View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1831_low_1 (Length: 829)

Name: NF1831_low_1
Description: NF1831
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1831_low_1
NF1831_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-823)||(30370339-30371144)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 790; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 790; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 823
Target Start/End: Original strand, 30370339 - 30371144
Alignment:
Q  18 catatgatattaaatttctttccttttgatatgtttttaaggctactaggtaaggtagcagttataacaggtggtgcaagaggaattggtgctgcaacag 117  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30370339 catatgatattaaatttcttttcttttgatatgtttttaaggctactaggtaaggtagcagttataacaggtggtgcaagaggaattggtgctgcaacag 30370438  T
Q  118 caaaattatttgcagaaaatggagcacatgtcatcattgctgatgttctagatgaagaaggcaccaaggttgctgaatcaattgatggtctctacataca 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30370439 caaaattatttgcagaaaatggagcacatgtcatcattgctgatgttctagatgaagaaggcaccaaggttgctgaatcaattgatggtctctacataca 30370538  T
Q  218 ctgtgatgtgtccaaagaatctgacattgaatcagcaattaacctttcaatatcatggaaaggccaattagacataatgttcaacaatgcaggaattgca 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30370539 ctgtgatgtgtccaaagaatctgacattgaatcggcaattaacctttcaatatcatggaaaggccaattagacataatgttcaacaatgcaggaattgca 30370638  T
Q  318 ggtgggtgtaatggaatggtttgttttgaattttggatatttaggttcatcggatcattggtttggttctaacgcccgtaattgcaggctatgaaggaag 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30370639 ggtgggtgtaatggaatggtttgttttgaattttggatatttaggttcatcggatcattggtttggttctaacgcccgtaattgcaggctatgaaggaag 30370738  T
Q  418 aagcataacaacacttgacatggaaaaactaactcatttactttcaatcaatctctttggaacaatccatggaatcaaacatgctgcaaaagcaatgatc 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30370739 aagcataacaacacttgacatggaaaaactaactcatttactttcaatcaatctctttggaacaatccatggaatcaaacatgctgcaaaagcaatgatc 30370838  T
Q  518 aaaggtaaaaaaggaggatcaattatttgtacttcaagtgcagctgcaactataggtggatttgcttcacatggctatacaatgtcaaaatcagctatgg 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30370839 aaaggtaaaaaaggaggatcaattatttgtacttcaagtgcagctgcaactataggtggatttgcttcacatggctatacaatgtcaaaatcagctatgg 30370938  T
Q  618 atggattaatgagaagtgcagcgtgcgaattaggtgttcatttgattcgcgttaattgtgtttctccgcacggcgttccttctaagatgcttttgaatgc 717  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30370939 atggattaatgagaagtgcggcgtgcgaattaggtgttcatttgattcgcgttaattgtgtttctccgcacggcgttccttctgagatgcttttgaatgc 30371038  T
Q  718 ttttagatgttatggtgaagttgatatgactagtgaacaattgagtgagtttattgggatgaatgcaagtttgcttaaagggagaggtgcaacaactgat 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30371039 ttttagatgttatggtgaagttgatatgactagtgaacaattgagtgagtttattgggatgaatgcaagtttgcttaaagggagaggtgcaacaactgat 30371138  T
Q  818 gatgtc 823  Q
    ||||||    
T  30371139 gatgtc 30371144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University