View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18336_high_36 (Length: 240)

Name: NF18336_high_36
Description: NF18336
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18336_high_36
NF18336_high_36
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (5-218)||(2022943-2023156)
chr5 (1-218)||(9877541-9877768)
chr5 (1-218)||(39908933-39909160)
chr5 (1-218)||(13556306-13556534)
chr5 (1-218)||(9872426-9872653)
chr5 (1-218)||(39903820-39904047)
chr5 (1-224)||(35368897-35369120)
chr5 (2-141)||(4555629-4555768)
chr5 (60-132)||(43540857-43540929)
chr5 (8-78)||(43378419-43378489)
chr5 (48-120)||(25184114-25184186)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (1-224)||(42780159-42780381)
chr2 (1-216)||(30283454-30283670)
chr2 (1-224)||(14917378-14917611)
chr2 (1-218)||(17720528-17720755)
chr2 (1-218)||(45120361-45120589)
chr2 (1-134)||(16284412-16284546)
chr2 (1-134)||(716242-716375)
[»] chr4 (23 HSPs)
chr4 (1-224)||(32429289-32429512)
chr4 (1-218)||(35096003-35096230)
chr4 (1-158)||(30019922-30020079)
chr4 (1-218)||(35090890-35091117)
chr4 (1-133)||(34279588-34279720)
chr4 (2-136)||(18716465-18716599)
chr4 (2-136)||(18737138-18737272)
chr4 (3-133)||(54859254-54859384)
chr4 (1-135)||(18670815-18670949)
chr4 (1-132)||(47071383-47071514)
chr4 (12-134)||(14643826-14643948)
chr4 (1-224)||(3424706-3424929)
chr4 (1-134)||(34128333-34128466)
chr4 (163-224)||(3409604-3409665)
chr4 (154-223)||(22118843-22118912)
chr4 (163-224)||(34279509-34279570)
chr4 (163-216)||(47071532-47071585)
chr4 (163-224)||(54859174-54859235)
chr4 (1-49)||(3415333-3415381)
chr4 (158-216)||(14643749-14643807)
chr4 (84-132)||(25618387-25618435)
chr4 (166-218)||(30019849-30019901)
chr4 (54-110)||(34602065-34602121)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (3-222)||(10340965-10341184)
chr8 (1-224)||(14314907-14315140)
chr8 (1-224)||(14318611-14318844)
chr8 (1-218)||(26981877-26982105)
chr8 (1-218)||(26986991-26987218)
chr8 (1-218)||(43956852-43957078)
chr8 (1-140)||(34108204-34108343)
chr8 (1-146)||(25953243-25953388)
chr8 (11-218)||(18494178-18494395)
chr8 (1-134)||(18608724-18608857)
chr8 (2-98)||(18885040-18885136)
chr8 (64-126)||(1781877-1781939)
chr8 (160-218)||(34108375-34108433)
[»] chr3 (22 HSPs)
chr3 (1-218)||(6852954-6853181)
chr3 (1-218)||(8464725-8464952)
chr3 (13-224)||(49784483-49784694)
chr3 (1-224)||(4049782-4050016)
chr3 (1-218)||(5481490-5481717)
chr3 (1-218)||(6858057-6858284)
chr3 (1-218)||(10591297-10591524)
chr3 (1-218)||(10672940-10673167)
chr3 (1-218)||(31076404-31076631)
chr3 (1-224)||(8458286-8458520)
chr3 (1-218)||(5458013-5458241)
chr3 (1-218)||(33702601-33702829)
chr3 (1-218)||(31081509-31081736)
chr3 (1-218)||(1302246-1302474)
chr3 (1-141)||(10678142-10678282)
chr3 (1-218)||(4054916-4055144)
chr3 (1-218)||(33703274-33703502)
chr3 (22-224)||(10584854-10585066)
chr3 (2-129)||(20891035-20891162)
chr3 (2-132)||(18024246-18024376)
chr3 (1-134)||(29827404-29827532)
chr3 (3-133)||(3187551-3187681)
[»] chr1 (17 HSPs)
chr1 (1-218)||(43358728-43358945)
chr1 (1-224)||(28574272-28574505)
chr1 (1-224)||(28598284-28598517)
chr1 (7-214)||(44524039-44524245)
chr1 (1-218)||(10186583-10186812)
chr1 (1-218)||(3468042-3468270)
chr1 (1-141)||(3465448-3465588)
chr1 (4-218)||(19310802-19311015)
chr1 (1-146)||(13654310-13654457)
chr1 (24-141)||(17414624-17414742)
chr1 (11-135)||(35626157-35626281)
chr1 (1-134)||(1187803-1187935)
chr1 (1-134)||(16051181-16051314)
chr1 (37-218)||(21431684-21431865)
chr1 (1-68)||(29681565-29681632)
chr1 (1-68)||(48366213-48366280)
chr1 (163-217)||(16051332-16051386)
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (1-141)||(14610339-14610479)
chr7 (1-218)||(12856764-12856991)
chr7 (1-218)||(26050996-26051223)
chr7 (1-218)||(26056109-26056336)
chr7 (1-218)||(26060355-26060582)
chr7 (1-218)||(26065468-26065695)
chr7 (1-141)||(12851649-12851789)
chr7 (2-121)||(11056601-11056720)
chr7 (1-134)||(4181478-4181610)
chr7 (1-133)||(37459938-37460070)
chr7 (1-99)||(35352422-35352520)
chr7 (24-130)||(5440388-5440494)
chr7 (24-130)||(5449398-5449504)
chr7 (1-68)||(5436692-5436759)
chr7 (163-224)||(4181399-4181460)
chr7 (160-218)||(12851820-12851878)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (1-218)||(21275748-21275975)
chr6 (12-224)||(21936682-21936898)
chr6 (1-144)||(24508914-24509057)
chr6 (1-224)||(24509678-24509908)
chr6 (1-142)||(20752206-20752347)
chr6 (1-223)||(21937545-21937773)
chr6 (13-132)||(2889199-2889318)
chr6 (1-133)||(11183263-11183395)
chr6 (13-132)||(2887477-2887596)
[»] scaffold0223 (1 HSPs)
scaffold0223 (1-224)||(2015-2248)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (1-146)||(144071-144218)
[»] scaffold0005 (2 HSPs)
scaffold0005 (12-134)||(173344-173466)
scaffold0005 (158-216)||(173485-173543)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 142; Significance: 1e-74; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 5 - 218
Target Start/End: Original strand, 2022943 - 2023156
Alignment:
Q  5 accaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatgatga 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||    
T  2022943 accaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataagagaatggtga 2023042  T
Q  105 agaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaattgttagttgttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttatattacattatatga 204  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||| ||| |||||| || || |||| |||||||| | ||||||||||    
T  2023043 agaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaaattatgtgttgttgtgtgtccaactaatgcccatatgtcaagcatttatagtgcattatatga 2023142  T
Q  205 ctcttcacatgaga 218  Q
    ||||||||||||||    
T  2023143 ctcttcacatgaga 2023156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 9877768 - 9877541
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  9877768 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 9877669  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg--------ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttat 190  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||        |||| | ||||| |||||| ||||| |||| |||||||    
T  9877668 gtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 9877569  T
Q  191 attacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||    
T  9877568 agtgcattatatgactcttcacatgaga 9877541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 39908933 - 39909160
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  39908933 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 39909032  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg--------ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttat 190  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||        |||| | ||||| |||||| ||||| |||| |||||||    
T  39909033 gtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtgatttttgttttttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 39909132  T
Q  191 attacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||    
T  39909133 agtgcattatatgactcttcacatgaga 39909160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 13556534 - 13556306
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  13556534 ccacaccaagcgtatctcctaaccgtattttacatatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataagagaatg 13556435  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttgt---------tgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacattta 189  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| | ||| |||||||         ||| ||| ||| |||||| ||||| |||| ||||||    
T  13556434 atgaagaattatgttgttaatgtaacaaacttctgtccaaattgtgtgtagttgtgtccttttctgtatgtccaactaatgcccaaatgtcaagcattta 13556335  T
Q  190 tattacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    || | ||||||||||||||||||||||||    
T  13556334 tagtgcattatatgactcttcacatgaga 13556306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 9872653 - 9872426
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||     
T  9872653 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatt 9872554  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg--------ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttat 190  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||        |||| | ||||| |||||| ||||| |||| |||||||    
T  9872553 gtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 9872454  T
Q  191 attacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||    
T  9872453 agtgcattatatgactcttcacatgaga 9872426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 39903820 - 39904047
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  39903820 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 39903919  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg--------ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttat 190  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||        |||| | ||||| ||||||  |||| |||| |||||||    
T  39903920 gtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgttttttcaactaatgccaaaatgtcaagcatttat 39904019  T
Q  191 attacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||    
T  39904020 agtgcattatatgactcttcacatgaga 39904047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 35369120 - 35368897
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  35369120 ccacaccaagcgtatctcctaatagtattttacagatttatggttacaacaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagagtaagagaatg 35369021  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaattgttagttgttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttatattacattat 200  Q
    | |||||||||| || || ||| |||||||||||        ||||  ||||||||||||  ||||||||| ||||| |||| |||||||| | ||||||    
T  35369020 aggaagaattatgtttttgatgcaacaaaattcttgtttttgttgtgtgttgttgtgtgtcaaattaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattat 35368921  T
Q  201 atgactcttcacatgagaaaaaac 224  Q
    |||||| ||||||||||| |||||    
