View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18320_low_6 (Length: 532)

Name: NF18320_low_6
Description: NF18320
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18320_low_6
NF18320_low_6
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (19-522)||(35169413-35169916)
chr2 (24-522)||(35177704-35178202)
chr2 (175-493)||(35105782-35106100)
chr2 (175-522)||(35183702-35184049)
chr2 (175-493)||(35054869-35055187)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (175-487)||(25484270-25484582)
chr7 (175-413)||(25636511-25636749)
chr7 (177-410)||(25478816-25479049)
chr7 (182-413)||(25442326-25442557)
chr7 (178-522)||(25436222-25436566)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (175-287)||(500322-500434)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 488; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 488; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 35169916 - 35169413
Alignment:
Q  19 gtatgttcatttcatatacaacagacatgttgttctcatggaggtccttgctcctgcaaccatttcgggctctgctgggtcgtttttcgttttccaattc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35169916 gtatgttcatttcatatacaacagacatgttgttctcatggaggtccttgctcctgcaaccatttcgggctctgctgggtcgtttttcgttttccaattc 35169817  T
Q  119 tggccagcgagttacaactttttctggtccttccattgattccagtggagtgcatggctataaatacgatgtgtttatcagtttcagaggcgttgacacc 218  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  35169816 tggccagcgaggtacaactttttctggtccttccattgattccagtggagtgcatggctataaatacgatgtgtttatcagtttcagaggcgctgacacc 35169717  T
Q  219 cgtaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaactagaaagggtgttttcgccttcaaggatgataaaaggctagagaaaggagaatgcctttcaa 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  35169716 cgtaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaactagaaagggtgttttcgccttcaaggatgataaaaggctagagaaaggagaatgcttttcaa 35169617  T
Q  319 cgcaacatcaacaagcaattacaaattcacggatttctattgttgtcttctcagaaagatatgctgagtcaacatggtgtttggaagaaatggctaccat 418  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35169616 cgcaacatcgacaagcaattacaaattcacggatttctattgttgtcttctcagaaagatatgctgagtcaacatggtgtttggaagaaatggctaccat 35169517  T
Q  419 tgttgaaagatgtaacgatttgcaacgaatagttttccctgttttttatgatattgatccatctcatgtacgaaaagagaatggtgtgtaccagaatgcc 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35169516 tgttgaaagatgtaacgatttgcaacgaatagttttccctgttttttatgatattgatccatctcatgtacgaaaagagaatggtgtgtaccagaatgcc 35169417  T
Q  519 tttg 522  Q
    ||||    
T  35169416 tttg 35169413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 24 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 35178202 - 35177704
Alignment:
Q  24 ttcatttcatatacaacagacatgttgttctcatggaggtccttgctcctgcaaccatttcgggctctgctgggtcgtttttcgttttccaattctggcc 123  Q
    |||||||||| ||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| || ||||||||||| ||||    
T  35178202 ttcatttcatgtacaacagagattttgctctcatggaggtccttgctcctgcaaccatttcgggctctgttaggtcgtttgtcattttccaattcgggcc 35178103  T
Q  124 agcgagttacaactttttctggtccttccattgattccagtggagtgcatggctataaatacgatgtgtttatcagtttcagaggcgttgacacccgtaa 223  Q
    |  ||| |||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    |||||||| ||    
T  35178102 aaggaggtacagctttttccggttcttccattgattccagtggagtgcatagctataaatacgacgtgtttatcagtttcagaggtccagacacccgcaa 35178003  T
Q  224 cacttttgttgatcatctttatgctcatctaactagaaagggtgttttcgccttcaaggatgataaaaggctagagaaaggagaatgcctttcaacgcaa 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||||    
T  35178002 cacttttgttgatcatctttatgctcatctaacaagaaaaggtatttttgcgttcaaggatgataaaaggctcgagaaaggagaatgcctttcgctgcaa 35177903  T
Q  324 catcaacaagcaattacaaattcacggatttctattgttgtcttctcagaaagatatgctgagtcaacatggtgtttggaagaaatggctaccattgttg 423  Q
