View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18339_low_3 (Length: 956)

Name: NF18339_low_3
Description: NF18339
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18339_low_3
NF18339_low_3
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (14-938)||(49301461-49302385)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 819; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 819; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 938
Target Start/End: Complemental strand, 49302385 - 49301461
Alignment:
Q  14 cacagaccatagtacaatttgaactttgtaccctttcagttcccaattcttaaagcccacttcaacatacattactatgtagaaaatggacatgtagtga 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49302385 cacacaccatagtacaatttgaactttgtaccctttcagttcccaattcttaaagaccacttcaacatacattactatgtagaaaatggacatgtagtga 49302286  T
Q  114 atttcctcttccatgtagtctttcctctaacaatttcttcattttgtttttctccctttgcttgtaaaagatgtgtataccttattggcctttgctcaag 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49302285 atttcctcttccatgtagtctttcctctaacaatttcttcattttgtttttctccctttgcttgtaaaagatgtgtataccttattggcctttgctcaag 49302186  T
Q  214 gtagctcaaaactccaccaccatttataatatctgattttacaaaagacaatccattgagcagatttgtgcagtaatctggttcaaccataccattaaga 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49302185 gtagctcaaaactccaccaccatttataatatctgattttacaaaagacaatccattaagcagatttgtgcagtaatctggttcaaccataccattaaga 49302086  T
Q  314 actatttcatcttcttcaggttcacatagtgattgaactatatctgaacttccacattcccttctatattctagtgtgataccagataattggtgactct 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49302085 actatttcatcttcttcaggttcacatagtgattgaactatatctgaacttccacattcccttctatattctagtgtgataccagataattggtgactct 49301986  T
Q  414 ctagaatttggtctggaatggtctgtaaaataatcaataatnnnnnnnntgaaagttaactatttgattatattctaataatggtataaatattgaagga 513  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  49301985 ctagaatttggtctggaatggtctgtaaaataatcaataataaaaaaaatgaaagttaactatttgattatattctaataatggtataaatattgaagaa 49301886  T
Q  514 tgataatgagtatattaatattgttttgaatttacctctagcatccaccttagatactttacattgttaacatgttggttcatgtccaaatcacttctct 613  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49301885 tgataatgagtatattaatattgttttgaatttacctctagcatccaccttagatactttacattgttaacatgttggttcatgtccaaatcacttctct 49301786  T
Q  614 tgggctgcaaaatggacagtgacacaaaatcattattcgtaaatattgtgtcgtggaagcgttcaattaaaatataatgcagggttttaaaaaatgtttt 713  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49301785 tgggctgcaaaatggacagtgacacaaaatcattattcgtaaatattgtgtcgtggaagcgttcaattaaaatataatgcagggttttaaaaaatgtttt 49301686  T
Q  714 cgagcacaatcaaggctacgacattaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaacctcaacatcaatctgcatttgaccgtagttattcgcaatgttaaggat 813  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||                  |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  49301685 cgagcacaatcaaggctgcgacattaaggtttttattttatttttttgcaacctcgacatcaatctgcatttgaccgttgttattcgcaatgttaaggat 49301586  T
Q  814 tgcggtatgaccgcgattaaaatgatggcataccttcaaattggaattcatgtattttgcttctttgtttaatttgatgattttttcgggagcatcttct 913  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49301585 tgcggtatgaccgcgattaaaatgatggcataccttcaaattggaattcatgtattttgcttctttgtttaatttgatgattttttcgggagcatcttct 49301486  T
Q  914 tttattgcttgcttctcaataaacc 938  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  49301485 tttattgcttgcttctcaataaacc 49301461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University