View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18331_low_1 (Length: 1104)

Name: NF18331_low_1
Description: NF18331
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18331_low_1
NF18331_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (18-1087)||(36964134-36965232)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 895; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 895; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1087
Target Start/End: Complemental strand, 36965232 - 36964134
Alignment:
Q  18 aggaagacatgatttagtttagttgtttcctttgatgacatatttttcactgcagctttaatcaaaatgtaacagctaaaccttaataagttgctgggtt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  36965232 aggaagacatgatttagtttagttgtttcctttgatgacatatttttcactgcagctttaatcaaaatgtaacagctaaaccttaataagttgctggttt 36965133  T
Q  118 actatattcaacaaaacatggaattacctttttcagatcaatccattggaaaaactcagttggtttattatcatcatagaccactttatgctctccctgc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36965132 actatattcaacaaaacatggaattacctttttcagatcaatccattggaaaaactcagttggtttattatcatcatagaccactttatgctctccctgc 36965033  T
Q  218 aatgaattgaaatttcagattatgaccaaattgttaaaacgttacaaatgtttttagttaaggttgtagacatcaaaattgagacacaaataactaatgt 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36965032 aatgaattgaaatttcagattatgaccaaattgttaaaacgttacaaatgattttaggtaaggttgtagacatcaaaattgagacacaaataactaatgt 36964933  T
Q  318 tgcatatttgtcatttttgtaacctatacctttacgaaannnnnnnnnnnnnnngga-ttttacatgtgaaaatatttagacatatcaatctgaaaaggg 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36964932 tgcatatttgtcatttttgtaacctatacctttacgaaaccccccaaaaaaaaaagatttttacatgtgaaaatatttagacatatcaatctgaaaaggg 36964833  T
Q  417 attttaacagctataaatttcgagttaaatatatcaccgtggcagggtcataatcagtaatctcggcaagctctgaccatttaatacgaactttcttccc 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  36964832 attttaacagctataaatttcgagttaaatatatcaccg-ggcagggtcataatcagtaatctcggcaagctctgaccatttaatacgaagtttcttccc 36964734  T
Q  517 aat-aatatatctaaagttgctgctttagcaggttcaacttgaacagaatgatcctccacagacttcactgaagataaaaacccggccaatggttgatcc 615  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36964733 aatcaatatatctaaagttgctgctttagcaggttcaacttgaacagaatgatcctccacagacttcactgaagataaaaacccggccaatggttgatcc 36964634  T
Q  616 tggacccaaaatcggtagcagcaaaacaaaagaaaaatagacctcatcaatacatgtttttcctttgcatttctctaatataaagaattaaagctagcct 715  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36964633 tggacccaaaattggtagcagcaaaacaaaagaaaaatagacctcatcaatacatgtttttcctttgcatttctctaatataaagaattaaagctagcct 36964534  T
Q  716 att------------aacgtaattctctacaatataaaaaattgagaccccaaggcaaaccgtgactacaac---------agtgttgatcagtggctgc 794  Q
    |||            ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||    
T  36964533 attaatgccacactgaacgtaattctctacaatataaaaaattgcgaccccaaggcaaaccgtgactacaacagtgttgaaagtgttgatcagtggctgc 36964434  T
Q  795 tgttctgagttgtcacatcattaatgcatgaatactcatatacatgatca------tattcacatcatatacaagacaatgttgattaccatttaagaat 888  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36964433 tgttctgagttgtcacatcattaatgcatgaatactcatatacatgatcatattattattcacatcatatacaagacaatgttgattaccatttaagaat 36964334  T
Q  889 cttgaaagtccatttgtatctctggtgaagctggaactgttggagagggtgatttgctgcatgtgatttgttaacattataagaaaattagacccttttc 988  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36964333 cttgaaagtccatttgtatctctggtgaagctggaactgttggagagggtgatttgctgcatgtgatttgttaacattataagaaaattagacccttttc 36964234  T
Q  989 tctacatgtgatttgttacatatttacaaattattacaa-accttaagtggtagagtattgcatcattgttaacctcttgaagaagctctttgtgttcat 1087  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36964233 tctacatgtgatttgttacatatttacaaattattacaataccttgagtggtagagtattgcatcattgttaacctcttgaagaagctctttgtgttcat 36964134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University