View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18320_high_20 (Length: 363)

Name: NF18320_high_20
Description: NF18320
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18320_high_20
NF18320_high_20
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (36-348)||(24539435-24539747)
chr8 (82-344)||(19440985-19441247)
chr8 (82-344)||(19577135-19577397)
chr8 (18-312)||(23808089-23808383)
chr8 (19-316)||(25238805-25239104)
chr8 (14-312)||(30613121-30613420)
chr8 (17-182)||(21539850-21540015)
chr8 (18-171)||(24715763-24715916)
chr8 (13-88)||(25190425-25190501)
chr8 (222-274)||(24715664-24715716)
chr8 (18-56)||(18005583-18005621)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (14-348)||(9344928-9345261)
chr6 (14-339)||(26227804-26228126)
chr6 (14-346)||(16261581-16261911)
chr6 (18-142)||(15594249-15594373)
chr6 (22-142)||(14733632-14733752)
chr6 (25-171)||(9340650-9340797)
chr6 (123-348)||(21082231-21082456)
chr6 (26-142)||(6634596-6634713)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (14-333)||(24058187-24058503)
chr1 (14-348)||(10216272-10216607)
chr1 (14-339)||(43516928-43517250)
chr1 (14-314)||(23308557-23308858)
chr1 (19-174)||(8046550-8046706)
chr1 (99-291)||(24090706-24090896)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (14-341)||(39888108-39888430)
chr7 (14-346)||(15562074-15562400)
chr7 (19-301)||(17147687-17147968)
chr7 (14-185)||(10827314-10827476)
chr7 (14-185)||(11021106-11021268)
chr7 (18-142)||(11245765-11245891)
chr7 (18-142)||(11246210-11246336)
chr7 (234-293)||(18380425-18380484)
chr7 (20-87)||(42786517-42786583)
chr7 (20-87)||(48477403-48477469)
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (14-348)||(28086025-28086354)
chr4 (68-348)||(11169220-11169498)
chr4 (19-314)||(10667721-10668010)
chr4 (19-314)||(10881866-10882155)
chr4 (23-267)||(10702345-10702590)
chr4 (23-267)||(10916115-10916360)
chr4 (27-313)||(14827433-14827710)
chr4 (14-192)||(14817645-14817826)
chr4 (17-143)||(14283542-14283670)
chr4 (227-340)||(14283348-14283463)
chr4 (14-119)||(24697678-24697787)
chr4 (18-85)||(21324330-21324398)
chr4 (18-73)||(24854540-24854595)
chr4 (20-87)||(2895159-2895225)
chr4 (20-87)||(5908501-5908567)
chr4 (18-50)||(15688220-15688252)
[»] scaffold0240 (1 HSPs)
scaffold0240 (14-348)||(9523-9857)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (14-314)||(21338894-21339196)
chr2 (15-348)||(22827018-22827344)
chr2 (19-346)||(19337-19662)
chr2 (14-333)||(16878800-16879113)
chr2 (14-333)||(16990933-16991246)
chr2 (20-118)||(21889016-21889115)
chr2 (18-142)||(29791311-29791436)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (18-316)||(3575226-3575522)
chr3 (14-333)||(19243175-19243491)
chr3 (77-333)||(21950092-21950343)
chr3 (19-263)||(22800488-22800732)
chr3 (19-339)||(22805286-22805598)
chr3 (18-142)||(381633-381757)
chr3 (14-294)||(7464663-7464939)
chr3 (14-56)||(21950051-21950093)
chr3 (19-142)||(36321894-36322018)
[»] scaffold0627 (1 HSPs)
scaffold0627 (14-316)||(1397-1701)
[»] scaffold0042 (1 HSPs)
scaffold0042 (14-316)||(10367-10671)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (14-291)||(21165005-21165281)
chr5 (14-192)||(22752117-22752295)
chr5 (14-348)||(21493276-21493606)
chr5 (153-348)||(37984298-37984493)
chr5 (13-142)||(21231510-21231640)
chr5 (24-85)||(21218293-21218354)
chr5 (18-50)||(16080210-16080242)
[»] scaffold0188 (1 HSPs)
scaffold0188 (19-340)||(12872-13197)
[»] scaffold0047 (1 HSPs)
scaffold0047 (27-313)||(24244-24521)
[»] scaffold0005 (2 HSPs)
scaffold0005 (27-313)||(11999-12276)
scaffold0005 (14-192)||(21885-22066)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 265; Significance: 1e-148; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 265; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 36 - 348
Target Start/End: Original strand, 24539435 - 24539747
Alignment:
Q  36 taatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcggggaaacctagagttaccacatgtctacaatacaacctgacggttgattatac 135  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24539435 taatgtctcagtgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcggggaaacctagagttaccacatgtctacaatacaacctgacggttgattatac 24539534  T
Q  136 gtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagtcttgtcttgtactctacatgtca 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||  || ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24539535 gtgtgtggatcatgcttacctagaaggttgtgcataataaatctgtcataaggttctttgtatcttagctcataagtcttgtcttgtactctacatgtca 24539634  T
Q  236 tggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatgacatgttcttagactggacgattg 335  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  24539635 tggcggtcaagggaacctaggaccgctatgtcgagatacgataaacccatcaagacctaaacataagtcattcatgacatgttcttagactggacgatca 24539734  T
Q  336 gggagttactaag 348  Q
    |||||||||||||    
T  24539735 gggagttactaag 24539747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 82 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 19441247 - 19440985
Alignment:
Q  82 ggggaaacctagagttaccacatgtctacaatacaacctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgt 181  Q
    |||||||||||| || ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | |||||||| |||| ||||||||||||| | ||||    
T  19441247 ggggaaacctagggtcaccacgtgtctagaatacaacctgacggttgattatatgtgtgaggagcttgcttacccagacggtcgtgcatactagagccgt 19441148  T
Q  182 cataaggttctttgtatcttagcttataagtcttgtcttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaac 281  Q
    |||||||||||||||||| ||  | ||||| ||||||||  | |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||| ||||     
T  19441147 cataaggttctttgtatcataagtcataaggcttgtcttacattctatatgtcatggcggtcaagggaacctaggaccgctttgtcgagatacgctaaat 19441048  T
Q  282 gcatcaagacctaaacataagtcattcatgacatgttcttagactggacgattggggagttac 344  Q
    ||||||||| |||||||||| | |||||||||||| || || ||||||||||  |||||||||    
T  19441047 gcatcaagatctaaacataacttattcatgacatgctcctaaactggacgatcagggagttac 19440985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 82 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 19577397 - 19577135
Alignment:
Q  82 ggggaaacctagagttaccacatgtctacaatacaacctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgt 181  Q
    |||||||||||| || ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | |||||||| |||| ||||||||||||| | ||||    
T  19577397 ggggaaacctagggtcaccacgtgtctagaatacaacctgacggttgattatatgtgtgaggagcttgcttacccagacggtcgtgcatactagagccgt 19577298  T
Q  182 cataaggttctttgtatcttagcttataagtcttgtcttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaac 281  Q
    |||||||||||||||||| ||  | ||||| ||||||||  | |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||| ||||     
T  19577297 cataaggttctttgtatcataagtcataaggcttgtcttacattctatatgtcatggcggtcaagggaacctaggaccgctttgtcgagatacgctaaat 19577198  T
Q  282 gcatcaagacctaaacataagtcattcatgacatgttcttagactggacgattggggagttac 344  Q
    ||||||||| |||||||||| | |||||||||||| || || ||||||||||  |||||||||    
T  19577197 gcatcaagatctaaacataacttattcatgacatgctcctaaactggacgatcagggagttac 19577135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 18 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 23808383 - 23808089
Alignment:
Q  18 aaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcggggaaacctagagttaccacatgtctacaatacaa 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||| ||  ||||||||||||||||  || ||||| ||||||||| ||||    
T  23808383 aaggattgggatgagacataatgtctcagtgaggtctacctaatcctaggctatgggcgacctcggggaaacctacggtcaccacgtgtctacaacacaa 23808284  T
Q  118 cctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagtcttgt 217  Q
    ||   |||||||||||||||||| ||| ||| | ||||||||  |||||||||| ||   ||||||||||||| | |||||| |||  ||||||||||||    
T  23808283 ccattcggttgattatacgtgtggggaacatacatacctagatggtcgtgcataatagggccgtcataaggttatatgtatcataggctataagtcttgt 23808184  T
Q  218 cttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatga 312  Q
    | | ||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||| ||  ||| ||||||||||||||||||||   |||| ||||| ||||||||||    
T  23808183 catatactctacatgtcatggcggtcacgggaacctaagaccacttcatcaagatacgataaacgcatcaaagtctaatcataaatcattcatga 23808089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 19 - 316
Target Start/End: Original strand, 25238805 - 25239104
Alignment:
Q  19 aggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcgggg--aaacctagagttaccacatgtctacaataca 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||  | ||||||| |||||  |||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  25238805 aggattgggatgagacataatgtctcagtgagttctacctaatcttaggccgttggtaaccacgggggaaaacctagggttaccacgtgtctacaataca 25238904  T
Q  117 acctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagtcttg 216  Q
    ||    ||||||||||||| |||||||| ||||| || | |||| |||||||||||||   |||||||||||||||  || || |||  || |||||||     
T  25238905 actattcggttgattatacttgtgtggaacatgcgtatccagacggtcgtgcatactaggaccgtcataaggttctacgtctcataggctacaagtcttt 25239004  T
Q  217 tcttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatgacatg 316  Q
     | | ||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||| |||||   ||||||||||||    
T  25239005 ccatatactctacatgtcatggcggtcaagggaagctaagaccgctatatcaagatacgataaacgcatcaaggtctaatcataaaatattcatgacatg 25239104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 14 - 312
Target Start/End: Original strand, 30613121 - 30613420
