View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1831_high_7 (Length: 559)

Name: NF1831_high_7
Description: NF1831
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1831_high_7
NF1831_high_7
[»] chr2 (14 HSPs)
chr2 (1-540)||(15517499-15518038)
chr2 (1-375)||(15534012-15534383)
chr2 (4-286)||(15493676-15493958)
chr2 (14-295)||(15601209-15601490)
chr2 (1-317)||(15654465-15654781)
chr2 (1-298)||(15645413-15645710)
chr2 (385-540)||(15625482-15625637)
chr2 (378-540)||(15534691-15534853)
chr2 (1-311)||(15624788-15625098)
chr2 (385-540)||(15494096-15494251)
chr2 (385-540)||(15655029-15655187)
chr2 (385-540)||(15645877-15646035)
chr2 (441-540)||(15605601-15605703)
chr2 (317-373)||(15534437-15534495)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 475; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 475; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 540
Target Start/End: Original strand, 15517499 - 15518038
Alignment:
Q  1 gcatctgatattgcaaacaccaaaaatgatggtttcttcaaaaagtttggttttcctgtgtcatcgataccacctggtaaagtaacggcagcagcgaaca 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15517499 gcatctgatattgcaaaccccaaaaatgatggtttcttcaaaaagtttggttttcctgtgttatcgataccacctggtaaagtaactgcagcagcgaaca 15517598  T
Q  101 ctccggttgcaatgactgttgaaattagcatacacgactccgcagnnnnnnncatccaagactctgcatctttccttagtttttcatgctcatttgagaa 200  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  15517599 ctccggtagcaatgactgttgaaattagcatacacgactccgcagtttttttcatccaagactctgcatcttcccttagtttttcatgctcatttgagaa 15517698  T
Q  201 cagttcttctgcagtcacgcctttggagtttttcgacttaatctgtgctggcagcattatcttctttacattctatcatatgaaaatgtatatatgttcg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  15517699 cagttcttctgcagtcacgcctttggagtttttcgacttaatctgtgcgggcagcattatcttctttacattctatcatatgaaaatgtatatatgttag 15517798  T
Q  301 ataaaatatagaaatgtaaaaataaattagttaaatttattaagtacagtaggataattgtgtatgcacacaagggatgcactatacctcaaaccataat 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15517799 ataaaatatagaaatgtaaaaataaattagttaaatttattaaggacggtaggataattgtgtatgcacacaagggatgcactatacctcaaaccataat 15517898  T
Q  401 aactcaacacacatttgaaaagctgcaccagaaaccaattcaagttgaccttgtggtgctaattttccagctaagtgcaataaattgtttccttcatcgt 500  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  15517899 aactcgacacacatttgaaaagctgcaccagaaaccaattcaagttgaccttgtggtgctaattttccagctaagtgcaataaactgtttccttcatcgt 15517998  T
Q  501 cttcaaatgtcactatgatatcctttatatgccctatttg 540  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15517999 cttcaaatgtcactatgatatcctttatatgccctatttg 15518038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 375
Target Start/End: Original strand, 15534012 - 15534383
Alignment:
Q  1 gcatctgatattgcaaacaccaaaaatgatggtttcttcaaaaagtttggttttcctgtgtcatcgataccacctggtaaagtaacggcagcagcgaaca 100  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| |||| || |||| ||||  ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15534012 gcatctgatgttgcaaataccaagaatggtgttttcgtcaactagtttggttttccggtgtcatcggtaccacctggtaaagtaactgcagcagcgaaca 15534111  T
Q  101 ctccggttgcaatgactgttgaaattagcatacacgactccgcagnnnnnnncatccaagactctgcatctttccttagtttttcatgctcatttgagaa 200  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||       |||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||    
T  15534112 ctccggtagcaatgactgttgaaattagcatacatgactccgcagtttttttcatccaagactctgcatcctcccttagttttgcatgctcatttgagaa 15534211  T
Q  201 cagttcttctgcagtcacgcctttggagtttttcgacttaatctgtgctggcagcattatcttctttacattctatcatatgaaaatgtatatatgttcg 300  Q
