View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18336_low_10 (Length: 521)

Name: NF18336_low_10
Description: NF18336
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18336_low_10
NF18336_low_10
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (18-455)||(13419347-13419784)
chr5 (31-296)||(13373102-13373367)
chr5 (18-461)||(13385136-13385579)
chr5 (423-511)||(13411221-13411309)
chr5 (40-461)||(13388957-13389378)
chr5 (18-416)||(13413002-13413400)
chr5 (108-449)||(13393376-13393717)
chr5 (18-443)||(13453851-13454276)
chr5 (18-263)||(13446898-13447143)
chr5 (18-293)||(13426238-13426513)
chr5 (25-263)||(13378892-13379130)
chr5 (368-455)||(13447248-13447335)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-461)||(47601169-47601612)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (40-326)||(28430475-28430761)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 106; Significance: 8e-53; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 18 - 455
Target Start/End: Original strand, 13419347 - 13419784
Alignment:
Q  18 actaattacagtcacattaactccaaaagctttggcaaattttacggccatatggcccaacccaccaaggccaaccactccgacatgaagaccaggcttg 117  Q
    ||||||||| ||||||||| | || |||||||| |||||||| || ||||||||||| |  |||||||| ||||| || || | ||  | ||||||||||    
T  13419347 actaattacggtcacattagcaccgaaagcttttgcaaatttcacagccatatggccaagtccaccaagaccaacaacacctatattcataccaggcttg 13419446  T
Q  118 ttgagtccataatatataagagggctataaacagtgattccagcgcaaaggaggggagcagcggcatcaagtggtaaggtattaggtatacggatcacaa 217  Q
    | |||| || ||| |  |||||| ||||| || ||||||||||||||||| || ||| | || |||||||| |||||| ||| ||| || || |||||||    
T  13419447 tcgagttcaaaatgtcgaagaggactatacactgtgattccagcgcaaagaagaggaccggcagcatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaa 13419546  T
Q  218 agcgctcgtctacaaccatcgagtcagagtagcctccatatgtgatgcttccatcactatatttagcaccatatgtgagtataaattttgtgcagtaatt 317  Q
    || |||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||| | | ||||||| ||| || |||||| |||||| | ||||| ||| |||||||||    
T  13419547 agtgctcgtctgcaaccattgagtcggagtaacctccatatgtgacggtgccatcacgatactttgcaccacatgtgactgtaaatgttgggcagtaatt 13419646  T
Q  318 ttcaagactgttatcacaatcttggcacgatctgcaagaaccaactaagcatcccacacccactttgtcatcaactttgaaattttctactttgcttccc 417  Q
     ||||||  || | |||||| |||||| || |  || ||| |||| | | |||||||||| ||||||||  ||||||| || |||||||||||||||||     
T  13419647 ctcaagatcgtcagcacaattttggcatgaacgacatgaatcaaccatgtatcccacaccaactttgtctccaactttaaacttttctactttgcttcca 13419746  T
Q  418 acctcagtcactacaccaacaatttcgtgcctgtattt 455  Q
    ||||| || |||| |||  ||| ||| |||||| ||||    
T  13419747 acctcggttactatacccgcaagttcatgcctgcattt 13419784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 31 - 296
Target Start/End: Original strand, 13373102 - 13373367
Alignment:
Q  31 acattaactccaaaagctttggcaaattttacggccatatggcccaacccaccaaggccaaccactccgacatgaagaccaggcttgttgagtccataat 130  Q
    |||||| | ||||||||||||| |||||| || |||||||| || || |||||||| |||||||| || ||||| | |||||||||||| |||||| |||    
T  13373102 acattagcaccaaaagctttggtaaatttcacagccatatgacctaatccaccaagaccaaccacacccacatgtaaaccaggcttgttaagtccaaaat 13373201  T
