View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18318_high_4 (Length: 869)

Name: NF18318_high_4
Description: NF18318
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18318_high_4
NF18318_high_4
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (19-869)||(81801-82649)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 799; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 799; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 869
Target Start/End: Complemental strand, 82649 - 81801
Alignment:
Q  19 cgaataatgcaggtttgtcacaaattattcaggcccgtctgcaacagtttgattcggttggagaagttttgctagatgtgtgtgcccgtgagcaggatga 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  82649 cgaataatgcaggtttgtcacaaattattcaggcccgtctgcaacagtttgattcggttggagaagttttgctagatgtgtgtggccgtgagcaggatga 82550  T
Q  119 gattgttagccatgtgttgatgttggtttggagtatacggaggaactgaatgattgtacttggaatcagaaacaagtaaatccaactcagataatgagca 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  82549 gattgttagccatgtgttgatgttggtttggagtatacggaggaactgaatgattgtacttggaatcagaaacaagtaaatccaactcagataatgagca 82450  T
Q  219 tgtcgcaaaccatgctgacagaatggcaatcggtgcagaattatgcaggaaataatatggaaaggctgtagcagattttctggcagacatagtagagtgc 318  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  82449 tgttgcaaaccatgctgacagaatggcaatcggtgcagaattatgcaggaaataatatggaa-ggctgtagcagattttctggcagacatagtagagtgc 82351  T
Q  319 atgctgagtttcattgtgcggtggatgctaattttttccgtaacgaggggttgatgggttacgggtgcttccttctaaatagagccagtcagtttgtaaa 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  82350 atgctgagtttcattgtgcggtggatgctaattttttccgtaacgaggggttggtgggttacgggtgcttccttctaaatagagccagtcagtttgtaaa 82251  T
Q  419 ggtgctcgcaggttggagccgtcccgaattgcgagtccctaaagctgaggctgctgcgttgcagaatgctatgccataggtgcaagacatgggaattggg 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  82250 ggtgctcgcaggttggagccgtcccgaattgcgagtccctaaagctgaggctgctgcattgcagaatgctatgccataggtgcaagacatgggaattggg 82151  T
Q  519 aactcatagtatgactttctttactgattcttgaattttatgtgatgcgatttatgcagttagtgaaggggtctctgagtatagcatctttgttgctaat 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  82150 aactcatagtatgactttctttactgattcttgaattttatgtgatgctatttatgcagttagtgaaggggtctctgagtttagcatctttgttgctaat 82051  T
Q  619 attaggcatattctagctttaaattgtagttctgtggttaactttgttaggaagcaagcgaatatagatgctcaattttctagttagagtgacaagttct 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  82050 attaggcatattctagctttaaattgtagttctgtggttaactttgttaggaagcaagcgaatatagatgctc-attttctagttagagtgacaagttct 81952  T
Q  719 tgtgccagtcgacaagtttatatttatgcttctctttgtatttgattaaagaaatgagttgagtttgattggttaaaaacacttgattgaaatgacctat 818  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  81951 tgtgccagtcgacaagtttataattatgcttctctttgtatttgattaaagaaatgagttgagtttgattggttaaaaacacttgattgaaatgacctat 81852  T
Q  819 tgtttatctttcttgtaatggcatttctttatcaatttcatctcactcgac 869  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  81851 tgtttatctttcttgtaatggcatttctttatcaatttcatttccctcgac 81801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University