Alignment:
Q  14 aaataaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcggggaaacctagagttaccacatgtctacaat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| || || |||||||||| ||| ||||| ||||||||||    
T  30613121 aaataaggattgggatgagacataatgtctcagtgagttctacctaatcctaggctataggtgacttcagggaaacctaaagtcaccacgtgtctacaat 30613220  T
Q  114 acaacctgacggttgattatacgtgtgt-ggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||  | ||| ||| ||||| ||||||||||| |   |||||||||| |||||  |    || | | || ||    
T  30613221 acaacctgacggttgattatacgtgtgtggggacttgcatacttagacggtcgtgcatacgagggccgtcataagattcttcatgatataacatgtaggt 30613320  T
Q  213 cttgtcttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatga 312  Q
     |||||||  |   ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| || ||||| | ||   ||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  30613321 attgtcttacatcatacatgtcatggcggtcaagggaacctaagaccgttatgtcaagatatgctaggtgcatcgagacctaaacataactcattcatga 30613420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 17 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 21540015 - 21539850
Alignment:
Q  17 taaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctc-ggggaaacctagagttaccacatgtctacaatac 115  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||    
T  21540015 taaggattgggacgagacataatgtctcagtgagttctacctaatcctaggctataggtaacctcgggggaaacctacagtcaccacgtgtctacaatac 21539916  T
Q  116 aacctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtc 182  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||| |||||| | |||| |||||||    
T  21539915 aacctgacggttgattatacgtgtgtcg-tcatgcttgcctagacggtcgtgtaaactagatccgtc 21539850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 18 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 24715916 - 24715763
Alignment:
Q  18 aaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcggggaaacctagagttaccacatgtctacaatacaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||| ||  |||||| |||||| ||  || ||||| ||||||||||||||    
T  24715916 aaggattgggatgagacataaagtctcagtgagttctacctaatcctaggctatgggcgacctcgtggaaacatacggtcaccacgtgtctacaatacaa 24715817  T
Q  118 cctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcata 171  Q
    ||   ||||||||||||| |||||  | | |||||||||| ||  |||||||||    
T  24715816 ccattcggttgattatacatgtgtcaaacttgcttacctaaacgatcgtgcata 24715763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 13 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 25190501 - 25190425
Alignment:
Q  13 aaaataaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaa-tcctaggctataggtaacctcggggaaa 88  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| |||||    
T  25190501 aaaagaaggaatgggatgagacataatgcctcaattagttctacctaagtcctaggctagaggtaacctcgaggaaa 25190425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 222 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 24715716 - 24715664
Alignment:
Q  222 tactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatac 274  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| || ||||||    
T  24715716 tactctacatgtcatggcggtcaagggaacctaagaccgctatgtcaagatac 24715664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 18 - 56
Target Start/End: Complemental strand, 18005621 - 18005583
Alignment:
Q  18 aaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctac 56  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  18005621 aaggattgggatgagatataatgtctcagtgagttctac 18005583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 183; Significance: 6e-99; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 6e-99
Query Start/End: Original strand, 14 - 348
Target Start/End: Original strand, 9344928 - 9345261
Alignment:
Q  14 aaataaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcggggaaacctagagttaccacatgtctacaat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||| ||||||||||    
T  9344928 aaataaggattgggatgagacataatgtctcagtgaattctacctaatcctaggctataggtaacctcgaggaaacctagggtcaccacgtgtctacaat 9345027  T
Q  114 acaacctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagtc 213  Q
    |||||||| |||||||| ||| |||| || ||||||||| |||| || || |||||||||| ||||||| ||||||||||  || ||||||| ||||||     
T  9345028 acaacctgtcggttgataatatgtgt-tgcatcatgctttcctatacagttgtgcatactagatccgtcgtaaggttcttcttaacttagctcataagtg 9345126  T
Q  214 ttgtcttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatgac 313  Q
    || |||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||| ||| || |||||||||||||||||| | |||||||||    
T  9345127 ttttcttctactctaaatgtcatggcggtcaagggaacctaggaccgctttgtcgagatacgctaagcgtatcaagacctaaacataacttattcatgac 9345226  T
Q  314 atgttcttagactggacgattggggagttactaag 348  Q
    |||||| || |||||||||| ||||||||||||||    
T  9345227 atgttcctaaactggacgatcggggagttactaag 9345261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 14 - 339
Target Start/End: Original strand, 26227804 - 26228126
Alignment:
Q  14 aaataaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcgggga-aacctagagttaccacatgtctacaa 112  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  || ||||| ||||| |||    
T  26227804 aaataaggattgagatgagacataatgtcttagtgagttctacctaatcctaggctataggtaacctcggggagaacctatggtcaccacgtgtctgcaa 26227903  T
Q  113 tacaacctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagt 212  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| ||  | |||||  |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||  | ||||||    
T  26227904 tacaacctgtcggttgattatacgtgtgcgg-gcttgcttgtctagacggtcgtgcatactagatccgtcat-aggttcttcgtatcataattgataagt 26228001  T
Q  213 cttgtcttgtactctacatgtcatggcggtcaa-gggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatg 311  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||| || |||| ||||  |||||  | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  26228002 cttgtct--tactctacatgtcatggcggtaaaggggaacctaacaccgcagtgtcgagatacggtaaacgcatcaagacctaaacataactc-ttcatg 26228098  T
Q  312 acatgttcttagactggacgattgggga 339  Q
    ||||| || ||||| ||||||| |||||    
T  26228099 acatgatcctagaccggacgatcgggga 26228126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 14 - 346
Target Start/End: Original strand, 16261581 - 16261911
Alignment:
Q  14 aaataaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcgggg--aaacctagagttaccacatgtctaca 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  |||||||| ||||||||    
T  16261581 aaataaggattgggatgagacataatgtcttagtgagttctacctaatcctaggctataggtaacctcgggggaaaacctaaggttaccacgtgtctaca 16261680  T
Q  112 atacaacctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataag 211  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| || ||||||||||    |||||||||||| |   || | | | ||| |||    
T  16261681 atacaacttgtcggttgattatacgtgtgtggagcattcttacctagacggtagtgcatactaggatcgtcataaggttttacataacatgggttacaag 16261780  T
Q  212 tcttgtcttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatg 311  Q
    | ||||| | |  ||||||||||||||||||| ||||| ||||  ||  |||  | || ||||||| | |||||| | |||||||||| | |||||||||    
T  16261781 ttttgtcatct--tctacatgtcatggcggtcgagggaacctaatactactacttaga-atacgat-atcgcatcgaaacctaaacattaatcattcatg 16261876  T
Q  312 acatgttcttagactggacgattggggagttacta 346  Q
    ||||| || || |||||||||| |||||| |||||    
T  16261877 acatggtcctaaactggacgatcggggagatacta 16261911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 18 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 15594373 - 15594249
Alignment:
Q  18 aaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcggggaaacctagagttaccacatgtctacaatacaa 117  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  15594373 aaggattgggataagacataatgtctcagtgagttctacctaatcctaggctataggaaacctcagggaaacctatagttaccacatgtctacaacacaa 15594274  T
Q  118 cctgacggttgattatacgtgtgtg 142  Q
    ||   ||||||||||||||| ||||    
T  15594273 ccattcggttgattatacgtttgtg 15594249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 22 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 14733752 - 14733632
Alignment:
Q  22 attgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcggggaaacctagagttaccacatgtctacaatacaacctg 121  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  || ||||||||| ||||| ||||||      
T  14733752 attgggatgagacatattgtctcagtgagttttacttaatcctaggctataggcaacctcggggaaacctatggtcaccacatgtatacaacacaaccat 14733653  T
Q  122 acggttgattatacgtgtgtg 142  Q
     ||||||||||||||||||||    
T  14733652 tcggttgattatacgtgtgtg 14733632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 25 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 9340797 - 9340650
Alignment:
Q  25 gggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcggggaaacctagagttaccacatgtctacaatacaacctgacg 124  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  || ||||| ||||||||| ||||||   ||    
T  9340797 gggatgagacataatgtctcagtgagttctacctaatcctaggctagaggtaacctcgaggaaacctatggtcaccacgtgtctacaacacaaccattcg 9340698  T
Q  125 gttgattatacgtgtgtgga-tcatgcttacctagaccgtcgtgcata 171  Q
    |||||||||||||||||| | |||||| |||||| ||  |||||||||    
T  9340697 gttgattatacgtgtgtgaactcatgcatacctaaacgatcgtgcata 9340650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 123 - 348
Target Start/End: Original strand, 21082231 - 21082456
Alignment:
Q  123 cggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagtcttgtcttgt 222  Q
