View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18339_low_10 (Length: 609)

Name: NF18339_low_10
Description: NF18339
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18339_low_10
NF18339_low_10
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (19-595)||(20338072-20338648)
chr7 (37-595)||(20133681-20134241)
chr7 (158-595)||(20141303-20141743)
chr7 (121-583)||(20126586-20127051)
chr7 (59-529)||(20374889-20375362)
chr7 (300-530)||(20351305-20351535)
chr7 (300-530)||(20361833-20362066)
chr7 (423-518)||(20360396-20360491)
chr7 (462-527)||(20407458-20407523)
chr7 (301-374)||(22062999-22063072)
chr7 (309-374)||(22069468-22069533)
chr7 (310-374)||(6865437-6865501)
chr7 (462-524)||(20442137-20442199)
chr7 (477-518)||(20139194-20139235)
chr7 (309-373)||(22080214-22080278)
chr7 (462-517)||(20423097-20423152)
chr7 (59-213)||(20351625-20351779)
chr7 (172-209)||(6865299-6865336)
chr7 (161-209)||(22080390-22080438)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (310-524)||(15960426-15960640)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 553; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 553; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 20338648 - 20338072
Alignment:
Q  19 ctccaactattatgctgcaaactgaaaacactgacatttattgtattcggaacaaaatacaccaccttataagtgttggctgatttatcatagccaagcg 118  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20338648 ctccaactattatgctgcaaattgaaaacactgacatttattgtattcggaacaaaatacaccaccttataagtgttggctgatttatcatagccaagcg 20338549  T
Q  119 ttaaattaggatagaaatataggccgttgtgaatagagaaccctaattttgcagatattttccttatggcagggttccaaaaacgaagccatgtcacact 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20338548 ttaaattaggatagaaatataggccgttgtgaatagagaaccctaattttgcagatattttccttgtggcagggttccaaaaacgaagccatgtcacact 20338449  T
Q  219 attataattaggggtgaaaaactgaccatacaagcagagtaatccattgtaggaaccaacgacatagaggctgtcctctgtaagtttatggtaaggatct 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  20338448 attataattaggggtgaaaaactgaccatacaagcagagtaatccattgtaggaaccaacgacatagaggctgtcctctgtaagtttgtggtaaggatct 20338349  T
Q  319 tctggaagatcgataatgattggaggattctcgagcaaacgaaaaacagtgaaggatgcaacattgcgatcagaggtagatacaagtgtgaagtcctctt 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20338348 tctggaagatcgataatgattggaggattctcgagcaaacgaaaaacagtgaaggatacaacattgcgatcagaggtagatacaagtgtgaagtcctctt 20338249  T
Q  419 tttgtgcagatcgagtaaggtgcaatttgatgaaattgggatcagagatgagagagtcatgtgacttactcaaacacctaaatcgaaggagagatttgac 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20338248 tttgtgcagatcgagtaaggtgcaatttgatgaagttgggatcagagatgagagagtcatgtgacttactcaaacacctaaatcgaaggagagatttgac 20338149  T
Q  519 aggaagtaaggagagcaaatcggggatgtgctcgttaggaatgaattttggtgacgtgatggtaggacgctgtgatg 595  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  20338148 aggaagtaaggagagcaaatcggggatgtgctcgttaggaatgaatttcggtgacgtgatggtaggacgctgtgatg 20338072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 37 - 595
Target Start/End: Original strand, 20133681 - 20134241
Alignment:
Q  37 aaactgaaaacactgacatttattgtattcggaacaaaatacaccaccttataagtgttggctgatttatcatagccaagcgttaaattaggatagaaat 136  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||| || ||| ||| ||||||||| | | ||||||||||||||      
T  20133681 aaactgaaaacacttacatttgttgtatttggaactaaatacacgaccttgtaagtgtcggttgaattaacatagccaaacttcaaattaggatagaacc 20133780  T
Q  137 ataggccgttgtgaatagagaaccctaattttgcagatattttccttatggcagggttccaaaaacgaagccatgtcacactattataattaggggtgaa 236  Q
    ||||| | || |||| |||  ||||||||||||  |||||||||||  |||| |||||||| || |||||  |||| ||||||||| |||| | | ||||    