Q  131 atataagagggctataaacagtgattccagcgcaaaggaggggagcagcggcatcaagtggtaaggtattaggtatacggatcacaaagcgctcgtctac 230  Q
    || | | ||||||||| || ||||| || || ||||| || ||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||| ||| | ||||   |    
T  13373202 atttcaaagggctatatactgtgatccccgcacaaagaagaggagcagcggcatcaagtggtaaggcatcaggaatacggatcacgaagtgttcgtgggc 13373301  T
Q  231 aaccatcgagtcagagtagcctccatatgtgatgcttccatcactatatttagcaccatatgtgag 296  Q
    |||||| |  |||||||||||||||||||||||  |||||||| |||  || || |||||||||||    
T  13373302 aaccatggtatcagagtagcctccatatgtgattgttccatcaatattcttggcgccatatgtgag 13373367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 18 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 13385579 - 13385136
Alignment:
Q  18 actaattacagtcacattaactccaaaagctttggcaaattttacggccatatggcccaacccaccaaggccaaccactccgacatgaagaccaggcttg 117  Q
    ||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||| || ||||| || || | ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||    
T  13385579 actaattacggtcacattagcaccaaaagctttggcaaatttcacagccatgtgaccaagcccaccaagaccaacaacaccgacatgaagaccaggtttg 13385480  T
Q  118 ttgagtccataatatataagagggctataaacagtgattccagcgcaaaggaggggagcagcggcatcaagtggtaaggtattaggtatacggatcacaa 217  Q
    | ||||||| | ||| ||||||| || || |||||||| ||||| |||||||| || ||||| || |||||||||||   || ||| ||  | | ||| |    
T  13385479 tcgagtccaaagtatctaagaggactgtacacagtgatcccagcacaaaggagaggtgcagcagcttcaagtggtaatccatcaggaatgtgaaccacga 13385380  T
Q  218 agcgctcgtctacaaccatcgagtcagagtagcctccatatgtgatgcttccatcactatatttagcaccatatgtgagta-taaattttgtgcagtaat 316  Q
    ||  |||  | |||||||  |||||||| || ||||| | ||||||| ||||||||| ||   |  |||||  ||| |||| |  ||   | ||||||||    
T  13385379 agttctcagccacaaccaatgagtcagaataacctccgtgtgtgatggttccatcacgatgcatgccaccaactgt-agtagtgtatgcggggcagtaat 13385281  T
Q  317 tttcaagactgttatcacaatcttggcacgatctgcaagaaccaactaagcatcccacacccactttgtcatcaactttgaaattttctactttgcttcc 416  Q
    |||||||| ||| | |||||| ||| |||||||  || ||| ||| || | | || ||||| ||||||||  |||| ||||| |||||||||||||||||    
T  13385280 tttcaagattgtcaacacaattttgacacgatcgacatgaatcaattatgtagccaacacctactttgtctccaacattgaacttttctactttgcttcc 13385181  T
Q  417 cacctcagtcactacaccaacaatttcgtgcctgtatttcttata 461  Q
    |||||  ||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||    
T  13385180 cacctttgtcactataccaacaatctcatgcctgtatttcttata 13385136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 423 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 13411309 - 13411221
Alignment:
Q  423 agtcactacaccaacaatttcgtgcctgtatttcttataacaattgttagaatggaaatgaatttgttttggtaaccggtaatcctttg 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13411309 agtcactacaccaacaatttcgtgcctgtatttcttataacaattgttagaatggaaatgaatttgttttggcaaccggtaatcctttg 13411221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 40 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 13389378 - 13388957
Alignment:
Q  40 ccaaaagctttggcaaattttacggccatatggcccaacccaccaaggccaaccactccgacatgaagaccaggcttgttgagtccataatatataagag 139  Q
    ||||| |||||||||||||| || ||||| || || | ||||||||| ||||| || || | | |||||||||| || | ||||||||||||| ||||||    