    | || |||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  35177902 cttcgacaagcaattgcaaattcacggatatctatcgttgtcttctcagaaagatatgctgagtcaacatggtgtttggaagaaatggctactattgttg 35177803  T
Q  424 aaagatgtaacgatttgcaacgaatagttttccctgttttttatgatattgatccatctcatgtacgaaaagagaatggtgtgtaccagaatgcctttg 522  Q
    || |  ||| | ||||   || ||  |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  35177802 aatgtcgtagcaatttcttacaaactgttttccctgttttttatgatatcaatccatctcatgtacgaaaacagaacggtgtgtaccagaatgcctttg 35177704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 7e-75
Query Start/End: Original strand, 175 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 35106100 - 35105782
Alignment:
Q  175 gctataaatacgatgtgtttatcagtttcagaggcgttgacacccgtaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaactagaaagggtgttttcgc 274  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||    ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||| ||    
T  35106100 gctatagatacgacgtgtttatcagtttcagaggtccagacacgcgcaacacttttgtcgatcatctttatgctcatctaaaaagaaagggtatttttgc 35106001  T
Q  275 cttcaaggatgataaaaggctagagaaaggagaatgcctttcaacgcaacatcaacaagcaattacaaattcacggatttctattgttgtcttctcagaa 374  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||  |||||| ||  |||||||||  |||||| ||| ||||||||||||||||||| |||    
T  35106000 cttcaaggatgatcaaaggcttgagaaaggagaatccctttcgccgcaacttcttcaagcaattcaaaattctcgggtttctattgttgtcttctctgaa 35105901  T
Q  375 agatatgctgagtcaacatggtgtttggaagaaatggctaccattgttgaaagatgtaacgatttgcaacgaatagttttccctgttttttatgatattg 474  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||| |||| |  ||||    ||| ||| ||  ||||||||||||||||||||| |||    
T  35105900 agatatgccgagtcaacatggtgtttggaagagatggctactgttgctgaatgccgtaaaagattgaaacaaactgttttccctgttttttatgatgttg 35105801  T
Q  475 atccatctcatgtacgaaa 493  Q
    ||||||||||||| |||||    
T  35105800 atccatctcatgttcgaaa 35105782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 175 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 35184049 - 35183702
Alignment:
Q  175 gctataaatacgatgtgtttatcagtttcagaggcgttgacacccgtaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaactagaaagggtgttttcgc 274  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||| | || | ||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |  |||||| |||||||    
T  35184049 gctatagatatgatgtgtttatcagtttccgtggtgctgacacccgcagcacttttgttgatcatcttcatgctcatctaacaactaagggtattttcgc 35183950  T
Q  275 cttcaaggatgataaaaggctagagaaaggagaatgcctttcaacgcaacatcaacaagcaattacaaattcacggatttctattgttgtcttctcagaa 374  Q
     ||||||||||| ||||| || || |||||||||| ||||||  |||||| || ||||||||||  || ||| |||||||||||||||||||||||  ||    
T  35183949 tttcaaggatgacaaaagacttgaaaaaggagaatccctttcgccgcaacttctacaagcaattcaaagttctcggatttctattgttgtcttctctaaa 35183850  T
Q  375 agatatgctgagtcaacatggtgtttggaagaaatggctaccattgttgaaagatgtaacgatttgcaacgaatagttttccctgttttttatgatattg 474  Q
    |  ||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||| || |||| ||||     ||  || ||| |||  |  ||||||||| |||||||||||   |    
T  35183849 aattatgcggagtcaacattatgtttggaagagatggccactattgctgaatatcatacagaattgaaacagactgttttccctattttttatgatgccg 35183750  T
Q  475 atccatctcatgtacgaaaagagaatggtgtgtaccagaatgcctttg 522  Q
    |||||||||||||||||||| |||  || |||||||||||||||||||    
T  35183749 atccatctcatgtacgaaaacagagcggggtgtaccagaatgcctttg 35183702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 175 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 35055187 - 35054869
Alignment:
Q  175 gctataaatacgatgtgtttatcagtttcagaggcgttgacacccgtaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaactagaaagggtgttttcgc 274  Q
    ||||||||||||  ||||| |||||||| |||||   |||||| || || | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||    
T  35055187 gctataaatacggggtgttcatcagttttagaggtcctgacactcgcaatagttttgttgatcatctttatgctcatctaacaagaaaaggtatttttgc 35055088  T
