View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18338_low_7 (Length: 313)

Name: NF18338_low_7
Description: NF18338
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18338_low_7
NF18338_low_7
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (39-299)||(4711113-4711373)
chr7 (18-299)||(4845020-4845301)
chr7 (35-275)||(4637684-4637924)
chr7 (42-274)||(4654327-4654559)
chr7 (39-274)||(4696210-4696442)
chr7 (35-283)||(4644514-4644762)
chr7 (35-274)||(4673534-4673776)
chr7 (112-289)||(4782934-4783111)
chr7 (112-289)||(4815363-4815540)
chr7 (35-286)||(4864744-4864998)
chr7 (86-277)||(4663524-4663715)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 249; Significance: 1e-138; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 39 - 299
Target Start/End: Original strand, 4711113 - 4711373
Alignment:
Q  39 aactatggcaaaatccataaacgaaaaatttcacactaaaattaccctactatctctctatttgctcttgttccctctagttgctaactcatacaaccct 138  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711113 aactatggcaaactccataaacgaaaaatttcacactaaaattaccctactatctctctatttgctcttgttccctctagttgctaactcatacaaccct 4711212  T
Q  139 gattacaatttagccatcaattgtggcttctcaacaaacactactgccttagatagtcgaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctcttta 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711213 gattacaatttagccatcaattgtggcttctcaacaaacactactgccttagatagtcgaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctcttta 4711312  T
Q  239 ccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaatcatcacctaattaccttaccaa 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  4711313 ccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaatcatcacctaattccctttccaa 4711373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 18 - 299
Target Start/End: Original strand, 4845020 - 4845301
Alignment:
Q  18 cactctattctcacacaacacaactatggcaaaatccataaacgaaaaatttcacactaaaattaccctactatctctctatttgctcttgttccctcta 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| | ||||||||||||    
T  4845020 cactctattctcacacaacacaactatgccaaactccataaacaaaaaatttcacactaaaatcaccctactatctatctatttggttttgttccctcta 4845119  T
Q  118 gttgctaactcatacaaccctgattacaatttagccatcaattgtggcttctcaacaaacactactgccttagatagtcgaatttgggttggtgataata 217  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |  |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||    
T  4845120 gttattaactcatacaaccctgattacaatttagccatcaattgtggttcctcaacaaacaatgttgccttagataaacgaatttggattggtgataata 4845219  T
Q  218 ttgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaatcatcacctaattaccttaccaa 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||| |||| ||||    
T  4845220 ttgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaatccatcttttaaatcatctcctaattccctttccaa 4845301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 9e-67
Query Start/End: Original strand, 35 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 4637924 - 4637684
Alignment:
Q  35 acacaactatggcaaaatccataaacgaaaaatttcacactaaaattaccctactatctctctatttgctcttgttccctctagttgctaactcatacaa 134  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||| ||||  || |||| ||||| | | ||||||| |||| ||||||  | |||||| |||||||||||||||||||    
T  4637924 acacagctatggcaaactccataaacaaaaacatttacacaaaaatcagcatactatccctctttttgctacttttccctttagttgctaactcatacaa 4637825  T
Q  135 ccctgattacaatttagccatcaattgtggcttctcaacaaacactactgccttagatagtcgaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctc 234  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||  ||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||    
T  4637824 ccctgattacaatttagccatcaattgtggctccttaaccgacaatactgccttagataaacgaatttgggttggtgataatattaataacaaaaatctc 4637725  T
Q  235 tttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaa 275  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4637724 tttactttcattgaaccaaaaaccacaaacccatcttttaa 4637684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 42 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 4654559 - 4654327
Alignment:
Q  42 tatggcaaaatccataaacgaaaaatttcacactaaaattaccctactatctctctatttgctcttgttccctctagttgctaactcatacaaccctgat 141  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||  || |||| ||||| | | |||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  4654559 tatggcaaactccataaacaaaaacatttacacaaaaatgagcatactatctctctttttgctattgttccctctaattgcttactcatacaaccctgat 4654460  T
Q  142 tacaatttagccatcaattgtggcttctcaacaaacactactgccttagatagtcgaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctctttacct 241  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||| |  |||| |||||||| |||||||||  ||||||||| ||||||| ||||||||||||  |||| ||||||| |    
T  4654459 tacaatttagctatcgattgtggctccctaacagacactactaccttagataaacgaatttggattggtgagaatattgataacaaaaatatctttactt 4654360  T
Q  242 tcattgaaccaaaaaccacaaacccatctctta 274  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4654359 tcattgaaccaaaaaccacgaacccatctctta 4654327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 8e-58
Query Start/End: Original strand, 39 - 274
Target Start/End: Original strand, 4696210 - 4696442
Alignment:
Q  39 aactatggcaaaatccataaacgaaaaatttcacactaaaattaccctactatctctctatttgctcttgttccctctagttgctaactcatacaaccct 138  Q
    |||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||| | ||| |||||||||  |||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  4696210 aactatggcaaactccagaaacaaaaaatttcacactaaaatcatcctgctatctctcattttgctattgttccctctagttgctacctcatacgaccct 4696309  T
Q  139 gattacaatttagccatcaattgtggcttctcaacaaacactactgccttagatagtcgaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctcttta 238  Q
      |||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||   |||| || |  ||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||     