T  13389378 ccaaatgctttggcaaatttcacagccatgtgaccaagcccaccaagaccaacaacacctatacgaagaccaggtttatcgagtccataatatctaagag 13389279  T
Q  140 ggctataaacagtgattccagcgcaaaggaggggagcagcggcatcaagtggtaaggtattaggtatacggatcacaaagcgctcgtctacaaccatcga 239  Q
    | || || |||||||| ||||| |||||||| || ||||| || |||||||||||   || ||| ||  | | ||| |||  ||| ||| ||||||  ||    
T  13389278 gactgtacacagtgatcccagcacaaaggagaggtgcagcagcttcaagtggtaatccatcaggaatgtgaaccacgaagttctcatctgcaaccaatga 13389179  T
Q  240 gtcagagtagcctccatatgtgatgcttccatcactatatttagcaccatatgtgagtataaattttgtgcagtaattttcaagactgttatcacaatct 339  Q
    |||||| || |||||||||||| |  ||||||| | ||| || |||||| ||||||   ||||| | |  ||||||||||||||| ||| | |||||| |    
T  13389178 gtcagaataacctccatatgtgctcgttccatcgcgatacttggcaccacatgtgaaagtaaatgtgggacagtaattttcaagattgtcaacacaattt 13389079  T
Q  340 tggcacgatctgcaagaaccaactaagcatcccacacccactttgtcatcaactttgaaattttctactttgcttcccacctcagtcactacaccaacaa 439  Q
    || || ||||  || ||| |||| | | | || ||||| ||||||||  |||| ||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||    
T  13389078 tgacatgatcgacatgaatcaaccatgtagccaacacctactttgtctccaacattgaacttttctactttgcttcccacctttgtcactataccaacaa 13388979  T
Q  440 tttcgtgcctgtatttcttata 461  Q
    | || ||||||||||| |||||    
T  13388978 tctcatgcctgtatttattata 13388957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 18 - 416
Target Start/End: Original strand, 13413002 - 13413400
Alignment:
Q  18 actaattacagtcacattaactccaaaagctttggcaaattttacggccatatggcccaacccaccaaggccaaccactccgacatgaagaccaggcttg 117  Q
    ||||||||| || |||||| | || ||||||||||||||||| || ||||||||||| |  |||||||| ||||| || || | ||| | |||||||||     
T  13413002 actaattacggtaacattagcaccgaaagctttggcaaatttcacagccatatggccaagtccaccaagaccaacaacacctatatgtaaaccaggctta 13413101  T
Q  118 ttgagtccataatatataagagggctataaacagtgattccagcgcaaaggaggggagcagcggcatcaagtggtaaggtattaggtatacggatcacaa 217  Q
    | ||||||| || ||  |||||| ||||| || ||||  ||||| |||||||| ||| ||||    ||||| |||| | | | ||| || || |||||||    
T  13413102 tcgagtccaaaaaatcgaagaggactatatacggtgacaccagcacaaaggagaggaccagcaaattcaagaggtatgttgtcaggaatgcgaatcacaa 13413201  T
Q  218 agcgctcgtctacaaccatcgagtcagagtagcctccatatgtgatgcttccatcactatatttagcaccatatgtgagtataaattttgtgcagtaatt 317  Q
    || |||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||||| |||| | ||||||||| ||| || |||||| |||||| || |||||| | |||||||||    
T  13413202 agtgctcgtctgcaaccattgagtcggagtaacctccataagtgacggttccatcacgatacttggcaccacatgtgactacaaatttggggcagtaatt 13413301  T
Q  318 ttcaagactgttatcacaatcttggcacgatctgcaagaaccaactaagcatcccacacccactttgtcatcaactttgaaattttctactttgcttcc 416  Q
     |||||| ||| || |||||||||||| ||||  || ||| |||  ||| | || ||||| ||||||||  ||||||| || || || |||||||||||    
T  13413302 ctcaagattgtcattacaatcttggcatgatcgacatgaatcaatcaagtagccaacacctactttgtctccaactttaaacttctccactttgcttcc 13413400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 108 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 13393717 - 13393376
Alignment:
Q  108 accaggcttgttgagtccataatatataagagggctataaacagtgattccagcgcaaaggaggggagcagcggcatcaagtggtaaggtattaggtata 207  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||  |||||| ||||| ||||| || || || |||||||| |||||||| |  ||||||||||||  || ||| ||     