T  35368920 atgacttttcacatgagagaaaac 35368897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 2 - 141
Target Start/End: Original strand, 4555629 - 4555768
Alignment:
Q  2 cacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatga 101  Q
    |||||||| | ||| || ||||| |||||| || ||||||||| |||  ||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||     
T  4555629 cacaccaaacatatttcttaacattattttacagatttatggtaccaataattcactcatgcattagagaattaatggatgatttagagtaatagaatgg 4555728  T
Q  102 tgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaa 141  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4555729 tgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattgtgtccaaa 4555768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 60 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 43540929 - 43540857
Alignment:
Q  60 gtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatgatgaagaattatattgttaatgtaacaaaatt 132  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||    
T  43540929 gtgcattagagaattgatagatgatttagagtaagagaatgatggagaactatgttgttaatgtaacaaaatt 43540857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 8 - 78
Target Start/End: Original strand, 43378419 - 43378489
Alignment:
Q  8 aagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatg 78  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||    
T  43378419 aagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactaatgcattaaagaattgatg 43378489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 48 - 120
Target Start/End: Original strand, 25184114 - 25184186
Alignment:
Q  48 agcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatgatgaagaattatattgttaa 120  Q
    |||||||||||  | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||    
T  25184114 agcaattcactaatacattagagaattgatggatgatttagagtaagagaatggtgaagaaatatgttgttaa 25184186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 136; Significance: 4e-71; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 42780159 - 42780381
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  42780159 ccacaccaaatgtatctcctaacagtattttacaaatttatggttccaacaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagagtaagagaatg 42780258  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaattgttagttgttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttatattacattat 200  Q
     ||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||| |||||| ||| | |||| |||||||| | ||||||    
T  42780259 gtgaagaattatgtag-taatgtaacaaaattctgtccaaaattgtgtgttgttgtgtgtccaactaatgcccaactgtcaatcatttatagtgcattat 42780357  T
Q  201 atgactcttcacatgagaaaaaac 224  Q
    |||||||||||||||||| |||||    
T  42780358 atgactcttcacatgagagaaaac 42780381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 30283670 - 30283454
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |    
T  30283670 ccacaccaagcgtatctcctaatagtattttacagatttatggttctagcaattcactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaagg 30283571  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tg-ttagttgttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttatattacatt 198  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||| ||||| ||||| |||||| |||||  |||||||||||| | ||||    
T  30283570 atggagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgtgtttagttg-tgtgttttcaactaatgcccaaatgccaaacatttatagtgcatt 30283472  T
Q  199 atatgactcttcacatga 216  Q
    ||||||||||||||||||    
T  30283471 atatgactcttcacatga 30283454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 14917611 - 14917378
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  14917611 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 14917512  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaa---------aattgt-tagttgttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttat 190  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||         | |||| | ||| |||| | ||||| |||||| ||||| |||| |||||||    
T  14917511 atgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaagttgtgtgtagttgtgtggtttttgtatcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 14917412  T
Q  191 attacattatatgactcttcacatgagaaaaaac 224  Q
    | | |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14917411 agtgcattatatgactcttcacatgagagaaaac 14917378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 17720755 - 17720528
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  17720755 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 17720656  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg--------ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttat 190  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||        |||| | ||||| |||||| ||||| |||| |||||||    
T  17720655 gtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 17720556  T
Q  191 attacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||    
T  17720555 agtgcattatatgactcttcacatgaga 17720528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 45120361 - 45120589
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  45120361 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattggagaattgatggatgatttagaataatagaatg 45120460  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttgt---------tgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacattta 189  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||         ||| | | ||| |||||| ||||| |||| ||||||    
T  45120461 atgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggttttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcattta 45120560  T
Q  190 tattacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    || | ||||||||||||||||||||||||    
T  45120561 tagtgcattatatgactcttcacatgaga 45120589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 134
Target Start/End: Original strand, 16284412 - 16284546
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatga-tttagagtaagagaat 99  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||| |  |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  16284412 ccacaccaagcgtatctcctaatggtattttactgatttatggtttcagcaattcactcatgcattagagagttgatgaatgattttagagtaagagaat 16284511  T
Q  100 gatgaagaattatattgttaatgtaacaaaattct 134  Q
    || | |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  16284512 gagggagaattatattgttaatgcaacaaaattct 16284546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 134
Target Start/End: Original strand, 716242 - 716375
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  716242 ccacaccaaacgtatctcctaactgtattttacagatttagggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagagtaagagaatg 716341  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattct 134  Q
    | | |||||||| ||||||| | | |||||||||    
T  716342 aaggagaattatgttgttaaagaagcaaaattct 716375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 128; Significance: 3e-66; HSPs: 23)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 32429512 - 32429289
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  32429512 ccacacaaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccaacaattcactcatgcattaaagaattgatggatgatttagagtaagagaatg 32429413  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaattgttagttgttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttatattacattat 200  Q
    | | |||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||| |||||| |||||  ||| |||||||| | ||||||    
T  32429412 agggagaattatgttgttaatccaacaaaattctgtccaaaattgtgtgttgttgtgtgtccaactaatgcacaaatgccaagcatttatagtgcattat 32429313  T
Q  201 atgactcttcacatgagaaaaaac 224  Q
    ||||||||||| |||||| |||||    
T  32429312 atgactcttcaaatgagagaaaac 32429289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 35096003 - 35096230
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  35096003 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 35096102  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg--------ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttat 190  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||        |||| | ||||| |||||| ||||| |||| |||||||    
T  35096103 gtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 35096202  T
Q  191 attacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||    
T  35096203 agtgcattatatgactcttcacatgaga 35096230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 30020079 - 30019922
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||  || ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30020079 ccacaccaaacgtatctcctaacagtatttcacatatttatggttccaacaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagagtaagagaatg 30019980  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaattgttagttgttgtgt 158  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  30019979 gtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaaattgtgtgttgttgtgt 30019922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 35090890 - 35091117
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||     
T  35090890 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatt 35090989  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg--------ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttat 190  Q
     ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||        |||| | ||||| |||||| ||||| |||| |||||||    
T  35090990 ttgatgaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtatggtttttgtctcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 35091089  T
Q  191 attacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||    
T  35091090 agtgcattatatgactcttcacatgaga 35091117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 34279720 - 34279588
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |    
T  34279720 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggtttcaggaattcactcatgcattagagaattgatggttgatttagagtaagagaacg 34279621  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattc 133  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34279620 aggaagaattatgttgttaatgtaacaaaattc 34279588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 2 - 136
