View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18341_low_3 (Length: 505)

Name: NF18341_low_3
Description: NF18341
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18341_low_3
NF18341_low_3
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (16-488)||(38305743-38306215)
chr8 (16-482)||(38320575-38321041)
chr8 (35-488)||(38299824-38300277)
chr8 (16-492)||(38313058-38313537)
chr8 (16-484)||(38316475-38316946)
chr8 (16-458)||(38325346-38325791)
chr8 (16-479)||(38308485-38308943)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (26-484)||(38850409-38850870)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 457; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 457; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 38306215 - 38305743
Alignment:
Q  16 gagttcacagtcatagacatgtccatatgcaagcgaactgaactgtcaataccaccaaccttttcaatgcactccttaaattttttccttctactctttg 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38306215 gagttcacagtcatagacatgtccatatgcaagcgaactgaactgtcaataccaccaaccttttcaacgcactccttaaattttttccttctactctttg 38306116  T
Q  116 aatccctcacaaacaagatgctctctctaattttagacacgtcaccactaactagttttaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaaca 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38306115 aatccctcacaaacaagatgctctctctaattttagacacgtcaccactaactagttttaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaaca 38306016  T
Q  216 atgcctgtgaaagaactctccatcacataacaaaccattttccaaaccaagatgagattgcaactgttcttgcaaaatgttgttcttaaatgagtcctct 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38306015 atgcctgtgaaagaactctccatcacataacaaaccattttccaaaccaagatgagatttcaactgttcttgcaaaatgttgtccttaaatgagtcctct 38305916  T
Q  316 aaattgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattttctcacacatctcggctacagtgggtaaaacaacacagaagt 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38305915 aaattgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcggctacagtgggtaaaacaacacagaagt 38305816  T
Q  416 tgagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgcgcagtcaaacagatataagtctcagcagt 488  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38305815 tgagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgcgcagtcaaacagatataagtctcagcagt 38305743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 16 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 38321041 - 38320575
Alignment:
Q  16 gagttcacagtcatagacatgtccatatgcaagcgaactgaactgtcaataccaccaaccttttcaatgcactccttaaattttttccttctactctttg 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  38321041 gagttcacagtcatagacatgtccagatgcaagcgaactgaactatcaacaccaccaaccttttcaacgcactccttaaatttttgccttcgactctttg 38320942  T
Q  116 aatccctcacaaacaagatgctctctctaattttagacacgtcaccactaactagttttaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaaca 215  Q
    ||||||| | |||||||||||||| ||||||||| |||||  || ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||    
T  38320941 aatccctaaaaaacaagatgctctgtctaattttcgacacagcatcactaactagtttcaacccctcttcaacaatcaattttaaaacacgtgcataaca 38320842  T
Q  216 atgcctgtgaaagaactctccatcacataacaaaccattttccaaaccaagatgagattgcaactgttcttgcaaaatgttgttcttaaatgagtcctct 315  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| || |||  |||||||||||||||  |||| | |||| || |||    
T  38320841 atgcccgtgaaagaactccccatcacataacaacccattttgcaaaccaagttgagttttcaatagttcttgcaaaatgtcattctcagatgaatcatct 38320742  T
Q  316 aaattgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattttctcacacatctcggctacagtgggtaaaacaacacagaagt 415  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||   ||||  |||||||     
T  38320741 aaagtgagagagaagatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcagctccagtgggatcaacagtacagaagg 38320642  T
Q  416 tgagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgcgcagtcaaacagatataagtctc 482  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| ||||||| || |||||||| |||||||||||    
T  38320641 tgagaaccttactctttaatttccaattcgcgtcagcaaaatgagcggtcaaacaaatataagtctc 38320575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 35 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 38300277 - 38299824
Alignment:
Q  35 tgtccatatgcaagcgaactgaactgtcaataccaccaaccttttcaatgcactccttaaattttttccttctactctttgaatccctcacaaacaagat 134  Q
    |||||| |||||||||||| ||||  |||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||    
T  38300277 tgtccagatgcaagcgaacggaacaatcaacaccaccaacctttgcaatacactccttaaatttttcccttccactctttgaatgcctcacaaacatgat 38300178  T
Q  135 gctctctctaattttagacacgtcaccactaactagttttaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaacaatgcctgtgaaagaactct 234  Q
    ||| |||||||||||| ||| | || | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||     
T  38300177 gctatctctaattttacacaggacatccctaactagtttcaacccctcttcaacaatcagttttaaaatgcgtgcaaaacaatgcccgtgaaagaactcc 38300078  T
Q  235 ccatcacataacaaaccattttccaaaccaagatgagattgcaactgttcttgcaaaatgttgttcttaaatgagtcctctaaattgagagagaaaatct 334  Q