T  13393717 accaggcttgtcgagtccaaaatatcgaagaggactatacacagtaataccggcacaaaggagaggagcagcagattcaagtggtaagccatcaggaatg 13393618  T
Q  208 cggatcacaaagcgctcgtctacaaccatcgagtcagagtagcctccatatgtgatgcttccatcactatatttagcaccatatgtgagtataaattttg 307  Q
     | |  | |||| |||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||   | |   ||| |    
T  13393617 tgaactataaagtgctcatctgcaaccattgagtcagagtaccctccatatgtgatgcttccatcactgtatttggcactatatgtatttgtttgtttag 13393518  T
Q  308 tgcagtaattttcaagactgttatcacaatcttggcacgatctgcaagaaccaactaagcatcccacacccactttgtcatcaactttgaaattttctac 407  Q
     ||| ||||| |||||| | |  ||||| | |||||| |  |  || ||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||| || |||||    
T  13393517 ggcaataattctcaagattttcctcacagttttggcatgcacgacacgaatcaactaagcatcccacacccactttgtctccaattttgaacttctctac 13393418  T
Q  408 tttgcttcccacctcagtcactacaccaacaatttcgtgcct 449  Q
    ||||||||| ||||| ||||||| |||| |||| || |||||    
T  13393417 tttgcttcctacctccgtcactataccagcaatctcatgcct 13393376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 18 - 443
Target Start/End: Original strand, 13453851 - 13454276
Alignment:
Q  18 actaattacagtcacattaactccaaaagctttggcaaattttacggccatatggcccaacccaccaaggccaaccactccgacatgaagaccaggcttg 117  Q
    ||||||||| ||||||||| | || ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |  |||||||| ||||| || || | ||  | | ||||||||    
T  13453851 actaattacggtcacattagcaccgaaagctttggcgaatttcacggccatatggccaagtccaccaagaccaacaacacctatattcatatcaggcttg 13453950  T
Q  118 ttgagtccataatatataagagggctataaacagtgattccagcgcaaaggaggggagcagcggcatcaagtggtaaggtattaggtatacggatcacaa 217  Q
    | ||||||| ||| |  |||||| ||||| || || || ||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||   ||  || || || | |||||    
T  13453951 tcgagtccaaaatgtcgaagaggactatatacggttatcccagcacaaaggagaggagcagctgcatcaagaggtaactgatctggaatgcgaaacacaa 13454050  T
Q  218 agcgctcgtctacaaccatcgagtcagagtagcctccatatgtgatgcttccatcactatatttagcaccatatgtgagtataaattttgtgcagtaatt 317  Q
    || |||||||   |||||| ||||||||| |||||||||  ||| || |||||||||| ||||| | |||||  |||||| | ||||  |  ||||||||    
T  13454051 agtgctcgtcggaaaccattgagtcagagaagcctccatgagtgctggttccatcactgtatttggaaccatcagtgagtgtcaattggggacagtaatt 13454150  T
Q  318 ttcaagactgttatcacaatcttggcacgatctgcaagaaccaactaagcatcccacacccactttgtcatcaactttgaaattttctactttgcttccc 417  Q
     |||||| | | | |||||| ||| || ||    |||||| |||| |||||||||||||| ||| ||||  |||||||||| ||||  ||||||||||||    
T  13454151 ctcaagattatcaacacaattttgacatgagtgacaagaatcaaccaagcatcccacacctactctgtctccaactttgaactttttcactttgcttccc 13454250  T
Q  418 acctcagtcactacaccaacaatttc 443  Q
    || || || ||||  |||||||||||    
T  13454251 acttctgtaactatgccaacaatttc 13454276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 18 - 263
Target Start/End: Original strand, 13446898 - 13447143
Alignment:
Q  18 actaattacagtcacattaactccaaaagctttggcaaattttacggccatatggcccaacccaccaaggccaaccactccgacatgaagaccaggcttg 117  Q
    ||||||||| ||||| ||| | ||||||||||| |||||||| || |||||||| || |  |||||||| ||||| ||||| | ||  | ||||||||||    
T  13446898 actaattacggtcactttagcaccaaaagctttagcaaatttcacagccatatgaccaagtccaccaagaccaacaactcctatattcataccaggcttg 13446997  T