Target Start/End: Original strand, 18716465 - 18716599
Alignment:
Q  2 cacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatga 101  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  18716465 cacaccaagcgtatcttctaatagtattttacagatttatggttccagcaattcactcttgtattagagaattgatggatgatttagagtaagagaatgg 18716564  T
Q  102 tgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgt 136  Q
     | |||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  18716565 gggagaattatgttgttaatgcaacaaaattctgt 18716599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 2 - 136
Target Start/End: Original strand, 18737138 - 18737272
Alignment:
Q  2 cacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatga 101  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18737138 cacaccaagcgaatcttctaaaagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgaattagagaattgatggatgatttagagtaagagaatga 18737237  T
Q  102 tgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgt 136  Q
     | |||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  18737238 gggagaattatgttgttaatgcaacaaaattctgt 18737272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 3 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 54859384 - 54859254
Alignment:
Q  3 acaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatgat 102  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||     
T  54859384 acaccaaacgtatctcctaacagtattttacggatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatggatgatttagagcaagagaatgag 54859285  T
Q  103 gaagaattatattgttaatgtaacaaaattc 133  Q
    | ||||| || |||||||||| |||||||||    
T  54859284 ggagaatcatgttgttaatgtgacaaaattc 54859254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 135
Target Start/End: Original strand, 18670815 - 18670949
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||| || ||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18670815 ccacaccaagtgtatctcctaacaatattttacagatttatggttccaacaagtcactcatgcattagagaattgatggatgatttagagtaagagaatg 18670914  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctg 135  Q
    | | |||||||| ||||||||| |||| |||||||    
T  18670915 agggagaattatgttgttaatgcaacataattctg 18670949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 132
Target Start/End: Original strand, 47071383 - 47071514
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||| | |||||| || ||||||||| |||||||||||||| | |||||||||| | |||||||||||||||  || ||||||||||||||||||    
T  47071383 ccacaccaatcatatctcatatcagtattttacaaatttatggttcaaacaattcactcattcattagagaattgatagataatttagagtaagagaatg 47071482  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaatt 132  Q
    | | |||||||| |||||||||||||||||||    
T  47071483 agggagaattatgttgttaatgtaacaaaatt 47071514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 12 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 14643948 - 14643826
Alignment:
Q  12 gtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatgatgaagaatta 111  Q
    ||||| ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  14643948 gtatcccctaacagtattttagagatttatggttccagcaattcacctatacattagagaattgatggatgatttagagtaagagaattaggaagaatta 14643849  T
Q  112 tattgttaatgtaacaaaattct 134  Q
    | ||||| |||||||||||||||    
T  14643848 tgttgttgatgtaacaaaattct 14643826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 3424929 - 3424706
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| || |||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  3424929 ccacaccaaccgtatctcctaacagtattttacagatttatgtttccagtaactcactcatgcattagagaattaatggatgatttagagtaagagaatg 3424830  T
Q  101 atgaaga-attatattgttaatgtaac-aaaattctgtccaaaattgttagttgttgtgtgt---tcaattaatgctcaaatttcaaacatttatattac 195  Q
    | | |||  |||| ||||||| ||||| |||||| ||| ||    |||| |||||| ||| |   | ||||||||| ||||| ||||| ||||||| | |    
T  3424829 agggagatcttatgttgttaaagtaacaaaaattttgttca----tgtt-gttgttctgtttgtctaaattaatgcccaaatatcaaatatttatagtgc 3424735  T
Q  196 attatatgactcttcacatgagaaaaaac 224  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||    
T  3424734 attatatgacccttcacatgagagaaaac 3424706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 34128466 - 34128333
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||| | |||||||||||  |||||| || |||||||||| || |||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  34128466 ccacaccaaacatatctcctaaccatattttacagatttatggtttcaacaattcactcatgcattagaaaattgatggatgatttagagtaagagaatg 34128367  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattct 134  Q
    | | ||||||||  |||||||| |||||||||||    
T  34128366 agggagaattatgatgttaatgcaacaaaattct 34128333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 163 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 3409665 - 3409604
Alignment:
Q  163 aattaatgctcaaatttcaaacatttatattacattatatgactcttcacatgagaaaaaac 224  Q
    ||||||||| ||||| ||||| ||||||| | ||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  3409665 aattaatgcccaaatgtcaaatatttatagtgcattatatgacccttcacatgagagaaaac 3409604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 154 - 223
Target Start/End: Original strand, 22118843 - 22118912
Alignment:
Q  154 tgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttatattacattatatgactcttcacatgagaaaaaa 223  Q
    |||||||  ||||||||| ||||| |||| |||||||| || |||||||||| |||||||||||| ||||    
T  22118843 tgtgtgtcaaattaatgcccaaatgtcaagcatttatagtatattatatgacccttcacatgagagaaaa 22118912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 163 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 34279570 - 34279509
Alignment:
Q  163 aattaatgctcaaatttcaaacatttatattacattatatgactcttcacatgagaaaaaac 224  Q
    ||||||||||||||| || | |||||||| | ||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  34279570 aattaatgctcaaatgtcgagcatttatagtgcattatatgacccttcacatgagagaaaac 34279509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 163 - 216
Target Start/End: Original strand, 47071532 - 47071585
Alignment:
Q  163 aattaatgctcaaatttcaaacatttatattacattatatgactcttcacatga 216  Q
    ||||||||| ||||| | ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  47071532 aattaatgcccaaatgttaaacatttatagtacattatatgacccttcacatga 47071585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 163 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 54859235 - 54859174
Alignment:
Q  163 aattaatgctcaaatttcaaacatttatattacattatatgactcttcacatgagaaaaaac 224  Q
    ||||||||| ||||| |||| |||||||| | ||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  54859235 aattaatgcccaaatatcaagcatttatagtgcattatatgacccttcacatgagagaaaac 54859174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 49
Target Start/End: Complemental strand, 3415381 - 3415333
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccag 49  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  3415381 ccacaccaaccgtatctcctaatagtattttacagatttatggttccag 3415333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 158 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 14643807 - 14643749
Alignment:
Q  158 tgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttatattacattatatgactcttcacatga 216  Q
    |||| ||||||||| ||||| |||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||    
T  14643807 tgttaaattaatgcacaaatatcaaacatttatagcgcattatatgacccttcacatga 14643749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 84 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 25618435 - 25618387
Alignment:
Q  84 tttagagtaagagaatgatgaagaattatattgttaatgtaacaaaatt 132  Q
    |||||| ||||||||||| | |||||||| ||||||||| |||||||||    
T  25618435 tttagaataagagaatgagggagaattattttgttaatgcaacaaaatt 25618387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 166 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 30019901 - 30019849
Alignment:
Q  166 taatgctcaaatttcaaacatttatattacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    |||||| |||||  |||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||    
T  30019901 taatgcccaaatgccaaacatttatagtgcattatatgacccttcacatgaga 30019849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 54 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 34602121 - 34602065
Alignment:
Q  54 tcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatgatgaagaatt 110  Q
    |||||| ||||| ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||| | ||||||    
T  34602121 tcactcatgcataagaaaattgatggatgatttagagtaaaagaatgagggagaatt 34602065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 120; Significance: 2e-61; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 3 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 10341184 - 10340965
Alignment:
Q  3 acaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatgat 102  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||     
T  10341184 acaccaagcgtatctcctaacaatattttacagatttatgattccagcaattcactcatgcattagagaatttatggatgatttagagtaagagaatgag 10341085  T
Q  103 gaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaattgttagttgttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttatattacattatat 202  Q
    | |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||| || | ||| ||| |||||| |||||  ||| |||||||  | ||||||||    
T  10341084 ggagaattatgttgttaatgcaacaaaattctgtccaaaattgtatgtttttatatgtccaactaatgcccaaatgccaagcatttatggtgcattatat 10340985  T
Q  203 gactcttcacatgagaaaaa 222  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  10340984 gactcttcacatgagaaaaa 10340965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 14315140 - 14314907
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  14315140 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 14315041  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg--------ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttat 190  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||        |||| | ||||| |||||| ||||| |||| |||||||    
T  14315040 gtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtctcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 14314941  T