    ||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||| |||||||||||||   ||||| |||||||||  | ||| |||| || ||||||| || | |    
T  21082231 cggttgattatacgtttgtgtaacatgcttacctagacggtcgtgcatactatgaccgtcgtaaggttctacgcatcatagcctacaagtcttatcatat 21082330  T
Q  223 actctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatgacatgttctta 322  Q
      |||| |||||||||||||| ||||| ||||  ||| |||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||| || |     
T  21082331 gttctagatgtcatggcggtcgagggaacctaaaacctctacgtcaagatacgataaacgcatcaagacctaaacataaacctttcataacatgatcctg 21082430  T
Q  323 gactggacgattggggagttactaag 348  Q
     ||||||| || |||||| |||||||    
T  21082431 aactggacaatcggggaggtactaag 21082456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 26 - 142
Target Start/End: Original strand, 6634596 - 6634713
Alignment:
Q  26 ggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcc-taggctataggtaacctcggggaaacctagagttaccacatgtctacaatacaacctgacg 124  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||  |||||||  |||||| || ||||||   ||    
T  6634596 ggatgagacataatgtctcactgagttctacctaatccctaggctataggcaacctcagggaaacctatggttaccatgtgtctagaacacaaccattcg 6634695  T
Q  125 gttgattatacgtgtgtg 142  Q
    ||||||||||||||||||    
T  6634696 gttgattatacgtgtgtg 6634713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 178; Significance: 6e-96; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 6e-96
Query Start/End: Original strand, 14 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 24058503 - 24058187
Alignment:
Q  14 aaataaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcgggg-aaacctagagttaccacatgtctacaa 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||    
T  24058503 aaataaggattgggatgagacataatgtctcagtgagttctacctaatcccaggctataggtgacctcggggaaaacctagggtcaccacgtgtctacaa 24058404  T
Q  113 tacaacctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagt 212  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||  |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||| | |||||||| ||||| || || ||||||    
T  24058403 tacaacctgccgattgattatacgtgtgtggaatatgcttacttagacggtcgtgcatactagatccgtcgt-aggttcttcgtatcataactcataagt 24058305  T
Q  213 cttgtcttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatga 312  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  24058304 cttgtct--tactctacatgtcatggcggtcaagggaacctaagaccgttatgtcgagatacgataaacgcatc-agacctaaacataagacattcatga 24058208  T
Q  313 catgttcttagactggacgat 333  Q
    || |||| || ||||||||||    
T  24058207 cacgttcctaaactggacgat 24058187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 14 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 10216607 - 10216272
Alignment:
Q  14 aaataaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcggggaaa-cctagagttaccacatgtctacaa 112  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||    
T  10216607 aaataaggattgggatgagacacaatgtcttagtgagttctacctaatcctaggctataggtaacctcggggaaaacctagggtcaccacgtgtctacaa 10216508  T
Q  113 tacaacctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagt 212  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||| | || |||||  ||| |||||||| |||| | |||||||||||||||||||||| ||  | |||||     
T  10216507 tacaacgtgatggttgattatacgtgtgtggagcttgtttaccctgacggtcgtgcacactagagccgtcataaggttctttgtatcataagtcataagg 10216408  T
Q  213 cttgtcttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatga 312  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||||| ||||| |||||||| |||||| ||| | ||||||||    
T  10216407 cttgtcttgcattctacatgtcatggcggtcaagggaacctaggactgctttgtcgagatacgctaaacacatcaagatctaaacgtaacttattcatga 10216308  T
Q  313 catgttcttagactggacgattggggagttactaag 348  Q
    ||||||| || |||||||||| | ||||||||||||    
T  10216307 catgttcctaaactggacgatcgaggagttactaag 10216272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 14 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 43517250 - 43516928
Alignment:
Q  14 aaataaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcgggg-aaacctagagttaccacatgtctacaa 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||     
T  43517250 aaataaggattgggatgagacataatgtctcagtgagttctacctaatcctaggctataggtaacctcgggggaaacctagggttaccacgtgtctacat 43517151  T
Q  113 tacaacctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagt 212  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||   | ||||| ||||||| || |||||||||| ||| |||||| |||||||  |||||||||| | | ||    
T  43517150 tacaacctgccggttgattatacgtgtgtgcg-cttgcttgcctagacggttgtgcatactagatctgtcata-ggttcttcatatcttagctcaaaggt 43517053  T
Q  213 cttgtcttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatga 312  Q
    ||| |||||  ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  43517052 cttttcttg--ctctacatgtcatggcggtcaagagaacctagaaccgctatgtcgagatacgataaatgcatcccgacctaaacataagtcattcatga 43516955  T
Q  313 catgttcttagactggacgattgggga 339  Q
    |||| || ||||| |||| || |||||    
T  43516954 catgatcctagaccggacaatcgggga 43516928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 14 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 23308858 - 23308557
Alignment:
Q  14 aaataaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcgggg-aaacctagagttaccacatgtctacaa 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||| |||| |||||||  || ||||  |||||||||    
T  23308858 aaataaggattgggatgagacataatgtctcagtgagttctacctagtcctaggctataggtaaccttgggggaaacctatggtcaccatgtgtctacaa 23308759  T
Q  113 tacaacctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||| | |||  || ||||||||||  || ||||||||| | ||    
T  23308758 tacaacctgacggttgattatacgtgtgtggaacatgcttacctagacggttgtgcataccagatctatcttaaggttcttattaacttagcttacaggt 23308659  T
Q  213 cttgtcttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatga 312  Q
    |||||| |  |  |||| ||||||| ||||||||||| |||| ||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  23308658 cttgtcgtacatcctacgtgtcatgacggtcaagggaacctaagactgctatatcaagatacgctaaacgcatcaagacctaaacataactaattcatga 23308559  T
Q  313 ca 314  Q
    ||    
T  23308558 ca 23308557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 19 - 174
Target Start/End: Original strand, 8046550 - 8046706
Alignment:
Q  19 aggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcggggaaa-cctagagttaccacatgtctacaatacaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  || ||||| ||||||||||||||    
T  8046550 aggattgggatgagacataatgtctcagtgagttctacctaatcctagactataggtaacctcggggaaaacctatggtcaccacgtgtctacaatacaa 8046649  T
Q  118 cctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatacta 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||    
T  8046650 cctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttgtctagacggtcgtgcatacta 8046706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 99 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 24090896 - 24090706
Alignment:
Q  99 ccacatgtctacaatacaacctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtat 198  Q
    |||| |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||| |||||||| |||| ||||||| | | ||||||  ||     
T  24090896 ccacgtgtctagaatacaatctgtcggttgattatacgtgtgtgggtaatgctttcctagacggtcgtgcacactagatccgtcgt-atgttcttcttaa 24090798  T
Q  199 cttagcttataagtcttgtcttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagac 291  Q
    |||  | |||| |||||| |||  |   ||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||  || |||||||  |||| |||||||||    
T  24090797 cttgtcatataggtcttg-cttacatcatacgtgtcatggcggtcaagggatcttaggaccgctaactcaagatacgcaaaacacatcaagac 24090706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 177; Significance: 2e-95; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 14 - 341
Target Start/End: Original strand, 39888108 - 39888430
Alignment:
Q  14 aaataaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcggggaaacctagagttaccacatgtctacaat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||| ||||||||||    
T  39888108 aaataaggattgggatgagacataatgtctcagtgagttctacccaatcctaggctataggtaacctcggggaaacctatggtcaccacgtgtctacaat 39888207  T
Q  114 acaacctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagtc 213  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||| || ||||||||| | |||||| | |||||||| ||||| || ||   |||||    
T  39888208 acaacctgccggttgattatacgtgtgtgg-gcttgctttcctagacggttgtgcatact-agtccgtcgt-aggttcttcgtatcataactcccaagtc 39888304  T
Q  214 ttgtcttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatgac 313  Q
    ||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  39888305 ttgtct--tactttacatgtcatggcggtcaagggaacctaggaccgctatgtcgagatacgataaacgcatcgagacctaaacataactcattcatgac 39888402  T
Q  314 atgttcttagactggacgattggggagt 341  Q
    |||||| || |||||| |||||||||||    
T  39888403 atgttcctaaactggatgattggggagt 39888430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 14 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 15562400 - 15562074
Alignment:
Q  14 aaataaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacc-tcggggaaacctagagttaccacatgtctacaa 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||| | |||||||||||| || ||||| |||||||||    
T  15562400 aaataaggattgggatgagacataatgtctcagtgagttctacctgatcctaggctataggtaaccttgggggaaacctagggtcaccacgtgtctacaa 15562301  T
Q  113 tacaacctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagt 212  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| | ||||||||  |||| || || ||||      
