View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF18335_high_1 (Length: 839)
Name: NF18335_high_1
Description: NF18335
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18335_high_1 |
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| [»] chr1 (4 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 729; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 729; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 839
Target Start/End: Original strand, 32250132 - 32250972
Alignment:
| Q |
2 |
acatatggaatcatgactgcagttaaatgaatgagaacaaatgtatatggcatgggatggtcccatgcattctgcgtcgattctttacatgttgatatca |
101 |
Q |
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| T |
32250132 |
acatatggaatcctgactgcagttaaatgaatgagaacaaatatatatggcatgggatggtcccatgcattctgcgtcgattctttacatgttgatatca |
32250231 |
T |
|
| Q |
102 |
ttacttctttttcactctactttattcatttacagttttcattaagccataacagtgttgctcagactcaaatatatagatgtatggagtaattaaagta |
201 |
Q |
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| T |
32250232 |
ttacttctttttcactctactttattcatttacagttttcattaagccgtaacagtgttgctcagactcaaatatatagatgtatggagtaattaaagta |
32250331 |
T |
|
| Q |
202 |
gaaattctagcttatagtacctctcttggttattatcaaactgaagccttcacaccagaaacaacctaactcaaaggttaaaacatttttactcatgcat |
301 |
Q |
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| T |
32250332 |
gaaattctagcttatagtacctctcttggttattatcaaactgaagccttcacaccagaaacaacctaactcaaaggttaaaacattgttactcatgcat |
32250431 |
T |
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| Q |
302 |
ccaatcaaatcacgtcaaatatagttatttatagaaatgttttaaaatctgccttataaaaagtaccatgattatatgacatggtttgattgaatgcatt |
401 |
Q |
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| T |
32250432 |
ccaatcaaatcgcgtcaaatatagttatttatataaatgttttaaaatctaccttataaaa-gtaccatgattatatgacatggtttgattgcatgcatt |
32250530 |
T |
|
| Q |
402 |
tgtnnnnnnnnn--ttaccccatcagagcatatgtaacttaaactcttaaaatttatgctctgaaagttcaatatttaccttccagttatttgaattcaa |
499 |
Q |
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| T |
32250531 |
tgtaaaaaagaaaattaccccatcagagcatatgtaacttaaactcttaaaatttatgctctgaaagttcaatatttaccttccagttatttgaattcaa |
32250630 |
T |
|
| Q |
500 |
ataagttctagaaaattcaggttgattgtttccattgatgtttaaatcaatttagtgtttttagtgcatgtttgaattcccttttgtaagatccaaaaat |
599 |
Q |
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| T |
32250631 |
ctaagttctagagaattcaggttgattgtttccattgatgtttaaatcaatttagtgtttttagtgcatgtttgaattcccttttgtaagatccaaaaat |
32250730 |
T |
|
| Q |
600 |
attctagacacatgaattaaaattgcttgatatatttaagtgttctataaaataaattctaactcaaatatgtaataagatgttttgcctctttataaga |
699 |
Q |
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|
| T |
32250731 |
attctagacacatgaattaaaattgcctgatatatttaagtgttctataaaataaattctaactcaaatatgtaattagatgttttgcctctttataaga |
32250830 |
T |
|
| Q |
700 |
tttttaacttaaattttttgatgaacacatttatgt--aaatatatataaacagaaaccaatgtacattcaactcatgacttttaagttttacctaaaat |
797 |
Q |
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| T |
32250831 |
tttttaacttaaattttttgatgaacacatttatgtaaaaatatatataaacagaaaccaatgtacattcaactcatgacttttaagttttaactaaaat |
32250930 |
T |
|
| Q |
798 |
tcactttcaccaccacaaaaccaaacatacttgaaaatactg |
839 |
Q |
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|
| T |
32250931 |
tcactttcaccaccacaaaatcaaacatacttgaaaatactg |
32250972 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 414 - 839
Target Start/End: Original strand, 32244800 - 32245225
Alignment:
| Q |
414 |
ttaccccatcagagcatatgtaacttaaactcttaaaatttatgctctgaaagttcaatatttaccttccagttatttgaattcaaataagttctagaaa |
513 |
Q |
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|
| T |