T  4696310 atttacaatttagccatcaattgtggctcctcatcagacacta---ccttcgacaaacgaatatgggttggtgataataatgataacacaaaactctttt 4696406  T
Q  239 ccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctctta 274  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4696407 ccttcaatgaaccaaaaaccacaaacacatctctta 4696442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 35 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 4644762 - 4644514
Alignment:
Q  35 acacaactatggcaaaatccataaacgaaaaatttcacactaaaattaccctactatctctctatttgctcttgttccctctagttgctaactcatacaa 134  Q
    ||||||||||||||||  |||||||| |||||  | |||| ||||| | | |||| ||||||  ||||||  ||||||||||| | |||| |||||||||    
T  4644762 acacaactatggcaaacaccataaacaaaaaaaattacacaaaaatcagcatactttctctcattttgctactgttccctctactagctacctcatacaa 4644663  T
Q  135 ccctgattacaatttagccatcaattgtggcttctcaacaaacactactgccttagatagtcgaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctc 234  Q
     ||   ||||||| ||||||| | |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||    
T  4644662 tccaatttacaatatagccattagttgtggctcctcaacgaacactactgccttagatagtcgaatttgggttggtgataataatgataacacaaaactc 4644563  T
Q  235 tttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaatcatcac 283  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| |||| ||||||    
T  4644562 tttactttcattgaaccaaaaaccactaatccatctcctaaaacatcac 4644514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 35 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 4673776 - 4673534
Alignment:
Q  35 acacaactatggcaaaatccataaacgaaaaatttcacactaaaattaccctactatctctctatttgctcttgttccctctagttgctaactcatacaa 134  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||| |||||  | |||| ||||| ||||||||| | |||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4673776 acacagctatggcaaactccataaacaaaaaaaattacacaaaaatcaccctactaccgctcattttgctcttgttccctctagttgctacctcatacaa 4673677  T
Q  135 ccctgattacaatttagccatcaattgtggcttctcaacaaacactactgccttagatagtcgaatttgggttggtgat---aatattgataactcaaat 231  Q
     ||   |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| | || |||| ||||  ||||| ||||||||||||   |||||| ||||| |||||    
T  4673676 accaatttacaatttagccatcaattgtggttcctcaacaaacaatgctaccttcgataaccgaatgtgggttggtgataataatattaataacacaaat 4673577  T
Q  232 ctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctctta 274  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4673576 ctctttactttcattgaaccaaaaaccacatacccatctctta 4673534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 112 - 289
Target Start/End: Original strand, 4782934 - 4783111
Alignment:
Q  112 cctctagttgctaactcatacaaccctgattacaatttagccatcaattgtggcttctcaacaaacactactgccttagatagtcgaatttgggttggtg 211  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||| ||    
T  4782934 cctctaattgctatttcatacaaccctgattacagtttagccatcagttgtggctcctcaacaaacactactgcctttgatggacgaatttgggttgttg 4783033  T
Q  212 ataatattgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaatcatcacctaatt 289  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||  ||||||||    
T  4783034 ataacattgataactctaatctcttttccttcattgaaccaaaaaatacaaacccatctcttaaaacaaaacctaatt 4783111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 112 - 289
Target Start/End: Original strand, 4815363 - 4815540
Alignment:
Q  112 cctctagttgctaactcatacaaccctgattacaatttagccatcaattgtggcttctcaacaaacactactgccttagatagtcgaatttgggttggtg 211  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||| ||    
T  4815363 cctctaattgctagttcatacaaccctgattacagtttagccatcagttgtggctcctcaacaaacactactgcctttgatggacgaatttgggttgttg 4815462  T
Q  212 ataatattgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaatcatcacctaatt 289  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||  ||||||||    
T  4815463 ataacattgataactctaatctcttttccttcattgaaccaaaaaatacaaacccatctcttaaaacaaaacctaatt 4815540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 35 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 4864998 - 4864744
Alignment:
Q  35 acacaactatggcaaaatccataaacgaaaaatttcacactaaaattaccctactatctctctatttgctcttgttccctctagttgctaactca----- 129  Q
    |||||||||||||||| || |||||| | ||| || |||||||||| |||||||||||||||  ||| || || ||   | |||| ||||| |||         
T  4864998 acacaactatggcaaactcgataaacaagaaactttacactaaaatcaccctactatctctccttttcctattcttttttttagtagctaaatcaatagc 4864899  T
Q  130 -tacaaccctgattacaatttagccatcaattgtggcttctcaacaaacactactgccttagatagtcgaatttgggttggtgataatattgataactca 228  Q
     |||| |||||||| || ||||||||||  |||||||| ||||||||| |||||   ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  4864898 atacagccctgatttcagtttagccatcggttgtggctcctcaacaaatactac---cttagataaacgaatttgggttggtgataatattgataacaaa 4864802  T
Q  229 aatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaatcatcaccta 286  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4864801 aatctctttactttcattgaacaaaaaaccacaaacccatctcttaaaacatcaccta 4864744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 86 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 4663715 - 4663524
Alignment:
Q  86 tactatctctctatttgctcttgttccctctagttgctaactcatacaaccctgattacaatttagccatcaattgtggcttctcaacaaacactactgc 185  Q
    |||||||||||  |||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||| | |   | ||||| |||||     
T  4663715 tactatctctcattttgctattgttccctctaattgctacctcatacaacccaatttacaatttagccatcagttgtggttccgatataaacaatactga 4663616  T
Q  186 cttagatagtcgaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaat 277  Q
    ||  ||     ||||||||||||||||||||| ||||||| || | |||||| | ||| |||| |||||||| | ||| |||||||||||||    
T  4663615 ctcggacgaaggaatttgggttggtgataataatgataacacagaactcttttctttccttgagccaaaaacaaaaaatccatctcttaaat 4663524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University