T  15562300 tacaacctgccggttgattatacgtgtgtgg-gcttgcttgcctagacggtcgtgcatactagatccgtcgt-aggttcttcatatcataactcataa-- 15562205  T
Q  213 cttgtcttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatga 312  Q
       | |||||||| | ||||||| |||||||||| || ||||| ||||||||||||| |||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  15562204 ---ggcttgtactatccatgtcaaggcggtcaagcgaacctagtaccgctatatcgaaatacaatgaatgcatcaagacctaaacataactcattcatga 15562108  T
Q  313 catgttcttagactggacgattggggagttacta 346  Q
    ||||||| || |||||||||| ||| ||||||||    
T  15562107 catgttcctaaactggacgatcgggaagttacta 15562074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 19 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 17147968 - 17147687
Alignment:
Q  19 aggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcg-gggaaacctagagttaccacatgtctacaatacaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  17147968 aggattgggatgagacataatgtctcagtgagttctacctaatcctatgctataagtaacctcgagggaaacctagggtcaccacatgtctacaatacaa 17147869  T
Q  118 cctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagtcttgt 217  Q
    ||  ||||||||||||||  ||||| | ||| |||||||||||  || |||||||||     ||||||||| ||||  ||||||| |||| | || || |    
T  17147868 ccaaacggttgattatac--gtgtgaaacatacttacctagacgatcttgcatactagtatagtcataaggctcttcatatcttaacttacacgtatttt 17147771  T
Q  218 cttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataa 301  Q
    | | ||   ||||| ||| || |||||||||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17147770 catatatcatacatatcacggaggtcaagggaacctaagaccgctacgtcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataa 17147687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 14 - 185
Target Start/End: Original strand, 10827314 - 10827476
Alignment:
Q  14 aaataaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcggggaaacctagagttaccacatgtctacaat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||         |||    
T  10827314 aaataaggattgggatgagacataatgtctcagtgagttctacctaatcctaggctataggtaacctcggggaaacctagggtcacca---------aat 10827404  T
Q  114 acaacctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcata 185  Q
    || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||    
T  10827405 actacctgtcggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagacggtcgtgcatactgtatccgtcata 10827476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 14 - 185
Target Start/End: Original strand, 11021106 - 11021268
Alignment:
Q  14 aaataaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcggggaaacctagagttaccacatgtctacaat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||         |||    
T  11021106 aaataaggattgggatgagacataatgtctcagtgagttctacctaatcctaggctataggtaacctcggggaaacctagggtcacca---------aat 11021196  T
Q  114 acaacctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcata 185  Q
    || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||    
T  11021197 actacctgtcggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagacggtcgtgcatactgtatccgtcata 11021268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 18 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 11245891 - 11245765
Alignment:
Q  18 aaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcc-taggctataggtaacctcggggaaa-cctagagttaccacatgtctacaatac 115  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||| || ||||||| ||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||    
T  11245891 aaggaatgggaggagacataatgtctcagtgagttctacctaagccctaggctagaggtaacctcggggaaaacctacggttaccacatgtctacaatac 11245792  T
Q  116 aacctgacggttgattatacgtgtgtg 142  Q
    |||| |  ||||||| |||||||||||    
T  11245791 aaccggttggttgatgatacgtgtgtg 11245765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 18 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 11246336 - 11246210
Alignment:
Q  18 aaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaa-tcctaggctataggtaacctcgggg-aaacctagagttaccacatgtctacaatac 115  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||  ||||||||| |||||||||||||| |||||||  |||||||| |||| |||||||    
T  11246336 aaggaatgggaggagacataatgtctcattgagttctacctaagccctaggctagaggtaacctcggggaaaacctacggttaccacgtgtccacaatac 11246237  T
Q  116 aacctgacggttgattatacgtgtgtg 142  Q
    |||| | |||||||| ||| |||||||    
T  11246236 aaccggtcggttgatgatatgtgtgtg 11246210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 234 - 293
Target Start/End: Original strand, 18380425 - 18380484
Alignment:
Q  234 catggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacct 293  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  18380425 catggcggtcaagggaacctaagaccgctacatcaagatacgataaacgcatcaagacct 18380484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 20 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 42786583 - 42786517
Alignment:
Q  20 ggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcggggaa 87  Q
    |||||||| |||||||  |||||||| ||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||||    
T  42786583 ggattggggtgagacaagatgtctcagtgagttccaccta-tcctaggctataggcaacctcggggaa 42786517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 20 - 87
Target Start/End: Original strand, 48477403 - 48477469
Alignment:
Q  20 ggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcggggaa 87  Q
    |||||||| |||||||  |||||||| ||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||||    
T  48477403 ggattggggtgagacaagatgtctcagtgagttccaccta-tcctaggctataggcaacctcggggaa 48477469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 176; Significance: 9e-95; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 9e-95
Query Start/End: Original strand, 14 - 348
Target Start/End: Original strand, 28086025 - 28086354
Alignment:
Q  14 aaataaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcggggaaacctagagttaccacatgtctacaat 113  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||    
T  28086025 aaataaggattggaatgagacataatgtctcagtgagttctacctaatcctaggctataggtaacctcggggaaacctatggtcaccacatgtctacaat 28086124  T
Q  114 acaacctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagtc 213  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||| || ||||||||| | |||||| | ||||||||  ||||||| ||   |||||    
T  28086125 acaacctgccggttgattatacgtgtgtgg-gcttgctttcctagacggttgtgcatact-agtccgtcgt-aggttcttcatatcttaactcccaagtc 28086221  T
Q  214 ttgtcttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatgac 313  Q
    ||||||  || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  28086222 ttgtct--tattctacatgtcatggcggtcaagggaacctaggaccgctatgtcgagatacgataaacgcatcgagacctaaacataactcattcatgac 28086319  T
Q  314 atgttcttagactggacgattggggagttactaag 348  Q
    ||| || || | |||||||| | ||||||||||||    
T  28086320 atggtcctaaattggacgatcgaggagttactaag 28086354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 68 - 348
Target Start/End: Original strand, 11169220 - 11169498
Alignment:
Q  68 ctataggtaacctcgggg-aaacctagagttaccacatgtctacaatacaacctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgt 166  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  11169220 ctataggtaacctcgggggaaacatagggtcaccacatgtctacaatacaacctgccggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagacagttgt 11169319  T
Q  167 gcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagtcttgtcttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatat 266  Q
    ||| |||| ||||||| | |||||||| ||||| || || ||||| ||||  || ||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| |    
T  11169320 gcacactagatccgtcgt-aggttcttcgtatcataactcataaggcttg--ttttactctacatgtcatggcggtcaggggaacctaagaccgctatgt 11169416  T
Q  267 cgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatgacatgttcttagactggacgattggggagttactaag 348  Q
    |||||||| ||||||||| ||| ||||| ||||||  ||||||||||||  || || |||||||||| ||||||||||||||    
T  11169417 cgagataccataaacgcaacaatacctagacataaaccattcatgacatcatcctaaactggacgatcggggagttactaag 11169498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Original strand, 10667721 - 10668010
Alignment:
Q  19 aggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcgggg-aaacctagagttaccacatgtctacaatacaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  10667721 aggattgggatgagacataatgtctcagtgagttctacctaatcctaggttgtaggtaacctcgggggaaacctagggctaccacatgtctacaatacaa 10667820  T
Q  118 cctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagtcttgt 217  Q
    |||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| || ||||||  ||         || |||||||  ||  |||||||| |||| |||     
T  10667821 cctgtcggttgattatacgtgtgtggggcatgcttacctagacggttgtgcatcata-------tgtagggttcttcttaagttagcttacaagttttga 10667913  T
Q  218 cttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatgaca 314  Q
    |    | | ||| |||||||||||| |||||| ||||  ||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  10667914 caaacattatacgtgtcatggcggttaagggaacctaaaaccgcaatatcaagatacgctaaacgcatcaagacctaaacataacttattcatgaca 10668010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 19 - 314
Target Start/End: Original strand, 10881866 - 10882155
Alignment:
Q  19 aggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcgggg-aaacctagagttaccacatgtctacaatacaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  10881866 aggattgggatgagacataatgtctcagtgagttctacctaatcctaggttgtaggtaacctcgggggaaacctagggctaccacatgtctacaatacaa 10881965  T
Q  118 cctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagtcttgt 217  Q