T  20133781 ataggtctttatgaagagaataccctaattttggtgatattttcctcgtggctgggttccagaagcgaagaaatgttacactattaaaattggagttgaa 20133880  T
Q  237 aaactgaccatacaagcagagtaatccattgtaggaaccaacgacatagaggctgtcctct---gtaagtttatggtaaggatcttctggaagatcgata 333  Q
    ||| ||||   |||||||||||||||||||| | |||||||| |||||  | | |||||     ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||    
T  20133881 aaattgacagaacaagcagagtaatccattgcatgaaccaacaacataatgacagtccttgttcgtaagttgatggttaggatcttctggaagattggta 20133980  T
Q  334 atgattggaggattctcgagcaaacgaaaaacagtgaaggatgcaacattgcgatcagaggtagatacaagtgtgaagtcctctttttgtgcagatcgag 433  Q
     |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  | ||   |||||||||||    
T  20133981 -tgattggagggttctggagcaaacgaaaaacagtgaagaatacaacattgcgatcagaggtagatacaagtgtgaaatctgcattccatgcagatcgag 20134079  T
Q  434 taaggtgcaatttgatgaaattgggatcagagatgagagagtcatgtgacttactcaaacacctaaatcgaaggagagatttgacaggaagtaaggagag 533  Q
    |||||||| ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| | ||| ||    
T  20134080 taaggtgccatttgatgaaggtcggatcagagatgagagagtcatgtggcttactcaagcacctaaatcgaagaagagatttgacgggaaggagggaaag 20134179  T
Q  534 caaatcggggatgtgctcgttaggaatgaattttggtgacgtgatggtaggacgctgtgatg 595  Q
    ||| | ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| || |||||||||| |||||||    
T  20134180 caagttggggatgtggtcgttaggattgaattttggtgacatgttggtaggacgttgtgatg 20134241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 158 - 595
Target Start/End: Original strand, 20141303 - 20141743
Alignment:
Q  158 accctaattttgcagatattttccttatggcagggttccaaaaacgaagccatgtcacactattataattaggggtgaaaaactgaccatacaagcagag 257  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||  |||| |||||||||||||||||| | |||||||||||| ||| || ||||||||||||||   |||| || ||    
T  20141303 accctaattttggagacattttcctcgtggctgggttccaaaaacgaagcaacgtcacactattaaaatcagaggtgaaaaactgactgaacaaacaaag 20141402  T
Q  258 taatccattgtaggaaccaacgacatagaggctgtcc---tctgtaagtttatggtaaggatcttctggaagatcgataatgattggaggattctcgagc 354  Q
    |||||||||| |||||||||| ||| |||| | | ||   |||| ||||| ||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||| || | ||||    
T  20141403 taatccattgcaggaaccaacaacaaagagacagcccttgtctgcaagttgatggttaggatcttctggtagattgataatgattggagggttgtggagc 20141502  T
Q  355 aaacgaaaaacagtgaaggatgcaacattgcgatcagaggtagatacaagtgtgaagtcctctttttgtgcagatcgagtaaggtgcaatttgatgaaat 454  Q
    |||||||||||||||||| ||  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||| | ||   || ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  20141503 aaacgaaaaacagtgaagaatataacattgagatgagaggtggatacaagtgtgaagtccgcattccttgaagatcgagtaaggtgcaatttgatgaagt 20141602  T
Q  455 tgggatcagagatgagagagtcatgtgacttactcaaacacctaaatcgaaggagagatttgacaggaagtaaggagagcaaatcggggatgtgctcgtt 554  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||| ||| ||||||||    
T  20141603 tgggattagagatgagagagtcaagtgacttactcaagcacctaaatcgaaggagagatttgacaggaagcaaggaaagcacatcggtgatttgctcgtt 20141702  T
Q  555 aggaatgaattttggtgacgtgatggtaggacgctgtgatg 595  Q
    ||| ||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||    
T  20141703 agggatgaattttggtggcatgatggtaggacgccgtgatg 20141743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 121 - 583
Target Start/End: Original strand, 20126586 - 20127051
Alignment:
Q  121 aaattaggatagaaatataggccgttgtgaatagagaaccctaattttgcagatattttccttatggcagggttccaaaaacgaagccatgtcacactat 220  Q
    ||||||||||||||||||||  | || || | |||| ||||||||||| ||||||||  || | |||| || ||||||||||||||||| || |||||||    
T  20126586 aaattaggatagaaatatagctcattatggagagagtaccctaatttttcagatattgcccatgtggctggattccaaaaacgaagccacgtaacactat 20126685  T
Q  221 tataattaggggtgaaaaactgaccatacaagcagagtaatccattgtaggaaccaacgacatagaggctgtcctc---tgtaagtttatggtaaggatc 317  Q
