View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18347_low_3 (Length: 655)

Name: NF18347_low_3
Description: NF18347
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18347_low_3
NF18347_low_3
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (10-640)||(46997421-46998051)
chr3 (10-640)||(46974358-46974988)
chr3 (11-640)||(46980348-46980975)
chr3 (10-514)||(47001084-47001589)
chr3 (10-629)||(46995161-46995792)
chr3 (500-640)||(47001603-47001743)
chr3 (130-522)||(46951039-46951431)
chr3 (596-640)||(46951502-46951546)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 599; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 599; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 640
Target Start/End: Original strand, 46997421 - 46998051
Alignment:
Q  10 catcatcacagtataaggatcaaaaaacagatccattcgatacacaaagggcgaacgtaaccactcttcaaccgagtttcgcaccactttatcatcatag 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  46997421 catcatcacagtataaggatcaaaaaacagatccattcgatacacaaaaggcgaacgtaaccactcttcaaccgagtttcgcaccactttatcatcataa 46997520  T
Q  110 tttgcaatagccaggtgaatcttccatgctgcccatcctagatcattttccagcaattcccctaccgttgtttcagccctcactgcgtagatggaattcc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46997521 tttgcaatagccaggtgaatcttccatgctgcccatcctagatcattttccagcaattcccctaccgttgtttcagccctcactgcgtagatggaattcc 46997620  T
Q  210 caaaatattccttaggaagaggtggttccattctcgttcggttgtttatggccaatttgcaagttgttcgttgaccttgttgtaactgacgtgcacgcgt 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46997621 caaaatattccttaggaagaggtggttccattctcgttcggttgtttacggccaatttgcaagttgttcgttgaccttgttgtaactgacgtgcacgcgt 46997720  T
Q  310 tagacatctccaaactagtgctgataaggattgaaaagaagagattttgtttgtatcagactctttgttagcttttgctttaagtttcgcaatagactct 409  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46997721 tagagatctccaaactagtgctgataaggattgaaaagaagagattttgtttgtatcagactctttgttagcttttgctttaagtttcgcaatagactct 46997820  T
Q  410 gctgaaaaatgaaatattctctctctcaaaataggtgtttcatatctatgaataaactcgtcatgatgtttgaaaggaaggttgatgattggaccataac 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  46997821 gctgaaaaatgaaatattctctctctcaaaataggtgtttcatatctatgaataaactcgtcatgatgtttgaaaggaaggctgatgattggaccataac 46997920  T
Q  510 cttctggaaaccatttattgtgagtaggtttatgtgaaatcggaacaggaacatgaacatcattttgaaatatctcagaaaataagttaaagaaattcca 609  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  46997921 cttctggaaaccatctattgtgaataggtttatgtgaaatcggaacaggaacatgaacatcattttgaaatatctcagaaaatgagttaaagaaattcca 46998020  T
Q  610 ataaccagttccatcaccaatacaatgattc 640  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46998021 ataaccagttccatcaccaatacaatgattc 46998051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 640
Target Start/End: Original strand, 46974358 - 46974988
Alignment:
Q  10 catcatcacagtataaggatcaaaaaacagatccattcgatacacaaagggcgaacgtaaccactcttcaaccgagtttcgcaccactttatcatcatag 109  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| |||  ||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||      
T  46974358 catcatcacagtgtaaggatcaaaaaacaaatctgttcgatacacaaaaggagaacgaaaccactcttcaaccgacctacgcaccactttatcatcatga 46974457  T
Q  110 tttgcaatagccaggtgaatcttccatgctgcccatcctagatcattttccagcaattcccctaccgttgtttcagccctcactgcgtagatggaattcc 209  Q
    ||| ||| ||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |  |  |||||||    
T  46974458 tttacaacagctagatgaattttccatgctgcccatcctagatcattctccagcaattcccctaccgtcgtttcagcactcaccgcatgaagtgaattcc 46974557  T