    |||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| || ||||||  ||         || |||||||  ||  |||||||| |||| |||     
T  10881966 cctgtcggttgattatacgtgtgtggggcatgcttacctagacggttgtgcatcata-------tgtagggttcttcttaagttagcttacaagttttga 10882058  T
Q  218 cttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatgaca 314  Q
    |    | | ||| |||||||||||| |||||| ||||  ||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  10882059 caaacattatacgtgtcatggcggttaagggaacctaaaaccgcaatatcaagatacgctaaacgcatcaagacctaaacataacttattcatgaca 10882155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 23 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 10702590 - 10702345
Alignment:
Q  23 ttgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctc-ggggaaacctagagttaccacatgtctacaatacaacctg 121  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||| | ||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  10702590 ttgggatgagacataatgtctcagtgagttctacctaatcgtaggttttaggtaacctctggggaaacctagggctaccacatgtctacaatacaacctg 10702491  T
Q  122 acggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagtcttgtcttg 221  Q
     |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| || |||||||||| |||   | || |||||||  || |||| |||| |||||||| | |     
T  10702490 tcggttgattatacgtgtgtggggcatgcttacctagacggttgtgcatactagatcatacgtagggttcttcttaacttaccttacaagtcttgacata 10702391  T
Q  222 tactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatc 267  Q
     | | ||| |||||| ||||| |||||| ||||  |||||||||||    
T  10702390 cattatacgtgtcatagcggttaagggaacctaaaaccgctatatc 10702345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 23 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 10916360 - 10916115
Alignment:
Q  23 ttgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctc-ggggaaacctagagttaccacatgtctacaatacaacctg 121  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||| | ||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  10916360 ttgggatgagacataatgtctcagtgagttctacctaatcgtaggttttaggtaacctctggggaaacctagggctaccacatgtctacaatacaacctg 10916261  T
Q  122 acggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagtcttgtcttg 221  Q
     |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| || |||||||||| |||   | || |||||||  || |||| |||| |||||||| | |     
T  10916260 tcggttgattatacgtgtgtggggcatgcttacctagacggttgtgcatactagatcatacgtagggttcttcttaacttaccttacaagtcttgacata 10916161  T
Q  222 tactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatc 267  Q
     | | ||| |||||| ||||| |||||| ||||  |||||||||||    
T  10916160 cattatacgtgtcatagcggttaagggaacctaaaaccgctatatc 10916115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 27 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 14827710 - 14827433
Alignment:
Q  27 gatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctc-ggggaaacctagagttaccacatgtctacaatacaacctgacgg 125  Q
    |||||||| |||||||| | ||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||  ||||||||| ||||||   |||    
T  14827710 gatgagacctaatgtcttagtgagttcaacctaatcctaggctataggtaacctcaggggaaacctaggattaccatgtgtctacaacacaaccattcgg 14827611  T
Q  126 ttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagtcttgtcttgtact 225  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||   ||||| |||||||||  ||||| ||||        ||| || | || |    
T  14827610 ttgattatacgtgtgtggagcatgcttacctagacaatcgtgcatactaggaccgtcgtaaggttctaagtatcatagc--------cttatcatatatt 14827519  T
Q  226 ctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatgac 313  Q
    |||||||||||||  || |||||| |||| || |||||  || ||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  14827518 ctacatgtcatgg-agttaagggaacctaaga-cgctacgtcaagatacgatacccgcatcaaaacctaatcataagtcattcatgac 14827433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 14 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 14817826 - 14817645
Alignment:
Q  14 aaataaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctactt--aatcctaggctataggtaacctcggg-gaaacctagagttaccacatgtctac 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |  ||||||| | |||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||    
T  14817826 aaataaggattgggatgagacataatgtctcagtgagttctacctctaatcctatgttataggtaacctcgggtgaaacctagggttaccacgtgtctac 14817727  T
Q  111 aatacaacctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttct 192  Q
    || ||||||   | ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||   ||||||||||||   ||||| |||||||||    
T  14817726 aacacaaccattcagttgattatacatgtgtggagcattcttacctagatgatcgtgcatactaggaccgtcgtaaggttct 14817645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 17 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 14283670 - 14283542
Alignment:
Q  17 taaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaa-tcctaggctataggtaacctcgggg-aaacctagagttaccacatgtctacaata 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||      
T  14283670 taaggattgggatgagacataatgtctcagtgagttctacctaattcctaggctataggtaacctcggggaaaacctagggtcaccacgtgtctacaact 14283571  T
Q  115 caacctgacggttgattatacgtgtgtgg 143  Q
    ||||||| || |||| ||||||| |||||    
T  14283570 caacctgtcgattgagtatacgtatgtgg 14283542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 227 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 14283463 - 14283348
Alignment:
Q  227 tacatgtcatggcggtcaaggg-agcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatgacatg-ttcttaga 324  Q
    |||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||||| |||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| || |    
T  14283463 tacatgtcatggcggtaaaggggaacctagcaccgctatgtcgagatacggtagtcgcatcaagacctaaacataagtctttcatgacatgattcctaaa 14283364  T
Q  325 ctggacgattggggag 340  Q
    | ||||||| ||||||    
T  14283363 ccggacgatcggggag 14283348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 14 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 24697787 - 24697678
Alignment:
Q  14 aaataaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatc----ctaggctataggtaacctcggggaaacctagagttaccacatgtcta 109  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||| |||||    ||||| || ||  |||||||||||||||||  || ||||||||||||    
T  24697787 aaataaggattgggatgataaataatgtctcagtgagttctacctaatcctagctaggatacagacaacctcggggaaacctatggtcaccacatgtcta 24697688  T
Q  110 caatacaacc 119  Q
    ||| ||||||    
T  24697687 caacacaacc 24697678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 18 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 21324398 - 21324330
Alignment:
Q  18 aaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctactta-atcctaggctataggtaacctcgggg 85  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||    
T  21324398 aaggaatgggatgaggcataatgtctcagtgagttctacctaggtcctaggctataggtaacctcgggg 21324330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 18 - 73
Target Start/End: Original strand, 24854540 - 24854595
Alignment:
Q  18 aaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctatag 73  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| || |  ||||||||||||||||    
T  24854540 aaggattgggatgagacataatgtctcagtgagctccatctaatcctaggctatag 24854595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 20 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 2895225 - 2895159
Alignment:
Q  20 ggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcggggaa 87  Q
    |||||||| |||||||  |||||||| ||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||||    
T  2895225 ggattggggtgagacaagatgtctcagtgagttccaccta-tcctaggctataggcaacctcggggaa 2895159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 20 - 87
Target Start/End: Original strand, 5908501 - 5908567
Alignment:
Q  20 ggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcggggaa 87  Q
    |||||||| |||||||  |||||||| ||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||||    
T  5908501 ggattggggtgagacaagatgtctcagtgagttccaccta-tcctaggctataggcaacctcggggaa 5908567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 18 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 15688252 - 15688220
Alignment:
Q  18 aaggattgggatgagacataatgtctcaatgag 50  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15688252 aaggattgggatgagacataaagtctcaatgag 15688220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0240 (Bit Score: 160; Significance: 3e-85; HSPs: 1)
Name: scaffold0240
Description:

Target: scaffold0240; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 14 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 9857 - 9523
Alignment:
Q  14 aaataaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcggggaaac-ctagagttaccacatgtctacaa 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||  |||| || ||||| |||||||||    
T  9857 aaataaggattgggatgagacataatgtctcagtgggttctacctaatcctacgctataggtaacctcggggaaaatctagggtcaccacgtgtctacaa 9758  T
Q  113 tacaacctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagt 212  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||  |||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||| || || || || ||||||    
T  9757 tacaacctgtcgattgattatacgtgtgtggaatatgcttacttagacggtcgtgcatactagatccgtcata-ggttcttcgtgtcataactcataagt 9659  T
Q  213 cttgtcttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatga 312  Q
    ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  || ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||  || |||||    