Q  191 attacattatatgactcttcacatgagaaaaaac 224  Q
    | | |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14314940 agtgcattatatgactcttcacatgagagaaaac 14314907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 14318844 - 14318611
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  14318844 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 14318745  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg--------ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttat 190  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||        |||| | ||||| |||||| ||||| |||| |||||||    
T  14318744 gtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtctcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 14318645  T
Q  191 attacattatatgactcttcacatgagaaaaaac 224  Q
    | | |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14318644 agtgcattatatgactcttcacatgagagaaaac 14318611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 26982105 - 26981877
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  26982105 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 26982006  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg---------ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacattta 189  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||         |||| | ||||| |||||| ||||| |||||||||||    
T  26982005 gtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggttttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaaacattta 26981906  T
Q  190 tattacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    || | ||||||||||||||||||||||||    
T  26981905 tagtgcattatatgactcttcacatgaga 26981877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 26987218 - 26986991
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  26987218 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 26987119  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg--------ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttat 190  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||        |||| | ||||| |||||| ||||| |||| |||||||    
T  26987118 gtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 26987019  T
Q  191 attacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||    
T  26987018 agtgcattatatgactcttcacatgaga 26986991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 43957078 - 43956852
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  43957078 ccacaccaagcgtatctcctaacagtgttttacaaatttatggtttcagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataagagaatg 43956979  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg-------ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttata 191  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||| | ||| ||||||       |||| ||| ||| |||||| ||||| |||| ||||||||    
T  43956978 atgaagaattatgttgttaatgcaacaaaattatgtccaaattgtgtgtagttgtgtgtttttgtatgtccaactaatgcccaaatgtcaagcatttata 43956879  T
Q  192 ttacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
     | ||||||||||||||||||||||||    
T  43956878 gtgcattatatgactcttcacatgaga 43956852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 140
Target Start/End: Original strand, 34108204 - 34108343
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  34108204 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 34108303  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaa 140  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  34108304 atgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaa 34108343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 25953388 - 25953243
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| | || ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  25953388 ccacacctagcgtatctcctaacagtattgtacatatttatggttcaagcaattcactcatgcattagacaattgatggatgatttagagtatgagaatg 25953289  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaattgt 146  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25953288 atggagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaaattgt 25953243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 11 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 18494395 - 18494178
Alignment:
Q  11 cgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatgatgaagaatt 110  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||| |||||||||    
T  18494395 cgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatggtgaagaatt 18494296  T
Q  111 atattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg--------ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttatattacattat 200  Q
    || ||||||||||||||||||||| |||||| | ||| ||||||        |||| | ||||| |||||| ||||| |||| |||||||| | ||||||    
T  18494295 atgttgttaatgtaacaaaattctatccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatcttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattat 18494196  T
Q  201 atgactcttcacatgaga 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  18494195 atgactcttcacatgaga 18494178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 18608857 - 18608724
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||  ||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18608857 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatcgttccgtcaattaactcatgcattagagaattgatggatgatttagagtaagagaatg 18608758  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattct 134  Q
    | | |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18608757 agggagaattatgttgttaatgtaacaaaattct 18608724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 2 - 98
Target Start/End: Original strand, 18885040 - 18885136
Alignment:
Q  2 cacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaa 98  Q
    |||||||||| |||||| |||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  18885040 cacaccaagcatatctcttaacaggattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaa 18885136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 64 - 126
Target Start/End: Original strand, 1781877 - 1781939
Alignment:
Q  64 attagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatgatgaagaattatattgttaatgtaac 126  Q
    |||||||||||| || ||||||| |||||||||||||| | | |||||| |||||||||||||    
T  1781877 attagagaattggtggatgattttgagtaagagaatgagggataattatgttgttaatgtaac 1781939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 160 - 218
Target Start/End: Original strand, 34108375 - 34108433
Alignment:
Q  160 ttcaattaatgctcaaatttcaaacatttatattacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    ||||| |||||| ||||| |||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  34108375 ttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcacatgaga 34108433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 119; Significance: 6e-61; HSPs: 22)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 6853181 - 6852954
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  6853181 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 6853082  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg--------ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttat 190  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||        |||| | | ||| |||||| ||||| |||| |||||||    
T  6853081 atgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 6852982  T
Q  191 attacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||    
T  6852981 agtgcattatatgactcttcacatgaga 6852954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 8464725 - 8464952
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  8464725 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 8464824  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg--------ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttat 190  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||        |||| | ||||| |||||| ||||| |||| |||||||    
T  8464825 atgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 8464924  T
Q  191 attacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||    
T  8464925 agtgcattatatgactcttcacatgaga 8464952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 13 - 224
Target Start/End: Original strand, 49784483 - 49784694
Alignment:
Q  13 tatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatgatgaagaattat 112  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  |||||||| ||||| ||||||| |  |||||||    
T  49784483 tatctcctaacaatattttccagatttatggttccagcaattcactcatgaattagagaattgatagatgatttaaagtaaaagaatgagggggaattat 49784582  T
Q  113 attgttaatgtaacaaaattctgtccaaaattgttagttgttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttatattacattatatgactcttcac 212  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||| ||| ||| |||||| ||||| |||| |||||||| | ||||||||||||||||||    
T  49784583 gttgttaatgcaacaaaattctgtccaaaattgtgtgttgttgtatgtccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttcac 49784682  T
Q  213 atgagaaaaaac 224  Q
    |||||| |||||    
T  49784683 atgagagaaaac 49784694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 4049782 - 4050016
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  4049782 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 4049881  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg---------ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacattta 189  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||         |||| | ||||| |||||| ||||| |||| ||||||    
T  4049882 gtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggttttttgtatcttcaactaatgcccaaatgtcaagcattta 4049981  T
Q  190 tattacattatatgactcttcacatgagaaaaaac 224  Q
    || | |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4049982 tagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaac 4050016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 5481717 - 5481490
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  5481717 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 5481618  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaattgttagttgttgtgtg-----------ttcaattaatgctcaaatttcaaacattta 189  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||  || ||||||||           ||||| |||||| ||||| |||| ||||||    