    || |||| | |||||||| || |||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | |||| |||||    || ||||| || ||| |||||    
T  20126686 taaaattggaggtgaaaacctaaccaaacaagcagagtaatccattgcaggaaccaacaacaaacaggcagtccttgtttgcaagttgatagtatggatc 20126785  T
Q  318 ttctggaagatcgataatgattggaggattctcgagcaaacgaaaaacagtgaaggatgcaacattgcgatcagaggtagatacaagtgtgaagtcctct 417  Q
     | |||||||| || ||||| |||||| |||| ||| | | |||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||  | ||||||  |     
T  20126786 ctttggaagattgaaaatgaatggagggttctggagtagatgaaaaacagtgaagcatagaacattgcgaccagaggtagatacaatagagaagtctgcc 20126885  T
Q  418 ttttgtgcagatcgagtaaggtgcaatttgatgaaattgggatcagagatgagagagtcatgtgacttactcaaacacctaaatcgaaggagagatttga 517  Q
    ||   ||  || |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  20126886 ttccttgatgaccgagtaagttgcaatttgatgaagatgggatcagagatgagagagtcaagtgacttactcaagcacctaaatcgaaggagagatttga 20126985  T
Q  518 caggaagtaaggagagcaaatcggggatgtgctcgttaggaatgaattttggtgacgtgatggtag 583  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  20126986 caagaagtaaagagagcaaatcggggatgtgctcgttaggaatgaattttggtgacgtggtggtag 20127051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 59 - 529
Target Start/End: Original strand, 20374889 - 20375362
Alignment:
Q  59 ttgtattcggaacaaaatacaccaccttataagtgttggctgatttatcatagccaagcgttaaattaggatagaaatataggccgttgtgaatagagaa 158  Q
    ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||| || ||| ||| |||| | || ||| |||||| ||| ||||| ||||  ||| |||||||   |    
T  20374889 ttgtatttggaactaaatacgccaccttataagtgtcggttgagttaacataacaaaacgtcaaattatgatggaaatgtaggttgttatgaatagtata 20374988  T
Q  159 ccctaattttgcagatattttccttatggcagggttccaaaaacgaagccatgtcacactattataattaggggtgaaaaactgaccatacaagcagagt 258  Q
     ||||||||| |||||||| ||||  |||| ||||||||||| || | ||| ||| || | |   |||||| ||||||| | || ||| |||||||||||    
T  20374989 tcctaatttttcagatattgtcctcgtggctgggttccaaaagcgtatccacgtctcaatgtcgaaattagcggtgaaagaatggccaaacaagcagagt 20375088  T
Q  259 aatccattgtaggaaccaacgacatagaggctgtcctctgt----aagtttatggtaaggatcttctggaagatcgataatgattggaggattctcgagc 354  Q
    ||||||||| | || ||||| |  | ||||| ||  | |||    ||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||||| || |   ||    
T  20375089 aatccattgcaagagccaactatgtcgaggccgtgtt-tgtcatcaagttgatagtaaggatcttctggaagattgaaaatgattggagggttttgatgc 20375187  T
Q  355 aaacgaaaaacagtgaaggatgcaacattgcgatcagaggtagatacaagtgtgaagtcctctttttgtgcagatcgagtaaggtgcaatttgatgaaat 454  Q
    ||||||||||  ||||| |||   ||||||  |||||| ||||||||||| || ||||||   ||  |||||||||||||||||||||||||||  ||      
T  20375188 aaacgaaaaattgtgaaagataggacattgtcatcagaagtagatacaagagtcaagtccatattacgtgcagatcgagtaaggtgcaatttgacaaagg 20375287  T
Q  455 tgggatcagagatgagagagtcatgtgacttactcaaacacctaaatcgaaggagagatttgacaggaagtaagg 529  Q
    |||||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  20375288 tgggactggagatgagagagtcatgtgacttactcaagcacctaaatcgaaggagagatttgacgggaagcaagg 20375362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 91; E-Value: 9e-44
Query Start/End: Original strand, 300 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 20351535 - 20351305
Alignment:
Q  300 aagtttatggtaaggatcttctggaagatcgataatgattggaggattctcgagcaaacgaaaaacagtgaaggatgcaacattgcgatcagaggtagat 399  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||| || |||| |||||||||  |  |||||||||||||| ||||||| |   ||||||  ||| |||||||||    
T  20351535 aagtttatagtgaggatcttctggaagattgaaaatgcttggaggatcttgtagcaaacgaaaaactgtgaaggttaggacattgtcatcggaggtagat 20351436  T
Q  400 acaagtgtgaagtcctctttttgtgcagatcgagtaaggtgcaatttgatgaaattgggatcagagatgagagagtcatgtgacttactcaaacacctaa 499  Q