T  9658 cttgtcttacattctacatgtcatggcggtcaagggaacctaagaccgctacgtcaagatacgataaacgtgtcaagacctaatcataagctatccatga 9559  T
Q  313 catgttcttagactggacgattggggagttactaag 348  Q
    |||| || || |||||| ||| |||||| |||||||    
T  9558 catgatcctaaactggatgatcggggagatactaag 9523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 160; Significance: 3e-85; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 14 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 21339196 - 21338894
Alignment:
Q  14 aaataaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcgggg--aaacctagagttaccacatgtctaca 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| || ||||||||||||||    
T  21339196 aaataaggattgggatgagacataatgtctcagtgagttctacctaatcctaggctataggtaacctcgggggaaaacctagggtcaccacatgtctaca 21339097  T
Q  112 atacaacctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataag 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||| ||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||| ||  | |||||    
T  21339096 atacaacctgacggttgattatacgtgtgtggagcttgcttacccagacggtcgtgcatactagagccgtcatcaggttctttgtatcataagtcataag 21338997  T
Q  212 tcttgtcttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatg 311  Q
     |||| |||  | ||||| ||||||||||||||||||| |||| | ||||||  || |||||||||||||  |||||||||||| ||||| |  ||||||    
T  21338996 gcttgccttacattctacgtgtcatggcggtcaagggaacctaaggccgctacgtcaagatacgataaacatatcaagacctaatcataactatttcatg 21338897  T
Q  312 aca 314  Q
    |||    
T  21338896 aca 21338894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 15 - 348
Target Start/End: Original strand, 22827018 - 22827344
Alignment:
Q  15 aataaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcgggg-aaacctagagttaccacatgtctacaat 113  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||  || ||||  |||||| |||    
T  22827018 aataaggtttgggatgagacatgatgtctcaatgagttctacctaatcctaggctataggtaacctcggggaaaacctatggtcaccaagtgtctaaaat 22827117  T
Q  114 acaacctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagtc 213  Q
    | ||||||   |||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| | |||| |||  |||||||||| ||||       
T  22827118 agaacctggtcgttgattatacgtgtgtgga-cttgcttacctagacggtcgtgcatactagatctgtcgt-aggtgcttcatatcttagctcataa--- 22827212  T
Q  214 ttgtcttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatgac 313  Q
       ||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  22827213 --ctcttgtactatacatgtcatggcggtgaagggaacctaggaccgctatgtcgagatacgagaaacgcatcaagacct-aacataagtcattcatgac 22827309  T
Q  314 atgttcttagactggacgattggggagttactaag 348  Q
    |||||| || |||||||||||||||| ||||||||    
T  22827310 atgttcctaaactggacgattggggaattactaag 22827344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 19 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 19662 - 19337
Alignment:
Q  19 aggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcggggaaa-cctagagttaccacatgtctacaatacaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||    
T  19662 aggattgggatgagacataatgtctcagtgagttctacctaatcctaggctataggtaacctcggggaaaacctagggtcaccacgtgtctacaatacaa 19563  T
Q  118 cctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagtcttgt 217  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||||| | ||||||||||||| |   || | | | ||| |||||||||    
T  19562 cctgtcggttgattatacgtgtgtggagcattcttacctagacggtagtgcatactagaaccgtcataaggttgtacataacatgggttacaagtcttgt 19463  T
Q  218 cttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatgacatgt 317  Q
    |  ||  ||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||  | | |||||||||||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||     
T  19462 c--gtcttctacatgtcatggcggtcaagggaacctaagatcgctacttag-gatacgataaacgcatcaaagcctaaacatagatcattcatgacatgg 19366  T
Q  318 tcttagactggacgattggggagttacta 346  Q
    ||||| |||||||||| |||||| |||||    
T  19365 tcttaaactggacgatcggggagatacta 19337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 14 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 16879113 - 16878800
Alignment:
Q  14 aaataaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcggggaaacctagagttaccacatgtctacaat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  || ||||| ||||||||||    
T  16879113 aaataaggattgggatgagacataatgtctcagtgagttctacctaatcctaggctataggtaacctc-gggaaacctatggtcaccacgtgtctacaat 16879015  T
Q  114 acaacctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagtc 213  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||| || | ||||| ||||||| |||||||||  || ||| ||  | || |||||   ||| || ||   |||||    
T  16879014 acaacctaccggttgattatacgtgtgt-gagcttgcttgcctagacggtcgtgcatcgtagatctgttgt-agattcttcacatcataactcccaagtc 16878917  T
Q  214 ttgtcttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatgac 313  Q
     | |||  |||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  16878916 -tatct--tactttacatgtcatggcggtcgagggaacctaggaccgctatgtcgtgatacgatgaacgcatcgagacctaaacataactcattcatgac 16878820  T
Q  314 atgttcttagactggacgat 333  Q
    |||||| || ||||||||||    
T  16878819 atgttcctaaactggacgat 16878800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 14 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 16991246 - 16990933
Alignment:
Q  14 aaataaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcggggaaacctagagttaccacatgtctacaat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  || ||||| ||||||||||    
T  16991246 aaataaggattgggatgagacataatgtctcagtgagttctacctaatcctaggctataggtaacctc-gggaaacctatggtcaccacgtgtctacaat 16991148  T
Q  114 acaacctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagtc 213  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||| || | ||||| ||||||| |||||||||  || ||| ||  | || |||||   ||| || ||   |||||    
T  16991147 acaacctaccggttgattatacgtgtgt-gagcttgcttgcctagacggtcgtgcatcgtagatctgttgt-agattcttcacatcataactcccaagtc 16991050  T
Q  214 ttgtcttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatgac 313  Q
     | |||  |||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  16991049 -tatct--tactttacatgtcatggcggtcgagggaacctaggaccgctatgtcgtgatacgatgaacgcatcgagacctaaacataactcattcatgac 16990953  T
Q  314 atgttcttagactggacgat 333  Q
    |||||| || ||||||||||    
T  16990952 atgttcctaaactggacgat 16990933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 20 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 21889115 - 21889016
Alignment:
Q  20 ggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcgggg-aaacctagagttaccacatgtctacaatacaac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||| |||||||||    
T  21889115 ggattgggatgagacataatgtctcagtgagttctacctaatcctaggctgtaggtaacctcggggaaaacctagggtcaccacgtgtctgcaatacaac 21889016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 18 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 29791436 - 29791311
Alignment:
Q  18 aaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcc-taggctataggtaacctcggggaaacctagagttaccacatgtctacaataca 116  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| || ||||||| ||||||||| |||||||||||  |||||||| ||||| |||||||    
T  29791436 aaggaatgggatgagacataatgtctcagtgagttctacctaagccctaggctagaggtaaccttggggaaacctacggttaccacgtgtctgcaataca 29791337  T
Q  117 acctga-cggttgattatacgtgtgtg 142  Q
    | ||||  |||||||||||||||||||    
T  29791336 a-ctgattggttgattatacgtgtgtg 29791311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 151; Significance: 8e-80; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 8e-80
Query Start/End: Original strand, 18 - 316
Target Start/End: Original strand, 3575226 - 3575522
Alignment:
Q  18 aaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcgggg--aaacctagagttaccacatgtctacaatac 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||  |||||||| || ||| ||||||||||||||    
T  3575226 aaggattgggatgagacataatgtctcagtgagttctacataatcctaggctatagggaacctcaggggaaaacctagggtcaccgcatgtctacaatac 3575325  T
Q  116 aacctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagtctt 215  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||| || |||||||||| ||||||| || || |||| ||||||||||| | | |||||    
T  3575326 aacctgccggttgattatacgtgtgtggg-cttgcttgcctagacggttgtgcatactagatccgtcgta-ggctcttcgtatcttagctcaaaggtctt 3575423  T
Q  216 gtcttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatgacat 315  Q
    ||||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3575424 gtcttg--ctctacatttcatggcggtcaagggaacctagaaccgttatgtcgagatacgataaatgcattcagacctaaacataagtcattcatgacat 3575521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 14 - 333
Target Start/End: Original strand, 19243175 - 19243491
Alignment:
Q  14 aaataaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcggggaaa-cctagagttaccacatgtctacaa 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||| ||||  || ||||| |||||||||    
T  19243175 aaataaggattgggatgagacataatgtctcagtgagttctacctaaccctaggctataggtaacatcagggaaaacctatggtcaccacgtgtctacaa 19243274  T
Q  113 tacaacctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagt 212  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||  | ||||| ||||||| || ||| |||||| ||||||| || ||||||||| ||||||| | | | ||    
T  19243275 tacaacctgccggttgattatacgtatgtggg-cttgcttgcctagacggttgtgtatactagatccgtcgta-ggttctttgcatcttagttcaaaggt 19243372  T
Q  213 cttgtcttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatga 312  Q