32244800 |
ttacaccatcagtgcatatataacttaatctcttaaaatttatgctctgaaagttcagtatttaccttccagttgtttgaattcaagtaagctctagaga |
32244899 |
T |
|
| Q |
514 |
attcaggttgattgtttccattgatgtttaaatcaatttagtgtttttagtgcatgtttgaattcccttttgtaagatccaaaaatattctagacacatg |
613 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32244900 |
attcaggttgattgttgtcattgatgtttaaatcaatgcagtgcatttggtgcatatttggattcccttttgtaagatccaaaaatattctagacacata |
32244999 |
T |
|
| Q |
614 |
aattaaaattgcttgatatatttaagtgttctataaaataaattctaactcaaatatgtaataagatgttttgcctctttataagatttttaacttaaat |
713 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
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|
| T |
32245000 |
aattaaaattgcttgatatatttaagcgttctataaaataaattctagctcaaatatgtaattagatgttttgcctctttataagatttttaacttcaaa |
32245099 |
T |
|
| Q |
714 |
tttttgatgaacacatttatgtaaatatatataaacagaaaccaatgtacattcaactcatgacttttaagttttacctaaaattcactttcaccaccac |
813 |
Q |
| |
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|| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||| |
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| T |
32245100 |
ttattgttgaacacatttatgtaaatgtatataaacatagaccaatgtacattcaactcatgactttaaagttttaactaaaattcattttcaccaccac |
32245199 |
T |
|
| Q |
814 |
aaaaccaaacatacttgaaaatactg |
839 |
Q |
| |
|
|||||||||||| || |||||||||| |
|
|
| T |
32245200 |
aaaaccaaacatgctagaaaatactg |
32245225 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 302
Target Start/End: Original strand, 32244422 - 32244723
Alignment:
| Q |
1 |
tacatatggaatcatgactgcagttaaatgaatgagaacaaatgtatatggcatgggatggtcccatgcattctgcgtcgattctttacatgttgatatc |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32244422 |
tacatatggaatcatgactgcagttaaatgaatgagaacaaatgtatatggcatgggatggtcccatgcattctgcgtcgattctttacatgttgatatc |
32244521 |
T |
|
| Q |
101 |
attacttctttttcactctactttattcatttacagttttcattaagccataacagtgttgctcagactcaaatatatagatgtatggagtaattaaagt |
200 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |
|
|
| T |
32244522 |
attacttctttttcactttacttaattcatttacagttttcattaagcagtaacagtgttgctcagactcaaatatatagatgtatgtagtgattaaagt |
32244621 |
T |
|
| Q |
201 |
agaaattctagctt-atagtacctctcttggttattatcaaactgaagccttcacaccagaaacaacctaactcaaaggttaaaacatttttactcatgc |
299 |
Q |
| |
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|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||| || |||||||| | ||||| ||| |||||||||||||||||||| |
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| T |
32244622 |
agaaattctagcttaatagtacctctctttgttattatcaatctgtagccttcgcaacagaaacagcataact-taagcgtaaaacatttttactcatgc |
32244720 |
T |
|
| Q |
300 |
atc |
302 |
Q |
| |
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||| |
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| T |
32244721 |
atc |
32244723 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 446 - 494
Target Start/End: Original strand, 32255138 - 32255186
Alignment:
| Q |
446 |
ttaaaatttatgctctgaaagttcaatatttaccttccagttatttgaa |
494 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||| |
|
|
| T |
32255138 |
ttaaaatttattctctgaaagttcaatatttaccttgcaagtatttgaa |
32255186 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000008; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 280 - 314
Target Start/End: Original strand, 1634996 - 1635030
Alignment:
| Q |
280 |
taaaacatttttactcatgcatccaatcaaatcac |
314 |
Q |
| |
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| T |
1634996 |
taaaacatttttacacatgcatccaatcaaatcac |
1635030 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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