T  5481617 atgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtcc-aagttgtgtgtagttgtgtggtttttttatcttcaactaatgcccaaatgtcaagcattta 5481519  T
Q  190 tattacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    || | ||||||||||||||||||||||||    
T  5481518 tagtgcattatatgactcttcacatgaga 5481490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 6858284 - 6858057
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  6858284 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 6858185  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg--------ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttat 190  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||        |||| | | ||| |||||| ||||| |||| |||||||    
T  6858184 atgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatatccaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 6858085  T
Q  191 attacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||    
T  6858084 agtgcattatatgactcttcacatgaga 6858057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 10591524 - 10591297
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  10591524 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 10591425  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg--------ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttat 190  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||        |||| | ||||| |||||| ||||| |||| |||||||    
T  10591424 atgaggaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 10591325  T
Q  191 attacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||    
T  10591324 agtgcattatatgactcttcacatgaga 10591297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 10673167 - 10672940
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  10673167 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 10673068  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg--------ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttat 190  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||        |||| | ||||| |||||| ||||| |||| |||||||    
T  10673067 gtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 10672968  T
Q  191 attacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||    
T  10672967 agtgcattatatgactcttcacatgaga 10672940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 31076631 - 31076404
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  31076631 ccacaccaaacgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 31076532  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg--------ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttat 190  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||        |||| ||||||| |||||| ||||| |||| |||||||    
T  31076531 gtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatgttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 31076432  T
Q  191 attacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||    
T  31076431 aatgcattatatgactcttcacatgaga 31076404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 8458286 - 8458520
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  8458286 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 8458385  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg--------ttgtgtgttcaattaatgctc-aaatttcaaacattta 189  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||        |||| | ||||| |||||| | |||| |||| ||||||    
T  8458386 atgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaaatgtcaagcattta 8458485  T
Q  190 tattacattatatgactcttcacatgagaaaaaac 224  Q
    || | |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8458486 tagtgcattatatgactcttcacatgagagaaaac 8458520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 5458241 - 5458013
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  5458241 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 5458142  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaattgttagttgttgtgtg------------ttcaattaatgctcaaatttcaaacattt 188  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||  || ||||||||            ||||| |||||| ||||| |||| |||||    
T  5458141 atgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtcc-aagttgtgtgtagttgtgtggttttttttatcttcaactaatgcccaaatgtcaagcattt 5458043  T
Q  189 atattacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  5458042 atagtgcattatatgactcttcacatgaga 5458013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 33702829 - 33702601
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  33702829 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacatatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 33702730  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg---------ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacattta 189  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||         |||| | ||||| |||||| ||||| |||| ||||||    
T  33702729 gtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggttttttgtctattcaactaatgcccaaatgtcaagcattta 33702630  T
Q  190 tattacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    || | ||||||||||||||||||||||||    
T  33702629 tagtgcattatatgactcttcacatgaga 33702601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 31081736 - 31081509
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  31081736 ccacaccaaacgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccaacaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 31081637  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg--------ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttat 190  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||        |||| ||||||| |||||| ||||| |||| |||||||    
T  31081636 gtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatgttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 31081537  T
Q  191 attacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||    
T  31081536 aatgcattatatgactcttcacatgaga 31081509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 1302474 - 1302246
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  1302474 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 1302375  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg---------ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacattta 189  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| | ||| ||||||         |||| | ||||| |||||| ||||| |||| ||||||    
T  1302374 gtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattttgtccaaattgtgtgtagttgtgtggttttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcattta 1302275  T
Q  190 tattacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    || | ||||||||||||||||||||||||    
T  1302274 tagtgcattatatgactcttcacatgaga 1302246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 10678282 - 10678142
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  10678282 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 10678183  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaa 141  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10678182 gtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaa 10678142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 4054916 - 4055144
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  4054916 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattaaagaattgatggatgatttagaataatagaatg 4055015  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg---------ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacattta 189  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| | ||| ||||||         |||| | ||||| |||||| ||||| |||| ||||||    
T  4055016 gtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctatccaaattgtgtgtagttgtgtggttttttgtatcttcaactaatgcccaaatgtcaagcattta 4055115  T
Q  190 tattacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    || | ||||||||||||||||||||||||    
T  4055116 tagtgcattatatgactcttcacatgaga 4055144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 33703274 - 33703502
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  33703274 ccacaccaagcgtatctcctaatagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 33703373  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg---------ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacattta 189  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| | ||| ||||||         |||| | ||||| |||||| ||||| |||| ||||||    
T  33703374 gtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattatgtccaaattgtgtgtagttgtgtggttttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcattta 33703473  T
Q  190 tattacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    || | ||||||||||||||||||||||||    
T  33703474 tagtgcattatatgactcttcacatgaga 33703502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 22 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 10585066 - 10584854
Alignment:
Q  22 acagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatgatgaagaattatattgttaat 121  Q
    |||||||||| || ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||| ||||||| ||||||||    
T  10585066 acagtattttacagatttatggttctagctattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatgatgaggaattatgttgttaat 10584967  T
Q  122 gtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg--------ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttatattacattatatgactcttca 211  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| ||||||        |||| | ||||| |||||| ||||| |||| |||||||| | |||||||||||||||||    
T  10584966 gtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtattttcaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgactcttca 10584867  T
Q  212 catgagaaaaaac 224  Q
    ||||||| |||||    
T  10584866 catgagagaaaac 10584854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 2 - 129
Target Start/End: Original strand, 20891035 - 20891162
