View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18336_low_2 (Length: 820)

Name: NF18336_low_2
Description: NF18336
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18336_low_2
NF18336_low_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (19-814)||(39480795-39481592)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 766; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 766; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 814
Target Start/End: Original strand, 39480795 - 39481592
Alignment:
Q  19 ggaactccaccagcagtggatgaagtgtgtgttccatgtccagaggagtctcttggagagagatattctggaattcttgaaggtgatattgccaaatggc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39480795 ggaactccaccagcagtggatgaagtgtgtgttccatgtccagaggagtctcttggagagagatattctggaattcttgaaggtgatattgccaaatggc 39480894  T
Q  119 ctttggtgaagtaccttgcgccaatgagttttctgttacaattggaagagttaaaggcctgccctgtttgacatatacccttccatttcttgggaactgg 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39480895 ctttggtgaagtaccttgcgccaatgagttttctgttacaattggaagagttaaaggcctgccctgtttgacatatacccttccatttcttgggaactgg 39480994  T
Q  219 aggcatatcatgatcattgaagctaggactctctggccaaacaccggtatcaagcaccccgattatcgttccacggccaaaacctgattgataccaacca 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39480995 aggcatatcatgatcattgaagctaggactctctggccaaacaccggtatcaagcaccccgattatcgttccacggccaaaacctgattgataccaacca 39481094  T
Q  319 ttttgttttgcagggttgagtcctaagaacttgtaagaatatgtggtttgaatttggagtagcctatcaggcctaattgagataacatcaggattctttt 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39481095 ttttgttttgcagggttgagtcctaagaacttgtaagaatatgtggtttgaatttggagtagcctatcaggcctaattgagataacatcaggattctttt 39481194  T
Q  419 gtaggtactcgagctcatactcagttaactgagctgcgaaaccgtccattgcggaacggtaagagtagagaaggcgagaagaagggtcttcatcagatga 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39481195 gtaggtactcgagctcatactcagttaactgagctgcgaaaccgtccattgcggaacggtaagagtagagaaggcgagaagaagggtcttcatcagatga 39481294  T
Q  519 aatggtttgttgtataaatgaaaggtgccattcaagattggaggtgaacaaagacttggttgtgccatgagggtgtaattgaacaatataagttccaaga 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39481295 aatggtttgttgtataaatgaaaggtgccattcaagattggaggtgaacaaagacttggttgtgccatgagggtgtaattgaacaatataagttccaaga 39481394  T
Q  619 gtctgtgcatggatggtgagaatgaggaggaaaagggtgaggaaaaagagttgaaatttggattccatt-ggtttttgttgttgtagtaatagaagaatg 717  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  39481395 gtctgtgcatggatgttgagaatgaggaggaaaagggtgaggaaaaagagttgaaatttggattccattgggtttttgttgttgtagtagtagaagaatg 39481494  T
Q  718 tgttgta-ggttgcatgattttgtggtggaattggaggggtatttgaaggtgttgaggaagaattcaaatgtgaactagctaagcgtttgatgatgtc 814  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  39481495 tgttgtagggttgcatgattttgtggtggaattggaggggtatttgaaggtgttgaggaagaattcaaatgtgaactaggtaagcgtttgttgatgtc 39481592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University