    || ||||||||||| ||||| | |||| |||| |||  ||| || | |||||||||||| || ||||||||||| || |||||| |||||||||||||||    
T  38300077 ccgtcacataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttctaaagtgagagagaaaatct 38299978  T
Q  335 ttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattttctcacacatctcggctacagtgggtaaaacaacacagaagttgagaaccttactatttaa 434  Q
    ||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||    
T  38299977 tttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatacagtgggtaaaacaagacagaaattaagaaccttactatttaa 38299878  T
Q  435 cttccaatccgcgtcaacaaaatgcgcagtcaaacagatataagtctcagcagt 488  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  38299877 cttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagt 38299824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 16 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 38313537 - 38313058
Alignment:
Q  16 gagttcacagtcatagacatgtccatatgcaagcgaactgaactgtcaataccaccaaccttttcaatgcactccttaaattttttccttctactctttg 115  Q
    ||||||||  |||||||||| || | |||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||   ||||| ||||||||| |    
T  38313537 gagttcactctcatagacatatctagatgcaagcgaaccgaactatcaacaccaccaaccttttcaacgcactccttaaaaaatttccatctactcttgg 38313438  T
Q  116 aatccctcacaaacaagatgctctctctaattttagacacgtcaccactaactagttttaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaaca 215  Q
    ||| ||| |||||||| ||||||||||| || ||| | ||  |||    ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||    
T  38313437 aatgccttacaaacaaaatgctctctctgatcttacagacaacactctcaactagttttaacccttcatcaacaatcaggtttaaaacgcgggcaaaaca 38313338  T
Q  216 atgcctgtgaaagaactctccatcacataacaaaccattttccaaaccaagatgagattgcaactgttcttgcaaaatgttgttcttaaatgagtcctct 315  Q
    ||||   |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| |||  ||  || ||||||||||||||||  |||| | |||| || |||    
T  38313337 atgcacatgaaagaactctccatcacataacaacccattttgcaaacaaagttgattttttaattgttcttgcaaaatgtcattctcagatgaatcatct 38313238  T
Q  316 aaattgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattttctcacacatctcggctacagt----gggtaaaacaacacag 411  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||    |||| |||||| ||||    
T  38313237 aaagtgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcagctccagtaggagggt-aaacaagacag 38313139  T
Q  412 aagttgagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgcgcagtcaaacagatataagtctcagcagtatta 492  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  38313138 aagttgagaactttactatttaacttccaattcgcatcaacgaaatgagcagtcaaacaaatataagtctcagtagtatta 38313058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 16 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 38316946 - 38316475
Alignment:
Q  16 gagttcacagtcatagacatgtccatatgcaagcgaactgaactgtcaataccaccaaccttttcaatgcactccttaaattttttccttctactctttg 115  Q
    ||||||| | ||||||||||||||| ||||| || ||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||    
T  38316946 gagttcagactcatagacatgtccagatgcaggcaaacagaactatcaacaccaccaaccttttcaatgcactccttaaattttgtccttctattttttg 38316847  T
Q  116 aatccctcacaaacaagatgctctctctaattttagacacgtcaccactaactagttttaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaaca 215  Q
    ||| ||||||||||| |||||| |||| ||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||    
T  38316846 aattcctcacaaacatgatgctgtctcgaattccatacacggcaccactaactagttttaacccctcttcagcaatcagttttaaaacgcatgcaaaaca 38316747  T
Q  216 atgcctgtgaaagaactctccatcacataacaaaccattttccaaaccaagatgagattgcaactgttcttgcaaaatgttgttcttaaatgagtcctct 315  Q
    |||    |||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| ||| |||  || ||| |||||| ||| ||  || |||| |||||| || |||    
T  38316746 atgagcatgaaagaactctccatcacataacaacccatttcgcaaacaaagttgatttttcaattgttctagcataacattattctcaaatgaatcatct 38316647  T
Q  316 aaattgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattttctcacacatctcggctaca----gtgggtaaaacaacacag 411  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||| |||| ||||  | ||||| ||| ||    | |||| |||||| ||      
T  38316646 aaagtgagagagaaaatctttttctctattccccaatcattcaacaattcaatcattctctccgaaatctccgctgcaataggagggt-aaacaagacga 38316548  T
Q  412 aagttgagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgcgcagtcaaacagatataagtctcag 484  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||    
T  38316547 aagttgagaaccttactattcaacttccaattcgcgtcaacaaaatgagctgtcaaacaaatataagtctcag 38316475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 16 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 38325791 - 38325346
Alignment:
Q  16 gagttcacagtcatagacatgtccatatgcaagcgaactgaactgtcaataccaccaaccttttcaatgcactccttaaattttttccttctactctttg 115  Q
    ||||||| | ||||||||  ||||  |||||||||||| ||||| || | ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||    
T  38325791 gagttcagactcatagacgagtcctgatgcaagcgaacggaactatcgacaccaccaaccttttcaatgcattccttaaatttctcccttctactctttg 38325692  T
Q  116 aatccctcacaaacaagatgctctctctaattttagacacgtcaccactaactagttttaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaaca 215  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| ||||    