Q  118 ttgagtccataatatataagagggctataaacagtgattccagcgcaaaggaggggagcagcggcatcaagtggtaaggtattaggtatacggatcacaa 217  Q
    | ||||||| ||| |  |||||| ||||| || |||| |||||||||||| || ||| | ||  ||||||| |||||| ||| ||| || || |||||||    
T  13446998 tcgagtccaaaatgtcgaagaggactatacactgtgactccagcgcaaagaagaggaccggcaccatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaa 13447097  T
Q  218 agcgctcgtctacaaccatcgagtcagagtagcctccatatgtgat 263  Q
    || |||||||| ||||||| ||||| ||| | |||||||| |||||    
T  13447098 agtgctcgtctgcaaccattgagtcggagaaacctccataggtgat 13447143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 18 - 293
Target Start/End: Original strand, 13426238 - 13426513
Alignment:
Q  18 actaattacagtcacattaactccaaaagctttggcaaattttacggccatatggcccaacccaccaaggccaaccactccgacatgaagaccaggcttg 117  Q
    ||||||||| || |||||| | |||||||||||||| ||||| || |||||||| || |  |||||||| ||||| || || | ||  | ||||||||||    
T  13426238 actaattactgttacattagcaccaaaagctttggcgaatttcacagccatatgaccaagtccaccaagaccaacaacgcctatattcataccaggcttg 13426337  T
Q  118 ttgagtccataatatataagagggctataaacagtgattccagcgcaaaggaggggagcagcggcatcaagtggtaaggtattaggtatacggatcacaa 217  Q
    | ||||  | |||    |||||| ||||| || |||| |||||||||||| || ||| | ||  ||||||| |||||| ||| ||| || || |||||||    
T  13426338 tcgagttgaaaatgacgaagaggactatacactgtgactccagcgcaaagaagaggaccggcaacatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaa 13426437  T
Q  218 agcgctcgtctacaaccatcgagtcagagtagcctccatatgtgatgcttccatcactatatttagcaccatatgt 293  Q
    || |||| ||| ||||||| ||||| || || ||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||||||| ||||    
T  13426438 agtgctcatctgcaaccattgagtcggaataacctccatatgtgacgctgccatcacgatacttagcaccacatgt 13426513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 25 - 263
Target Start/End: Original strand, 13378892 - 13379130
Alignment:
Q  25 acagtcacattaactccaaaagctttggcaaattttacggccatatggcccaacccaccaaggccaaccactccgacatgaagaccaggcttgttgagtc 124  Q
    ||||| || ||||| ||||| |||||||| || || || |||||||| || || |||||||| |||||||| || | ||| || ||||| ||||  | ||    
T  13378892 acagttaccttaacaccaaaggctttggcgaacttcacagccatatgacctaatccaccaagaccaaccacacctatatgcagtccaggtttgtcaaatc 13378991  T
Q  125 cataatatataagagggctataaacagtgattccagcgcaaaggaggggagcagcggcatcaagtggtaaggtattaggtatacggatcacaaagcgctc 224  Q
    || ||| | | |  |||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||| || |||||||||| ||||| ||  || |||||||  | |||| | ||    
T  13378992 caaaatgtttcattgggctatacactgtgatcccagcacaaaggagaggagcggcagcatcaagtgataaggcatcgggaatacggacaataaagtgttc 13379091  T
Q  225 gtctacaaccatcgagtcagagtagcctccatatgtgat 263  Q
    ||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  13379092 gtcgacaaccatggtgtcagagtagcctccatatgtgat 13379130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 368 - 455
Target Start/End: Original strand, 13447248 - 13447335
Alignment:
Q  368 atcccacacccactttgtcatcaactttgaaattttctactttgcttcccacctcagtcactacaccaacaatttcgtgcctgtattt 455  Q
    ||||||| || ||||||||  ||||||| || |||| |||||||||||||||||| || ||||||||   || ||||||||| |||||    