    |||||||| |||||  | ||  |||||||||||||||||||||||||||  ||  |||||   |||||||||||||||||  |||||||||| |||||||    
T  20351435 acaagtgtaaagtctgcattacgtgcagatcgagtaaggtgcaatttgacaaaggtgggactggagatgagagagtcatgcaacttactcaagcacctaa 20351336  T
Q  500 atcgaaggagagatttgacaggaagtaagga 530  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  20351335 atcgaaggagagatttgacgggaagcaagga 20351305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 300 - 530
Target Start/End: Original strand, 20361833 - 20362066
Alignment:
Q  300 aagtttatggtaaggatcttctggaagatcgataatgattggaggattctcgagcaaacgaaaaa-cagtgaaggatgcaacattgcgatcagaggtaga 398  Q
    ||||| || ||||||||| | | |||||| || ||| |||||||| || |  |||||| |||||| | |||||||||   ||||||  ||| ||||||||    
T  20361833 aagttcatagtaaggatccttttgaagattgaaaattattggagggttttgtagcaaaggaaaaaactgtgaaggataggacattgttatcggaggtaga 20361932  T
Q  399 tacaagtgtgaagtcctctttttgtgcagatcgagtaaggtgcaatttgatgaaattg--ggatcagagatgagagagtcatgtgacttactcaaacacc 496  Q
    ||||||||| |||||  | ||  |||||||||||||||||||||||| ||  ||  ||  | ||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20361933 tacaagtgtcaagtctacattacgtgcagatcgagtaaggtgcaattggacaaaggtgttgtattggagatgagagagtcatgtgacttactcaagcacc 20362032  T
Q  497 taaatcgaaggagagatttgacaggaagtaagga 530  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  20362033 taaatcgaaggagggatttgacgggaagcaagga 20362066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 423 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 20360491 - 20360396
Alignment:
Q  423 tgcagatcgagtaaggtgcaatttgatgaaattgggatcagagatgagagagtcatgtgacttactcaaacacctaaatcgaaggagagatttgac 518  Q
    |||||||| |||||||||||||||||  ||  || |||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||    
T  20360491 tgcagatcaagtaaggtgcaatttgacaaaggtgagattggagatgagagagtcatgtgacttactcaagcacctaaatcgaagtagaaatttgac 20360396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 462 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 20407523 - 20407458
Alignment:
Q  462 agagatgagagagtcatgtgacttactcaaacacctaaatcgaaggagagatttgacaggaagtaa 527  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  20407523 agagatgagagagtcatatgacttacttaagcacctaaatcgaaggagtgatttgacgggaagtaa 20407458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 301 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 22063072 - 22062999
Alignment:
Q  301 agtttatggtaaggatcttctggaagatcgataatgattggaggattctcgagcaaacgaaaaacagtgaagga 374  Q
    |||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  22063072 agttgatggtaaggattttttggaagattgataatgattggagggttctcgagcaaacggaaaactgtgaagga 22062999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 309 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 22069533 - 22069468
Alignment:
Q  309 gtaaggatcttctggaagatcgataatgattggaggattctcgagcaaacgaaaaacagtgaagga 374  Q
    ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  22069533 gtaaggatctcttggaagattgataatgattggagggttctcgagcaaacggaaaactgtgaagga 22069468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 310 - 374
Target Start/End: Original strand, 6865437 - 6865501
Alignment:
Q  310 taaggatcttctggaagatcgataatgattggaggattctcgagcaaacgaaaaacagtgaagga 374  Q
    ||||||||| | ||||||| ||||||||||||||| | ||| |||||||||| ||||||||||||    
T  6865437 taaggatctccaggaagattgataatgattggagggtactcaagcaaacgaagaacagtgaagga 6865501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 462 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 20442199 - 20442137
Alignment:
Q  462 agagatgagagagtcatgtgacttactcaaacacctaaatcgaaggagagatttgacaggaag 524  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||| || ||| |||||||| |||||    