Q  275 cttcaaggatgataaaaggctagagaaaggagaatgcctttcaacgcaacatcaacaagcaattacaaattcacggatttctattgttgtcttctcagaa 374  Q
    |||||||||||| ||||| || |||||||||||||   ||||| |||| | || ||||||||||  |||||| || |||| |||||||||||||||  ||    
T  35055087 cttcaaggatgacaaaagtcttgagaaaggagaatttatttcaccgcagcttctacaagcaattcgaaattcgcgaatttttattgttgtcttctctaaa 35054988  T
Q  375 agatatgctgagtcaacatggtgtttggaagaaatggctaccattgttgaaagatgtaacgatttgcaacgaatagttttccctgttttttatgatattg 474  Q
    | |||||| || ||||| |||||||||||||| |||||| | |||| |||  | ||| |  ||||  ||| || |||||||||| ||||||||||| |||    
T  35054987 acatatgccgaatcaacttggtgtttggaagagatggctgcaattgctgattgttgtgagtatttcaaacaaacagttttccctattttttatgatgttg 35054888  T
Q  475 atccatctcatgtacgaaa 493  Q
    |||||||| ||||||||||    
T  35054887 atccatctgatgtacgaaa 35054869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 66; Significance: 6e-29; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 175 - 487
Target Start/End: Original strand, 25484270 - 25484582
Alignment:
Q  175 gctataaatacgatgtgtttatcagtttcagaggcgttgacacccgtaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaactagaaagggtgttttcgc 274  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||||   ||||||||||||  | |||||||| ||||| || |||||||| | |||||| ||| ||||| |    
T  25484270 gctatagatacgatgtgttcatcagtttcagaggttctgacacccgtaattcctttgttgaccatctctacgctcatctcaatagaaaaggtattttcac 25484369  T
Q  275 cttcaaggatgataaaaggctagagaaaggagaatgcctttcaacgcaacatcaacaagcaattacaaattcacggatttctattgttgtcttctcagaa 374  Q
    |||||||||||| ||   |||| |||||||||||  | ||||| | |||| || ||||||||||  | | ||||| |||||||| ||||| |||||  ||    
T  25484370 cttcaaggatgacaagcagctacagaaaggagaagccatttcaccccaacttctacaagcaattcaacagtcacgcatttctatcgttgttttctc-caa 25484468  T
Q  375 aga-tatgctgagtcaacatggtgtttggaagaaatggctaccattgttgaaagatgtaacgatttgcaacgaatagttttccctgttttttatgatatt 473  Q
    ||| ||||||   ||||||||||||||||| ||||||||| | |||   |||    | |   ||||| ||| | | ||||||||||||||||||||| ||    
T  25484469 agattatgcttcttcaacatggtgtttggatgaaatggctgctattagcgaatctagaataaatttgaaacaagttgttttccctgttttttatgatgtt 25484568  T
Q  474 gatccatctcatgt 487  Q
    ||||||||||||||    
T  25484569 gatccatctcatgt 25484582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 175 - 413
Target Start/End: Original strand, 25636511 - 25636749
Alignment:
Q  175 gctataaatacgatgtgtttatcagtttcagaggcgttgacacccgtaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaactagaaagggtgttttcgc 274  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||   ||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||   |    
T  25636511 gctataaatatgatgtatttatcagtttcagaggtcctgacacccgcaacacctttgttgaccatctctatgctcatctcactagaaaaggtatttcgac 25636610  T
Q  275 cttcaaggatgataaaaggctagagaaaggagaatgcctttcaacgcaacatcaacaagcaattacaaattcacggatttctattgttgtcttctcagaa 374  Q
    |||||||||||| |||  |||  ||||||| |||| | |||||   |||| |   || ||||||| | |||| ||| |||||||  ||||||||||  ||    
T  25636611 cttcaaggatgacaaatcgcttcagaaaggcgaatccatttcactccaacttttgcaggcaattaaagattcgcgggtttctatcattgtcttctc-caa 25636709  T
Q  375 aga-tatgctgagtcaacatggtgtttggaagaaatggct 413  Q
    ||| ||||||   ||||||||||||||||| |||||||||    
T  25636710 agattatgcttcatcaacatggtgtttggatgaaatggct 25636749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 177 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 25479049 - 25478816
Alignment:
Q  177 tataaatacgatgtgtttatcagtttcagaggcgttgacacccgtaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaactagaaagggtgttttcgcct 276  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||| || |||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||| | |    
T  25479049 tatagatacgacgtgtttatcagtttcagaggtattgacacccgtaaaacctttgctgaccatctctatgctcatctcactagaaaaggtattttcacgt 25478950  T
