View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18321_low_1 (Length: 806)

Name: NF18321_low_1
Description: NF18321
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18321_low_1
NF18321_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (10-788)||(49951306-49952094)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 624; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 624; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 788
Target Start/End: Complemental strand, 49952094 - 49951306
Alignment:
Q  10 catcatcaagatatggaagggacattgaattggggaaggagctattcaggagg------aggaggacagcagcatcgtttagatacaaatactcctaatt 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49952094 catcatcaagatatggaagggacattgaattggggaaggagctattcaggaggtggaggaggaggacagcagcatcgtttagatacaaatactcctaatt 49951995  T
Q  104 cagcagcattgatcaatcggtttcaagatggtttctaatgagagtgagagagagattctgtgtgtgattgtgttgatctgttcaatgataacaaaatgtg 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49951994 cagcagcattgatcaatcggtttcaagatggtttctaatgagagtgagagagagattctgtgtgtgattgtgttgatctgttcaatgataacaaaatgtg 49951895  T
Q  204 acagatgctaagggggtgatgatgagtcatnnnnnnnnnnnnnnaatgtggtttggatttattttggtttttatgttaaatttttactacaacagtaact 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49951894 acagatgctaagggggtgatgatgagtcatgagagagagagagaaatgtggtttggttttattttggtttttatgttaaatttttactacaacagtaact 49951795  T
Q  304 aaggacaccttttgagatcattcacacgctcagctactttggcttggagctgtgggatctatgggaattaacaaacgacaagttcgatatcaactgaaac 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49951794 aaggacaccttttgagatcattcacacgctcagctactttggcttggagctgtgggatctatgggaattaacaaacgacaagttcgatatcaactgaaac 49951695  T
Q  404 tttcctatcccctcgattttttccattttaattctaccttccttttgcattttaaacatggagaatgctaacaatttttcttgggtcacttttgttaatg 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49951694 tttcctatcccctcgattttttccattttaattctaccttccttttgcattttaaacatggagaatgctaacaatttttcttgggtcacttttgttaatg 49951595  T
Q  504 aatcatatacaataaatataagtgggtagttagcgatctaaaagtctnnnnnnnnnnnnnnntttaatacaaagtttattttttcccctactcgtataag 603  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49951594 aatcatatacaataaatataagtgggtagttagcgatctaaaagtctaaaaaacgcaaaaaatttaatacaaagtttattttttcccctactcgtataag 49951495  T
Q  604 tgctccaagaatgtttgttagcatatccc-tttaaatataagtgcatgtgttaccttctatatattcatatgtttga-ttttttggttttctttgtttca 701  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  49951494 tgctccaagaatgtttgttagcatctcccttttaagtataagtgcatgtgttaccttctatatattcatatgtttgatttttttggttttctttgtttca 49951395  T
Q  702 ctacctgtttatggtttcaaagtaaca--cttgctctcgaattccgatcgtgcaacaattccatgcatttacatagtaaacacattgat 788  Q
    |||| |||||||||||| ||| |||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49951394 ctacttgtttatggttttaaattaacactcttactctcgaattccgatcgtgcaacaattccatgcatttacatagtaaacacattgat 49951306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University