    |||||||||  |||| |||||||||| |||||| ||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  19243373 cttgtcttg--ctcttcatgtcatggaggtcaacggaacctagaaccgctatgtcaagatacgataaacgcatccaaacctaaacataagtcattcatga 19243470  T
Q  313 catgttcttagactggacgat 333  Q
    |||| || || || |||||||    
T  19243471 catgatcctaaaccggacgat 19243491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 77 - 333
Target Start/End: Original strand, 21950092 - 21950343
Alignment:
Q  77 acctcggggaaacctagagttaccacatgtctacaatacaacctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaa 176  Q
    ||||||||||||||||  || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||| |    
T  21950092 acctcggggaaacctatggtcaccacgtgtctacaatacaacctgacggttgattatacgtgtgtgggtcatgcttacctagacggttgtgcatactaga 21950191  T
Q  177 tccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagtcttgtcttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacga 276  Q
    |||||| || |||||||| || ||||||| | | |||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||| ||||| |||||||| | |   |||||    
T  21950192 tccgtcgtagggttctttttaacttagctcaaaggtcttgtcttg--ctctacatatcatggtggtcaagggaacctagaaccgctatgtag---tacga 21950286  T
Q  277 taaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatgacatgttcttagactggacgat 333  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| |||||||    
T  21950287 taaacgcatccagacctaaacataagtcatacatgacatgatcctagaccggacgat 21950343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 19 - 263
Target Start/End: Original strand, 22800488 - 22800732
Alignment:
Q  19 aggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctc-ggggaaacctagagttaccacatgtctacaatacaa 117  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||| || ||||  ||||||||||||||    
T  22800488 aggattgggatgacacataatgtctcaatgagttctacctaatcctacgctataggtaacctcaggggaagcctagggtcaccatgtgtctacaatacaa 22800587  T
Q  118 cctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagtcttgt 217  Q
    | || ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||| |||||||| || || || || |||||||||||    
T  22800588 catgtcggttgattatacatgtgtggaacatgcttacctagacgatcgtgcatactagatccgccat-aggttcttggtgtcataactcataagtcttgt 22800686  T
Q  218 cttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgcta 263  Q
    |||  | || |||||||||||||||||||||| |||| || |||||    
T  22800687 cttacattccacatgtcatggcggtcaagggaacctaagaacgcta 22800732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 19 - 339
Target Start/End: Original strand, 22805286 - 22805598
Alignment:
Q  19 aggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcggggaaacctagagttaccacatgtctacaatacaac 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||||  ||    
T  22805286 aggattgggatgagacataatgtctcattgagttctacctaatcctaggctataggtaacctc-gggaaacctatggttaccacgtgtctacaatattac 22805384  T
Q  119 ctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagtcttgtc 218  Q
    | ||||||||||| |||||||||||| | | ||| ||||||| |||||||||||||||||||||  ||   ||    || | ||  | ||||| ||||||    
T  22805385 ccgacggttgattttacgtgtgtgga-cttacttgcctagacggtcgtgcatactaaatccgtctaaa---tc-cgataacataattgataagacttgtc 22805479  T
Q  219 ttgtactctacatgtcatggcggtcaa-gggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatgacatgt 317  Q
    |  || |||||||||||| ||||| || |||| ||||  |||||| | |||||||||  |||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||     
T  22805480 t--taatctacatgtcatagcggtgaaggggaacctaacaccgctgtgtcgagatacagtaaacgtatcaagacctaaacataactc-ttcatgacatga 22805576  T
Q  318 tcttagactggacgattgggga 339  Q
    || ||||| ||||||| |||||    
T  22805577 tcctagaccggacgatcgggga 22805598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 18 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 381757 - 381633
Alignment:
Q  18 aaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcggggaaacctagagttaccacatgtctacaatacaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||  |||||||| ||||||||| ||||    
T  381757 aaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacctaatcctatgctataggcaacctcggggaaacttatggttaccacgtgtctacaacacaa 381658  T
Q  118 cctgacggttgattatacgtgtgtg 142  Q
    ||   | ||||||||||||||||||    
T  381657 ccattcagttgattatacgtgtgtg 381633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 14 - 294
Target Start/End: Original strand, 7464663 - 7464939
Alignment:
Q  14 aaataaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcggggaaacctagagttaccacatgtctacaat 113  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||| |  || ||||| ||||||||      
T  7464663 aaataaggattggcatgagacataatgtcttagtgagttctacctaatcctaggctataggtgacatcggggaaaccaacggtcaccacgtgtctaca-- 7464760  T
Q  114 acaacctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcat-actaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagt 212  Q
     |||     |||||||||||||||||||  | ||||||| |||| |   |||||||| |||||    || ||||| | ||   |||| |  | || ||||    
T  7464761 ccaa---ttcggttgattatacgtgtgtaaaacatgcttgcctaaatgatcgtgcataactaagattgttataagttcctacatatcattacctacaagt 7464857  T
Q  213 cttgtcttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagaccta 294  Q
    |||||| | | |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  || |||||| ||||||||||  |||||||    
T  7464858 cttgtcatatgctctacatgtcatggcggtcaagggaacctaagaccgctacgtcaagatacaataaacgcattgagaccta 7464939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 14 - 56
Target Start/End: Original strand, 21950051 - 21950093
Alignment:
Q  14 aaataaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctac 56  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21950051 aaataaggattgggatgagacataatgtctcagtgagttctac 21950093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 19 - 142
Target Start/End: Original strand, 36321894 - 36322018
Alignment:
Q  19 aggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctc-ggggaaacctagagttaccacatgtctacaatacaa 117  Q
    |||| |||||||||| | ||||||||| ||| |||||| ||| ||||||||||| | ||||||  || |||||||  |||||||| ||| ||||| ||||    
T  36321894 aggaatgggatgagatacaatgtctcagtgacttctacctaaccctaggctatatgcaacctcaaggaaaacctatggttaccacgtgtttacaacacaa 36321993  T
Q  118 cctgacggttgattatacgtgtgtg 142  Q
    ||   |||||||||||| |||||||    
T  36321994 ccaatcggttgattataggtgtgtg 36322018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0627 (Bit Score: 149; Significance: 1e-78; HSPs: 1)
Name: scaffold0627
Description:

Target: scaffold0627; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 14 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 1701 - 1397
Alignment:
Q  14 aaataaggattgggatgagacataa-tgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcggggaaa-cctagagttaccacatgtctaca 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||||||    
T  1701 aaataaggattgggatgagacataaatgtctcagtgagttctacctaatcctaggctataggtaacctcgggggaatcctagggtcaccacgtgtctaca 1602  T
Q  112 atacaacctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataag 211  Q
     |||||||||||||||||||| ||| ||||||| | |||||||| |||| ||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||| ||  | |||||    
T  1601 ttacaacctgacggttgattaaacgcgtgtggagcttgcttacccagacggtcgtgcatactagagccgtcaaaaggttctttgtatcataagtcataag 1502  T
Q  212 tcttgtcttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatg 311  Q
     ||||||||  | ||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||| ||||||| |||||  |||||||||| | |||||||    
T  1501 gcttgtcttacattctacatgtcatggcagtcgagggaacctaggactgctctatcgagatacgctaaacgcttcaaggtctaaacataacttattcatg 1402  T
Q  312 acatg 316  Q
    |||||    
T  1401 acatg 1397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0042 (Bit Score: 149; Significance: 1e-78; HSPs: 1)
Name: scaffold0042
Description:

Target: scaffold0042; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 14 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 10671 - 10367
Alignment:
Q  14 aaataaggattgggatgagacata-atgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcggggaaa-cctagagttaccacatgtctaca 111  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||||||    
T  10671 aaataaggattgggatgagacatatatgtctcagtgagttctacctaatcctaggctataggtaacctcgggggaatcctagggtcaccacgtgtctaca 10572  T
Q  112 atacaacctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataag 211  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||| ||| | |||||||| |||| |||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| ||  | |||||    
T  10571 atacaacctgacggttgattaaacgcgtgcggagcttgcttacccagacggtcgtgtatactagagccgtcataaggttctttgtatcataagtcataag 10472  T
Q  212 tcttgtcttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatg 311  Q
     ||||||||  | ||||||||||||||| |||||| || |||||||||||| |||||||||||| ||||| | |||||  |||||||||| | |||||||    
T  10471 gcttgtcttacattctacatgtcatggcagtcaagcgaacctaggaccgctctatcgagatacgctaaacacttcaaggtctaaacataacttattcatg 10372  T
Q  312 acatg 316  Q
    |||||    
T  10371 acatg 10367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 14 - 291
Target Start/End: Original strand, 21165005 - 21165281
Alignment:
Q  14 aaataaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcgggg-aaacctagagttaccacatgtctacaa 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||  || ||||| ||| |||||    
T  21165005 aaataaggattgggatgagacataatgtctcagtgagttctacctaatcctaggcaataggtaacctcggggaaaacctatggtcaccacgtgtttacaa 21165104  T
Q  113 tacaacctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagt 212  Q
    || || |||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| | ||||||||| || |||  | || | ||    