Q  277 tcaaggatgataaaaggctagagaaaggagaatgcctttcaacgcaacatcaacaagcaattacaaattcacggatttctattgttgtcttctcagaaag 376  Q
    ||| ||||||  |   ||| |||||||| |||| | |||||   |||| || ||| ||||||  | | || ||  ||||||| |||||||||||||||      
T  25478949 tcatggatgaccagcagctcgagaaaggggaatccatttcactccaacttcgacaggcaattcaacaatcgcgtctttctatagttgtcttctcagaaga 25478850  T
Q  377 atatgctgagtcaacatggtgtttggaagaaatg 410  Q
     |||||||  ||||| ||||||||||| ||||||    
T  25478849 ttatgctggctcaacttggtgtttggatgaaatg 25478816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 182 - 413
Target Start/End: Original strand, 25442326 - 25442557
Alignment:
Q  182 atacgatgtgtttatcagtttcagaggcgttgacacccgtaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaactagaaagggtgttttcgccttcaag 281  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||   ||||||||| ||  | |||||||| ||||| || | |||||| |||||||| ||| |||||| |||||||    
T  25442326 atacgatgtgttcatcagttttagaggtcctgacacccgcaattcctttgttgaccatctctacgatcatctcactagaaaaggtattttcgtcttcaag 25442425  T
Q  282 gatgataaaaggctagagaaaggagaatgcctttcaacgcaacatcaacaagcaattacaaattcacggatttctattgttgtcttctcagaaaga-tat 380  Q
    ||||| |||  |||  ||||||| |||| | |||||   |||| |   || ||||||| | |||| ||| |||||||  ||||||||||  ||||| |||    
T  25442426 gatgacaaatcgcttcagaaaggcgaatccatttcactccaacttttgcaggcaattaaagattcgcgggtttctatcattgtcttctc-caaagattat 25442524  T
Q  381 gctgagtcaacatggtgtttggaagaaatggct 413  Q
    |||   ||||||||||||||||| |||||||||    
T  25442525 gcttcatcaacatggtgtttggatgaaatggct 25442557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 178 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 25436566 - 25436222
Alignment:
Q  178 ataaatacgatgtgtttatcagtttcagaggcgttgacacccgtaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaactagaaagggtgttttcgcctt 277  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||   ||| ||||| ||  ||||||||||||||||  |  ||||||||  |||||| ||| ||||  ||||    
T  25436566 ataaatacgatgtgttcatcagttttagaggttctgagacccgcaattcttttgttgatcatctccactctcatctagttagaaaaggtatttttacctt 25436467  T
Q  278 caaggatgataaaaggctagagaaaggagaatgcctttcaacgcaacatcaacaagcaattacaaattcacggatttctattgttgtcttctcagaaaga 377  Q
    ||||||||| ||   |||  | |||||||||  | ||||| | |||| || ||||||||||  |   |||||| ||| |||  |||| |||||| | |||    
T  25436466 caaggatgacaagcagctccaaaaaggagaagccatttcaccccaacttctacaagcaattcgacggtcacgggtttgtatcattgttttctca-agaga 25436368  T
Q  378 t-atgctgagtcaacatggtgtttggaagaaatggctaccattgttgaaagatgtaacgatttgcaacgaatagttttccctgttttttatgatattgat 476  Q
    | |||||   ||||||||||||||||| ||||||||| | |||| ||||    | ||  | ||| ||| | | || |||||||||||||||||| | |||    
T  25436367 ttatgcttcatcaacatggtgtttggatgaaatggctgctattgatgaatctagaaaaaaattgaaacaagttgtattccctgttttttatgatgtcgat 25436268  T
Q  477 ccatctcatgtacgaaaagagaatggtgtgtaccagaatgcctttg 522  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||| |||||  ||||||| ||||    
T  25436267 ccatctcatgttcgaaaacaaaatggagtgtatgagaatgcatttg 25436222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 53; Significance: 4e-21; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 175 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 500434 - 500322
Alignment:
Q  175 gctataaatacgatgtgtttatcagtttcagaggcgttgacacccgtaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaactagaaagggtgttttcgc 274  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||    ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||| ||| ||||| |    
T  500434 gctatagatatgatgtgtttatcagtttcagaggttccgacacacgcaacacttttgttgatcatctctatgctcatctcattagaaaaggtattttcac 500335  T
Q  275 cttcaaggatgat 287  Q
    ||| |||||||||    
T  500334 ctttaaggatgat 500322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University