Q  210 caaaatattccttaggaagaggtggttccattctcgttcggttgtttatggccaatttgcaagttgttcgttgaccttgttgtaactgacgtgcacgcgt 309  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||  ||||| |||||||  ||||||||||| ||    
T  46974558 caaaatattccttcggaagaggtggttccattctcgttcggttgtttgtagccagtttgcaagttgttctctgaccgtgttgtagttgacgtgcacgagt 46974657  T
Q  310 tagacatctccaaactagtgctgataaggattgaaaagaagagattttgtttgtatcagactctttgttagcttttgctttaagtttcgcaatagactct 409  Q
    || | |||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| |||||  |||||| ||||||||  || || |||||||| ||||||   ||||||||     
T  46974658 tatagatctccaaactaatgctgataaagattgaaacgaagaaatttttcttgtattagactcttcatttgcctttgctttcagtttcattatagactca 46974757  T
Q  410 gctgaaaaatgaaatattctctctctcaaaataggtgtttcatatctatgaataaactcgtcatgatgtttgaaaggaaggttgatgattggaccataac 509  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| ||||| | |||||||||||| |||| |||||| || ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||    
T  46974758 gctgaaaaatggaagattctctctcttaaaatggatgtttcatatctgtgaacaaactcctcgtgatgtttgaatggaaggttgataatcggaccataac 46974857  T
Q  510 cttctggaaaccatttattgtgagtaggtttatgtgaaatcggaacaggaacatgaacatcattttgaaatatctcagaaaataagttaaagaaattcca 609  Q
    ||| |||||||||| |||||||  |||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  46974858 cttgtggaaaccatctattgtggataggttgatgtgaaatcggaacaagaacatgaatatcattttgaaatatctcagaaaatgagttaaagaaattcca 46974957  T
Q  610 ataaccagttccatcaccaatacaatgattc 640  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  46974958 ataaccagtcccatcacctatacaatgattc 46974988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 11 - 640
Target Start/End: Original strand, 46980348 - 46980975
Alignment:
Q  11 atcatcacagtataaggatcaaaaaacagatccattcgatacacaaagggcgaacgtaaccactcttcaaccgagtttcgcaccactttatcatcatagt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||| || ||||| ||||||| |||||||||  | ||||||||||||||||| |  |    
T  46980348 atcatcacagtataaggatcaaagaacaaatccattcgatacaaaaaaggagaacgaaaccacttttcaaccgacctacgcaccactttatcatcgtgat 46980447  T
Q  111 ttgcaatagccaggtgaatcttccatgctgcccatcctagatcattttccagcaattcccctaccgttgtttcagccctcactgcgtagatggaattccc 210  Q
    ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||| |||||| | || |  ||||||||    
T  46980448 ttgcaatagccacatgaattttccatgctgcccatcctagatcattctccagcaactctcctaccgtcgtttcagcactcactacataaagtgaattccc 46980547  T
Q  211 aaaatattccttaggaagaggtggttccattctcgttcggttgtttatggccaatttgcaagttgttcgttgaccttgttgtaactgacgtgcacgcgtt 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||| ||||||||||||||  ||||| |||||||  ||||||||| | |||    
T  46980548 aaaatattccttaggaagaggtggttccattcttgttcggttgtttgtagccattttgcaagttgttctctgaccgtgttgtagttgacgtgcatgagtt 46980647  T
Q  311 agacatctccaaactagtgctgataaggattgaaaagaagagattttgtttgtatcagactctttgttagcttttgctttaagtttcgcaatagactctg 410  Q
    | | |||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||   || || |||||||||||||| || ||||| ||      
T  46980648 atagatctccaaactaatgctgataaagattgaaacgaagaaattttgtttgtattagactctgcatttgcctttgctttaagttttgctatagattcca 46980747  T
Q  411 ctgaaaaatgaaatattctctctctcaaaataggtgtttcatatctatgaataaactcgtcatgatgtttgaaaggaaggttgatgattggaccataacc 510  Q
    |||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| |||||| |  ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  46980748 ctgaaaaatggaagattctctctcttaaaatgggtgtttcatatctgtgaacaaactcatggtgatgtttgaatggaaggttgataattggaccataacc 46980847  T
Q  511 ttctggaaaccatttattgtgagtaggtttatgtgaaatcggaacaggaacatgaacatcattttgaaatatctcagaaaataagttaaagaaattccaa 610  Q
    || |||||||||| | |||||  |||||| ||||||||| |||  || | || |||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||    