T  20442199 agagatgagagagtcatatgacttacttaagcacctaaatcaaatgagtgatttgacgggaag 20442137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 477 - 518
Target Start/End: Original strand, 20139194 - 20139235
Alignment:
Q  477 atgtgacttactcaaacacctaaatcgaaggagagatttgac 518  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  20139194 atgtgacttactcaagcacctaaatcaaaggagagatttgac 20139235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 309 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 22080278 - 22080214
Alignment:
Q  309 gtaaggatcttctggaagatcgataatgattggaggattctcgagcaaacgaaaaacagtgaagg 373  Q
    |||||||| || || ||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||    
T  22080278 gtaaggatattttgaaagattgataatgatgggagggttctcgagcaaacggaaaactgtgaagg 22080214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 462 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 20423152 - 20423097
Alignment:
Q  462 agagatgagagagtcatgtgacttactcaaacacctaaatcgaaggagagatttga 517  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||||||||  |||||||    
T  20423152 agagatgagagagtcatatgacttacttaagcacctgaatcgaaggaatgatttga 20423097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 59 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 20351779 - 20351625
Alignment:
Q  59 ttgtattcggaacaaaatacaccaccttataagtgttggctgatttatcatagccaagcgttaaattaggatagaaatataggccgttgtgaatagagaa 158  Q
    ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||| || ||| ||| | || |||| ||| |||||| ||| ||||| |||   ||| |||||||   |    
T  20351779 ttgtatttggaactaaatacgccaccttataagtgtcggttgaattaacgtaaccaaacgtcaaattatgatggaaatgtagcttgttatgaatagtata 20351680  T
Q  159 ccctaattttgcagatattttccttatggcagggttccaaaaacgaagccatgtc 213  Q
     |||| |||| |||||||| ||||| ||||  |||||||||| |||| ||| |||    
T  20351679 tcctagtttttcagatattgtccttgtggcttggttccaaaagcgaatccacgtc 20351625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 172 - 209
Target Start/End: Original strand, 6865299 - 6865336
Alignment:
Q  172 gatattttccttatggcagggttccaaaaacgaagcca 209  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6865299 gataatttccttatggctgggttccaaaaacgaagcca 6865336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 161 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 22080438 - 22080390
Alignment:
Q  161 ctaattttgcagatattttccttatggcagggttccaaaaacgaagcca 209  Q
    |||||||| | |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  22080438 ctaatttttctgatattgtccttgtggctgggttccaaaaacgaagcca 22080390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 48; Significance: 4e-18; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 310 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 15960640 - 15960426
Alignment:
Q  310 taaggatcttctggaagatcgataatgattggaggattctcgagcaaacgaaaaacagtgaaggatgcaacattgcgatcagaggtagatacaagtgtga 409  Q
    ||||||||||  |||||||  | |||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||| |  | ||   | ||| |||||| ||||||| ||||    
T  15960640 taaggatctttgggaagattaaaaatgattggagggttttcgagcaaacgaaaaactgtgaaggttaaagcacaacaatctgaggtatatacaagagtga 15960541  T
Q  410 agtcctctt-tttgtgcagatcgagtaaggtgcaatttgatgaaattgggatcagagatgagagagtcatgtgacttactcaaacacctaaatcgaagga 508  Q
    | || |||  |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||    |||||||   | |||||||||||| | ||    
T  15960540 aatc-tctagtttgtgaagatcgattaaggtgcaatttgatgaagttgggatcagaaatgagggagttccatgacttatgtacacacctaaatcgtaaga 15960442  T
Q  509 gagatttgacaggaag 524  Q
    ||||||| || |||||    
T  15960441 gagatttcacgggaag 15960426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University