     |  |||| |||||||| || ||  ||||||||| |||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  15534212 taactcttgtgcagtcaagcgttcagagtttttcaactttatttgtgctggcaacattatcttctttacattctatcatatgaaaatgtatatatgttag 15534311  T
Q  301 ataaaatatagaaatgtaaaaataaatt--agttaaatttattaagtacagtaggataattgtgtatgcacacaagg 375  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||  ||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15534312 ataaaatatagataagtaaaaataaattagagttaaatttatta-----agtaggataattgtgtatgcacacaagg 15534383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 4 - 286
Target Start/End: Original strand, 15493676 - 15493958
Alignment:
Q  4 tctgatattgcaaacaccaaaaatgatggtttcttcaaaaagtttggttttcctgtgtcatcgataccacctggtaaagtaacggcagcagcgaacactc 103  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||||    
T  15493676 tctgatattgcaaacaccaagaatgatggtttcttcaagtagtttggttttcctgtgtcatcggtaccacctggtaaagtagttgcagcagcgaacactc 15493775  T
Q  104 cggttgcaatgactgttgaaattagcatacacgactccgcagnnnnnnncatccaagactctgcatctttccttagtttttcatgctcatttgagaacag 203  Q
    | || |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||       |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  15493776 cagtagcaatgactgttgaaattagcatacaagactcggcagtttttttcatccaagactctgcatcttcccttagtttttcatgctcattcgagaacag 15493875  T
Q  204 ttcttctgcagtcacgcctttggagtttttcgacttaatctgtgctggcagcattatcttctttacattctatcatatgaaaa 286  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  15493876 ttcttctgcagtcatgtctttggagttttttgacttaatttgtgctggcaacattatcttctttactttctatcatacgaaaa 15493958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 14 - 295
Target Start/End: Original strand, 15601209 - 15601490
Alignment:
Q  14 caaacaccaaaaatgatggtttcttcaaaaagtttggttttcctgtgtcatcgataccacctggtaaagtaacggcagcagcgaacactccggttgcaat 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||   |||||||| ||||||||||| |||||    
T  15601209 caaacaccaaaaatgatggtttcttcaaataatttggttttcctgtgtcatcgataccgcctggtacagtagttgcagcagcaaacactccggtagcaat 15601308  T
Q  114 gactgttgaaattagcatacacgactccgcagnnnnnnncatccaagactctgcatctttccttagtttttcatgctcatttgagaacagttcttctgca 213  Q
    ||| | ||||||||||||||| ||||| || |       |||||| |||||||||| ||  |||||||||| |||||| |||||||| | ||||| ||||    
T  15601309 gacggctgaaattagcatacaagactctgcggttttcttcatccatgactctgcattttctcttagtttttgatgctcttttgagaagacttcttgtgca 15601408  T
Q  214 gtcacgcctttggagtttttcgacttaatctgtgctggcagcattatcttctttacattctatcatatgaaaatgtatatat 295  Q
    || | |||||  |||||| ||   || || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  15601409 gtaaggccttcagagtttctcatgtttatttgtgctggcagcattatcttctttactttctatcatatgaaaatgtttatat 15601490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 116; E-Value: 9e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Original strand, 15654465 - 15654781
Alignment:
Q  1 gcatctgatattgcaaacaccaaaaatgatggtttcttcaaaaagtttggttttcctgtgtcatcgataccacctggtaaagtaacggcagcagcgaaca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||| ||| ||||||||| | ||||||| |||| ||||||||||||   |||||||| ||||    
T  15654465 gcatctgatattgcaaacaccaagaatgatgttttattcaaatagtgtggttttccagagtcatcggtaccgcctggtaaagtagttgcagcagcaaaca 15654564  T
Q  101 ctccggttgcaatgactgttgaaattagcatacacgactccgcagnnnnnnncatccaagactctgcatctttccttagtttttcatgctcatttgagaa 200  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||       |||||| |||||||||| ||  |||||| ||||||||||| |||||||    
T  15654565 ctccggtagcaatgacagttgaaattagcatgcaagactcggcagtttttttcatccacgactctgcattttctcttagtgtttcatgctcaattgagaa 15654664  T
Q  201 cagttcttctgcagtcacgcctttggagtttttcgacttaatctgtgctggcagcattatcttctttacattctatcatatgaaaatgtatatatgttcg 300  Q