Alignment:
Q  2 cacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatga 101  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  20891035 cacacaaagcgtatctcttaacagtattttatagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagagtaagcgaatga 20891134  T
Q  102 tgaagaattatattgttaatgtaacaaa 129  Q
     | |||||||| ||||| ||||||||||    
T  20891135 gggagaattatgttgtttatgtaacaaa 20891162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 2 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 18024376 - 18024246
Alignment:
Q  2 cacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatga 101  Q
    ||||||||||||||||  ||||| |||||| || |||||| |||| | ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18024376 cacaccaagcgtatctgttaacaatattttacagatttattgttctaacaattcattcatgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatga 18024277  T
Q  102 tgaagaattatattgttaatgtaacaaaatt 132  Q
     | |||||||| |||||||||||||||||||    
T  18024276 gggagaattatgttgttaatgtaacaaaatt 18024246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 134
Target Start/End: Original strand, 29827404 - 29827532
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||     ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29827404 ccacaccaagggtatctcctaacagtattttacagatttat-----cagcaattcactcatgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 29827498  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattct 134  Q
    | | |||||||  || |||||| |||||||||||    
T  29827499 agggagaattaggttattaatgcaacaaaattct 29827532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 3 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 3187681 - 3187551
Alignment:
Q  3 acaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatgat 102  Q
    |||| ||| ||||||| ||||| |||||| || ||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||     
T  3187681 acacaaagtgtatctcttaacaatattttacagatttatggttcgagcaattcactcatgcattaaagaattgatagatgatttagagtaagagaatgag 3187582  T
Q  103 gaagaattatattgttaatgtaacaaaattc 133  Q
    | |||||||| |||||||||| |||||||||    
T  3187581 ggagaattatgttgttaatgtcacaaaattc 3187551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 118; Significance: 2e-60; HSPs: 17)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 43358728 - 43358945
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||| | |||||||||||| | |||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  43358728 ccacaccaaacatatctcctaacaattttttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggataatttagagtaagagaatg 43358827  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaattgttagttgttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttatattacattat 200  Q
    | | |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||| |||||| ||| |||||| |||||  ||| |||||||| | ||||||    
T  43358828 agggagaattatgttgttaatgtaacaaaattcagtccaaaattgtgtgttgtagtgtgtccaactaatgcccaaatgccaagcatttatagtgcattat 43358927  T
Q  201 atgactcttcacatgaga 218  Q
    | ||||||||||||||||    
T  43358928 aggactcttcacatgaga 43358945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 28574272 - 28574505
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  28574272 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 28574371  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg--------ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttat 190  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||        |||| | ||||| |||||| ||||| |||| |||||||    
T  28574372 gtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 28574471  T
Q  191 attacattatatgactcttcacatgagaaaaaac 224  Q
    | | |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  28574472 agtgcattatatgactcttcacatgagagaaaac 28574505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 28598284 - 28598517
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  28598284 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 28598383  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg--------ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttat 190  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||        |||| | ||||| |||||| ||||| |||| |||||||    
T  28598384 gtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 28598483  T
Q  191 attacattatatgactcttcacatgagaaaaaac 224  Q
    | | |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  28598484 agtgcattatatgactcttcacatgagagaaaac 28598517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 7 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 44524245 - 44524039
Alignment:
Q  7 caagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatgatgaag 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||    
T  44524245 caagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttaaagtaagagaatgatggag 44524146  T
Q  107 aattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaattgttagttgttgtgtgttc-aattaatgctcaaatttcaaacatttatattacattatatgac 205  Q
    |||||| ||||||||| ||||| ||||||| | |||||||  |||||||| ||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||| | |||||||||||    
T  44524145 aattatgttgttaatgcaacaatattctgttc-aaattgtgtgttgttgt-tgttcaaattaatgcccaaatgtcaaacatttatagtgcattatatgac 44524048  T
Q  206 tcttcacat 214  Q
     ||||||||    
T  44524047 ccttcacat 44524039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 10186812 - 10186583
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattt----tccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagag 96  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||    | || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10186812 ccacaccaaacgtatctcctaacaatatttattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagagtaagag 10186713  T
Q  97 aatgatgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaa-----ttgtta--gttgttgtgtgttc-aattaatgctcaaatttcaaacattt 188  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     ||||||  ||| || ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||    
T  10186712 aatgatggagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaaattatgttgttattgttcttctgtgttcaaattaatgcccaaatgtcaaacattt 10186613  T
Q  189 atattacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    ||| | ||||||||||| ||||||||||||    
T  10186612 atagtgcattatatgacccttcacatgaga 10186583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 3468042 - 3468270
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  3468042 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 3468141  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg---------ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacattta 189  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||         |||| | ||||| |||||| ||||| |||| ||||||    
T  3468142 gtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggttttttgtatcttcaactaatgcccaaatgtcaagcattta 3468241  T
Q  190 tattacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    || | ||||||||||||||||||||||||    
T  3468242 tagtgcattatatgactcttcacatgaga 3468270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 141
Target Start/End: Original strand, 3465448 - 3465588
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  3465448 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 3465547  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaa 141  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3465548 gtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaa 3465588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 4 - 218
Target Start/End: Original strand, 19310802 - 19311015
Alignment:
Q  4 caccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatgatg 103  Q
    |||||||| |||||||||| ||| |||| || ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |    
T  19310802 caccaagcatatctcctaatagtgttttacagatttatggttccagcaattcattcatgcattagagaattgatggatgatttatagtaagagaatgagg 19310901  T
Q  104 aagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaattgttagttg-ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttatattacattatat 202  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |  |||| || |||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||| | ||||| ||    
T  19310902 gagaattatattgttaatgtaacaaaactctgtccaaaattat--gttgcttttgtgtcaaattaatgcccaaatgtcaaacatttatagtgcattacat 19310999  T
Q  203 gactcttcacatgaga 218  Q
    ||| ||||||||||||    
T  19311000 gacccttcacatgaga 19311015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 146
Target Start/End: Original strand, 13654310 - 13654457
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgattt--agagtaagagaa 98  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||  |||| |||||||    
T  13654310 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggtttcagcaattcactcatgcattagagaattaatggatgatttagagagcaagagaa 13654409  T
Q  99 tgatgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaattgt 146  Q
    ||| | |||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  13654410 tgagggagaattatgttgttaatgcaacaaaattctatccaaaattgt 13654457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 24 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 17414742 - 17414624
Alignment:
Q  24 agtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatgatgaagaattatattgttaatgt 123  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||    
T  17414742 agtattttccagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattatgttgttaatgt 17414643  T
Q  124 aacaaaattc-tgtccaaa 141  Q
    |||||||||| ||||||||    
T  17414642 aacaaaattcatgtccaaa 17414624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 11 - 135
Target Start/End: Original strand, 35626157 - 35626281
Alignment:
Q  11 cgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatgatgaagaatt 110  Q
    |||||||||||| ||||||||  | ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  35626157 cgtatctcctaatagtattttatagatttatggttccaacaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaatt 35626256  T
Q  111 atattgttaatgtaacaaaattctg 135  Q