T  46980848 ttgtggaaaccatctcttgtggataggttgatgtgaaatggga--agcagcaggaacatcattttgaaatatctcagaaaatgtgttgaagaaattccaa 46980945  T
Q  611 taaccagttccatcaccaatacaatgattc 640  Q
    ||| | |||||||||| || ||||||||||    
T  46980946 taagctgttccatcacaaagacaatgattc 46980975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 10 - 514
Target Start/End: Original strand, 47001084 - 47001589
Alignment:
Q  10 catcatcacagtataaggatcaaaaaacagatccattcgatacacaaagggcgaacgtaaccactcttcaaccgagtttcgcaccactttatcatcatag 109  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||||| ||||||||||||  | ||| ||||||||||||||||||      
T  47001084 catcatcacagtataaggatcaaagaacagatccattcgatacacaataggagaacgtatccactcttcaacataattttgcaccactttatcatcatga 47001183  T
Q  110 tttgcaatagccaggtgaatcttccatgctgcccatcctagatcattttccagcaattcccctaccgttgtttcagccctcactgcgtagatggaattcc 209  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    | ||| |||||||| ||||||||||| |  |||||||  || |||||||    
T  47001184 ttcgcaatagccagatgaatcttccatgctgcccatcctaaatcattcctgaacaactcccctactgttgtttcagcaccaactgcgtgaatcgaattcc 47001283  T
Q  210 caaaatattccttaggaagaggtggttccattctcgttcggttgtttatggccaatttgcaagttgttcgttgaccttgttgtaactgacgtgcacgcgt 309  Q
    |||||||||| || |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||  | ||| || |||||||||| ||||||   ||||   |||| |||||| ||    
T  47001284 caaaatattcatttggaagaggcggttctattctagttcggttgtttaaagacaacttacaagttgttctttgaccgcattgttgttgacatgcacgagt 47001383  T
Q  310 tagacatctccaaactagtgctgataaggattgaaaagaagagattttgtttgtatcagactctttgttagcttttg-ctttaagtttcgcaatagactc 408  Q
    || | |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  47001384 tatagatctccaaactagtgctgataaagattgaaacgaagagattttgtttgtatcaaactctttgttagcttttgcctttaagtttcgctatagactc 47001483  T
Q  409 tgctgaaaaatgaaatattctctctctcaaaataggtgtttcatatctatgaataaactcgtcatgatgtttgaaaggaaggttgatgattggaccataa 508  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||| || |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  47001484 tgctgaaaaatggaatatcctctctctcaaagtaggtgcttgatatctgtgaataaactcgtcgtgatgtttgaaaggaaggttgatagttggaccataa 47001583  T
Q  509 ccttct 514  Q
    ||||||    
T  47001584 ccttct 47001589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 10 - 629
Target Start/End: Original strand, 46995161 - 46995792
Alignment:
Q  10 catcatcacagtataaggatcaaaaaacagatccattcgatacacaaagggcgaacgtaaccactcttcaaccgagtttcgcaccactttatcatcatag 109  Q
    |||||||||||  ||||||||||  ||||  |||||||||  ||| |  || || || ||||||||||| ||  | | |||||| ||| | | ||||||     
T  46995161 catcatcacagagtaaggatcaaccaacatgtccattcgaaccactataggagaccgcaaccactcttccactaattgtcgcacaactctgtgatcatat 46995260  T
Q  110 tttgcaatagccaggtgaatcttccatgctgcccatcctagatcattttccagcaattcccctaccgttgtttcagccctcactgcgtagatggaattcc 209  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||| |||| |||||||  |||| |||||||| || |||   ||||||||||  ||||||||||| |  |||||||    
T  46995261 tttgcaatagctagatgaatcttccatgatgccaatcctagtccattctccagcaactcaccttttgttgtttcagtgctcactgcgtaaactgaattcc 46995360  T
Q  210 caaaatattccttaggaagaggtggttccattctcgttcggttgtttatggccaatttgcaagttgttcgttgaccttgttgtaactgacgtgcacgcgt 309  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  ||| | || ||||   ||||  |||| ||    
T  46995361 caaaatattccttaggaagagacggttccattctcgttcggttgtttatagccaatttgcaagtcgttctctgatcatggtgtagtcgacgcacacgagt 46995460  T
Q  310 tagacatctccaaactagtgctgataaggattgaaaagaagagattttgtttgtatcagactctttgttagcttttgctttaagtttcgcaatagactct 409  Q