     || |||| |||||| | |||||  |||||| ||  ||| |||||||| |||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||| |||      
T  15654665 tagctcttgtgcagtaaagccttcagagtttctcatctttatctgtgcaggcaacattatcttctttactttctgtcacatgaaaatgtatatacgttaa 15654764  T
Q  301 ataaaatatagaaatgt 317  Q
     ||||||||||| ||||    
T  15654765 gtaaaatatagatatgt 15654781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 298
Target Start/End: Original strand, 15645413 - 15645710
Alignment:
Q  1 gcatctgatattgcaaacaccaaaaatgatggtttcttcaaaaagtttggttttcctgtgtcatcgataccacctggtaaagtaacggcagcagcgaaca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||| ||| ||||||||| | ||||||| |||| ||||||||||||   |||||||| ||||    
T  15645413 gcatctgatattgcaaacaccaagaatgatgttttattcaaatagtgtggttttccagagtcatcggtaccgcctggtaaagtagttgcagcagcaaaca 15645512  T
Q  101 ctccggttgcaatgactgttgaaattagcatacacgactccgcagnnnnnnncatccaagactctgcatctttccttagtttttcatgctcatttgagaa 200  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||| || |       |||||| |||||||||| ||  |||||| ||||||||||| |||||||    
T  15645513 ctccggtagcaatgacagttgaaattagcatgcaagactcggccgtttttttcatccacgactctgcattttctcttagtgtttcatgctcaattgagaa 15645612  T
Q  201 cagttcttctgcagtcacgcctttggagtttttcgacttaatctgtgctggcagcattatcttctttacattctatcatatgaaaatgtatatatgtt 298  Q
     || |||| |||||| | |||||  |||||| ||  ||| |||||||| |||| ||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||    
T  15645613 tagctcttgtgcagtaaagccttcagagtttctcatctttatctgtgcaggcaacattatcttctttactttctgtcacatgaaaatgtatatatgtt 15645710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 385 - 540
Target Start/End: Original strand, 15625482 - 15625637
Alignment:
Q  385 tacctcaaaccataataactcaacacacatttgaaaagctgcaccagaaaccaattcaagttgaccttgtggtgctaattttccagctaagtgcaataaa 484  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  15625482 tacctcaaaccataataactcaaggcacatttgaaaagctgacccagaaaccaattcaagttgaacttgtggtgctaattttgcagccaagtgcaataaa 15625581  T
Q  485 ttgtttccttcatcgtcttcaaatgtcactatgatatcctttatatgccctatttg 540  Q
     ||||||  ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15625582 gtgtttctgtcatcatcttcaaatgtcactatgataccctttatatgccctatttg 15625637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 378 - 540
Target Start/End: Original strand, 15534691 - 15534853
Alignment:
Q  378 tgcactatacctcaaaccataataactcaacacacatttgaaaagctgcaccagaaaccaattcaagttgaccttgtggtgctaattttccagctaagtg 477  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||    
T  15534691 tgcattatacctcaaaccataataactcaaggcacatttgaaaagctgctccagaaaccaattcaagttgacctcgtggtgctaattttgcagccaagtg 15534790  T
Q  478 caataaattgtttccttcatcgtcttcaaatgtcactatgatatcctttatatgccctatttg 540  Q
    ||||||| ||||||||| ||| ||  || ||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  15534791 caataaagtgtttcctttatcatcaacatatgtcgctatgatatcctttatgtgccctatttg 15534853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 311
Target Start/End: Original strand, 15624788 - 15625098
Alignment:
Q  1 gcatctgatattgcaaacaccaaaaatgatggtttcttcaaaaagtttggttttcctgtgtcatcgataccacctggtaaagtaacggcagcagcgaaca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||| ||| ||||||||| |  |||||| |||| ||||||||||||   |||||||| ||||    
T  15624788 gcatctgatattgcaaacaccaagaatgatgttttattcaaatagtgtggttttccagaatcatcggtaccgcctggtaaagtagttgcagcagcaaaca 15624887  T
Q  101 ctccggttgcaatgactgttgaaattagcatacacgactccgcagnnnnnnncatccaagactctgcatctttccttagtttttcatgctcatttgagaa 200  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||       |||||| |||||||| | ||  |||||| ||||||||||| |||||||    