    || ||||||||||||||||||||||    
T  35626257 atgttgttaatgtaacaaaattctg 35626281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 134
Target Start/End: Original strand, 1187803 - 1187935
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| | |||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  1187803 ccacaccaagcgtatctcctaacaatattttacagatttatggttctaccaattcactcatgcattaaagaattgatggatgatttagagtaagagaatg 1187902  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattct 134  Q
    | | ||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  1187903 a-ggagatttatgttgttaatgtaacaaaattct 1187935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 134
Target Start/End: Original strand, 16051181 - 16051314
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||    
T  16051181 ccacaccaagcgtatttcctaacagtattttacagatttatggtttcagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttaaagtaagaaaatg 16051280  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattct 134  Q
    |  |||||    |  |||||||||||||||||||    
T  16051281 agtaagaaaatgagggttaatgtaacaaaattct 16051314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 37 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 21431865 - 21431684
Alignment:
Q  37 tttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatgatgaagaattatattgttaatgtaacaaaattc-tg 135  Q
    |||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| | |||||||| ||||||||| |||||||||| ||    
T  21431865 tttatggttccatcaattcactgatgcattagagaattgatggatgatttagattaagagaatgagggagaattatgttgttaatgcaacaaaattcttg 21431766  T
Q  136 tccaaaattgttagttgttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttatattacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    | |    || |  |||||| | ||| ||| |||||| ||||| |||| |||||||| | ||||||||||| ||||||||||||    
T  21431765 ttc-ttgttttctgttgttctctgtccaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagtgcattatatgacccttcacatgaga 21431684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 68
Target Start/End: Original strand, 29681565 - 29681632
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattag 68  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  29681565 ccacaccaagcgtatctcctaacaatattttacagatttatggttccagcaattcactaatgcattag 29681632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 68
Target Start/End: Complemental strand, 48366280 - 48366213
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattag 68  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||| || |||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  48366280 ccacaccaagcgtatctccaaacaatattttacagatttatggttccagcaattcactaatgcattag 48366213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 163 - 217
Target Start/End: Original strand, 16051332 - 16051386
Alignment:
Q  163 aattaatgctcaaatttcaaacatttatattacattatatgactcttcacatgag 217  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||| | |||||||||||  ||||||||||    
T  16051332 aattaatgcccaaatgtcaaacatttatagtgcattatatgaccattcacatgag 16051386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 117; Significance: 1e-59; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 141
Target Start/End: Original strand, 14610339 - 14610479
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  14610339 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataagagaatg 14610438  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaa 141  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  14610439 atgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaa 14610479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 12856764 - 12856991
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  12856764 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 12856863  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg--------ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttat 190  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||        |||| | ||||| |||||| ||||| |||| |||||||    
T  12856864 gtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 12856963  T
Q  191 attacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||    
T  12856964 agtgcattatatgactcttcacatgaga 12856991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 26050996 - 26051223
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  26050996 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 26051095  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg--------ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttat 190  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||        |||| | ||||| ||||||  |||| |||| |||||||    
T  26051096 gtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcctaaatgtcaagcatttat 26051195  T
Q  191 attacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||    
T  26051196 agtgcattatatgactcttcacatgaga 26051223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 26056109 - 26056336
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  26056109 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 26056208  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg--------ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttat 190  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||        |||| | ||||| ||||||  |||| |||| |||||||    
T  26056209 gtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcctaaatgtcaagcatttat 26056308  T
Q  191 attacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||    
T  26056309 agtgcattatatgactcttcacatgaga 26056336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 26060355 - 26060582
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  26060355 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 26060454  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg--------ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttat 190  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||        |||| | ||||| ||||||  |||| |||| |||||||    
T  26060455 gtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcctaaatgtcaagcatttat 26060554  T
Q  191 attacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||    
T  26060555 agtgcattatatgactcttcacatgaga 26060582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 26065468 - 26065695
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  26065468 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 26065567  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg--------ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttat 190  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||        |||| | ||||| ||||||  |||| |||| |||||||    
T  26065568 gtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcctaaatgtcaagcatttat 26065667  T
Q  191 attacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||    
T  26065668 agtgcattatatgactcttcacatgaga 26065695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 141
Target Start/End: Original strand, 12851649 - 12851789
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  12851649 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 12851748  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaa 141  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12851749 atgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattttgtccaaa 12851789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 2 - 121
Target Start/End: Original strand, 11056601 - 11056720
Alignment:
Q  2 cacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatga 101  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||| || ||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  11056601 cacaccaaacgtatctcctaatagtattttacagatttatggttccaacaattcactcatgcattaaagaattgatggatgatttaaagtaagagaatga 11056700  T
Q  102 tgaagaattatattgttaat 121  Q
    | ||||||||| ||||||||    
T  11056701 taaagaattatgttgttaat 11056720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 4181610 - 4181478
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||| |   |||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  4181610 ccacatcaagcgtatctactaacagtattttacgggtttatggttcgagcaat-cactcatgcattagagaattgatggatgatttagattaagagaatg 4181512  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattct 134  Q
    | | |||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  4181511 agggagaattatgttgttaatgcaacaaaattct 4181478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 1 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 37460070 - 37459938
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||| |||||||||||| ||||| |||||| || || ||||||| ||||||||| ||  ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  37460070 ccacatcaagcgtatctcttaacaatattttacagatatatggtttcagcaattcgctaatgcatcagagaattgatggatgatttagagtaagagaatg 37459971  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattc 133  Q
      | |||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  37459970 tgggagaattatgttgttcatgtaacataattc 37459938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 35352520 - 35352422
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaat 99  Q
    ||||| |||| ||| ||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||    
T  35352520 ccacatcaagagtaactcctaacagtattttatagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatggtttatagtaagagaat 35352422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 24 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 5440494 - 5440388
Alignment:
Q  24 agtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatgatgaagaattatattgttaatgt 123  Q
    |||||||| || || |||||||||||||||| ||||  || |||||||||||||  ||||||||||||||| |||||| | |||||||| ||||||||||    
T  5440494 agtattttacagatgtatggttccagcaatttactcaagctttagagaattgatcgatgatttagagtaagggaatgagggagaattatgttgttaatgt 5440395  T
Q  124 aacaaaa 130  Q
    || ||||    
T  5440394 aataaaa 5440388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 24 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 5449504 - 5449398
Alignment:
Q  24 agtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatgatgaagaattatattgttaatgt 123  Q
    |||||||| || || |||||||||||||||| ||||  || |||||||||||||  ||||||||||||||| |||||| | |||||||| ||||||||||    
T  5449504 agtattttacagatgtatggttccagcaatttactcaagctttagagaattgatcgatgatttagagtaagggaatgagggagaattatgttgttaatgt 5449405  T
Q  124 aacaaaa 130  Q
    || ||||    
T  5449404 aataaaa 5449398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 68
Target Start/End: Complemental strand, 5436759 - 5436692
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattag 68  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  5436759 ccacaccaagcgtatctcctaacaatattttacagatttatggttcaagcaattcactaatgcattag 5436692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 163 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 4181460 - 4181399
Alignment:
Q  163 aattaatgctcaaatttcaaacatttatattacattatatgactcttcacatgagaaaaaac 224  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  4181460 aattaatgcccaaatgtcaaacatttatagtgcattatatgactcttcatatgagagaaaac 4181399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 160 - 218
Target Start/End: Original strand, 12851820 - 12851878
Alignment:
Q  160 ttcaattaatgctcaaatttcaaacatttatattacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    ||||| |||||| ||||| ||||  ||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  12851820 ttcaactaatgcccaaatgtcaagtatttatagtgcattatatgactcttcacatgaga 12851878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 21275748 - 21275975
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  21275748 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 21275847  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaat-tgt-tagttg--------ttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttat 190  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||        |||| | ||||| |||||| ||||| |||| |||||||    
T  21275848 gtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctgtccaaattgtgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 21275947  T
Q  191 attacattatatgactcttcacatgaga 218  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||    
T  21275948 agtgcattatatgactcttcacatgaga 21275975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 12 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 21936898 - 21936682
Alignment:
Q  12 gtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatgatgaagaatta 111  Q
    ||||||||||| | |||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  21936898 gtatctcctaataatattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatagatgatttagagtatgagaatgatggagaatta 21936799  T
Q  112 tattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaattgttagttgttg----tgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttatattacattatatgactc 207  Q
    | |||||||||||||||| ||| ||||||||||||  |||||||    |||||| || |||||| ||||| | || |||||||| | ||||||||||| |    
T  21936798 tgttgttaatgtaacaaagttcagtccaaaattgtgtgttgttgttgttgtgttaaactaatgcccaaatgttaagcatttatagtgcattatatgaccc 21936699  T
Q  208 ttcacatgagaaaaaac 224  Q
    ||||||||||| |||||    
T  21936698 ttcacatgagagaaaac 21936682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 24509057 - 24508914
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  24509057 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacaaatttatgattccaacaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagagtaaaagaatg 24508958  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaatt 144  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||| |||| ||| |||||||    
T  24508957 atggagaattatgttgttaatgtaacataattttgtacaaaatt 24508914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 24509678 - 24509908
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||    
T  24509678 ccacaccatgcgtatctcctaacagtattttacaaatttatggttccaacaattcactaatgcattagagaattgatggatgatttaaagtaaaagaatg 24509777  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaattgt---tagttgttgt----gtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttatatt 193  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||| |||| ||| ||||||| |   || |||||||    ||||| || |||||| ||||| |||| |||||||| |    
T  24509778 atggagaattatgttgttaatgtaacataattttgtacaaaattatgtataattgttgttgtcgtgttaaactaatgcccaaatgtcaagcatttatagt 24509877  T
Q  194 acattatatgactcttcacatgagaaaaaac 224  Q
     ||||||||||  |||||||||||| |||||    
T  24509878 gcattatatgaaccttcacatgagagaaaac 24509908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 20752347 - 20752206
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||| |||| ||| ||||||||||||    
T  20752347 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccaacaattcactcatgcatcagagaattgatggatgacttatagtaagagaatg 20752248  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaa 142  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  20752247 gtgaagaattatgttgttaatgtaacaaaattctttccaaaa 20752206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 21937545 - 21937773
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||| |||||| ||||||| ||    
T  21937545 ccacaccaagcgtatctcgtaacaatattatacaaatttatggttccagcaattcactcatgcatttgagaattgatggatgttttagaataagagagtg 21937644  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaattgttagttgttg-------tgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttatatt 193  Q
    ||| | |||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||  |||||||       |||||| || |||||| |||||  |||||||||||| |    
T  21937645 atggaaaattatgttgttaatgt-acaaaattatgtccaaaattgtgtgttgttgttgttgttgtgttaaactaatgcccaaatgccaaacatttatagt 21937743  T
Q  194 acattatatgactcttcacatgagaaaaaa 223  Q
     | ||||||||| |||||||||||| ||||    
T  21937744 gcgttatatgacccttcacatgagagaaaa 21937773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 13 - 132
Target Start/End: Original strand, 2889199 - 2889318
Alignment:
Q  13 tatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatgatgaagaattat 112  Q
    |||||| ||||| |||||| || ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  2889199 tatctcttaacactattttacagatttatgattccagcaattcactcatgcattagagagttgatgaatgatttagagtaagagaatgagggagaattat 2889298  T
Q  113 attgttaatgtaacaaaatt 132  Q
     ||| ||||| |||||||||    
T  2889299 gttggtaatggaacaaaatt 2889318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 11183395 - 11183263
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||| ||  ||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  11183395 ccacaccaaatgtatctcctaacagtattttacaggtttatggtttcagcaatttactcatgcattagagaattgattgatgatttagagtaagagaatg 11183296  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattc 133  Q
    |   |||||||| || ||| |||||||||||||    
T  11183295 agagagaattatgttattattgtaacaaaattc 11183263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 13 - 132
Target Start/End: Original strand, 2887477 - 2887596
Alignment:
Q  13 tatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatgatgaagaattat 112  Q
    |||||| ||||| |||||| || ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  2887477 tatctcttaacactattttacagatttatgattccagcaattcactcatgcattagagagttgatggatgatttagagtaagagaatgagggagaattat 2887576  T
Q  113 attgttaatgtaacaaaatt 132  Q
     ||| ||||| |||||||||    
T  2887577 gttggtaatggaacaaaatt 2887596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0223 (Bit Score: 114; Significance: 6e-58; HSPs: 1)
Name: scaffold0223
Description:

Target: scaffold0223; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 2248 - 2015
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  2248 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggttccagcaattcactcatgcattagagaattgatggatgatttagaataatagaatg 2149  T
Q  101 atgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaa---------aattgt-tagttgttgtgtgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttat 190  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||         | |||| | ||| |||| | ||||| |||||| ||||| |||| |||||||    
T  2148 atgaagaattatgttgttaatgtaataaaattctgtccaagttgtgtgtagttgtgtggtttttgtatattcaactaatgcccaaatgtcaagcatttat 2049  T
Q  191 attacattatatgactcttcacatgagaaaaaac 224  Q
    | | |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2048 agtgcattatatgactcttcacatgagagaaaac 2015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 89; Significance: 5e-43; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 146
Target Start/End: Original strand, 144071 - 144218
Alignment:
Q  1 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgattt--agagtaagagaa 98  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||  |||| |||||||    
T  144071 ccacaccaagcgtatctcctaacagtattttacagatttatggtttcagcaattcactcatgcattagagaattaatggatgatttagagagcaagagaa 144170  T
Q  99 tgatgaagaattatattgttaatgtaacaaaattctgtccaaaattgt 146  Q
    ||| | |||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  144171 tgagggagaattatgttgttaatgcaacaaaattctatccaaaattgt 144218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 71; Significance: 3e-32; HSPs: 2)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 12 - 134
Target Start/End: Original strand, 173344 - 173466
Alignment:
Q  12 gtatctcctaacagtattttccaaatttatggttccagcaattcactcgtgcattagagaattgatgaatgatttagagtaagagaatgatgaagaatta 111  Q
    ||||| ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  173344 gtatcccctaacagtattttagagatttatggttccagcaattcacctatacattagagaattgatggatgatttagagtaagagaattaggaagaatta 173443  T
Q  112 tattgttaatgtaacaaaattct 134  Q
    | ||||| |||||||||||||||    
T  173444 tgttgttgatgtaacaaaattct 173466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 158 - 216
Target Start/End: Original strand, 173485 - 173543
Alignment:
Q  158 tgttcaattaatgctcaaatttcaaacatttatattacattatatgactcttcacatga 216  Q
    |||| ||||||||| ||||| |||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||    
T  173485 tgttaaattaatgcacaaatatcaaacatttatagcgcattatatgacccttcacatga 173543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University