T  21165105 tagaatctgacggttggttatacgtgtgtgggtcatgctttcctagacggtcgtgcatactagatccgtcgt-aggttctttttaacttgtcataaaggt 21165203  T
Q  213 cttgtcttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagac 291  Q
    |||| |||  |   ||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||  || ||||||| |||||||||||||||    
T  21165204 cttg-cttacatcatatgtgtcatggcggtcaagggatcctaggaccgctaactcaagatacgctaaacgcatcaagac 21165281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 14 - 192
Target Start/End: Original strand, 22752117 - 22752295
Alignment:
Q  14 aaataaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcggggaaacctagagttaccacatgtctacaat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||| | ||||||||||||||||||||||  || ||||| |||||||||     
T  22752117 aaataaggattgggatgagacataatgtctcagtgagttctacctaatcttaggttgtaggtaacctcggggaaacctacggtcaccacgtgtctacaac 22752216  T
Q  114 acaacctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttct 192  Q
    ||||||   | |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||   ||| |||||||||||    
T  22752217 acaaccattcagttgattatacgtgtgtggaacatgcatacctagacggtcgtgcatactagggccgccataaggttct 22752295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 14 - 348
Target Start/End: Original strand, 21493276 - 21493606
Alignment:
Q  14 aaataaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcggggaaacctagagttaccacatgtctacaat 113  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||   ||||| ||||||||||  || ||||  |||||||||     
T  21493276 aaataaggattgggttgagacataatgtctcagtgagttctacctaatcttaggctatagacgacctc-gggaaacctacggtcaccatgtgtctacaac 21493374  T
Q  114 acaacctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcata-ctaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagt 212  Q
    ||||||   |||||||||    ||||||| | |||||||||||||||  ||||||||| |||||  | |||| |||||||  || || |||| || ||||    
T  21493375 acaaccattcggttgatt----gtgtgtgaaacatgcttacctagacgatcgtgcatatctaaaatcttcatgaggttctacgtgtcatagcctacaagt 21493470  T
Q  213 cttgtcttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatga 312  Q
    |||||| | || | ||||||||||||| || |||||| |||| ||||||||| || |||||||||||| | ||||||| |||  ||||| | ||| || |    
T  21493471 cttgtcatatagtttacatgtcatggcagttaagggaacctaagaccgctatgtcaagatacgataaatgtatcaagatctattcataacttatttataa 21493570  T
Q  313 catgttcttagactggacgattggggagttactaag 348  Q
    |||| || |  |||||||||| |||||| |||||||    
T  21493571 catgatcctgaactggacgatcggggaggtactaag 21493606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 153 - 348
Target Start/End: Original strand, 37984298 - 37984493
Alignment:
Q  153 acctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagtcttgtcttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcc 252  Q
    ||||||||  ||||||||||||  || |||||||||||||| |||||||| ||||  ||||||||| | ||||||||||| || |||| |||||||| ||    
T  37984298 acctagacgatcgtgcatactaggtctgtcataaggttcttcgtatcttaacttaccagtcttgtcatatactctacatgccacggcgttcaagggaacc 37984397  T
Q  253 taggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatgacatgttcttagactggacgattggggagttactaag 348  Q
    || ||||||||  || | ||||||||||| |||||||| |||| ||||| |||||| ||||||| || |  |||||||||| |||||| |||||||    
T  37984398 taagaccgctacgtcaaaatacgataaacacatcaagaactaatcataaatcattcgtgacatgatcctgaactggacgatcggggaggtactaag 37984493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 13 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 21231640 - 21231510
Alignment:
Q  13 aaaataaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctc-ggggaaacctagagttaccacatgtctaca 111  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||  |||||||||| |||||||  ||  |||||||| ||||||||    
T  21231640 aaaatagggaatgggatgagacataacgtctcaatgagttctacttagccctaggcttgaggtaacctcaggggaaaaatacggttaccacgtgtctaca 21231541  T
Q  112 atacaacctgacggttgattatacgtgtgtg 142  Q
    |||||| |    |||||||||||| ||||||    
T  21231540 atacaatcgattggttgattatacatgtgtg 21231510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 24 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 21218354 - 21218293
Alignment:
Q  24 tgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcgggg 85  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||||  ||  ||||||||| |||||| |||||||    
T  21218354 tgggatgagacataacgtctcagtgagttctatctagccctaggctagaggtaatctcgggg 21218293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 18 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 16080242 - 16080210
Alignment:
Q  18 aaggattgggatgagacataatgtctcaatgag 50  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16080242 aaggattgggatgagacataatgtctcagtgag 16080210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0188 (Bit Score: 98; Significance: 3e-48; HSPs: 1)
Name: scaffold0188
Description:

Target: scaffold0188; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 19 - 340
Target Start/End: Original strand, 12872 - 13197
Alignment:
Q  19 aggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctcg-gggaaacctagagttaccacatgtctacaatacaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||| | ||| | ||||||| ||||    
T  12872 aggattgggatgagacataatgtctcagtgagttctacctaatcctaggctataggcaacctcgaggaaaacctagagtca-cacgtctctacaacacaa 12970  T
Q  118 cctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgc----ttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagtc 213  Q
    ||   ||||| |||||||||||||||| |||||    ||||||||||  |||||||||||||   ||| |||||||| |  ||||| || | ||||||||    
T  12971 ccattcggtttattatacgtgtgtggaacatgcttaattacctagacgatcgtgcatactaatatcgtaataaggttttacgtatcataacctataagtc 13070  T
Q  214 ttgtcttgtactctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatgac 313  Q
    ||||| | |  |||| ||| || | |  |||||||| |||| || ||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  13071 ttgtcatatgttctaaatgccacgacaatcaagggaacctaagatcgctacatgaagatacgctaaacgcatcaagacctaaacataactcattcatggc 13170  T
Q  314 atgttcttagactggacgattggggag 340  Q
    ||| || |  |||||||||| ||||||    
T  13171 atgatcctgaactggacgatcggggag 13197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0047 (Bit Score: 83; Significance: 3e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold0047
Description:

Target: scaffold0047; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 27 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 24521 - 24244
Alignment:
Q  27 gatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctc-ggggaaacctagagttaccacatgtctacaatacaacctgacgg 125  Q
    |||||||| |||||||| | ||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||  ||||||||| ||||||   |||    
T  24521 gatgagacctaatgtcttagtgagttcaacctaatcctaggctataggtaacctcaggggaaacctaggattaccatgtgtctacaacacaaccattcgg 24422  T
Q  126 ttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagtcttgtcttgtact 225  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||   ||||| |||||||||  ||||| ||||        ||| || | || |    
T  24421 ttgattatacgtgtgtggagcatgcttacctagacaatcgtgcatactaggaccgtcgtaaggttctaagtatcatagc--------cttatcatatatt 24330  T
Q  226 ctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatgac 313  Q
    |||||||||||||  || |||||| |||| || |||||  || ||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  24329 ctacatgtcatgg-agttaagggaacctaaga-cgctacgtcaagatacgatacccgcatcaaaacctaatcataagtcattcatgac 24244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 83; Significance: 3e-39; HSPs: 2)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 27 - 313
Target Start/End: Original strand, 11999 - 12276
Alignment:
Q  27 gatgagacataatgtctcaatgagttctacttaatcctaggctataggtaacctc-ggggaaacctagagttaccacatgtctacaatacaacctgacgg 125  Q
    |||||||| |||||||| | ||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||  ||||||||| ||||||   |||    
T  11999 gatgagacctaatgtcttagtgagttcaacctaatcctaggctataggtaacctcaggggaaacctaggattaccatgtgtctacaacacaaccattcgg 12098  T
Q  126 ttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttctttgtatcttagcttataagtcttgtcttgtact 225  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||   ||||| |||||||||  ||||| ||||        ||| || | || |    
T  12099 ttgattatacgtgtgtggagcatgcttacctagacaatcgtgcatactaggaccgtcgtaaggttctaagtatcatagc--------cttatcatatatt 12190  T
Q  226 ctacatgtcatggcggtcaagggagcctaggaccgctatatcgagatacgataaacgcatcaagacctaaacataagtcattcatgac 313  Q
    |||||||||||||  || |||||| |||| || |||||  || ||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  12191 ctacatgtcatgg-agttaagggaacctaaga-cgctacgtcaagatacgatacccgcatcaaaacctaatcataagtcattcatgac 12276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 14 - 192
Target Start/End: Original strand, 21885 - 22066
Alignment:
Q  14 aaataaggattgggatgagacataatgtctcaatgagttctactt--aatcctaggctataggtaacctcggg-gaaacctagagttaccacatgtctac 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |  ||||||| | |||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||    
T  21885 aaataaggattgggatgagacataatgtctcagtgagttctacctctaatcctatgttataggtaacctcgggtgaaacctagggttaccacgtgtctac 21984  T
Q  111 aatacaacctgacggttgattatacgtgtgtggatcatgcttacctagaccgtcgtgcatactaaatccgtcataaggttct 192  Q
    || ||||||   | ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||   ||||||||||||   ||||| |||||||||    
T  21985 aacacaaccattcagttgattatacatgtgtggagcattcttacctagatgatcgtgcatactaggaccgtcgtaaggttct 22066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University