T  15624888 ctccggtagcaatgacagttgaaattagcatgcaagactcggcagtttttttcatccacgactctgcgttttctcttagtgtttcatgctcaattgagaa 15624987  T
Q  201 cagttcttctgcagtcacgcctttggagtttttcgacttaatctgtgctggcagcattatcttctttacattctatcatatgaaaatgtatatatgttcg 300  Q
     || |||| ||| || | |||||  |||||| ||  ||| |||||| | |||| ||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||      
T  15624988 tagctcttgtgctgtaaagccttcagagtttctcatctttatctgtccaggcaacattatcttctttactttctgtcacatgaaaatgtatatatgttaa 15625087  T
Q  301 ataaaatatag 311  Q
     ||||||||||    
T  15625088 gtaaaatatag 15625098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 385 - 540
Target Start/End: Original strand, 15494096 - 15494251
Alignment:
Q  385 tacctcaaaccataataactcaacacacatttgaaaagctgcaccagaaaccaattcaagttgaccttgtggtgctaattttccagctaagtgcaataaa 484  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||| ||||| |||| |    
T  15494096 tacctcaaaccatactaactcgacacacatttgaaaagctgctccagaaaccaattcaagttgacctcgtcgtgctaattttgcagccaagtgtaatata 15494195  T
Q  485 ttgtttccttcatcgtcttcaaatgtcactatgatatcctttatatgccctatttg 540  Q
     ||||||  || || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  15494196 gtgtttctgtcttcatcttcaaatgtcactatgacatcctttatatgccctatttg 15494251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 385 - 540
Target Start/End: Original strand, 15655029 - 15655187
Alignment:
Q  385 tacctcaaaccataataactcaacacacatttgaaaagctgcaccagaaaccaattcaagttgaccttgtggtgctaattttccagctaagtgcaataaa 484  Q
    |||||||||||||| |||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  15655029 tacctcaaaccatactaactcgacgcacatttgaaaagcagctccagaaaccaattcaagttgacttcgtggtgctaattttgcagccaagtgcaataaa 15655128  T
Q  485 ttgtttc---cttcatcgtcttcaaatgtcactatgatatcctttatatgccctatttg 540  Q
     ||||||   | | ||| |||||| |||| ||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  15655129 gtgtttctgtcattatcatcttcatatgttactatgatacccttaatatgccctatttg 15655187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 385 - 540
Target Start/End: Original strand, 15645877 - 15646035
Alignment:
Q  385 tacctcaaaccataataactcaacacacatttgaaaagctgcaccagaaaccaattcaagttgaccttgtggtgctaattttccagctaagtgcaataaa 484  Q
    |||||||||||||| |||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||| ||||||||||      
T  15645877 tacctcaaaccatagtaactcgacgcacatttgaaaagcagctccagaaaccaattcaagttgatttcgtggtgctaattttgcagccaagtgcaatagt 15645976  T
Q  485 ttgtttc---cttcatcgtcttcaaatgtcactatgatatcctttatatgccctatttg 540  Q
     ||||||   | ||||| | |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15645977 gtgtttctgtcatcatcattttcatatgtcactatgataccctttatatgccctatttg 15646035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 441 - 540
Target Start/End: Original strand, 15605601 - 15605703
Alignment:
Q  441 caagttgaccttgtggtgctaattttccagctaagtgcaataaattgtttc---cttcatcgtcttcaaatgtcactatgatatcctttatatgccctat 537  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||   ||||||| | |||| |||||| ||||| | ||||||||||||| ||    
T  15605601 caagttgaacttgtggtgctaattttgcagccaagtgcaataaagtgtttctgtcttcatcattttcatatgtcaatatgaaaccctttatatgccccat 15605700  T
Q  538 ttg 540  Q
    |||    
T  15605701 ttg 15605703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 317 - 373
Target Start/End: Original strand, 15534437 - 15534495
Alignment:
Q  317 taaaaataaattagt--taaatttattaagtacagtaggataattgtgtatgcacacaa 373  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||    
T  15534437 taaaaataaattagagataaatttattaagtaaagtaggataattctgtatgcaaacaa 15534495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University