    || | |||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||  |||| ||  |||||||||| || |||||||| ||||| || ||| |||||    
T  46995461 tatagatctccaaactagtgcagataaagattgaaacgaagagattttcgttgtctcgcactctttgtttgcctttgctttgagttttgctataaactct 46995560  T
Q  410 gctgaaaaatgaaatattctctctctcaaaataggtgtttcatatctatgaataaactcgtcatgatgtttgaaaggaaggttgatgattggaccataac 509  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  46995561 gctgaaaaatggaagattctctctctcaaaataggtgcttcatatctatgaataaactcgtcgtgatgtttgaaaggaaggttgataattggaccatagc 46995660  T
Q  510 cttctggaaaccatttattgtgagtaggtttatgtgaaatcggaacaggaacatgaacatca------------ttttgaaatatctcagaaaataagtt 597  Q
    |||| ||||||||| |||||||| ||||||  |||||||| |||||||||| ||||||||||            ||||||||||||||||||| |   ||    
T  46995661 cttcaggaaaccatctattgtgaataggttggtgtgaaataggaacaggaatatgaacatcaacatcaacaaccttttgaaatatctcagaaagtgtatt 46995760  T
Q  598 aaagaaattccaataaccagttccatcaccaa 629  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  46995761 aaagaaattccaataagcagttccatcaccaa 46995792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 500 - 640
Target Start/End: Original strand, 47001603 - 47001743
Alignment:
Q  500 ggaccataaccttctggaaaccatttattgtgagtaggtttatgtgaaatcggaacaggaacatgaacatcattttgaaatatctcagaaaataagttaa 599  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||| |    
T  47001603 ggaccataaccttctggaaaccatcttttgtgaataggtttatgtgaaatcggaacaggaacatgaacatcattttgaaatatctccgaaaatgtgttga 47001702  T
Q  600 agaaattccaataaccagttccatcaccaatacaatgattc 640  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  47001703 agaaattccaataagctgttccatcaccaatacaatgattc 47001743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 9e-38
Query Start/End: Original strand, 130 - 522
Target Start/End: Original strand, 46951039 - 46951431
Alignment:
Q  130 cttccatgctgcccatcctagatcattttccagcaattcccctaccgttgtttcagccctcactgcgtagatggaattcccaaaatattccttaggaaga 229  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||| ||||| |||||||   | ||||||| ||  |  ||  |||||||||| || || ||||||    
T  46951039 cttccatgctgcccatcccaaatcattttctagcaattcacctacggttgtttttacactcactgtgtcaactgaggtcccaaaatactcttttggaaga 46951138  T
Q  230 ggtggttccattctcgttcggttgtttatggccaatttgcaagttgttcgttgaccttgttgtaactgacgtgcacgcgttagacatctccaaactagtg 329  Q
    ||||||| |||||||| ||| || |||| ||| ||  | |||||||||  |||| | |    ||  |  || ||||| |||| || |||||||||  |||    
T  46951139 ggtggtttcattctcggtcgattatttacggctaacatacaagttgttacttgatcattcgttaggtcgcgagcacgagttatacctctccaaacatgtg 46951238  T
Q  330 ctgataaggattgaaaagaagagattttgtttgtatcagactctttgttagcttttgctttaagtttcgcaatagactctgctgaaaaatgaaatattct 429  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||| ||||||  | || || || ||||| |  || |||||||||||||||| |||||| || | |||    
T  46951239 ctgataaagattggaatgaagagattttgtttgtattagactccatattggccttagctttcaactttgcaatagactctgctgtaaaatggaagaatct 46951338  T
Q  430 ctctctcaaaataggtgtttcatatctatgaataaactcgtcatgatgtttgaaaggaaggttgatgattggaccataaccttctggaaacca 522  Q
    ||||||||   | |||| |||||| |||   |||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  46951339 ctctctcagcttgggtggttcatacctagttataatctcgtcatgatgtttgaatggaagattgatcagtggaccataaccttctggaaacca 46951431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 596 - 640
Target Start/End: Original strand, 46951502 - 46951546
Alignment:
Q  596 ttaaagaaattccaataaccagttccatcaccaatacaatgattc 640  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||| | ||||||    
T  46951502 ttaaagaaattccaataagaagttccatcaccaatatagtgattc 46951546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University