View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18323_high_1 (Length: 720)

Name: NF18323_high_1
Description: NF18323
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18323_high_1
NF18323_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (19-701)||(4179223-4179910)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 623; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 623; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 701
Target Start/End: Original strand, 4179223 - 4179910
Alignment:
Q  19 aattgagggatgctaccaaatggtattgtactatgagaaggttgaagaggaggatcatgattggtccttaactggttggattgtggaatcacttgctagg 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4179223 aattgagggatgctaccaaatggtattgtactatgagaaggttgaagaggaggatcatgattggtccttaactggttggattgtggaatcacttgctagg 4179322  T
Q  119 gccttattggatcatcctctactagctggtcgagtccaaaaaagggacataacaggattggaaattgtgtctaatgattctggaattcgactattagagg 218  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4179323 gccttattggatcatcctctactggctggtcgagtccaaaaaagggacataacaggattggaaattgtgtctaatgattctggaattcgactcttagagg 4179422  T
Q  219 ctcattaccctacaagcttatctgagttccttgagtcgaataaaaatgaacacgatgatgatcatgaggctcaccttgttttctggaatgaaattgatgg 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4179423 ctcattaccctacaagcttatctgagttccttgagtcgaataaaaatgaacacgatgatgatcatgaggctcgccttgttttctggaatgaaattgatgg 4179522  T
Q  319 ccaatttcctctgttctctcccctcttttatgttcaggcaaatatattcacatatttattttatttaatttttggtaaatgatgttcatgttgaggtagc 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4179523 ccaatttcctctgttctctcccctcttttatgttcaggcaaatatattcacatatttattttatttaatttttggtaaatgatgttcatgttgaggtagc 4179622  T
Q  419 atatatcaaacctagatcatctatagtcgttttaggttgcagtcgattgttgttcattagattaagagagataatatctatctctcttaatctaatggtc 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4179623 atatatcaaacctagatcatctatagttgttttaggttgcagtcgattgttgttcattagattaagagagataatatctatctctcttaatctaatggtc 4179722  T
Q  519 tacaaccgacccgcaccataaagtcgattatactgggtccaatgtat-----ctgttaatgaatttgagtttgatcagatatacaatttaatttgtagat 613  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4179723 tacaaccgacccgcaccataaagttgattatactgggtccaatgtatcgtacctgttaatgaatttgagtttgatcagatatacaatttaatttgtagat 4179822  T
Q  614 gtggnnnnnnncttcaggtgacaaacttcaaatgtggaggatactcaatcggcattagttgtagcctcctcttggcagaggttttggt 701  Q
    ||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4179823 gtggtttttttcttcaggtgacaaacttcaaatgtggaggatactcaatcggcatttgttgtagcctcctcttggcagaggttttggt 4179910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University