T  38325691 aatgcctcacaaacatgatgctctctctaatttttgacacggcatcactaactagtttcaacccgtcttcaacaatcagatttaaaacacgtgcaaaaca 38325592  T
Q  216 atgcctgtgaaagaactctccatcacataacaaaccattttccaaaccaagatgagattgcaactgttcttgcaaaatgttgttcttaaatgagtcctct 315  Q
     |||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||| | ||  || ||||  | ||| || |||    
T  38325591 gtgcccgtgaaagaactctccatcacacaacaacccattttgcaaaccaagatgagatttcaattgttcttgtagaacattattctcgactgaatcatct 38325492  T
Q  316 aaattgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattttctcacacatctcggctacagtg---ggtaaaacaacacaga 412  Q
    ||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||| |||| | |||||||||||  |  |||||   ||  | |||  |||||    
T  38325491 aaagtaagagaaaaaatctttttctctattccccaatcattcaacaattcaatcattctttcacacatctcaccaccagtgtcagggtagacactacaga 38325392  T
Q  413 agttgagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatg 458  Q
    | ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  38325391 aattgagaaccttactatttaccttccaattcgcgtcaacaaaatg 38325346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 160; E-Value: 5e-85
Query Start/End: Original strand, 16 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 38308943 - 38308485
Alignment:
Q  16 gagttcacagtcatagacatgtccatatgcaagcgaactgaactgtcaataccaccaaccttttcaatgcactccttaaattttttccttctactctttg 115  Q
    ||||||||  ||||||||||||| | |||||| ||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   ||||||||    
T  38308943 gagttcactctcatagacatgtctagatgcaaacgaacagaactatcaacaccaccaaccttttcaatgcactccttaaatttttccctgtgactctttg 38308844  T
Q  116 aatccctcacaaacaagatgctctctctaattttagacacgtcaccactaactagttttaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaaca 215  Q
    |   ||||||||||| |||||||| |||||| ||| ||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||    
T  38308843 atcgcctcacaaacatgatgctctttctaatcttatacacggcaccactaactagtttacacccctcttcaacaatcagttttaaaacatgtgcaaaaca 38308744  T
Q  216 atgcctgtgaaagaactctccatcacataacaaaccattttccaaaccaagatgagattgcaactgttcttgcaaaatgttgttcttaaatgagtcctct 315  Q
    |||    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  | ||| |||| ||||| ||  || |||| |||||| || |||    
T  38308743 atgagcatgaaagaactctccatcacataacaacccattttccaaaccaagttgagtcttcaattgttgttgcagaacattattctcaaatgaatcatct 38308644  T
Q  316 aaattgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattttctcacacatctcggctacagt---gggtaaaacaacacaga 412  Q
    ||| | |  || |||||||||||||||| |||||||||        | ||||||||| |||||||||| | |||| ||||    || ||||||| |||||    
T  38308643 aaagtaaatgaaaaaatctttttctctactccccaatc--------attcaaccattctctcacacatataggctccagtaggagggaaaacaagacaga 38308552  T
Q  413 agttgagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgcgcagtcaaacagatataagt 479  Q
    | |||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |  ||||| ||||||||    
T  38308551 aattgaaaagcttactatttaacttccaatccgcgccaacaaaatgagcggataaacaaatataagt 38308485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 180; Significance: 5e-97; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 26 - 484
Target Start/End: Original strand, 38850409 - 38850870
Alignment:
Q  26 tcatagacatgtccatatgcaagcgaactgaactgtcaataccaccaaccttttcaatgcactccttaaattttttccttctactctttgaatccctcac 125  Q
    ||||||| || |||| ||| ||| |||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||    
T  38850409 tcatagatatatccaaatgtaagtgaaccgaactatcaacaccaccaaccttttcaaagcactccttaaatttttccctcctactctttgaatgcctcac 38850508  T
Q  126 aaacaagatgctctctctaattttagacacgtcaccactaactagttttaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaacaatgcctgtga 225  Q
    ||||| ||| |||||||| || |||  |||  |||  ||||||||||||||| | |||||||| ||| | ||||||||||||||| |||||| |   |||    
T  38850509 aaacatgatactctctctgatcttatgcacaccacagctaactagttttaacgcttcttcaactatctgatttaaaacgcgtgcaaaacaattcacatga 38850608  T
Q  226 aagaactctccatcacataacaaaccattttccaaaccaagatgagattgcaactgttcttgcaaaatgttgttcttaaatgagtcctctaaattgagag 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||| || ||| |||||||||||||| |  |||| | |||| || || | | ||||||    
T  38850609 aagaactctccatcacataacaaaccattttgcaaaacaagttgagttttcaattgttcttgcaaaatctcattctcagatgaatcatcaatagtgagag 38850708  T
Q  326 agaaaatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattttctcacacatctcggctacagt---gggtaaaacaacacagaagttgagaac 422  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||| |||||  |   |||    ||  |||||| || ||| |||| |||    
T  38850709 agaaaatctttttctctattccccaatcattcaacaactcaaccattctctcacaaatctccccactagtaggaggataaacaagacggaaattgataac 38850808  T
Q  423 cttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgcgcagtcaaacagatataagtctcag 484  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  38850809 cttactatttaacttccaattcgcgtcaacaaaatgagcagtcaaacaaatataagtctcag 38850870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University