T  13447248 atcccacccctactttgtctccaactttaaacttttttactttgcttcccacctctgttactacacccgtaagttcgtgcctatattt 13447335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 76; Significance: 7e-35; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 18 - 461
Target Start/End: Original strand, 47601169 - 47601612
Alignment:
Q  18 actaattacagtcacattaactccaaaagctttggcaaattttacggccatatggcccaacccaccaaggccaaccactccgacatgaagaccaggcttg 117  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||| || || ||||| || || |  |||||||| ||||| || || | ||| | |||||| ||     
T  47601169 actaattacagtcacattagccccaaaagctttagcaaacttaacagccatgtgaccaagtccaccaagaccaacaacacctatatgcataccaggttta 47601268  T
Q  118 ttgagtccataatatataagagggctataaacagtgattccagcgcaaaggaggggagcagcggcatcaagtggtaaggtattaggtatacggatcacaa 217  Q
    | ||||||| |||||  |||||| ||||| || ||||| || || ||||| || |||||||  || |||||||| ||   ||  || ||  | | |||||    
T  47601269 tcgagtccaaaatatcgaagaggactatacactgtgataccggcacaaagaagaggagcagtagcttcaagtggcaaaccatcgggaatgtgaaccacaa 47601368  T
Q  218 agcgctcgtctacaaccatcgagtcagagtagcctccatatgtgatgcttccatcactatatttagcaccatatgtgagtataaattttgtgcagtaatt 317  Q
    || |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| || | ||||||| |||||| |||||| |||||  | ||||    |  || ||| |    
T  47601369 agtgctcgtctacaaccattgagtcagagtaacctccgtatgtggtggtgccatcacgatatttggcaccacatgtggctgtaaagcgaggacaataact 47601468  T
Q  318 ttcaagactgttatcacaatcttggcacgatctgcaagaaccaactaagcatcccacacccactttgtcatcaactttgaaattttctactttgcttccc 417  Q
    ||||||| | | | |||||| ||| ||||||||||| ||| | |  | | | || ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  47601469 ttcaagattttcagcacaattttgacacgatctgcatgaatcgatcatgaagccaacacccactttgtctccaactttgaacttttctactttgcttccc 47601568  T
Q  418 acctcagtcactacaccaacaatttcgtgcctgtatttcttata 461  Q
    || |  ||||||| ||||||||| || || ||||||||||||||    
T  47601569 acttttgtcactataccaacaatctcatgtctgtatttcttata 47601612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 40 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 28430761 - 28430475
Alignment:
Q  40 ccaaaagctttggcaaattttacggccatatggcccaacccaccaaggccaaccactccgacatgaagaccaggcttgttgagtccataatatataagag 139  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||| || |  |||||||| |||||||| || |  || |    ||| || |  |||||| ||||| | | ||    
T  28430761 ccaaaagctttggcaaatttcacagccatatgaccaagtccaccaagaccaaccacacctaattgcaagttaggtttatcaagtccaaaatatttcaaag 28430662  T
Q  140 ggctataaacagtgattccagcgcaaaggaggggagcagcggcatcaagtggtaaggtattaggtatacggatcacaaagcgctcgtctacaaccatcga 239  Q
    ||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| || |||||||| |||| | |||| || || | |||||||||||  |||||    ||||| |     
T  28430661 ggctatacaccgtgatcccggcgcagaggagaggagctgcagcatcaagaggtaggctatttggaatgctgatcacaaagctttcgtcggtgaccattgt 28430562  T
Q  240 gtcagagtagcctccatatgtgatgcttccatcactatatttagcaccatatgtgagtataaattttgtgcagtaattttcaagact 326  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| | ||||||  ||  || | ||| |||||||| || | |||||  ||||||||||| |||||    
T  28430561 gtcggagtagcctccatatgtgatggtgccatcaagattcttggaaccgtatgtgagaatcacttttggacagtaattttcgagact 28430475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University