  394 aggaagaggtggaaacaattttggttctaccaaccgtggcagagaaagaggttcttacaaacaagagagaccaaattacagttgttttcaccgttgaaat 493  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||| |||||| | || || || || ||| | |||||| ||||||||| ||||||| |||||||| |||  |  |||     
T  12643795 aggaagaggtggagacaattttagttataccaatcatgacaaaggaaaaggatattacaaccaagagagaacaaattatagttgtttccactatgaaaag 12643894  T
Q  494 tttaggcacaaagcagccgattgcaaatac-aacatcaggcaaacgtggcagaaaattcatatcaaaa 560  Q
    ||| |||||||| |||| ||||||| |||| ||||||  | |||| || |||||||||||||||||||    
T  12643895 tttgggcacaaaacagctgattgcagatacaaacatcgagaaaacatgccagaaaattcatatcaaaa 12643962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 578 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 12644017 - 12643834
Alignment:
Q  578 aaagtgtattgcttgctaaaattaaaccatatggattttcataagactcacaattgttttgatctaaattttctgcaatctgtgcatgatgtttatatct 677  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| | | ||||||| | |||||||||  || | | |  ||||||| |||||    
T  12644017 aaagtgtattgcttgctaaaaataaactatatggaatttcataagactcactagt-ttttgatatgaattttctggcatgttttctcgatgtttgtatct 12643919  T
Q  678 tcaatcgtctgctttgcgctcaaacttttcgcggtgaaaac----ataatttctcctctcttggttgtaataacttcttcctttg 758  Q
     |||||  ||| |||| || ||||||||||   ||| ||||    ||||||| | ||||||||||||||||| | | ||||||||    
T  12643918 gcaatcagctgttttgtgcccaaacttttcatagtggaaacaactataatttgttctctcttggttgtaatatccttttcctttg 12643834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University